• 제목/요약/키워드: Principal component analyses

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시설 딸기의 재배방법에 따른 토양 미생물군집 비교 (Comparison of Soil Microbial Communities to Different Practice for Strawberry Cultivation in Controlled Horticultural Land)

  • 민세규;박수선;이영한
    • 한국토양비료학회지
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    • 제44권3호
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    • pp.479-484
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    • 2011
  • 시설 딸기 유기재배, 무농약재배 그리고 관행재배 방법이 토양 미생물 생태계의 변화에 미치는 영향을 FAME 분석으로 검토하였다. 유기재배는 관행재배에 비해 총 FAME 함량은 1.2배, 총 세균 함량은 1.4배, 그람음성 세균은 1.5배, 그람양성 세균은 1.2배, 방선균 함량은 1.5배 높았다 (p<0.05). 미생물 군집은 유기재배와 무농약재배가 관행재배에 비해 총 세균 및 그람음성 세균의 군집비율이 높은 반면, 곰팡이 군집비율은 낮았다 (p<0.05). 주성분 분석결과 주성분 PC1은 50.9%, 주성분 PC2는 30.5%로 관행재배, 무농약재배 및 관행재배의 미생물 군집에 대한 유의적인 차이를 보였으며 방선균 군집비율은 유기재배에 대한 지표로서 나타났다. 무농약재배는 토양 염류가 높아 cy19:0과 18:$1{\omega}7c$ 비율은 1.27로 높았으며 불포화지방산과 포화지방산의 비율은 0.56로 낮게 나타났다 (p<0.05). 따라서 미생물의 다양성을 유지하고 스트레스를 경감시킬 수 있는 방법으로 토양 양분을 적정수준으로 관리하는 것이 무엇보다 중요한 것으로 판단되었다.

파킨슨병 환자에서 한국어판 Dizziness Handicap Inventory의 라쉬 분석에 의한 임상측정 특성 평가 (Rasch Analysis of the Clinimetric Properties of the Korean Dizziness Handicap Inventory in Patients with Parkinson Disease)

  • 이다영;양희준;양동석;최진혁;박병수;박지윤
    • Research in Vestibular Science
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    • 제17권4호
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    • pp.152-159
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    • 2018
  • Objectives: The Korean Dizziness Handicap Inventory (KDHI), which includes 25 patient-reported items, has been used to assess self-reported dizziness in Korean patients with Parkinson disease (PD). Nevertheless, few studies have examined the KDHI based on item-response theory within this population. The aim of our study was to address the feasibility and clinimetric properties of the KDHI instrument using polytomous Rasch measurement analysis. Methods: The unidimensionality, scale targeting, separation reliability, item difficulty (severity), and response category utility of the KDHI were statistically assessed based on the Andrich rating scale model. The utilities of the orderedresponse categories of the 3-point Likert scale were analyzed with reference to the probability curves of the response categories. The separation reliability of the KDHI was assessed based on person separation reliability (PSR), which is used to measure the capacity to discriminate among groups of patients with different levels of balance deficits. Results: Principal component analyses of residuals revealed that the KDHI had unidimensionality. The KHDI had satisfactory PSR and there were no disordered thresholds in the 3-point rating scale. However, the KDHI showed several issues for inappropriate scale targeting and misfit items (items 1 and 2) for Rasch model. Conclusions: The KDHI provide unidimensional measures of imbalance symptoms in patients with PD with adequate separation reliability. There was no statistical evidence of disorder in polytomous rating scales. The Rasch analysis results suggest that the KDHI is a reliable scale for measuring the imbalance symptoms in PD patients, and identified parts for possible amendments in order to further improve the linear metric scale.

RNA 시퀀싱 기법으로 생성된 빅데이터 분석 (Big Data Analytics in RNA-sequencing)

  • 우성훈;정병출
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제55권4호
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    • pp.235-243
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    • 2023
  • 차세대 염기서열 분석이 개발되고 널리 사용됨에 따라 RNA-시퀀싱(RNA-sequencing, RNA-seq)이 글로벌 전사체 프로파일링을 검증하기 위한 도구의 첫번째 선택으로 급부상하게 되었다. RNA-seq의 상당한 발전으로 다양한 유형의 RNA-seq가 생물정보학(bioinformatics) 발전과 함께 진화했으나, 다양한 RNA-seq 기법 및 생물정보학에 대한 전반적인 이해 없이는 RNA-seq의 복잡한 데이터를 해석하여 생물학적 의미를 도출하기는 어렵다. 이와 관련하여 본 리뷰에서는 RNA-seq의 두 가지 주요 섹션을 논의하고 있다. 첫째, Standard RNA-seq과 주요하게 자주 사용되는 두 가지 RNA-seq variant method를 비교하였다. 이 비교는 어떤 RNA-seq 방법이 연구 목적에 가장 적절한지에 대한 시사점을 제공한다. 둘째, 가장 널리 사용되는 RNA-seq에서 생성된 데이터 분석; (1) 탐색적 자료 분석 및 (2) enriched pathway 분석에 대해 논의하였다. 데이터 세트의 전반적인 추세를 제공할 수 있는 주 성분 분석, Heatmap 및 Volcano plot과 같이 RNA-seq에 대해 가장 널리 사용되는 탐색적 자료 분석을 소개하였다. Enriched pathway 분석 섹션에서는 3가지 세대의 enriched pathway 분석에 대해 소개하고 각 세대가 어떤 식으로 RNA-seq 데이터 세트로부터 enriched pathway를 도출하는지를 소개하였다.

The role of RNA epigenetic modification-related genes in the immune response of cattle to mastitis induced by Staphylococcus aureus

  • Yue Xing;Yongjie Tang;Quanzhen Chen;Siqian Chen;Wenlong Li;Siyuan Mi;Ying Yu
    • Animal Bioscience
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    • 제37권7호
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    • pp.1141-1155
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    • 2024
  • Objective: RNA epigenetic modifications play an important role in regulating immune response of mammals. Bovine mastitis induced by Staphylococcus aureus (S. aureus) is a threat to the health of dairy cattle. There are numerous RNA modifications, and how these modification-associated enzymes systematically coordinate their immunomodulatory effects during bovine mastitis is not well reported. Therefore, the role of common RNA modification-related genes (RMRGs) in bovine S. aureus mastitis was investigated in this study. Methods: In total, 80 RMRGs were selected for this study. Four public RNA-seq data sets about bovine S. aureus mastitis were collected and one additional RNA-seq data set was generated by this study. Firstly, quantitative trait locus (QTL) database, transcriptome-wide association studies (TWAS) database and differential expression analyses were employed to characterize the potential functions of selected enzyme genes in bovine S. aureus mastitis. Correlation analysis and weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) were used to further investigate the relationships of RMRGs from different types at the mRNA expression level. Interference experiments targeting the m6 A demethylase FTO and utilizing public MeRIP-seq dataset from bovine Mac-T cells were used to investigate the potential interaction mechanisms among various RNA modifications. Results: Bovine QTL and TWAS database in cattle revealed associations between RMRGs and immune-related complex traits. S. aureus challenged and control groups were effectively distinguished by principal component analysis based on the expression of selected RMRGs. WGCNA and correlation analysis identified modules grouping different RMRGs, with highly correlated mRNA expression. The m6 A modification gene FTO showed significant effects on the expression of m6 A and other RMRGs (such as NSUN2, CPSF2, and METTLE), indicating complex co-expression relationships among different RNA modifications in the regulation of bovine S. aureus mastitis. Conclusion: RNA epigenetic modification genes play important immunoregulatory roles in bovine S. aureus mastitis, and there are extensive interactions of mRNA expression among different RMRGs. It is necessary to investigate the interactions between RNA modification genes regulating complex traits in the future.

창업보육서비스에 따른 입주기업의 창업보육센터 의존도에 관한 연구 (A Study on Startups' Dependence on Business Incubation Centers)

  • 박재성;리철;김재전
    • 중소기업연구
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    • 제31권2호
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    • pp.103-120
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    • 2009
  • 창업보육센터는 창업을 준비하는 예비창업자 및 신규 창업자에게 사업을 영위하는데 필요한 자원 및 서비스를 제공하고, 사업을 수행하는 과정에서 발생되는 다양한 문제의 해결에 도움을 주고 있다. 그러나 이러한 지원은 상황에 따라 기업의 자생력을 높이기보다는 창업보육센터에 대한 의존도를 높이는 경향이 있다. 본 연구는 창업보육서비스를 제공형태에 따라 인프라 지원, 네트워크 연계 지원, 직접 지원으로 분류한 후에 이들 서비스의 제공이 입주기업의 창업보육센터 의존도에 미치는 영향관계를 살펴보고, 아울러 입주기간에 따른 조절효과를 살펴보았다. 연구결과 세 가지 보육서비스 모두 의존도에 영향을 미치는 것으로 파악되었으며, 입주기간에 따른 조절효과는 기간이 늘어날수록 네트워크 연계 지원서비스에 정의 효과가 있는 반면 직접 지원서비스는 부의 효과가 있는 것으로 파악되었다. 이러한 결과는 입주기간이 늘어감에 따라 직접 지원서비스의 경우에는 입주기업이 센터의 자원을 흡수하여 기업의 역량으로 만들어 가지만, 네트워크 연계 지원서비스는 기업의 센터에 대한 의존도를 높이고 있다는 것을 보여준다. 따라서 신생기업이 자생력을 갖기 위해서는 보육서비스를 보육기간에 따라 차별적으로 제공해야 한다는 시사점을 제시하고 있다.

사용자환경의 메타포가 스마트폰 애플리케이션 사용의도에 미치는 영향 (The Effects of Metaphors in the Interface of Smartphone Applications on Users' Intention to Use)

  • 정원진;홍석기
    • Asia pacific journal of information systems
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    • 제24권3호
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    • pp.255-279
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    • 2014
  • It is not too much to say that smartphones have become an essential part of our lives due to their versatility. Nevertheless, they still have less overall capabilities than their desktop counterparts. Specifically, they have small screens and low resolutions, which make their applications difficult to have a usable interface. To account for these limitations, the interface of smartphone applications should be designed carefully and properly. Good interface design to any application is critical. However, a comprehensive information systems (IS) literature review found that there has been little research on the user interface design of smartphone applications. More specifically, there has been little empirical evidence and understanding about how metaphors, an imaginative way of describing objects and concepts, in the user interface of smartphone applications affect users' intention to use the applications. Thereby, the research goals of this study are to examine 1) the effects of the metaphors in the user interface of smartphone applications on the interaction between users and applications and 2) the effects of mediating variables including the interaction between users and applications, users' beliefs and attitudes, on users' intention to use the applications. A survey was conducted to collect data. University students and practitioners participated in the survey. A 24-item questionnaire was developed on a 5-point Likert-type scale. The measurement items were mostly adapted from the previous studies in the IS literature and modified to fit the context of this study. First, a principal component factor analysis was performed to explore the inter-relationships among a set of variables. The analysis showed that most of the items loaded quite strongly on the six components. The analysis also revealed the six components with eigenvalues exceeding 1, explaining a total of 70.7 per cent of the variance. The reliabilities of the items were also checked. Most Cronbach alpha values were above 0.8, so the scales were considered reliable. In sum, the results of the analysis support the decision to retain the six factors for further investigation. Next, the structural model was analyzed with AMOS structural equation modeling. The values of GFI, AGFI, NFI, TLI, CFI, and RMSEA were checked. The values showed that the research model considerably have a good fit in general. Next, the convergent and discriminant validities of all constructs were examined. The values for the standardized regression weights and critical ration (CR) indicated sufficient convergent validity for all constructs. In addition, the square root of the average variance extracted (AVE) of each construct was compared with its correlations with all other constructs. The results supported discriminant validity for all constructs. In sum, the results of analysis demonstrated adequate convergent and discriminant validities for all constructs. Finally, path coefficients between the variables were examined. Methphor was found to have an impact on interaction (${\beta}$ = .457, p = .000). There were also significant effects of the interaction on perceived usefulness (${\beta}$ = .273, p = .000) and ease of use (${\beta}$ = .405, p = .000). User attitude was significantly influenced by these two beliefs, perceived usefulness (${\beta}$ = .386, p = .000) and ease of use (${\beta}$ = .347, p = .000) respectively. Further, the results of analysis found that users' intention to use smartphone applications was significantly influenced by user attitude (${\beta}$ = .567, p = .000). Based upon the analyses, all hypotheses were supported. This study found that the metaphors used in the interface of smartphone applications affect not only the interaction between users and applications, but also users' intention to use the applications through the mediating variables, perceived usefulness and ease of use. These findings imply that if the metaphors used in the user interface of application are easy enough to understand for smartphone users, then the application can be perceived useful and easy to use, which in turn make users to have an intention to use the application. In conclusion, this study contributed not only to validate and extend Technology Acceptance Model (TAM) partially, but also to develop the construct of metaphor in smartphone settings. However, since a single empirical study cannot be enough to validate the findings, some limitations should be considered.

대형 배양장치에서 기능그룹에 기초한 식물플랑크톤 천이 특성 (Characteristics of Phytoplankton Succession Based on the Functional Group in the Enclosed Culture System)

  • 이경락;노성유;이재윤;윤성애;이재학;신유나;이수웅;류덕희;이재관
    • 생태와환경
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    • 제50권4호
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    • pp.441-451
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    • 2017
  • 2016년 8월 19일부터 12월 31일까지 현장원수와 퇴적물이 주입된 현장 배양장치 실험을 통해 환경요인의 영향에 따른 식물플랑크톤 기능그룹(phytoplankton functional group, PFG)의 천이 특성을 연구하였다. 본 연구에서 확인된 식물플랑크톤은 총 27속 50종이었으며, 분류군별로는 녹조류 30종, 규조류 11종, 남조류 7종, 편모조류 2종으로 나타났다. 실험구에서 총 25속 47종(녹조류 30종, 규조류 9종, 남조류 6종, 편모조류 2종), 대조구에서 총 23속 45종(녹조류 26종, 규조류 10종, 남조류 7종, 편모조류 2종)의 식물플랑크톤이 각각 확인되었다. 식물플랑크톤 기능그룹(PFG)은 총 19개(B, C, D, F, G, H1, J, K, Lo, M, MP, N, P, S1, $T_B$, $W_0$, X1, X2, Y)로 확인되었으며, 실험구와 대조구에서는 H1을 제외하고 18개의 PFG가 모두 출현하였다. 생체 부피(biovolume)에 기초했을 때 $W_0$, J 및 M 그룹은 원수만 주입된 대조구와 비교하여 원수와 퇴적물이 주입된 실험구에서 영양염의 내부순환(internal cycling)의 영향으로 더 높은 생체부피를 보이면서 뚜렷한 천이 양상을 나타내었다. PCA 분석 결과에 기초할 때 PFG의 천이 양상은 영양염, 수온 및 조도 등의 주요 환경인자들과의 상관성에 따라 뚜렷한 차이를 나타내었다. 결론적으로 본 연구에서 PFG를 적용하여 주어진 환경조건에서 식물플랑크톤 적응 및 천이(성장) 특성을 확인할 수 있었으며, PFG는 향후 국내 수계의 식물플랑크톤 천이를 이해하기 위한 새로운 방법이 될 수 있을 것으로 생각된다.

경남지역 밭 토양 지형이 미생물 군집에 미치는 영향 (Impacts of Topography on Microbial Community from Upland Soils in Gyeongnam Province)

  • 이영한;하상건
    • 한국토양비료학회지
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    • 제44권3호
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    • pp.485-491
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    • 2011
  • 경남지역 밭 토양 25개소를 대상으로 2009년에 미생물 세포벽 지방산 함량을 분석하여 미생물 다양성을 지형, 토성 및 작물별 주요 변동요인을 주성분분석으로 해석하였다. 총 세균 함량은 산록경사지가 $143nmol\;g^{-1}$으로 곡간 및 선상지 $75nmol\;g^{-1}$에 비해 1.9배, 구릉지 $49nmol\;g^{-1}$와 하성평탄지 $44nmol\;g^{-1}$ 보다 3배 정도 높았다 (p<0.05). 토성에 따른 곰팡이 함량은 사양토에서 51$nmol\;g^{-1}$으로 미사질양토 $21nmol\;g^{-1}$에 비해 유의적으로 높았다 (p<0.05). 불포화지방산과 포화지방산의 비율은 산록경사지에서 0.85로 곡간 및 선상지 0.66 보다 유의적으로 높았으며 (p<0.05) 하성평탄지가 0.79, 구릉지가 0.68을 나타냈다. 밭 토양 평균 미생물 군집은 총 세균이 30.3%, 곰팡이 17.4%, 그람음성 세균은 13.7%, 그람양성 세균은 13.8%, 내생균근균 2.7%, 방선균 1.9%의 비율이었다. 산록경사지에서 총 세균 군집은 32.8%로 가장 높았으며 곡간 및 선상지 29.8% 및 하성 평탄지 29.5%에 비해 유의적인 차이가 있었으며 (p<0.05) 내생균근균 군집도 5.3%로 하성평탄지 3.0%, 구릉지 2.5%, 곡간 및 선상지 2.1%에 비해 유의적으로 높았다 (p<0.05). 그러나 곰팡이 군집은 13.4%로 하성평탄지 18.6%, 곡간 및 선상지 18.2%, 구릉지 16.9%에 비해 유의적으로 낮았다 (p<0.05). 미사질양토는 방선균 군집이 2.2%로 사양토 1.8%에 비해 유의적으로 높았으며 (p<0.05) 곰팡이 군집은 사양토에서 20.4%로 양토 16.4%와 미사질양토 15.4%에 비해 유의적으로 높았다 (p<0.05). 작물에 따라 방선균 군집은 콩에서 2.2%로 감자 1.6%에 비해 유의적으로 높았으나 (p<0.05) 다른 미생물 군집은 유의적인 차이가 없었다. 주성분 분석결과 제1주성분이 42.1%, 제2주성분이 23.5%로서 전체 65.6%의 자료를 설명할 수 있는 것으로 나타났다. 제1주성분은 그람음성 세균 군집이 가장 크게 기여하였으며 내생균근균, 그람음성 세균과 그람양성 세균 비율 순으로 정의 기여를 하는것으로 나타났다.

한국판 역학연구 우울척도 개정판(K-CESD-R)의 표준화 연구 (Validation of the Korean version of Center for Epidemiologic Studies Depression Scale-Revised(K-CESD-R))

  • 이산;오승택;류소연;전진용;이건석;이은;박진영;이상욱;최원정
    • 정신신체의학
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    • 제24권1호
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    • pp.83-93
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    • 2016
  • 연구목적 역학연구 우울척도 개정판은 우울 증상을 평가하는 데에 유용성이 입증된 척도로 알려져 있으며 '정신장애의 진단 및 통계 편람 제4판(DSM-IV)'에 기술되어 있는 주요우울장애의 주요한 우울 증상들을 포괄하고 있다. 이 연구에서는 한국판 역학연구 우울척도 개정판을 제작하여 척도의 신뢰도, 타당도와 특성을 평가하고자 하였다. 방 법 DSM-IV의 진단기준에 근거한 MINI를 사용하여 주요우울증, 기분부전증, 달리 분류되지 않는 우울장애로 진단된 48명의 환자군과 48명의 정상 대조군이 연구에 참여하였다. 연구 참여자들은 한국판 역학연구 우울척도 개정판, 몽고메리-아스버그 우울증 평가척도, 우울증 선별척도, 단축형 우울증상 평가 척도, 상태-특성 불안척도를 포함한 척도검사를 시행하여 교차 검증하였다. Cronbach's alpha 계수, Pearson 상관계수, 주성분 분석, Receiver Operating Characteristic(ROC) 곡선, 최적 절단점 산출을 위한 통계분석을 시행하였다. 결 과 한국판 역학연구 우울척도의 Cronbach's alpha 계수는 0.98이었으며, 한국판 역학연구 우울척도 개정판의 총점은 본 연구에서 시행하였던 다른 우울 및 불안척도의 점수와 높은 상관 관계를 보였다. 주성분 분석에서는 두 요인이 전체 분산의 76.29%를 설명하였으며, ROC 곡선을 이용하였을 때, 한국판 역학연구 우울척도 개정판의 최적 절단점은 13점이었다. 결 론 본 연구는 한국판 역학연구 우울척도 개정판의 표준화를 위한 첫 번째 연구로, 한국판 역학연구 우울척도는 우울 증상을 평가하는데 있어 신뢰성 있고, 타당한 척도임을 밝혔다. 또한 이 척도가 진료 및 역학 연구에서 유용한 선별검사 도구로 사용될 수 있을 것으로 기대한다.

텍스트마이닝을 활용한 공개데이터 기반 기업 및 산업 토픽추이분석 모델 제안 (Development of Topic Trend Analysis Model for Industrial Intelligence using Public Data)

  • 박선영;이진무;김유일;서진이
    • 기술혁신연구
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    • 제26권4호
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    • pp.199-232
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    • 2018
  • 빅데이터 분석을 통한 기업 경영환경에 대한 이해와 통찰을 구하고자 하는 요구가 산업 및 기업 경영 전반에 증가하고 있다. 이러한 사회적 요구에 따라 산업의 이해와 기업 경영의 이해를 위하여 기업의 경영실적 및 향후 계획을 포괄적으로 담고 있는 기업공시정보를 활용한 연구가 주목을 받고 있다. 이러한 기업공시정보는 대표적인 비정형 데이터로써 텍스트마이닝 방법론을 적용하여 그 범위와 수준에 대한 다양한 접근을 통하여 산업 수준 및 기업 수준에서 다양한 활용이 가능하다. 그러나 아직은 이러한 기업공시자료를 활용한 산업 및 기업 레벨에서 적용가능한 수준의 분석모델이 부족한 것으로 파악된다. 따라서 본 연구에서는 실제 활용 가능한 공개데이터를 활용한 산업 및 기업 수준의 분석모델을 제안하고자 한다. 미국상장기업의 공시자료인 미국 SEC EDGAR 자료를 기반으로 텍스트마이닝 알고리즘을 적용하여 산업 및 기업 수준의 경영주제(토픽)에 대한 추이분석이 가능한 모델을 제안하고자한다. SEC EDGAR의 10-K 문서를 대상으로 LDA 토픽 모델링을 통하여 산업 수준에서 전체 산업의 주제분야 분류를 파악하였고, 산업간 비교 측면에서 소프트웨어 산업과 하드웨어 산업 분야의 사례를 통해 최근 20년간의 토픽추이를 비교분석 하였다. 또한 최근 20년간의 기업의 경영주제 변화를 소프트웨어 산업에 속한 2개 기업을 중심으로 살펴보았다. 이를 통해 산업 및 기업 수준에서의 경영주제의 추이 변화를 파악하여 쇠퇴 및 성장 추세에 있는 경영주제를 확인 할 수 있었다. 한편 word2vec 워드 임베딩 모델과 주성분분석을 통한 차원 축약을 통해 소프트웨어 산업분야의 기업 및 특정 제품(혹은 서비스)에 대한 매핑을 통해 유사한 경영주제(토픽)를 가지는 기업 및 제품(서비스)을 사례를 통해 파악하였으며, 이를 시간적 흐름에 따른 변화 양상도 관찰할 수 있었다. 본 연구의 목적이 공개데이터를 활용한 산업 및 기업 수준의 분석모델을 개발하기 위한 방법론을 제안한 측면에서, 해외 데이터를 사용하여 산업의 경영주제 변화 추이, 기업의 경영주제 변화 추이를 거시적으로 조망할 수 있는 실무적인 방법론의 제안에서 의의가 있을 수 있다. 한편 기업의 기술경영전략 측면에서 기업의 경영토픽의 잦은 변화, 경영주제의 변화의 속도 등 다양한 변화 양상의 차이에 따른 기업의 매출 등의 경영성과와의 연관성 분석, 실제 기업의 제품포트폴리오의 구성에 따른 기업 간의 경쟁상황 등을 파악하는 미시적 모델 제안을 위한 추가 연구가 요구된다.