• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2002.05a
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• pp.183-187
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• 2002

DNA microarray는 분자생물학 및 DNA 컴퓨팅 분야에 널리 사용되고 있는 실험 도구이다. DNA microarray를 이용하는 한 예는 알려진 유전자 집합을 바탕으로 하여 hybridization을 통해 새로운 DNA 서열을 분석하는 것이다. 이를 위한 가장 간단한 방법은 알려진 유전자의 모든 서열을 DNA microarray 상에 올려놓는 것이지만 이는 결과의 정확도 및 칩 제작비용 면에서 비효율적이다. 따라서 일반적으로는 유전자 서열 정보를 파악한 후 일련의 DNA 서열을 선택하는 probe 디자인 과정을 거친다. 그러나 현재 유전자 서열을 바탕으로 최적의 probe 집합을 찾는 결정적인 방법이 존재하고 있지 않다. 이에 본 논문은 oligo DNA microarray을 이용한 DNA 서열 분석 문제에 있어서 가능한 많은 유전자를 인식하면서 최소의 probe 개수를 갖는 집합을 찾는 방법을 제안한다. 제시된 방법은 가능한 probe 집합들로 해집합을 구성한 후, 유전알고리즘을 이용한 진화 과정을 통해 목적하는 probe 집합을 찾는다. 본 논문에서는 GenBank로부터 얻은 일련의 유전자 집합을 대상으로 실험하였으며 그 결과를 분석하였다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.26 no.3
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• pp.149-154
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• 1988

Japanese Encephalitis Virus(JEV) can be detected conveniently by the use of biotinylated cDNA probe. To prepare biotinylated probe aminoallyl dUTP was first synthesized chemically to reverse transcribe the virial RNA. The allylamine-labeled cDNA was then converted to the biotin-cDNA by the reaction with an activated biotin ester, NHS-ACA-biotin. The JEV genomic RNA was hybridized to the biotinylated cDNA probe on nitrocellulose filter and visualized colorimetrically by streptavidin complexes with alkaline phosphatase polymer. Sensitivity of the detection system was determined by estimating the amount of the JEV genomic RNA through comparison with signals generated from the biotinylated and $^{32/P}$ -labeled probes. It was found that the biotin probe was as sensitive as $^{32/P}$ -cDNA probe which can detect 50pgs of the target RNA.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2016.02a
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• pp.140.1-140.1
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• 2016

We have measured DNA translocation through a nanocapillary functionalized with probe DNA. These DNA-functionalized nanocapillaries selectively facilitate the translocation of target ssDNAs that are complementary to the probe ssDNAs. In addition, translocation of the complementary target ssDNA exhibits two tendencies to translocation speed, such as fast and slow translocation, whereas that of non-complementary target ssDNA yields only one tendency, fast translocation. These observations suggest that the complementary and non-complementary target ssDNAs may be discriminated due to different interaction strengths between target and probe ssDNAs. The temperature dependence measurements of DNA translocation show that slow translocation events are ascribed to the complementary interaction between probe and target ssDNA. This confirms that their dwell time is dependent on the base-pair binding strength. These results demonstrate that mere single-base different target DNA can be selectively detectable by using the probe DNA-functionalized nanocapillaries.

• Applied Biological Chemistry
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• v.39 no.5
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• pp.403-408
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• 1996

Total bacterial community DNA, which was extracted from microcosm soil and field soil after 2,4-D amendments, was analyzed on Southern blots, using the tfdA gene probe derived from plasmid pJP4 and the Spa probe from Sphingomonas paucimobilis. Southern blot analyses with total bacterial DNA extracted from soils Inoculated with Pseudomonas cepacia/pJP4 revealed that DNA probe method could detect the 2,4-D degrading bacteria down to $10^5\;cells/g$ dry soil. In the microcosm experiment, there was a good correlation between 2,4-D degradation and banding patterns in hybridization analyses performed after each 2,4-D treatment using the two probes. When bacterial DNA extracted from microcosm soil was hybridized with the Spa probe, a change in the position of hybrid bands was observed over time in a Southern blot, suggesting that population change or possibly genetic rearrangement in 2,4-D degrading microbial populations occurred in this soil. With the Spa probe, one hybrid DNA band was persistently observed throughout the five 2,4-D additions. When bacterial DNA isolated from the field soil was probed with the tfdA and Spa, strong hybridization signal was observed in the 100 ppm-treated subplot, weak signal In the 10 ppm-treated subplot, and no significant signal in the 1 ppm-treated and control subplots. The data show that DNA probe analyses were capable of detecting and discriminating the indigenous 2,4-D degrading microbial populations in soil amended with 2,4-D under laboratory and field conditions.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.455-457
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• 2003

DNA microarray는 분자생물학에서 널리 사용되고 있는 실험 도구로써 크게 cDNA와 oligonucleotide microarray로 나뉘어진다. DNA microarray는 일련의 DNA 서열로 이루어진 probe들의 집합으로 구성되며 알려지지 않은 서열과의 hybridization 과정을 통해 특정 서열을 인식할 수 있게 된다. O1igonucieotide microarray는 cDNA 방법과는 다르게 probe를 구성하는 서열을 제작자가 임의로 구성할 수 있기 때문에 목표 서열이 가지는 고유한 부분만을 probe 서열로 사용함으로써 비용절감과 실험의 정확도를 높일 수 있다는 장점이 있다. 그러나 현재 목표 유전자 서열에 대해 probe 집합을 생성하는 결정적인 방법은 존재하지 않으며, 따라서 넓은 해 공간에서 효과적으로 최적 해를 찾아 주는 진화 연산이 probe 선택을 위한 좋은 대안으로 사용될 수 있다［1.2］. 그러나 진화연산을 이용한 probe 선택방법에 있어서 인식하고자 하는 목표 서열의 개수가 많아질 경우, 해 공간의 크기가 커짐으로 인해 문제점이 발생할 수 있다. 따라서 본 논문에서는 다수의 목표 유전자 서열을 대상으로 한 probe 선택 방법에 일어서 보다 효율적인 진화연산 접근 방법을 소개한다. 제시된 방법은 인식하고자 하는 목표 서얼의 일부를 선택해 이를 probe 집합의 후보로 사용하며. 유전 연산자를 이용한 진화과정을 통해 최적에 가까운 probe 집합을 찾는다. 본 논문은 GenBank로부터 유전자 서열을 대상으로 제안된 방법을 실험하였으며, 축소된 목표 서열만을 이용해 probe 집합을 선택하더라도 적합한 probe 집합을 찾을 수 있었다.

• Journal of Sericultural and Entomological Science
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• v.37 no.1
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• pp.16-26
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• 1995

DNA restriction fragment length polymorphisms(RFLPs) were used for the classification of 22 leading silkworm races and wild silkworm, Bombyx mandarina. A genomic DNA library from silkworm was partially constructed and was prescreened to evaluate the selected DNA probes. Three DNA probes (SP1-13, SP1-28, 10-42) were selected to determine the polymorphism between silkworm races. As a result, high polymorphism with the probe SP1-28, moderate polymorphism with SP1-13 and monomorphism with 10-42 were obse-rbed.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.06a
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• pp.82-84
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• 2006

최근의 생물학적인 연구에 DNA microarray가 널리 쓰이고 있기 때문에, 이러한 DNA microarray를 구성하는데 필요한 probe design 작업의 중요성이 점차 커져가고 있다. 이 논문에서는 probe design 문제를 thermodynamic fitness function이 2개인 multi-objective optimization 작업으로 변환한 뒤, ${\epsilon}$-multiobjective evolutionary algorithm을 이용하여 probe set을 찾는다. 또한, probe 탐색공간의 크기를 줄이기 위하여 각 DNA sequence의 primer 영역을 찾는 작업을 진행하며, 사용자가 직접 프로그램을 테스트할 수 있는 웹사이트를 제공한다. 실험 대상으로는 mycoides를 선택하였으며, 이 논문에서 제안된 방법을 사용하여 성공적으로 probe set을 발견할 수 있었다.

• Proceedings of the KSAR Conference
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• 2003.06a
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• pp.24-24
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• 2003

Fluorescence in situ Hybridization(FISH)는 특정 염기서열을 이용하여 염색체나 염색체상의 DNA위치를 확인하는 기술로서, 면역세포화학 기술과 결합되어져 현미경으로 이들의 유전적 활성도를 직접 확인할 수 있는 방법으로 지금까지의 radioisotopes 대신 non-radioactive labeling 방법으로서 fluorescence을 이용한 분자세포유전학적 검정 방법이다. 따라서 특정 염색체의 FISH probe의 개발은 FISH 기법을 이용하여 조직 또는 세포내 특정 염색체나 DNA의 존재나 이상 유무를 신속하고 정확하게 파악할 수 있다. 본 연구는 소와 사람을 대상으로 Y-염색체 특이 DNA probe를 개발하고 이를 이용하여 FISH를 시행함으로서 본 probe의 신뢰성을 확인하고 임상적 적용 가능성을 제시 하고자 하였다.

• Biomedical Science Letters
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• v.10 no.2
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• pp.75-84
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• 2004

Massive identification of differentially expressed patterns has been used as a tool to detect genes that are involved in disease related process. We employed circular single stranded sense molecules as probe DNA for a DNA chip. The circular single stranded DNAs derived from 1,152 unigene cDNA clones were purified in a high throughput mode from the culture supernatant of bacterial transformants containing recombinant phagemids and arrayed onto silanized slide glasses. The DNA chip was examined for its utility in detection of differential expression profile by using cDNA hybridization. Hybridization of the single stranded probe DNA were performed with Cy3- or Cy5-labeled target cDNA preparations at $60^\circ$C. Dot scanning performed with the hybridized slide showed 29 up-regulated and 6 down-regulated genes in a cancerous liver tissue when compared to those of adjacent noncancerous liver tissue. These results indicate that the circular single stranded sense molecules can be employed as probe DNA of arrays in order to obtain a precious panel of differentially expressed genes.

• The Korean Journal of Mycology
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• v.30 no.1
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• pp.66-72
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• 2002

To develop DNA markers for analysis of genetic characteristics of Phytophthora capsici population, randomly selected clones from HindIII-digested genomic DNA library of P. capsici 95CY3119 were surveyed by hybridizing to Southern blots of HindIII-digested total genomic DNA of P. capsici. Probe DNAs inserted into selected individual clones strongly hybridized with HindIII digests of P. capsici. Among probes examined, PC9 revealed the repetitive and highly polymorphic bands to HindIII digests of inter-and intra-field P. capsici isolates. Genetic diversity of individual isolates was also clearly revealed in cluster analysis based on its band patterns. The other probe, PC22, was hybridized only to DNA from P. capsici and this was highly repetitive. However, there was no response to other Phytophthora species and Pythium sp. These DNA probes could be used as very useful markers in analysing genetic diversity and identification for P. capsici population throughout the world.