• Interdisciplinary Bio Central
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• 제3권3호
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• pp.12.1-12.3
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• 2011

Bioinformatics tools and databases are useful for understanding and processing various biological data. Numerous resources are being published each year. It is not a trivial task to find up-to-date relevant tools and databases. Moreover, no server is available to provide comprehensive coverage on bioinformatics resources in all biological fields. Here, we present a directory server called IntoPub that provides information on web resources. First, we downloaded XML-formatted abstracts containing web URLs from the NCBI PubMed database by using 'ESearch-EFetch' function in the NCBI E-utilities. The information is obtained from abstracts in the PubMed by extracting 'www' or 'http' prefixes. Then, we cu-rate the downloaded abstracts both in automatic and manual fashion. As of July 2011, the IntoPub database has 12,118 abstracts containing web URLs from 174 journals. Our anal-ysis shows that the number of abstracts containing web resources has increased signifi-cantly every year. The server has been tested by many biologists from several countries to get opinion on user satisfaction, usefulness, practicability, and ease of use since January 2010. In the IntoPub web server, users can easily find relevant bioinformatics resources, as compared to searching in PubMed. IntoPub will continue to update and incorporate new web resources from PubMed and other literature databases. IntoPub, available at http://into.kobic.re.kr/, is updated every day.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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• pp.841-843
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• 2003

본 논문은 PubMed를 통한 데이터 미러링 방법 및 시스템 개발에 대해 기술한다. 기존의 PubMed 데이터베이스 검색 시스템은 원격의 사용자와 network로 연결되었기 때문에 대역폭의 제한을 받으며, Web query interface를 이용하기 때문에 검색 방법이 제한적이다. 또한 Text mining과 같은 local application의 이용에는 효과적이지 못하다. 본 논문에서는 효과적인 미러링을 위한 검색어를 제안하고, network 연결 상황에서 발생할 수 있는 비정상적 종료를 극복할 수 있는 PubMedIF를 개발하였다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제12권1호
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• pp.249-256
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• 2012

ePUB은 국제전자출판포럼(IDPF)에서 2009년 표준으로 발표된 이후로 가장 널리 사용되고 있는 전자책 포맷중 하나이다. ePUB은 ZIP Archive 형식으로 압축되어 있고, 내부적으로 OCF라 불리는 표준포맷으로 구조화되어 있다. 현재 국내외적으로 ePUB에 DRM을 적용하여 전자책 서비스가 활발하게 이루어지고 있으나 ePUB를 하나의 키로 암호화하고 있어 미리보기 기능 등과 같은 산업계의 다양한 요구 사항을 충족하지 못하고 있는 상황이다. 본 논문에서는 ePUB을 기반으로 한 전자책 콘텐츠를 단순하게 하나의 키로 암호화하지 않고, 다중 키 암호화 방식을 적용하여 보다 다양한 사업 모델의 적용이 가능한 방법을 제안하고자 한다. 다중 키 방식을 적용한 암호화 기법은 이를 위한 라이선스 발급 및 전송 기법, 그리고 eBook 리더에서 복호화하여 활용하는 기법과 병행하여 실제로 응용 가능한 형태로 제안한다. 제안된 다중 키 암호화 방식을 적용하게 되면 ePUB기반의 전자책 콘텐츠의 부분적 열람 기능이 가능하고, 이를 통하여 다양한 서비스 모델에 적용할 수 있으며, 단일 키 암호화 방식보다 보안성을 높일 수 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제18권2호
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• pp.13.1-13.6
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• 2020

The prototype version of the full-text corpus of Genomics & Informatics has recently been archived in a GitHub repository. The full-text publications of volumes 10 through 17 are also directly downloadable from PubMed Central (PMC) as XML files. During the Biomedical Linked Annotation Hackathon 6 (BLAH6), we experimented with converting, annotating, and updating 301 PMC full-text articles of Genomics & Informatics using PubAnnotation, a system that provides a convenient way to add PMC publications based on PMCID. Thus, this review aims to provide a tutorial overview of practicing the iterative task of named entity recognition with the PubAnnotation/PubDictionaries/TextAE ecosystem. We also describe developing a conversion tool between the Genia tagger output and the JSON format of PubAnnotation during the hackathon.

• Molecules and Cells
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• 제39권3호
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• pp.250-257
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• 2016

Abiotic stresses such as drought and low temperature critically restrict plant growth, reproduction, and productivity. Higher plants have developed various defense strategies against these unfavorable conditions. CaPUB1 (Capsicum annuum Putative U-box protein 1) is a hot pepper U-box E3 Ub ligase. Transgenic Arabidopsis plants that constitutively expressed CaPUB1 exhibited drought-sensitive phenotypes, suggesting that it functions as a negative regulator of the drought stress response. In this study, CaPUB1 was over-expressed in rice (Oryza sativa L.), and the phenotypic properties of transgenic rice plants were examined in terms of their drought and cold stress tolerance. Ubi:CaPUB1 T3 transgenic rice plants displayed phenotypes hypersensitive to dehydration, suggesting that its role in the negative regulation of drought stress response is conserved in dicot Arabidopsis and monocot rice plants. In contrast, Ubi:CaPUB1 progeny exhibited phenotypes markedly tolerant to prolonged low temperature ($4^{\circ}C$) treatment, compared to those of wild-type plants, as determined by survival rates, electrolyte leakage, and total chlorophyll content. Cold stress-induced marker genes, including DREB1A, DREB1B, DREB1C, and Cytochrome P450, were more up-regulated by cold treatment in Ubi:CaPUB1 plants than in wild-type plants. These results suggest that CaPUB1 serves as both a negative regulator of the drought stress response and a positive regulator of the cold stress response in transgenic rice plants. This raises the possibility that CaPUB1 participates in the cross-talk between drought and low-temperature signaling pathways.

• 스마트미디어저널
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• 제4권3호
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• pp.9-15
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• 2015

퍼브/서브 시스템(Pub/Sub System)은 시스템에서 발행되는 정보 중 사용자가 등록한 관심 정보만을 사용자에게 전달해주는 시스템이다. 기존의 퍼브/서브 시스템은 컨텐트의 저장 및 전달을 담당하는 브로커들을 네트워크화 하여 구현되었다. 모바일 사용자가 급증함에 따라 사용자의 관심위치 정보와 같은 지속적으로 변하게 되는 관심정보를 다루기 위한 퍼브/서브 시스템에 대한 수요가 부각 되고 있다. 이 논문에서는 기존의 퍼브/서브 시스템에서 깊이 고려하지 않았던, 관심 위치 정보의 빈번한 변화를 효과적으로 처리하기 위한 브로커 네트워크 기반의 퍼브/서브 시스템을 제안한다. 사용자의 행동 패턴이나 지리적 특성을 고려해 퍼브/서브 시스템에서 관리하는 공간 데이터 영역을 Slow Moving Region과 Normal Moving Region의 두가지 타입으로 구분하고, 각 영역에 대한 사용자의 요청을 효과적으로 지원하기 위해 Q+R트리를 사용하여 브로커를 관리한다. 시뮬레이션을 사용한 실험 결과를 통해 제안하는 Q+R트리 기반의 브로커 네트워크가 불필요한 브로커의 로드와 네트워크 트래픽을 감소시킴으로써 보다 효과적으로 지속적인 사용자의 관심 위치 정보 변화를 지원할 수 있음을 확인하였다.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제20권8호
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• pp.1369-1378
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• 2017

Pub/Sub (Publish/Subscribe) paradigm is a simple and easy to use model for interconnecting applications in a distributed environment. In general, subscribers register their interests in a topic or a pattern of events and then asynchronously receive events matching their interest, regardless of the events' publisher. In order to build a low latency lightweight pub/sub system for Internet of Things (IoT) services, we propose a GQSFPS (Group Quorum System-based Fog Pub/Sub) system that is a core component in the event-driven service oriented architecture framework for IoT services. The GQSFPS organizes multiple installed pub/sub brokers in the fog servers into a group quorum based P2P (peer-to-peer) topology for the efficient searching and the low latency accessing of events. Therefore, the events of IoT are cached on the basis of group quorum, and the delay-sensitive IoT applications of edge devices can effectively access the cached events from group quorum fog servers in low latency. The performance of the proposed GQSFPS is evaluated through an analytical model, and is compared to the GQPS (grid quorum-based pud/sub system).

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국해양정보통신학회 2010년도 추계학술대회
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• pp.102-105
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• 2010

전통적인 Pub/Sub(Publish/Subscribe) 시스템은 중개자(Broker)를 통해 출판자(Pub)의 출판조건(Event)에 매칭되는 구독자(Sub)의 모든 구독조건(Subscription)들을 검색한다. 즉, 출판조건과 구독조건간의 매칭의 정도는 고려되지 않고, 매칭의 유무만을 판단한다. 매칭된 구독조건 간에도 우선순위가 존재할 수 있다. 따라서 기존 Pub/Sub 시스템의 기능을 확장한 우선순위 Pub/Sub 시스템이 필요하다. 이 논문에서는 구독조건간의 우선순위를 결정하기 위해 검색결과의 정확도를 정의 하고 우선순위에 따라 구독조건을 검색할 수 있는 정확도 기반 우선순위 검색기법을 제안한다. 본 검색기법은 IS-Lists(Interval Skip Lists)를 기반으로 동작하며, 정확도를 통해 정렬된 검색 결과를 얻을 수 있다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제21권12호
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• pp.59-72
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• 2016

DRM(Digital Rights Management) is essential for the copy right protection of eBooks based on ePub 3.0 by IDPF. In this paper, we developed eBSS(eBook Service System) as ePub 3.0 builder and viewer system with DRM and proposed an efficient DRM method which improves the performance of contents generation, security and distribution system. The efficient application of DRM method to the eBook contents based on ePub 3.0 for smart phone is practically useful for eBook service system. It is very useful for the suggested eBSS with DRM method and strategy to apply easily and practically to the encryption and decryption of the eBook contents. Also, it is very efficient to generate the ePub 3.0 contents and to apply DRM method to it especially, by using practically this suggested ePub 3.0 builder system from the view point of the eBook content generation and its viewer such as eBook reader for user and eBook providers.

• 한국문헌정보학회지
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• 제38권2호
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• pp.161-187
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• 2004

본 연구는 의학 분야 Web DB의 품질평가를 위해 무료 PubMed와 상용 Embase DB를 선행연구 분석을 통해 품질평가 기준을 추출하여 객관적으로 측정하기 쉬운 평가항목을 중심으로 발견적ㆍ실무적 비교 평가를 실시한 것이다. 그 결과 PubMed는 최신성, 저널 형태의 논문 비중, 초록 보유 자료와 영어자료의 비중, 전자 저널 원문 링크 출판사 수, 자관 소장여부를 표시하는 LinkOut과 구입비용에서 우수하였다. 반면 Embase는 포괄성, 제약과 화학 분야, 수록정보의 다양한 형태에서 우수하였다. 따라서 상용 DB 도입의 타당성 검토와 이용자 교육 및 도서관 정보서비스는 이러한 두 DB의 품질평가 결과를 바탕으로 이루어져야 한다.