• 생명과학회지
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• 제26권4호
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• pp.406-413
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• 2016

전복은 전복속(Haliotis)에 속하며 전 세계적으로 식품산업에서 중요한 복족류 연체동물이다. 우리나라에는 6개종; 북방전복(Haliotis discus hannai), 둥근전복(Haliotis discus discus), 왕전복(Haliotis madaka), 말전복(Haliotis gigantea), 오분자기(Haliotis diversicolor diversicolor), 마대오분자기(Haliotis diversicolor supertexta)가 보고되어 있다. 이 연구에서는 우리나라 해역에 서식하는 중ㆍ대형 전복과 4종인 북방전복, 둥근전복, 왕전복, 말전복의 유전학적 유연관계를 분석하기 위하여 미토콘드리아의 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자와 Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) 분석법을 실시 하였다. 본 연구의 결과 COI 유전자 분석과 RAPD 분석을 활용하면 4종의 전복 중 북방전복, 둥근전복, 왕전복을 한 그룹으로 나머지 한 그룹을 말전복으로 구분하는 종 분류는 명확히 구분할 수 있었다. 이러한 결과는 전복 교잡육종을 이용한 수출용 전복 신종자 개발에 있어 주요 대상종인 전복과 4종에 대한 유전적 근연 관계를 규정함으로써 향후 교잡육종 연구의 기초 자료를 제공할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권3호
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• pp.341-354
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• 2005

For the genetic assessment of the cattle breeds including Hanwoo, eleven microsatellite markers on ten bovine autosomes were genetically characterized for 618 individuals of nineteen cattle breeds; North Eastern Asian breeds (Korean cattle, Korean Black cattle, Japanese Black cattle, Japanese Brown cattle, Yanbian cattle), Chinese yellow cattle (Luxi cattle, Nanyang cattle), European Bas taurus (Angus, Hereford, Charolais, Holstein, Limousin), African Bas taurus (N'Dama, Baoule), African Bas indicus (Kavirondo Zebu, White Fulani), Asian Bas indicus (Sahiwal, Nelore) and one Bali cattle, Bas banteng as an outbreed-reference population. Allele frequencies derived from the genotyping data were used in estimating heterozygosities, gene diversities and genetic distances. The microsatellite loci were highly polymorphic, with a total of 162 different alleles observed across all loci. Variability in allele numbers and frequencies was observed among the breeds. The average expected heterozygosity of North Eastern Asian breeds was higher than those of European and African taurines, but lower than those of Asian and African indicines. Genetic distances were estimated using Nei's DA genetic distance and the resultant DA matrix was used in the construction of the phylogenetic trees. The genetic distances between North Eastern Asian cattle breeds and Bas indicus were similar with those between European Bas taurus and Bas indicus, and African Bas taurus and Bas indicus, respectively. The clusters were clearly classified into North Eastern Asian, European and African taurines groups as well as different cluster with Chinese mainland breeds, firstly out-grouping with Bas indicus. These results suggest that Korean cattle, Hanwoo, had not been originated from a crossbred between Bas primigenius in Europe and Bas indicus in India and North Eastern Asian Bas taurus may be have separate domestication from European and African Bas taurus.

• 한국가금학회지
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• 제36권4호
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• pp.323-328
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• 2009

닭의 품종 기원을 결정하거나 유전적 변이의 정도를 확인 하는데 미토콘드리아 DNA D-loop 염기서열을 이용하여 오고 있다. 본 연구는 한국재래계 갈색종과 흑색종, 로드아일랜드레드종, 코니쉬종의 4품종 41개체의 염기서열을 분석함으로 품종간의 유전적 연관관계를 확인하였다. 그 결과 총 10개의 haplotype를 확인할 수 있었으며, haplotype 1과 2는 가장 많은 수인 8개체씩이 포함되었다. 계통도 분석을 통해 한국재래계 흑색종과 갈색종은 haplotype 2를 모두 가지고 있는 것으로 확인되었으며, 이 haplotype은 적색야계와 유전적으로 가깝게 위치한 것을 알 수 있었다. 본 연구를 통해 D-loop 염기서열 변이가 품종 판별 마커로 이용 가능성이 있는지 확인하였다. 그 결과 여러 단일염기다형 마커의 조합으로 품종의 구분이 가능할 것으로 추정되며, 앞으로 더 많은 연구가 진행되어야 할 것으로 생각된다. 이 연구의 결과는 한국재래계의 보존 및 육종계획 수립과 더불어 품종판별 마커의 개발의 기초 자료를 제공할 것으로 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권5호
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• pp.1087-1093
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• 2005

The population diversity and seasonal changes of bacterial communities in rice soils were monitored using both culture-dependent approaches and molecular methods. The rice field plot consisted of twelve subplots planted with two genetically-modified (GM) rice and two non-GM rice plants in three replicates. The DGGE analysis revealed that the bacterial community structures of the twelve subplot soils were quite similar to each other in a given month, indicating that there were no significant differences in the structure of the soil microbial populations between GM rice and non-GM rice during the experiment. However, the DGGE profiles of June soil after a sudden flooding were quite different from those of the other months. The June profiles exhibited a few intense DNA bands, compared with the others, indicating that flooding of rice field stimulated selective growth of some indigenous microorganisms. Phylogenetic analysis of l6S rDNA sequences from cultivated isolates showed that, while the isolates obtained from April soil before flooding were relatively evenly distributed among diverse genera such as Arthrobacter, Streptomyces, Terrabacter, and Bacillus/Paenibacillus, those from June soil after flooding mostly belonged to the Arthrobacter species. Phylogenetic analysis of 16S rDNA sequences obtained from the soil by cloning showed that April, August, and October had more diverse microorganisms than June. The results of this study indicated that flooding of rice fields gave a significant impact on the indigenous microbial community structure; however, the initial structure was gradually recovered over time after a sudden flooding.

• 식물병연구
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• 제26권2호
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• pp.79-87
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• 2020

Fusarium oxysporum f. sp. fragariae (Fof) 에 의한 딸기 시들음병은 국내 딸기재배에서 가장 중요한 병해 중 하나이다. 국내 발생하는 Fof의 특성을 분석하고자 시들음병균의 유전적 다양성, 병원성과 살균제 반응을 조사하였다. 분리균은 Fo080701를 제외한 모든 균주에서 Fof 특이적 primer에 증폭되었다. 분리균의 nuclear ribosomal intergenic spacer region과 EF-1α sequences 분석 결과 3개의 lineage를 형성하였다. 대부분의 분리균은 lineage 1에 속하였으며 lineage 3에 3개 균주와 lineage 2에 1개 균주가 포함되었다. 분리된 모든 균주는 설향품종에 병원성을 보였다. Prochloraz는 DNA lineage 2에 속하는 Fo080701균주를 제외하곤 시들음병균의 EC₅₀값이 0.02-0.1 ㎍/ml로 낮은 농도에서 효과적으로 균사 생장을 억제하였다. Metconazole의 EC₅₀값도 0.04-0.22 ㎍/ml로 prochloraz와 비슷한 억제 효과를 보였다. Pyraclostrobin의 EC₅₀값은 0.23-168.01 ㎍/ml로 균주에 따라 차이가 컸다. 딸기 재배포장에서 boscalid+fludioxonil, fluxapyroxad+pyraclostrobin, prochloraz manganese이 딸기 시들음병 방제에 효과적이었다.

• 대한바이러스학회지
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• 제26권1호
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• pp.9-22
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• 1996

Respiratory Syncytial virus (RSV) is an important cause of acute lower respiratory tract infections in human, with infants and young children being particularly susceptible. In the temperate zones, sharp annual outbreaks of RSV occur during the colder months, in both the northern and the southern hemisphere. RSV is unusual in that it can repeatedly reinfect individuals throughout life and infect babies in the presence of maternal antibody. RSV isolates can be divided into two subgroups, A and B, on the basis of their reactions with monoclonal antibodies, and the two subgroups are also distinct at the nucleotide sequence level. The specific diagnosis of RSV infection was best made by isolation of virus in tissue culture, identification of viral antigen, or by specific serologic procedures. Recently, rapid detection of RSV and analysis of RSV strain variation became possible by development of methods of reverse transcription and polymerase chain reaction amplification. In this study, to determine the genetic diversity of RSV found in Korea, 173 bp and 164 bp spanning selected regions of the RSV F and SH genes were enzymatically amplified and sequenced, respectively. Eight for F gene and three for SH gene were detected in 66 nasopharyngeal swap samples tested. Two major antigenic subgroups, A and B were confirmed from Korean samples (seven for subgroup A and one for subgroup B). At the nucleotide level of the F gene region, Korean subgroup A strains showed 95-99% homologies compared to the prototype A2 strain of subgroup A and 93-100% homologies among Korean subgroup A themselves. For the SH gene region, Korean subgroup A strain showed 97.5% homology compared to the prototype A2 strain of subgroup A, and Korean subgroup B strain showed 97% homology compared to the prototype 18537 strain of subgroup B. Most of base changes were transition and occured in codon position 3, which resulted in amino acid conservation. Using the maximum parsimony method, phylogenetic analysis indicated that Korean RSV strains formed a group with other RSV strains isolated from the United States, Canada, the Great Britain and Australia.

• 대한바이러스학회지
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• 제28권3호
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• pp.275-285
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• 1998

Based on the geographic range and distribution of its rodent reservoir host, the European common vole (Microtus arvalis), Tula virus is likely to be widespread throughout Eurasia. Tula virus-infected voles have been captured in Central Russia, Austria, Czech and Slovak Republics, and the former Yugoslavia. Although serologic evidence for Hantaan (HTN) or Seoul (SEO) virus infection can be found in the vast majority of the more than 300 cases of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) occurring annually in Korea, approximately 4% of Korean patients with HFRS show a more than 4-fold higher antibody titer to Puumala (PUU) virus than to HTN or SEO virus by double-sandwich IgM ELISA, suggesting the existence of pathogenic Puumala-related hantaviruses in Korea. To further define the geographic distribution and genetic diversity of Tula virus in Eurasia and to investigate the existence of previously unrecognized Microtus-borne hantavirus in Korea, arvicolid rodents were captured in Lodz, Poland in 1995 and in Yunchon-kun, Kyungki-do during April to May, 1998. In addition, sera from 18 Korean HFRS patients who showed higher (or the same) antibody titer to Tula virus than HTN and SEO viruses were examined for hantavirus RNA by RT-PCR. Hantaviral sequences were not detected in any of the 18 patients or in 35 reed voles (Microtus fortis) in Korea. Alignment and comparison of a 208-nucleotide region of the S segment, amplified from lung tissues of two hantavirus-seropositive Marvalis captured in Poland, revealed $80.8{\sim}83.2%$ sequence similarity, respectively, with Tula virus strains from Central Russia and the Czech and Slovak Republics. Phylogenetic analysis indicated that the newfound Tula virus strains from Poland were closely related to other Tula hantaviruses from Eurasia.

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.65-73
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• 2016

이 논문은 서울 한강물에서 분리한 방사선 내성 세균군집과 분리된 신종 세균의 UV 내성 특성에 관한 내용이다. 세균은 R2A agar와 1/10 R2A agar를 사용하여 3 kGy가 조사된 한강물에서 분리되었다. 그 결과 방사선에 내성을 가지는 것으로 추측되는 균주를 60주 분리하였고, 본 연구 분석 자료로 사용하였다. 16S rRNA 유전자 염기서열 분석을 통해 분리균주 60개의 계통수를 파악한 결과, 3개의 문(4개의 속)이 확인되었고, Deinococcus-Thermus (Deinococcus)가 61.7%, Firmicutes(Exiguobacterium)는 15%, Bacteroidetes (Hymenobacter, Spirosoma)는 23.4%의 비중을 나타냈다. 분리균주 중 29개 균주가 Deinococcus, Hymenobacter, Spirosoma에 속하는 신종 또는 다른 신속으로 분류될 가능성을 보였으며, 앞으로 추가적인 신종 실험이 진행될 예정이다. 그리고 신종 예상균주를 9개 선정하여 UV 내성 실험을 진행한 결과, 9개 균주 모두 D. radiodurans $R1^T$ 균주 만큼 높은 UV 내성을 가지는 것으로 나타났다. 또한 분리된 Firmicutes (Exiguobacterium) 균주는 아직까지 방사선 내성 연구 보고가 되어 있지 않아서 추가적인 방사선 내성 연구가 필요하다.

• 한국버섯학회지
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• 제7권3호
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• pp.98-104
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• 2009

인공재배된 만가닥버섯(Hypsizygus mamoreus)과 잿빛 만가닥버섯(Lyophyllum decastes)을 ITS $I{\cdot}IV$ 부위의 염기서열에 의해 종속간 유연관계 및 RAPD 다형성을 분석하였다. ITS $I{\cdot}IV$영역부위 종속간 유연관계에서 Group1 (SPA 100, 101, 102)은 만가닥버섯에 속하였으며, Group2 (11균주) 잿빛만가닥버섯의 대조 분리군 11균주는 동일한 종으로 동정되었다. ITS결과 14개 균주 시 4개 그룹으로 분류되었으며, Cluster I과 Cluster II는 58%의 유사도를 Cluster III과 Cluster IV는 41%의 유사성을 보였다. 또한 인공 재배한 잿빛만가닥버섯의 종 다양성을 분석하기위해 RAPD를 수행한 결과 가장 수량이 양호하며 우량계통인 SPA 202는 잿빛만가닥버섯인 Lyophyllum decastes SPA 203과 그룹화 되었으며 75%의 유사성을 보여주었고, Lyophyllum decastes 공시균주인 SPA 103과 SPA 104의 유사성은 65%로 나타났다.

• 한국어류학회지
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• 제33권2호
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• pp.107-116
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• 2021

우리나라에는 잉어목 Cypriniformes 종개과 Nemacheilidae에 속하는 종개속(genus Barbatula) 어류로 종개 B. toni와 대륙종개 B. nuda의 2종이 서식하는 것으로 알려져 있다. 이들은 최근 서식환경의 변화와 자연재해에 의한 인위적 도입 등으로 고유 분포역이 훼손되면서 종의 계통지리학적 경계의 붕괴가 우려되고 있다. 본 연구에서는 미토콘드리아 DNA 유전자의 Cytochrome b 염기서열에 근거한 유전자형 네트워크를 통해 유전적 다양성과, 한반도 주변의 종개속 어류를 포함한 계통 유연 관계 분석을 통해 우리나라 종개속 어류의 분자계통학적 위치를 검토하였다. 그 결과 우리나라 종개와 대륙종개에서 각각 3개와 29개의 유전자형을 획득하였으며, 종개 그룹, 한강 대륙종개 그룹, 동해 대륙종개 그룹의 3개 단계통을 확인하였다. 각 그룹 간 변이사이트는 10~24%로 높은 유전자 변이율을 보였으며, 특히 동해 대륙종개 그룹은 한강 대륙종개 그룹이나 종개 그룹뿐만 아니라 중국, 일본, 러시아, 유럽의 종들과 독립적인 클러스터를 형성하고 있어 종 수준으로 분화했을 가능성을 시사하고 있다.