• 식물병연구
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• 제29권1호
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• pp.11-22
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• 2023

Resazurin 기반 호흡 측정법으로 strobilurin계 살균제에 대해서 감수성인 고추탄저병균 Colletotrichum acutatum s. lat. 20JDS8에 대한 살균제의 호흡 억제 효과를 조사하였다. Potato dextrose broth에 병원균의 포자를 접종하고 배양하면서 시간별로 상대 형광값(relative fluorescence unit)을 조사한 결과, 12시간 후부터 상승하기 시작하여 24시간 후의 1×10⁴, 1×10⁵, 1×10⁶ spores/ml의 포자 접종구에서 상대 형광값은 1,965.5, 5,412.5, 10,061.0이었다. 병원균을 0, 6, 12, 24시간씩 배양 후에 공시한 살균제를 처리하고, 24시간 후에 상대 형광값을 조사하였다. Dithianon, isopyrazam, pyraclostrobin, fluazinam을 병원균의 포자(0시간), 포자 발아(6시간), 균사 생장(12시간) 단계에 처리할 경우, 각 살균제의 고농도에서 호흡을 90-100% 억제하였다. 하지만 병원균을 24시간 배양한 후에 살균제를 처리할 경우에는 호흡 억제 효과가 크게 감소하였다. Pyraclostrobin 저항성인 C. acutatum s. lat. 20CDJ6에 대해서 pyraclostrobin, azxoystrobin, trifloxystrobin, kresoxim-methyl을 병원균의 모든 생장 단계에 각각 처리하였을 때, 호흡에 대한 억제 효과는 매우 미미하거나, 나타나지 않았다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2001년도 추계학술발표대회
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• pp.886-889
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• 2001

C-terminus specific immobilization often results in a increased structural stability resistant to various denaturation factors. In order to elucidate the immobilization effect on the c-terminus in molecular level, we made over 200 protein data set from Protein Data Bank(PDB), analyzed c-terminus structure of each protein, and investigated the structural relationship with the stabilizing factors such as hydrogen bond, ion pairs, cation pi, disulfide bond, solvation free energy, surface area, flexibility and so on.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2004년도 가을 학술발표논문집 Vol.31 No.2 (1)
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• pp.244-246
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• 2004

최근 들어 정보 시스템들 간에 폭넓게 보급되고 있는 대표적인 서비스 구조들로 에이전트 서비스와 웹 서비스가 있다. 이 두 서비스간의 연동이 가능하다면 더 다양한 형태의 에이전트 서비스와 웹 서비스 응용 시스템들의 개발이 가능하고, 서비스의 가용성도 한층 높아질 것이다. 본 연구에서는 생명과학 연구의 중요한 정보 자원의 하나인 단백질 구조 데이터베이스인 PDB의 가용성을 높이고, 단백질 구조 정보를 이용한 보다 다양한 응용 시스템 개발을 지원하기 위해, 에이전트 서비스-웹 서비스 게이트웨이를 이용한 단백질 구조 정보 시스템 PSIS를 설계하고 구현하였다.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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• pp.374.1-374.1
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• 2002

The barks o.f Pinus densiflara representative Pinus species graws in Korea, have been used for oriental traditional medicine as the remedies for rheumatitis. hemorrhage and cancer. Water soluble fraction of 80% acetone extracts from the barks af Pinus densiflera (PDB) showed nitrogen monoxide(NO) production inhibitory activity in IFN-${\gamma}$. LPS stimulated RAW 264.7 cell. (omitted)

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제54권1호
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• pp.56-62
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• 2011

Tyrosinase 저해활성화 반응에 대한 polyhydroxy 치환된 flavone 유도체(1-25) 중, hydroxyl-치환기($R_1-R_9$)들의 역할을 이해하기 위하여 Free-Wilson 분석과 tyrosinase (PDB ID: Deoxyform (2ZMX) 및 Oxy-form; 1WX2)의 활성화 지점에 대한 분자도킹이 연구되었다. Free-Wilson 분석으로부터 $R_1-R_9$ 치환기중에서 $R_1$=hydroxyl 치환기가 tyrosinase 저해활성에 가장 큰 영향을 미치고 있음을 알았다. 기질분자의 hydroxyl 치환기들과 tyrosinase의 반응점 내 아미노산 잔기들 사이의 수소결합들은 안정한 기질-수용체 착 화합물을 형성하는데 기여하였다. 특히, 수소결합성에 기초한 비경쟁적 저해활성화 반응은 기질분자의 hydroxyl 치환기들과 tyrosinase의 반응점 내 peroxide 산소원자(Per404) 사이의 수소결합을 경유하여 일어날 것임을 제안하였다.

• Journal of the Korean Wood Science and Technology
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• 제35권4호
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• pp.61-66
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• 2007

본 연구에서는 trametes versicolor에서 분비하는 laccase를 분리 정제하고, 그 효소특성을 조사하였다. 공시균의 배지로는 PDB배지를 사용하였으며, 이 효소를 유도하기 위하여 공시균 접종 5일 후 inducer로 2,5-xylidine (0.2 mM)을 첨가하였다. Inducer 첨가 2일 후 laccase를 수확하여 Glass filter (GF/C)를 이용하여 균사체를 제거한 후 laccase 여과액의 정제시간을 단축시키고, 쉽게 단백질을 농축시키기 위하여 ultramicrofilter (Viva flow 50, GE Healthcare Bioscience, USA)를 사용하여 농축하였다. 이렇게 농축된 laccase 여과액은 Hitrap Q FF column으로 부분 정제하여 활성이 검출된 peak를 확인할 수 있었다. 효소의 특성을 조사한 결과 효소의 활성이 가장 높은 pH는 5.0이었으며 최적 온도는 $60^{\circ}C$였고, specific activity는 syringaldazine을 substrate로 사용하여 확인한 결과 crude한 상태에서는 약 32 U/mg였고, 농축한 후에는 약 409 U/mg였으며 Hitrap Q FF column으로 분리한 후에는 약 1.243 U/mg였다. 그리고 SDS-PAGE gel 사진으로 확인한 결과 단백질의 크기는 약 53 kDa이었다.

• 한국지반공학회지:지반
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• 제13권5호
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• pp.45-58
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• 1997

본 논문에서는 국내 드레인재 타설현장조사와 모형 멘드럴 실내 타입시험을 통하여 배수재의 타입시 지반교란을 일으키는 영향요소에 대하여 분석하였다. 실내 시험에서는 재성형된 시료에 타입된 멘드럴에 의하여 발생한 스미어량을 멘드럴의 형태 등 지반조건을 달리하여 비교하였다. 사용된 모형멘드럴의 형태는 원형, 마름모형, 직사각형이었으며 직사각형의 경우는 장단변의 비율을 달리하여 실험하였다. 현장 조사로부터는 멘드럴의 형태와 크기뿐만 아니라 앵커슈의 형태와 크기도 지반교란의 큰 요소임을 알 수 있었다. 멘드럴 타입에 의하여 발생하는 지반교란은 원형보다 마름모와 직사각 형의 경우 적은 것으로 나타났고 직사각형 멘드럴의 경우 장단변의 비율이 클수록 지반교란효과가 더 줄어드는 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제50권1호
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• pp.15-21
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• 2014

Pseudomonas sp. P7014 박테리아를 통한 큰느타리버섯 균사체의 생육촉진에 관한 연구가 수행되었다. 박테리아 배양액으로 부터 분리한 ethyl acetate 분획물(F5)에는 성장촉진물질(GPC)이 함유되어 있음을 확인하였다. TLC, HPLC, NMR 및 MS/MS분석법으로 확인한 바, indole acetic acid (IAA)로 확인되었다. 큰느타리버섯 균사체는 성장촉진물질(GPC)이 첨가된 PDA와 PDB 배지에서 빠른 성장을 보였다. 성장촉진물질(GPC)의 농도는 1.0 nM로 매우 낮았지만, 확인된 tryptophan은 IAA의 전구체로써 IAA가 아민화된 형태였다. 이들 결과는 박테리아에서 분비된 성장촉진물질(GPC)은 IAA이었고 큰느타리버섯 균사체의 생육촉진에 중요한 역할을 하는 것으로 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.15-20
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• 2001

Aspergillus sp. HCLF-4가 생성하는 세균 세포벽 분해효소의 특성을 규명하였다. 본 세포벽 분해 효소는 Anabaena cylindrica 세포벽 분해능을 보였다. 이 세포벽 분해 효소는 Aspergillus sp. HCLF-4를 기질성분으로 0.05% heat killed Micrococcus luteus가 포함된 PDB 배지에 키웠을 때 생성되는 inducible enzyme으로 분자량은 약 14.3 kDa 이었다. 본 세포벽 분해효소는 pH 3.0-4.0, 온도 $30^{\circ}C$ 조건에서 최고의 활성을 보였고 $Mg^{2+}$와, $Mn^{2+}$의 2가 이온에서 분해 효소의 활성이 촉진되었다. 반면, 1가 양이온 $Na^{+}$와 $Li^{+}$, 2강 양이온 $Ca^{2+}$와 $Cu^{2+}$, 3가 양이온 $Fe^{3+}$에서는 활성이 억제되었으며 EDTA와 PMSF 또한 분해 효소의 활성을 억제 시켰다. 이 효소는 N-acetylmuramyl-L-amidase 또는 endopeptidase와 같은 활성을 보였다.

• 정보관리연구
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• 제40권1호
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• pp.217-234
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• 2009

컴퓨터로 옮겨 놓은 생물학 실험실에서 생명과학을 연구하는 연구자가 생명정보를 확인하려면 1차적으로 생물다양성 관련 데이터베이스에서 생명체에 관한 종정보, 생태정보, 분포정보를 검색해야 한다. 그리고 그 생명체를 구성하는 유전자 서열정보와 단백질 구조정보를 Genbank, PDB 등의 유전자/단백질 데이터베이스에서 검색해야 한다. 또한 그 생명체에 관한 학술적 내용이 수록된 학술논문까지 별도로 검색해야만 그 생명체에 관한 포괄적이고도 정확한 정보를 획득하여 연구에 활용할 수 있다. 이런 일련의 과정은 연구자에게 불편함과 함께 많은 시간이 소요됨으로 인해 연구의 효율성을 저하시키는 요인이 되고 있다. 이런 불편함을 해결하기 위하여 통합검색하기 위한 여러 방법을 분석하고, 그중 스키마 통합을 선택하였다. 또한 스키마 통합을 위하여 각각의 데이터베이스의 스키마를 분석하고 메타데이터를 추출하여 Mediated 스키마를 설계하였다. 본 논문에서 설계한 생명정보 검색시스템(BIRS, Biological Information Retrieval System)과 인터페이스를 사용하여 생명과학을 연구하는 연구자들의 연구의 효율성을 향상시킬 수 있을 것이다.