• 제목/요약/키워드: Profiling Methods

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지구통계기법을 이용한 소양호퇴적물 분포연구 (Spatial distribution of sediments in the Soyang Lake based on geostatistical analyses)

  • 김기영;황윤구
    • 한국지구물리탐사학회:학술대회논문집
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    • 한국지구물리탐사학회 2006년도 공동학술대회 논문집
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    • pp.285-290
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    • 2006
  • 소양댐 축조 이후 소양호에 퇴적된 퇴적물의 양과 분포상태를 파악하기 위하여, 227 km에 달하는 측선을 따라 10-20 kHz 음파탐사를 실시하였다. 측선간격은 종단면의 경우 대략 50 m, 횡단면의 경우 500 m 정도이다. 이득조절과 f-k 구조보정 과정을 거친 후, 퇴적물의 경계를 수치화하고, 38개 시추코아 자료와 대비하여 확인하였다. 댐축조 이후 퇴적물의 두께는 평균 0.25 m로 최대 8.25m에 달한다. 댐축조 이후 퇴적물의 총 부피는 이방성을 고려하여 지구통계기법으로 계산할 경우, 등방성을 가정하고 구한 경우보다 2배 이상 증가한 $5.9{\times}10^6\;m^3$에 달하는 것으로 분석된다.

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국내 재배산 익모초의 품질관리 연구 (Studies on Quality Control of Domestic Leonurus japonicus Houttuyn)

  • 한민우;박재성;곽이성;안희준;서정범;이영종;박채규
    • 한국약용작물학회지
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    • 제24권6호
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    • pp.451-457
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    • 2016
  • Background: Leonurine is a the aerial part of Leonurus japonicus Houttuyn, which has been used as a traditional medicines and is registered in the Korean Pharmacopoeia. Methods and Results: In the present study we performed a heavy metals and thin layer chromatography and measured loss on drying, as well as the contents of total ash, acid-insoluble ash, ethanol soluble compounds, and leonurine, using 15 domestically collected L. japonicus samples. The methods were performed according to the 'crude drugs test of the general test, processes and apparatus', published by MFDS, Korea (2014). The purity test (heavy metals) indicated that levels of Pb and Hg were 0.35 - 3.64, and 0.001 ppm, respectively, whereas the levels of As and Cd were undetectable, and stachydrine was identified by thin layer chromatography ($R_f$ : 0.15). We found that 5.93 - 10.62% (average: $8.58{\pm}1.8%$) of the sample mass was lost during drying, and the contents of total ash, acid-insoluble ash, ethanol soluble compounds, and leonurine were 7.87 - 10.84% (average: $9.62{\pm}0.82%$), 0.99 - 1.76% (average: $1.38{\pm}0.24%$), 16.70 - 23.11% (average: $19.49{\pm}2.14%$) and 0.04 - 0.17% (average: $0.11{\pm}0.04%$) respectively. In addition, HPLC profiling detected leonurine (5.94 min), rutin (16.43 min) and myricetin (26.78 min). Conclusions: We hope that this the rusult of the present study will contribute to the standardization and quality control of Korean herbal medicines.

Identification of Gene Expression Signatures in Korean Acute Leukemia Patients

  • Lee kyung-Hun;Park Se-Won;Kim In-Ho;Yoon Sung-Soo;Park Seon-Yang;Kim Byoung-Kook
    • Genomics & Informatics
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    • 제4권3호
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    • pp.97-102
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    • 2006
  • In acute leukemia patients, several successful methods of expression profiling have been used for various purposes, i.e., to identify new disease class, to select a therapeutic target, or to predict chemo-sensitivity and clinical outcome. In the present study, we tested the peripheral blood of 47 acute leukemia patients in an attempt to identify differentially expressed genes in AML and ALL using a Korean-made 10K oligo-nucleotide microarray. Methods: Total RNA was prepared from peripheral blood and amplified for microarray experimentation. SAM (significant analysis of microarray) and PAM (prediction analysis of microarray) were used to select significant genes. The selected genes were tested for in a test group, independently of the training group. Results: We identified 345 differentially expressed genes that differentiated AML and ALL patients (FWER<0.05). Genes were selected using the training group (n=35) and tested for in the test group (n=12). Both training group and test group discriminated AML and ALL patients accurately. Genes that showed relatively high expression in AML patients were deoxynucleotidyl transferase, pre-B lymphocyte gene 3, B-cell linker, CD9 antigen, lymphoid enhancer-binding factor 1, CD79B antigen, and early B-cell factor. Genes highly expressed in ALL patients were annexin A 1, amyloid beta (A4) precursor protein, amyloid beta (A4) precursor-like protein 2, cathepsin C, lysozyme (renal amyloidosis), myeloperoxidase, and hematopoietic prostaglandin D2 synthase. Conclusion: This study provided genome wide molecular signatures of Korean acute leukemia patients, which clearly identify AML and ALL. Given with other reported signatures, these molecular signatures provide a means of achieving a molecular diagnosis in Korean acute leukemia patents.

[논문철회]데이터 품질진단 기법을 이용한 학사정보시스템의 데이터 관리 ([Retracted]Data management of academic information system using data quality diagnosis technique)

  • 류동환;성미경;이지은;정회경
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제26권4호
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    • pp.598-604
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    • 2022
  • 대학의 학사정보시스템은 대학의 핵심이 되는 시스템으로 학생의 학적 등 다양한 대학내 모든 활동을 관리해야 하므로 해마다 복잡해지고 데이터가 무분별하게 많아진다. 이에 따라 학사정보시스템의 데이터는 신뢰성이 저하되어 사용자와의 의사소통 문제가 발생하게 되고 시스템 내부에 큰 장애를 불러올 수 있기에 학사정보시스템의 데이터 검증 연구가 필요하다. 이에 본 논문에서는 학사정보시스템에 대해 데이터 품질관리의 데이터 프로파일링 기법을 이용하여 컬럼 속성 분석, 허용 값 목록 분석, 문자열 패턴 분석, 날짜 유형 분석, 유일 값 분석 방법으로 설계하였다. 구현 단계에서는 위의 5가지 분석 방법을 이용하여 스크립트를 구현하였고, 스크립트를 실행하여 학사정보시스템의 유형별 오류를 발견하여 오류의 원인을 시스템 내부에서 찾아 수정하였으며 내부시스템 장애 확률을 낮출 수 있었다.

Clinical utility of endoscopic ultrasound-guided tissue acquisition for comprehensive genomic profiling of pancreatic cancer

  • Nozomi Okuno;Kazuo Hara;Nobumasa Mizuno;Shin Haba;Takamichi Kuwahara;Yasuhiro Kuraishi;Daiki Fumihara;Takafumi Yanaidani
    • Clinical Endoscopy
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    • 제56권2호
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    • pp.221-228
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    • 2023
  • Background/Aims: Endoscopic ultrasound-guided tissue acquisition (EUS-TA) is essential for the diagnosis of pancreatic cancer. The feasibility of comprehensive genomic profiling (CGP) using samples obtained by EUS-TA has been under recent discussion. This study aimed to evaluate the utility of EUS-TA for CGP in a clinical setting. Methods: CGP was attempted in 178 samples obtained from 151 consecutive patients with pancreatic cancer at the Aichi Cancer Center between October 2019 and September 2021. We evaluated the adequacy of the samples for CGP and determined the factors associated with the adequacy of the samples obtained by EUS-TA retrospectively. Results: The overall adequacy for CGP was 65.2% (116/178), which was significantly different among the four sampling methods (EUS-TA vs. surgical specimen vs. percutaneous biopsy vs. duodenal biopsy, 56.0% [61/109] vs. 80.4% [41/51] vs. 76.5% [13/17] vs. 100.0% [1/1], respectively; p=0.022). In a univariate analysis, needle gauge/type was associated with adequacy (22 G fine-needle aspiration vs. 22 G fine-needle biopsy [FNB] vs. 19 G-FNB, 33.3% (5/15) vs. 53.5% (23/43) vs. 72.5% (29/40); p=0.022). The sample adequacy of 19 G-FNB for CGP was 72.5% (29/40), and there was no significant difference between 19 G-FNB and surgical specimens (p=0.375). Conclusions: To obtain adequate samples for CGP with EUS-TA, 19 G-FNB was shown to be the best in clinical practice. However, 19 G-FNB was not still sufficient, so further efforts are required to improve adequacy for CGP.

주제어 프로파일링 및 동시출현분석을 통한 지능정보시스템 연구의 정체성에 관한 연구 (A Study on the Intelligence Information System's Research Identity Using the Keywords Profiling and Co-word Analysis)

  • 윤승정;김민용
    • 지능정보연구
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    • 제22권4호
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    • pp.139-155
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    • 2016
  • 본 연구는 한국지능정보시스템학회의 고유한 연구영역을 파악하고자 지능정보연구 학술지에 최근 3년 동안 게재된 논문들을 대상으로 키워드를 수집하여 프로파일링 기법과 동시출현빈도를 분석하였다. 이를 통하여 지능정보시스템 연구의 정통성과 정체성을 밝히는 동시에 향후 추구해야할 연구영역을 제시하고자 한다. 연구 정체성에 대한 상대적 위치를 파악하기 위하여 한국지능정보시스템학회 뿐만 아니라 유사학회에 해당하는 한국경영정보학회 그리고 한국정보시스템학회의 키워드 및 연구방법론을 수집하여 비교하였다. 또한, 한국지능정보시스템학회에서 인공지능/데이터마이닝, 지능형인터넷, 지식경영에 대한 주요 분야를 중점적으로 다루고 있음을 고려할 때 각 분야의 대표적인 학회로 한국빅데이터서비스학회 및 한국빅데이터학회, 한국인터넷전자상거래학회, 한국지식경영학회의 연구 경향을 각각 비교 분석하였다. 키워드 분석 결과만을 요약하면, 한국지능정보시스템학회는 키워드 부문에서는 텍스트마이닝, 데이터 마이닝 및 추천시스템에 집중하고 있다는 것을 알 수 있었다. 인공지능/데이터마이닝 분야에서는 빅데이터 개념 자체와 감성분석에 초점을 두고 있고, 지능형인터넷 분야에서는 SNS와 구매의도, 신뢰, 기술수용모델에 집중하고 있었다. 지식경영 분야에서는 지식관리, 지식 공유 키워드에 집중함을 발견할 수 있었다. 더 나아가 한국지능정보시스템학회 뿐만 아니라 유사 연구 분야에서 생태계 전반적 융합 가능성을 진단해 보았다.

황철석 광산 광미댐에서의 지하수흐름 경로탐지를 위한 물리탐사 적용 (Application of Geophysical Methods to Detection of a Preferred Groundwater Flow Channel at a Pyrite Tailings Dam)

  • 황학수
    • 자원환경지질
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    • 제30권2호
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    • pp.137-142
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    • 1997
  • 호주 남부 부룩캉가지역의 폐광된 황철석광산의 광미댐 (Tailings Dam)에서는 광미와 지하수의 반응으로 황산이 형성, 배출되어 주변의 토양, 하천 및 지하수를 오염시키고 있다. 이와 같은 산성 폐수에 의한 환경오염 확산 방지를 위해서는 광미댐을 통하여 흐르는 지하수의 흐름경로를 파악하고 이를 감소시키는 노력이 필요하다. 본 논문에서는 지하수면 깊이의 변화를 파악하고 이를 통하여 지하수의 주 흐름경로를 확인하기 위하여 기존 유용광물 탐사에 주로 사용된 물리탐사방법들이 사용되었다. 본 연구에서 물리탐사방법으로는 시간영역 전자탐사 (TEM), DC 전기비저항탐사 그리고 자연전위 (SP)탐사법들이 사용되었다. SP법에 의하여 측정된 자연전위들은 매우 작았으며, SP자료해석만으로 주 지하수흐름의 경로규명이 어려웠다 TEM과 DC전기비저항 자료해석을 통하여 지하수면의 깊이를 정확하게 결정할 수 있었으며, DC 전기비저항법은 주로 10m내의 천부 대수층 구분에 유용한 반면에 TEM법은 성부구조 결정에 더욱 좋은 분해능을 보였다 TEM과 DC탐사자료들의 복합역산 (Joint Inversion)은 각각의 역산 (Inversion)보다 정확한 지전기적 (Geoelectric) 단면도를 제공하였으며, 물리탐사에 의하여 결정된 지하수면 깊이들은 각 측점에 설치된 관측공에서 피에조미터 (piezometer)에 의하여 측정된 지하수 수위와 거의 일치하였다. 모든 TEM 및 DC탐사 자료해석을 통하여 산출된 지하수 수위도는 탐사지역의 남동부에서 약 1m의 가장 얄은 수위를 나타나며, 반면에 가장 깊은 심도 (약 17 m)의 지하수 수위는 탐사지역의 북서부에서 위치하였다. 또한, TEM 및 DC탐사 자료해석에 의하여 산출된 탐사지역내의 대수층의 전기비저항 분포도에서는 높은 전기전도도의 대수층은 광미댐의 북동부에 존재하며, 가장 낮은 전기전도도를 갖는 대수층은 댐의 남동부에 분포하였다. 이와 같은 결과들로부터 오염이 되지 않은 신선한 (전기비저항이 높은) 지하수 유입의 근원은 광미댐의 남동부에 있음을 시사한다.

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Measuring and Reducing Off-Target Activities of Programmable Nucleases Including CRISPR-Cas9

  • Koo, Taeyoung;Lee, Jungjoon;Kim, Jin-Soo
    • Molecules and Cells
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    • 제38권6호
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    • pp.475-481
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    • 2015
  • Programmable nucleases, which include zinc-finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALENs), and RNA-guided engineered nucleases (RGENs) repurposed from the type II clustered, regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein 9 (Cas9) system are now widely used for genome editing in higher eukaryotic cells and whole organisms, revolutionising almost every discipline in biological research, medicine, and biotechnology. All of these nucleases, however, induce off-target mutations at sites homologous in sequence with on-target sites, limiting their utility in many applications including gene or cell therapy. In this review, we compare methods for detecting nuclease off-target mutations. We also review methods for profiling genome-wide off-target effects and discuss how to reduce or avoid off-target mutations.

Analysis and role of oligosaccharides in milk

  • Ruhaak, L. Renee;Lebrilla, Carlito B.
    • BMB Reports
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    • 제45권8호
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    • pp.442-451
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    • 2012
  • Milk is an important fluid in glycobiology because it contains a number of short carbohydrate chains either free or as glycoconjugates. These compounds as a class are the most abundant component and benefit the infant by developing and maintaining the infant's gut flora. New and emerging methods for oligosaccharide analysis have been developed to study milk. These methods allow for the rapid profiling of oligosaccharide mixtures with quantitation. With these tools, the role of oligosaccharide in milk is being understood. They further point to how oligosaccharide analysis can be performed, which until now has been very difficult and have lagged significantly those of other biopolymers.

지형곡면해석에 의한 토공량 계산에 관한 연구 (A Study on Computing Pit Excavation Volume by Terrain Surface Approximation)

  • 문두열;정범석
    • 한국해양공학회지
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    • 제16권6호
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    • pp.37-43
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    • 2002
  • The calculation of earthwork plays a major role in the plan or design phase of many civil engineering projects, such as seashore reclamation; and thus, it has become very important to improve upon its accuracy. There have been common drawbacks to earlier methods of ground profiling, such as dialing with sharp corners or the grid points of any tow straight lines. In this paper, we prepose an algorithm for finding a terrain surface using the natural boundary conditions and the both direction spline method, which interpolates the given three-dimensional data by using spline. As a result of this study, the algorithm of the proposed two methods to estimate pit excavation volume should provide a better accuracy than Spot height, Chambers, Chen, or Lin method. Also, the mathematical model mentioned offers maximum accuracy in estimating the volume of a pit excavation.