• 제목/요약/키워드: Protein identification

검색결과 1,148건 처리시간 0.045초

Tageting Protein-Protein Interactions-A Fragment Assembly Approach

  • Paulvannan, Kumar
    • 대한약학회:학술대회논문집
    • /
    • 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-1
    • /
    • pp.90-90
    • /
    • 2003
  • I describe here a novel and promising approach to drug discovery that involves the identification and assembly of drug-like fragments to afford lead compounds. This approach is attractive for a number of reasons. First, the productive assembly of two weakly bound fragments, even fragments with independent dissociation constants in the low mM range, can potentially afford ligands with sub-micromolar affinities for their targets. (omitted)

  • PDF

Proteomic Analysis and Extensive Protein Identification from Dry, Germinating Arabidopsis Seeds and Young Seedlings

  • Fu, Qiang;Wang, Bai-Chen;Jin, Xiang;Li, Hong-Bing;Han, Pei;Wei, Kai-Hua;Zhang, Xue-Min;Zhu, Yu-Xian
    • BMB Reports
    • /
    • 제38권6호
    • /
    • pp.650-660
    • /
    • 2005
  • Proteins accumulated in dry, stratified Arabidopsis seeds or young seedlings, totaled 1100 to 1300 depending on the time of sampling, were analyzed by using immobilized pH gradient 2-DE gel electrophoresis. The molecular identities of 437 polypeptides, encoded by 355 independent genes, were determined by MALDI-TOF or TOF-TOF mass spectrometry. In the sum, 293 were present at all stages and 95 were accumulated during the time of radicle protrusion while another 18 appeared in later stages. Further analysis showed that 226 of the identified polypeptides could be located in different metabolic pathways. Proteins involved in carbohydrate, energy and amino acid metabolism constituted to about 1/4, and those involved in metabolism of vitamins and cofactors constituted for about 3% of the total signal intensity in gels prepared from 72 h seedlings. Enzymes related to genetic information processing increased very quickly during early imbibition and reached highest level around 30 h of germination.

식용어류(食用魚類) 분류(分類)를 위(爲)한 어육단백(魚肉蛋白)의 전기영동상(電氣泳動像) 연구(硏究) (제 1 보(第 1 報)) (Studies of Disc-electrophoretic Patterns of Fish Muscle Protein for Species Identification of Edible Fish (I))

  • 최흥민;한양일;이정자
    • 한국식품과학회지
    • /
    • 제2권2호
    • /
    • pp.30-33
    • /
    • 1970
  • 각종(各種) 어류(魚類)의 가열(加熱)된 어육단백(魚肉蛋白)을 acrylamide gel을 사용(使用)하여 전기영동(電氣泳動)한 결과(結果)로 나타나는 분획상(分劃像)의 특이성(特異性)으로서 어류품종(魚類品種)을 분류(分類)할 수 있었다. 즉 숭어 대구 삼치 고등어 참조기 방어 갈치 금태 아지 병어의 특징있는 전기영동분획상(電氣泳動分劃像) 10 개(個)를 만들었다. 이로써 acrylamide gel 을 이용(利用)한 disc-전기영동(電氣泳動)을 통하여 조리(調理)된 어육제품(魚肉製品) 소편(小片)으로 그 어류품종(魚類品種)을 감별(鑑別)해 낼 수 있는 표준(標準)이 확실(確實)하게 되었다. 그러나 아직 본(本) 실험결과(實驗結果)를 통조림된 어육(魚肉)에는 적용(適用)할 수가 없다.

  • PDF

무세포 단백질합성 시스템 기반의 epoxide hydrolase 발현 및 활성 분석 (Assay of Epoxide Hydrolase Activity Based on PCR-linked in vitro Coupled Transcription and Translation System.)

  • 이옥경;김희숙;이은열
    • 생명과학회지
    • /
    • 제15권5호
    • /
    • pp.779-782
    • /
    • 2005
  • Coupled transcription/translation cocktail을 이용하여 R. glutinis EH 유전자를 in vitro에서 합성하고 활성을 평가하였다. SDS-PAGE 및 immunoblotting을 통하여 45 kDa 크기의 EH 단백질이 발현되었음을 확인하였고, NBP assay 및 chiral GC 분석을 통해 발현된 단백질이 (R)-styrene oxide에 대한 입체선택성이 있음을 확인하였다. 따라서 무세포 단백질 합성 시스템을 이용하여 입체선택성을 유지시킨 EH 유전자 발현이 가능하며, 이러한 방법은 putative EH 유전자 탐색 등에 효율적으로 응용될 것이다.

적조생물 Cochlodinium polykrikoides의 세포표면 특이항원 단백질의 분리 (Isolation of a Specific Antigen Protein on Cell Membrane of Cochlodinium polykrikoides, Red Bloom)

  • 김광현;한창희;이재훈;김병우;이복규
    • 한국미생물·생명공학회지
    • /
    • 제30권4호
    • /
    • pp.320-324
    • /
    • 2002
  • 우리나라 연안에 주로 발생되는 적조인 Cochlodinium polykrikoides를 빠르고 정밀한 생화학적인 방법으로 측정하기 위한 일종의 maker로서 C. polykrikoides의 세포막에 존재하는 특이 항원성을 가진 막 단백질을 분리하였다. 먼저, C. polykrikoides와 gymnodium sangineum의 세포를 삼투압으로 터뜨린 후 원심분리하여 세포막을 모았다. 그 후 양 적조생물의 세포막은 1 mM DTT가 함유된 50 mM Na-carbonate로 용해하고 SDS-PAGE행하여 용해된 막 단백질을 분리하였다. SDS-PAGE로 분리된 막 단백질은 C. polykrikoides의 세포 막 단백질로 제조한 항혈청을 사용하여 immune-blot한 결과 C. polykrikoides의 120 kDa의 단백질이 G. sangineum의 동일한 크기의 막 단백질과는 서로 다른 항원성을 나타내었다.

Chromosome-Centric Human Proteome Study of Chromosome 11 Team

  • Hwang, Heeyoun;Kim, Jin Young;Yoo, Jong Shin
    • Mass Spectrometry Letters
    • /
    • 제12권3호
    • /
    • pp.60-65
    • /
    • 2021
  • As a part of the Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), we have developed a few algorithms for accurate identification of missing proteins, alternative splicing variants, single amino acid variants, and characterization of function unannotated proteins. We have found missing proteins, novel and known ASVs, and SAAVs using LC-MS/MS data from human brain and olfactory epithelial tissue, where we validated their existence using synthetic peptides. According to the neXtProt database, the number of missing proteins in chromosome 11 shows a decreasing pattern. The development of genomic and transcriptomic sequencing techniques make the number of protein variants in chromosome 11 tremendously increase. We developed a web solution named as SAAvpedia for identification and function annotation of SAAVs, and the SAAV information is automatically transformed into the neXtProt web page using REST API service. For the 73 uPE1 in chromosome 11, we have studied the function annotaion of CCDC90B (NX_Q9GZT6), SMAP (NX_O00193), and C11orf52 (NX_Q96A22).