• 제목/요약/키워드: Protein Informatics

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한우 도축시 혈청 호르몬과 혈액 성분의 상관 관계 분석 (Correlation Analysis of Serum Hormones and Components in Hanwoo during Slaughtering Process)

  • 전기준;김명직;조규호;유재원;김인철;최재관;정호영;이학교
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제21권4호
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    • pp.287-297
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    • 2006
  • 한우에서 도축 전 혈청 호르몬 및 혈액 성분의 농도 변화가 거세우와 비거세우에서 공통적으로 나타난 현상은 도축 2개월 전에서 수송 직전 사이에 cortisol과 creatinine이 증가하였고 calcium은 감소하였다. 수송 직전에 비해 수송 직후에는 IGF-1 농도가 감소하였으나 수송 직전에 비해 도축 시에는 IP농도가 감소했다. 혈청 호르몬 및 대사 물질들에서 도축 2개월 전, 수송 직전, 수송 직후 및 도축시 혈청들 간의 상관 관계는 도축 2개월 전 농도와 수송 직전 농도간에 정의 상관 관계를 보인 혈청은 거세우에서는 IGF-1, TP, albumin, creatinine, HDLC 및 globulin이며 비거세우에서는 creatinine과 globulin이었고, 도축 2개월 전 혈청과 도축시 혈청 간에 정의 상관관계를 보인 혈청 성분은 거세우에서는 IGF-1, BUN, IP 및 HDLC이었고, 비거세우에서는 creatinine이었다. 그리고 수송 직전 혈청과 도축시 혈청 간에 정의 상관 관계가 있는 혈청 성분은 거세우에서는 testosterone, IGF-1, creatinine, triglyceride, HDLC 및 globulin이었고, 비거세우에서는 TP, creatinine, HDLC 및 globulin으로 나타났다.

Korean Red Ginseng alleviates dehydroepiandrosterone-induced polycystic ovarian syndrome in rats via its antiinflammatory and antioxidant activities

  • Choi, Jong Hee;Jang, Minhee;Kim, Eun-Jeong;Lee, Min Jung;Park, Kyoung Sun;Kim, Seung-Hyun;In, Jun-Gyo;Kwak, Yi-Seong;Park, Dae-Hun;Cho, Seung-Sik;Nah, Seung-Yeol;Cho, Ik-Hyun;Bae, Chun-Sik
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제44권6호
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    • pp.790-798
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    • 2020
  • Background: Beneficial effects of Korean Red Ginseng (KRG) on polycystic ovarian syndrome (PCOS) remains unclear. Methods: We examined whether pretreatment (daily from 2 hours before PCOS induction) with KRG extract in water (KRGE; 75 and 150 mg/kg/day, p.o.) could exert a favorable effect in a dehydroepian-drosterone (DHEA)-induced PCOS rat model. Results: Pretreatment with KRGE significantly inhibited the elevation of body and ovary weights, the increase in number and size of ovarian cysts, and the elevation of serum testosterone and estradiol levels induced by DHEA. Pretreatment with KRGE also inhibited macrophage infiltration and enhanced mRNA expression levels of chemokines [interleukin (IL)-8, monocyte chemoattractant protein-1), proinflammatory cytokines (IL-1β, IL-6), and inducible nitric oxide synthase in ovaries induced by DHEA. It also prevented the reduction in mRNA expression of growth factors (epidermal growth factor, transforming growth factor-beta (EGF, TGF-β)) related to inhibition of the nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cell pathway and stimulation of the nuclear factor erythroid-derived 2-related factor 2 pathway. Interestingly, KRGE or representative ginsenosides (Rb1, Rg1, and Rg3(s)) inhibited the activity of inflammatory enzymes cyclooxygenase-2 and iNOS, cytosolic p-IκB, and nuclear p-nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B in lipopolysaccharide-induced RAW264.7 cells, whereas they increased nuclear factor erythroid-derived 2-related factor 2 nuclear translocation. Conclusion: These results provide that KRGE could prevent DHEA-induced PCOS via antiinflammatory and antioxidant activities. Thus, KRGE may be used in preventive and therapeutic strategies for PCOS-like symptoms.

Optimized Internal Control and Gene Expression Analysis in Epstein-Barr Virus-Transformed Lymphoblastoid Cell Lines

  • Nam, Hye-Young;Kim, Hye-Ryun;Shim, Sung-Mi;Lee, Jae-Eun;Kim, Jun-Woo;Park, Hye-Kyung;Han, Bok-Ghee;Jeon, Jae-Pil
    • Genomics & Informatics
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    • 제9권3호
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    • pp.127-133
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    • 2011
  • The Epstein-Barr virus-transformed lymphoblastoid cell line (LCL) is one of the major genomic resources for human genetics and immunological studies. Use of LCLs is currently extended to pharmacogenetic studies to investigate variations in human gene expression as well as drug responses between individuals. We evaluated four common internal controls for gene expression analysis of selected hematopoietic transcriptional regulatory genes between B cells and LCLs. In this study, the expression pattern analyses showed that TBP (TATA box-binding protein) is a suitable internal control for normalization, whereas GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) is not a good internal control for gene expression analyses of hematopoiesis-related genes between B cells and LCLs at different subculture passages. Using the TBP normalizer, we found significant gene expression changes in selected hematopoietic transcriptional regulatory genes (downregulation of RUNX1, RUNX3, CBFB, TLE1, and NOTCH2 ; upregulation of MSC and PLAGL2) between B cells and LCLs at different passage numbers. These results suggest that these hematopoietic transcriptional regulatory genes are potential cellular targets of EBV infection, contributing to EBV-mediated B-cell transformation and LCL immortalization.

Prognostic Value of SPARC Expression in Unresectable NSCLC Treated with Concurrent Chemoradiotherapy

  • Kurtul, Neslihan;Eroglu, Celalettin;Unal, Dilek;Tasdemir, Erdem Arzu;Orhan, Okan;Zararsiz, Gokmen;Baran, Munevver;Kaplan, Bunyamin;Kontas, Olgun
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권20호
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    • pp.8911-8916
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    • 2014
  • Background: The aim of the present study was to determine the predictive/prognostic value of the secreted protein, acidic and rich in cysteine (SPARC) in cases of unresectable, locally advanced, non-small cell lung cancer. Materials and Methods: The study included 84 patients with Stage IIIA-B non-small cell lung cancer, undergoing simultaneous chemoradiotherapy including radiotherapy at a dose of 66 Gy and weekly docataxel ($20mg/m^2$) and cisplatin ($20mg/m^2$). SPARC expression was studied in biopsy material by immunohistochemical methods and correlations with treatment responses or survival were evaluated. Results: Median overall survival was $16{\pm}2.73$ (11.55-20.46) months for low expression vs $7{\pm}1.79$ months (7.92-16.08) months for high expression (p=0.039), while median local control was $13{\pm}2.31$ (8.48-17.5) months for low expression vs $6{\pm}0.85$ (4.34-7.66) months for high expression (p=0.045) and median progression-free survival was $10{\pm}2.31$ (5.48-14.5) months for low expression vs $6{\pm}1.10$ (3.85-8.15) months for high expression (p=0.022). In both univariate and multivariate analyses, high SPARC expression was associated with significantly shorter overall survival (p=0.003, p=0.007, respectively), local control (p=0.008, p=0.036) and progression-free survival (p=0.004, p=0.029) when compared to low SPARC expression. No significant difference was detected between high and low SPARC expression groups regarding age, sex, T stage, N stage, histopathology and stage-related patient characteristics. Conclusions: High SPARC expression was identified as a poor prognostic factor in cases with locally advanced NSCLC treated with concurrent chemoradiotherapy.

폐포상피세포, 대식세포를 비롯한 각종 세포주에서 H2O2에 의한 Peroxiredoxin 동위효소들의 산화에 따른 불활성화와 재생 (Oxidative Inactivation of Peroxiredoxin Isoforms by H2O2 in Pulmonary Epithelial, Macrophage, and other Cell Lines with their Subsequent Regeneration)

  • 오윤정;김영선;최영인;신승수;박주헌;최영화;박광주;박래웅;황성철
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제58권1호
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    • pp.31-42
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    • 2005
  • 배 경 : peroxiredoxins는 거의 모든 생명체에 공통적으로 보존되어 있으며, 최근에 발견된, 특이한 peroxidases로 인체에서 6가지 동위효소가 알려져 있으며, 산화스트레스에 대한 방어역할을 담당하고, $H_2O_2$신호전달 과정에서 중요한 조절 역할을 한다. peroxiredoxin은 $H_2O_2$ 처리 과정 중에서 자신이 산화되어 불활성화 되는데, 산화된 후 다시 재생되는 것으로 보고되나 그 생리적은 의미는 분명하지 않다. 이에 저자들을 폐상 피세포주, 대식세포주, 폐포모세혈관 내피세포주 및 기타 섬유모세포주 들에서 $H_2O_2$ 에 의한 Prx의 산화과정과 재생을 알아보고자 하였다. 방 법 : 수술 환자에서 적출한 정상 폐조직과, 세포주로는 평상시 산화 스트레스에 노출이 많을 것으로 예상되는 세포들로써, 폐포상피세포의 I 형 및 II 형 세포에서 기원한 A549, WI 26, Raw 264.7, Rat2,및 폐포 모세혈관 내피세포주 등을 이용하여 이를 $50{\mu}M$. $100{\mu}M$, $500{\mu}M$$H_2O_2$로 산화시켜 불활성화 한 후, 추적관찰 하였으며, 시간대 별로(0. 10, 30, 60, 120, 240, 480 분) 수확하여, 이를 1차원 non-reducing SDS-PAGE 및 2차원 전기영동로 분리 후, silver stain 과 Western blot으로 분석 하였다. 결 과 : 1. 실험에 사용된 모든 세포주에서, $H_2O_2$ 농도에 비례하여 peroxiredoxin I, II, III 의 불활성화를 관찰할 수 있었고, 10분에 최고로 불활성화되었다. 2. 산화된 이후, 30분경부터 peroxiredoxin 의 재생이 관찰되기 시작 하였으며, 2시간 이후부터 확연하였다. 3. 다시 재생된 peroxiredoxin은 $H_2O_2$투여로서, 다시 불활성화되어, 재생된 Prx 가 활성을 지닌 단백질임을 알 수 있었다. 4. 재생의 속도는 사용된 세포주마다 차이가 있었으며 (A549 >Raw 264.7 >$Rat_2$ >WI26), 단백질 합성억제제인 cycloheximide ($10{\mu}g/ml$) 존재 하에서도 변함 없이 관찰되었다. 결 론 : 세포 내에는 산화되어 불활성화된 peroxiredoxin을 재생하는 체계가 존재 하며, 이는 활성부위 cysteine을 갖는 다른 단백질에도 공통적으로 적용될 수 있는 분자 스위치일 가능성이 높으며, 산화에 의한 신호전달과정이나, 질병 모델에서 Prx 단백의 재생 체계의 이상과 병인에 관한 추가적인 연구가 필요할 것으로 사료된다.

인체의 폐암과 정상 폐조직에서 Peroxiredoxin 및 Thioredoxin의 발현 양상 (Expression of Peroxiredoxin and Thioredoxin in Human Lung Cancer and Paired Normal Lung)

  • 김영선;박주헌;이혜림;심진영;최영인;오윤정;신승수;최영화;박광주;박래웅;황성철
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제59권2호
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    • pp.142-150
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    • 2005
  • 연구배경 : Peroxiredoxin (Prx) 은 최근에 알려진 항산화제로 세포의 증식과 분화, 세포사멸이나 발암과정에 관여하는 것으로 알려져 있다. 하지만, 현재까지 폐암을 비롯한 각종 질병에서의 이들 Prx단백의 역할은 잘 규명되어 있지 않다. 이에 본 연구는 폐암 조직과 정상폐조직에서 Prx 단백의 발현 양상과 분포를 연구하여 이들의 병태 생리학적인 의미를 찾아보고자 하였다. 방 법 : 아주대학교 병원에서 폐암으로 진단된 환자의 폐암조직과, 동일 환자의 정상 폐조직에서, 1 차원전기영동 (reducing 조건과 non-reducing 조건에서의 SDSPAGE) 혹은 2차원전기영동을 시행한 후 Western blot으로 Prx, Trx 및 TR의 발현 양상을 분석 하였으며, 백서의 정상 폐조직과, 환자의 폐암 조직에서 anti-Prx rabbit polyclonal 항체로 하여 면역조직화학염색법을 통해, Prx 단백의 분포를 관찰하였다. 결 과 : 면역조직화학염색법 결과 백서의 정상 폐조직에서는 Prx I, II, III 및 V 유형이, 주로 기관지상피세포, 폐포상피세포 및 폐포대식세포에서 발현되고 있음을 관찰하였다. 인체 폐암조직에서는, 정상 폐조직 부위에 비해서 Prx I 과 Prx III 유형 및 Trx단백의 발현이 선택적으로 증가되어 있고, 특히, 2차원 전기영동을 통한 프로티옴 분석에서 산화된 형태의 Prx I 과 Prx II가 증가 한 것을 비롯하여, 분자량과 등전점(pI)이 약간 변화된 형태의 Prx III가 폐암조직에 존재함을 알 수 있었다. 한편, 폐암 조직의 non-reducing 전기영동 후 Western blot에서는, monomer와 dimer 사이의 중간 크기에 해당하는 약 40 kDa과 200 kDa 이상 크기의, 항 Prx 항체와 반응하는 단백 띠 (reactive bands)가 관찰되었다. 결 론 : 폐암 조직에서 관찰되는 Prx I 과 Prx III 유형 및 Trx의 과발현 양상은, 종양 세포들이 주변의 미세 환경으로부터 겪는 여러 스트레스에 대하여 단백질을 보호하고 세포의 생명력을 유지하는데 있어 주요한 역할을 하는 것으로 사료된다.