• Animal Bioscience
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• 제34권4호
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• pp.525-532
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• 2021

Objective: Old World camels are a valuable genetic resource for many countries around the world due to their adaptation to the desert environment. At present, Old World camels have encountered the challenge of unprecedented loss of genetic resources. Through our research, we would reveal the population structure and genetic variation in Old World camel populations, which provides a theoretical basis for understanding the germplasm resources and origin and evolution of different Old World camel populations. Methods: In the present study, we assessed mtDNA control region sequences of 182 individuals from Old World camels to unravel genetic diversity, phylogeography, and demographic dynamics. Results: Thirty-two haplotypes confirmed by 54 polymorphic sites were identified in the 156 sequences, which included 129 domestic and 27 wild Bactrian camels. Meanwhile, 14 haplotypes were defined by 47 polymorphic sites from 26 sequences in the dromedaries. The wild Bactrian camel population showed the lowest haplotype and nucleotide diversity, while the dromedaries investigated had the highest. The phylogenetic analysis suggests that there are several shared haplotypes in different Bactrian camel populations, and that there has been genetic introgression between domestic Bactrian camels and dromedaries. In addition, positive values of Tajima's D and Fu's Fs test demonstrated a decrease in population size and/or balancing selection in the wild Bactrian camel population. In contrast, the negative values of Tajima's D and Fu's Fs test in East Asian Bactrian camel populations explained the demographic expansion and/or positive selection. Conclusion: In summary, we report novel information regarding the genetic diversity, population structure and demographic dynamics of Old World camels. The findings obtained from the present study reveal that abundant genetic diversity occurs in domestic Bactrian camel populations and dromedaries, while there are low levels of haplotype and nucleotide diversity in the wild Bactrian camel population.

• 생태와환경
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• 제53권3호
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• pp.265-274
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• 2020

보구치는 난류성으로 전 세계적으로 널리 분포하며 해양 저층에 주로 서식하는 어종이다. 광양만에 서식하는 보구치의 미토콘드리아 DNA에서 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자를 발굴하고 해양 어류종에서의 계통유전학적인 위치를 분석하였다. 발굴된 미토콘드리아 DNA 내 605 bp COI 시컨스의 다중배열 결과 광양만 보구치들에서는 높은 염기서열 상동성을 확인하였다 (98~100%). 하지만 광양만 내해와 외해의 어획지점에 따라 염기서열 변이가 다르게 나타나는 것을 확인하였다. 외해지점의 보구치들에서 COI 내 염기서열 변이가 높게 나타났다(43.2~70.3%). 나아가 13종 어류의 COI 계통유전학적 분석결과 광양만 보구치는 타이완에서 보고된 보구치와 하나의 계통군 (clade)으로 묶이고 진화적 거리는 0.036으로 나타났다. 또한 민어(M. miiuy)와 대두이석태(Pennahia Macrocephalus)에 속한 어종과 진화적 거리가 가까운 것으로 나타났다(0.041~0.048). 본 연구의 결과는 국내산 보구치의 분자 계통유전학적 정보를 제공함으로 연안환경에 따른 어류자원 모니터링 및 종다양성 관리에 주요한 유전적 자료로 활용될 것이다.

• 생명과학회지
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• 제33권7호
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• pp.565-573
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• 2023

숙주 동물과 동물의 장내 미생물의 건강 또는 생산성에 대한 연구결과를 미루어 볼 때, 가축 동물의 장내 미생물에 대한 연구는 매우 중요하다. 본 연구는 국내에서 사육되는 젖소 중 홀스타인 종과 저지종 젖소의 장내 미생물을 분석하고 차세대 염기서열 분석을 통해 젖소 종에 따른 장내 미생물 군집 구조의 차이를 규명하고자 하였다. 젖소의 원유 생산과 관련있는 것으로 알려진 종 풍부도와 종 다양성 지수 분석 결과 대부분의 풍부도 및 다양성 지수가 홀스타인 종 보다 저지 종에서 유의한 수준으로 높은 것으로 나타났으나, 종 간의 계통학적 거리를 합산하여 산출되는 phylogenetic diversity 지수는 낮은 것으로 나타났다. 미생물 분포 분석 결과 홀스타인과 저지 종의 두 집단 장내 미생물 군집 구조가 다른 것으로 나타났다. 두 종의 젖소에서 과(family) 수준의 다양한 장내 미생물간의 분포에 상관관계가 있는 것으로 나타났으며, 특히 저지 종의 장내 미생물은 다양한 미생물 분포 사이에 매우 유의한 수준의 상관관계가 있는 것으로 나타났다. 두 종의 젖소 장내 미생물 구조에 차이가 있는지 확인하기 위해 beta-diversity 분석을 수행하였으며, PCoA 분석과 UPGMA clustering 분석 결과 두 그룹의 cluster가 명확히 분리되는 것을 시각적으로 확인하였으며, PERMANOVA 분석 결과 두 종의 장내 미생물 군집 구조가 통계적으로 매우 유의한 수준의 차이가 있는 것으로 나타났다. 두 젖소 종의 장내 미생물 군집 구조 차이에 기여하는 미생물을 확인하기 위해 LEfSe 분석을 수행하였으며, 그 결과 Firmicutes, Bacilli, Moraxellaceae, Pseudomonadales 등의 상대적인 미생물 분포 차이가 두 그룹간 장내 미생물 군집 구조 차이에 가장 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다.

• Mycobiology
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• 제40권2호
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• pp.85-90
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• 2012

A species of Heterobasidion was encountered during a diversity study of endophytic fungi from healthy root tissues of chili pepper (Capsicum annuum L.) in Korea. The fungal species (CNU081069) was identified as Heterobasidion araucariae based on phylogenetic analyses of the internal transcribed spacer and translation elongation factor gene sequences. Morphological descriptions of the endophytic isolate matched well with the previous references and supported the molecular identification. The fungus Heterobasidion araucariae CNU081069 is new to Korea.

• 환경생물
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• 제35권3호
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• pp.319-328
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• 2017

The continuous exploration in deep seawater from Korea makes us lead the discovery of ancient Chlorophyta, Palmophyllum, in the Korean coast. The phylogenetic analyses of 18S rRNA and rbcL genes demonstrate that our specimens are Palmophyllum crassum (Naccari) Rabenhorst, recorded in Japan and clearly distinguished from P. umbracola from New Zealand and California, USA. Palmophyllum crassum grows in the subtidal region, 8-30 m deep, and has a crustose thallus which is closely adherent to substrates such as non-geniculate crustose coralline algae, sponge, shells, or rocks. P. crassum is composed of numerous spherical cells embedded in the gelatinous matrix. The discovery of this ancient green seaweed implies that the Korean coast is one of the hotspots of algal species diversity and has the suitable marine environment for algal speciation. We suggest the grounds to conserve the Korean coast environmentally as the biodiversity center of marine species by studying the phylogeny of seaweeds.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제12권1호
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• pp.93-103
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• 1999

Recent advances in the biotechnology of ruminal bacteria have been made in the characterization of enzymes involved in plant cell wall digestion, the exploration of mechanisms of gene transfer in ruminal bacteria, and the development of vectors. These studies have culminated in the introduction and expression of heterologous glucanase and xylanase genes and a fluoroacetate dehalogenase gene in ruminal bacteria. These recent studies show the strategy of gene and vector construction necessary for the production of genetically engineered bacteria for introduction into ruminants. Molecular research on proteolytic turnover of protein in the rumen is in its infancy, but a novel protein high in essential amino acids designed for intracellular expression in ruminal organisms provides an interesting approach for improving the amino acid profile of ruminal organisms.

• Mycobiology
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• 제45권2호
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• pp.57-63
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• 2017

The species of the genus Chlorociboria Seaver are very common on the forest floor, and can be easily distinguished by small and numerous blue-green fruitbody, especially the blue substrate dyed with xylindein produced by this group. This genus has rather high species diversity in the Southern Hemisphere, while a little attention was paid to this group in East Asia area. During a field survey in South Korea, several Chlorociboria specimens were collected. Based on morphological and phylogenetic analyses, three species of Chlorociboria were reported, including one new record in South Korea and one new record in Jeju Island. The key to the species of Chlorociboria from South Korea is provided.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2006년도 제23차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.77-79
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• 2006

한국재래오골계는 천연기념물로 등록이 되어 있어 세계의 중요한 유전자원 중 하나이다. 현재 한국에서 사육되어 있는 오골계의 유전적 특성을 규명하기 위하여 미토콘드리아 DNA의 변이를 이용하여 계통 분석을 실시하였다. 총 31 마리의 한국재래오골계가 이 분석에 이용되었으며 10개의 haplotypes이 관찰되었다. NJ 방법으로 만들어진 계통도 분석을 통하여 이미 닭에서 알려진 A부터 C의 lineage를 포함하는 것으로 보아 한국 재래오골계는 아직도 높은 유전적 다형성을 유지하고 있음을 알 수 있었다. 이 연구 결과는 한국 재래오골계의 육종 및 보존 계획을 세우는데 유용하게 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제33권4호
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• pp.256-261
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• 2017

Eucephalobus oxyuroides (de Man, 1876) Steiner, 1936 belonging to the family Cephalobidae Filpijev, 1934 (Cephalobomorpha) is newly reported from South Korea. This species is distinguished from other Eucephalobus species by its pointed tail terminus, high lips and relatively longer female tail and body. From many previous studies, intraspecific variation in this species has been reported for body length, absence/presence of probolae, and number/position of papillae in the posterior region of male, posing an obstacle for identification and phylogenetic analysis. In this study, details of the morphological characters and morphometric of E. oxyuroides Korean population are described and illustrated based on optical microscopy.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권2호
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• pp.107-112
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• 2020

A new genus Parkiana Cho, gen. nov., belonging to Torodorinae of Lecithoceridae, is described from Madagascar, with two new species: P. matutinalis Cho & Agassiz, sp. nov. and P. andasibensis Cho & Agassiz, sp. nov. Although superficially similar to Thubdora Park, 2018, some of their morphological characters, such as wing venation, are unique and the species of the genus are grouped apart from Thubdora in a preliminary phylogenetic analysis based on COI barcode sequences. In addition to the specific descriptions, adults and genitalia for the two new species are illustrated.