• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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• pp.147-150
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• 2005

Proper PCR primer design determines the success or failure of Polymerase Chain Reaction (PCR) reactions. In this project, we develop GENE-PRIMER, a genomes specific PCR primer design program that is amenable to a genome-wide scale. To achieve this, we incorporated various parameters with biological significance into our program, namely, primer length, melting temperature of primers Tm, guanine/cytosine (GC) content of primer, homopolymeric runs in primer and self-hybridization tendency of primer. In addition, BLAST algorithm is utilized for the purpose of primer specificity check. In summary, selected primers adhered to both physico-chemical criteria and also display specificity to intended binding site in the genome.

• 대한의생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.390-397
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• 2018

For the specific detection of human Parvovirus B19 (HuPaV-B19), we designed ten specific PCR primers from 3,800~4,500 nucleotides of HuPaV-B19 complete genome (NC_000883.2). Seventeen candidate PCR primer sets for specific detecting HuPaV-B19 were constructed. In specific reaction of HuPaV-B19, seventeen PCR primer sets showed specific band, however five PCR primer sets were selected basis of band intensity, amplicon size and location. In non-specific reaction with seven reference viruses, four PCR primer sets showed non-specific band, however one PCR primer set is not. Detection sensitivity of final selective PCR primer set was $100fg/{\mu}L$ for 112 minute, and PCR amplicon is 539 base pairs (bp). In addition, nested PCR primer set was developed, for detection HuPaV-B19 from a low concentration of contaminated samples. Selection of nested PCR primer set was basis of sensitivity and groundwater sample tests. Detection sensitivity of final selective PCR and nested PCR primer sets for the detection of HuPaV-B19 were $100fg/{\mu}L$ and $100ag/{\mu}L$ basis of HuPaV-B19 plasmid, it was able to rapid and highly sensitive detection of HuPaV-B19 than previous reports. We expect developed PCR primer set in this study will used for detection of HuPaV-B19 in various samples.

• KSBB Journal
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• 제22권5호
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• pp.362-365
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• 2007

Cyanobacterial A-domain의 A3 motif와 A7 motif의 높은 진화론적 보존성에 의거해서 Non-ribosomal peitides를 생산하는 시아노박테리아를 Screening할 수 있는 degenerated primer를 만들 수 있었다. Degenerate primer서열의 종류는 가능하면 1,000개 정도까지를 기준으로 만드는 것이 좋다. Primer의 종류가 너무 많으면 primer 1종류 당 mol수가 적게 되어 특이성도 저하된다. 그러므로 Primer의 종류가 많을 경우는 inosin을 N (4종류의 염기) 부분에 이용하면 어느 염기에도 강하게 결합하지 않고 두 가닥 DNA 형성을 저해하지도 않으므로 degeneration을 줄이는데 도움이 된다. Degenerate primer의 annealing 온도는 primer에 포함되어있는 서열 중 가장 낮은 Tm을 기준으로 한다. 이번 연구처럼 N (ACGT) 대신에 Inosin을 이용하였을 때에는 Inosin이 Tm을 높게 하지 않고 Tm을 낮게 하지도 않으므로 Tm 계산시 고려하지 않아도 되었다. PCR 효율이 떨어질 우려가 있으므로 충분한 Tm값 (대개 $45\sim60^{\circ}C$ 이상)을 갖는 서열을 디자인하여 primer로 PCR하는 것이 좋지만, A3/A7 degenerate prime에서는 실험에 의해 40$^{\circ}C$로 annealing 온도가 (Tm) 다소 낮게 설정되었다. 그러므로 검출되지 않은 NRPS gene을 가진 균주와 CBT635, CBT654와 같이 약한 PCR band의 형성은 새로 제작된 primer의 낮은 Tm 기인한다고 생각되어진다. Tm의 이론적인 값은 Tm ={(G+C)*4+(A+T)*2}의 식을 통해서 정방향 primer에서 54$^{\circ}C$ 역방향 primer에서 42$^{\circ}C$로 계산되었다. 새로운 degenerate primer에 의해서 MTF2/MTR2로 검출되지 않는 6개의 균주가 더 검출되었으며, A3/A7과 MTF2/MTR2를 이용한 통합 PCR Screening을 통해서 NRPS gene 검출에 특이성과 효율성을 높일 수 있다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권2호
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• pp.67-72
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• 2003

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA 조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA pattern을 이용하여 리스테리아 모노사이토제네스를 분류할 수 있다. 리스테리아균들을 효과적으로 RAPD typing 할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 리스테리아 표준균주 13종을 대상으로 총 31가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 6가지 primer(primer 6, HLWL74, UBC155, UBC127, Lis5, Lis11)가 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 리스테리아의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다.

• 대한조선학회논문집
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• 제47권5호
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• pp.743-749
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• 2010

Multi-nozzle spray painting procedure of the inorganic zinc shop primer was established in order to obtain uniform film thickness. The shop primer paint prevents the corrosion of steel block during shipbuilding. When the dry film thickness of shop primer is insufficient, rust will be generated on the steel block. Otherwise, thick coating of shop primer may be a problem of weld defect. So, it is important to obtain the uniform film thickness of shop primer. The uniformity of dry film thickness is affected by spray speed, distance from spray gun to target surface and overlapping span of spray path. In order to uniformly maintain coating thickness of shop primer, the coating procedure was established based on the correlation of shop primer spray variables.

• 대한치과교정학회지
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• 제32권4호
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• pp.293-300
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• 2002

본 연구의 목적은 산부식된 법랑질에 수분이나 타액이 오염되어도 적절한 접착력을 얻을 수 있다고 소개된 교정용 친수성 프라이머를 이용한 교정용 브라켓 접착시 타액 오염 정도에 따른 전단결합강도와 접착 파절 양상을 기존의 소수성 프라이머와 비교함으로써 임상적 유용성을 평가하는 것이다. 사람의 소구치를 강철 원통에 교정용 레진으로 포매하여 만든 시편에 기존의 소수성인 Transbond XT primer와 친수성인 Transbond MIP primer각각에 대하여 광중합형 접착 레진으로 브라켓을 접착시, 인공 타액을 이용한 오염정도에 따른 전단결합강도를 만능시험기로 측정하고, 접착 파절 양상을 stereomicroscope로 관찰하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 건조 상태에서 Transbond XT primer와 Transbond MIP primer의 전단결합강도는 유의한 차이가 없었다. 2. 타액 오염시 그 정도에 상관없이 Transbond MIP primer는 Transbond XT primer에 비해 유의하게 높은 전단결합 강도를 나타냈다(p<0.001). 3. Transbond MIP primer는 한 겹의 타액 오염시 건조 상태와 전단결합강도의 유의한 차이가 없었으나, 두 겹의 타액 오염시에는 유의하게 낮은 결합강도를 나타냈다(p<0.01). 4. 접착 파절 형태는 타액 오염의 정도에 따라 평균 접착제 잔류 지수가 낮아지는 경향을 나타냈다. Transbond MIP primer는 타액 오염시에도 반 이상이 브라켓-레진 계면에서의 파절을 보였으나, Transbond XT primer는 타액 오염시 대부분의 경우 레진-법랑질 계면에서의 파절을 나타냈다. 이상의 실험 결과, 교정용 친수성인 Transbond MIP primer는 수분 조절이 어려운 임상 상황에서 적절한 결합강도를 얻을 수 있는 좋은 방법으로 생각된다.

• 대한치과교정학회지
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• 제34권4호
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• pp.325-332
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• 2004

본 연구의 목적은 산부식과 전처리 과정을 결합하여 접착 단계를 단순화시킨 self-etching primer의 임상적인 유용성 을 판단하고자, self-etching primer로 브라켓을 접착하는 방법과 기존의 $37\%$ 인산으로 부식하여 접착하는 방법을 사용하여, 광중합시 사용되는 광원 및 브라켓 종류에 따른 전단결합강도와 접착파절양상에 관하여 비교 연구하는 것이다. 사람의 상하악 소구치를 포매하여 만든 시편을 부식 및 전처리 방법에 따라 각각 $37\%$ 인산으로 산부식 후 Transbond XT primer를 사용하여 접착한 군과 Transbond Plus self-etching primer를 사용하여 접착한 군으로, 광원 종류에 따라 가시광선과 plasma arc light을 이용하여 중합한 군으로 나누었고, 브라켓 종류에 따라 금속브라켓과 세라믹 브라켓을 사용하여 접착한 군으로 분류하여 각 군간의 전단결합강도와 접착파절양상을 관찰하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 광원과 브라켓 종류가 동일한 조건일 때, self-etching primer를 사용하여 접착한 군과 XT primer를 사용하여 접착한 군간의 전단결합강도는 통계적으로 유의한 차가 없었다. 2. 금속브라켓을 접착한 경우, 광원과 부식 및 전처리 방법에 따른 전단결합강도는 통계적으로 유의한 차가 없었다. 3. Self-etching primer와 XT primer를 사용하여 접착한 군 모두에서 세라믹 브라켓을 사용하여 접착한 군의 전단결합 강도는 금속브라켓을 사용하여 접착한 군보다 통계적으로 유의하게 컸다(p<0.001). 4. 접착제 잔류지수는 self-etching primer를 사용하여 접착한 군과 XT primer를 사용하여 접착한 군에서 통계적인 유의한 차가 없었으며, 세라믹 브라켓을 사용하여 접착한 군에서 금속브라켓을 사용하여 접착한 군보다 유의하게 커서, 법랑질-레진 접착 계면 부위의 파절이 더 많은 것으로 나타났다. 이상의 결과로 미루어 보아 Transbond Plus self-etching primer를 사용하여 브라켓을 접착하는 것은 적절한 결합강도를 얻으면서도 사용이 간편하고 시술 시간을 단축시킬 수 있으므로 임상적으로 유용할 것으로 판단된다.

• 대한치과교정학회지
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• 제37권4호
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• pp.283-292
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• 2007

새로운 접착 시스템의 개발로 브라켓의 접착 과정이 단순화되고 있는 추세이다. 본 연구에서는 통상적인 산 부식 방법과 더불어 수종의 교정용 및 수복용 self etching primer를 이용하여 브라켓을 접착한 후 전단결합강도를 측정하고 접착 파절 양상을 비교함으로써 self etching primer 유용성을 평가하였다. 교정 치료를 위해 발거한 상, 하악 소구치 75개를 레진 블록에 매몰하여 시편을 제작하였고, 산 부식이 필요한 Transbond XT primer와, 4종의 self etching primer (Transbond Plus Self Etching Primer, Unifill Bond, Clearfil SE bond, Adhese)를 각각 이용하여 브라켓을 접착한 후, 만능시험기로 전단결합강도를 측정하고, 브라켓 기저면을 광학현미경으로 관찰하여 접착 파절 양상을 관찰하였다. 접착제 잔류지수를 비교한 결과, 통계적으로 유의한 차이는 없었으나, 인산 처리군이 self etching primer 처리군에서 보다 낮은 값을 보여, self etching primer 처리군이 인산 처리군 보다 법랑질-레진 접착계면 부위에서의 파절이 많이 일어나는 경향이 있었음을 알 수 있었다. Self etching primer 처리군에서의 전단결합강도는 37% 인산 처리군의 전단결합강도보다 낮았지만(p < 0.05), 임상적으로 유용한 수준 이상이었으며, self etching primer 처리군 내에서 각각의 전단결합강도는 유의한 차이를 보이지 않았다 (p > 0.05). 따라서 self etching primer를 이용할 경우, 기존의 산 부식법에 비하여 다소 낮은 전단결합강도를 보이지만 임상적으로 충분히 사용 가능하다고 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제44권2호
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• pp.164-167
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• 2008

PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)를 가진 primer의 후보 리스트를 vector 서열이나 특정 미생물 염색체 서열에서 검색할 수 있는 프로그램인 RCA-mer를 개발하였다. RCA-mer는 사용자의 염기서열을 입력으로 받아 이 서열을 대상으로 특정 길이의 N-mer에 대한 존재 유무에 대한 리스트의 후브를 웹으로 보여주는 기능을 가지고 있다. 또한 서로 다른 두 개의 염기서열들에 대해 N-mer가 공통으로 존재하는지, 한쪽 서열에만 존재하는지 확인할 수 있는 기능을 가지도록 개발하였다. 사용자는 선발된 primer 후보들로 부터 적절한 N-mer 서열을 선택하여 실제 RCA를 이용한 실험 곧바로 응용할 수 있도록 후보 primer를 선별하여 사용할 수 있도록 하였다.

• 한국한의학연구원논문집
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• 제13권1호통권19호
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• pp.147-152
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• 2007

As a result to amplifying 12 samples of 'Sok-dan' through an random amplified polymorphic DNA (RAPD) method using eighteen DEC and URP primers, distinct band forms enabling discrimination of Phlomus umbrosa and Dipsacus asperoides were observable in the UBC 320 primer, UBC 367 primer, UBC 385 primer, UBC 414 primer, UBC 423 primer, URP 3 primer, URP 5 primer and URP 9 primer. The polymorph result amplified with a random primer was evaluated through Gelcompar II, showing a result dividable into two groups. The divided groups were the dried sample group of Dipsacus asperoides and the group of Phlomis umbrosa. In order to recognize the distinction between Dipsaci Radix types, the genetic variation of 'Sok-dan' produced domestically and imported was evaluated through RAPD, and the potential to distinguish these in forms of dried medicine was identified, presenting a method to authentification of Phlomis umbrosa and Dispacus asperoides.