This study was undertaken to isolate and to identify a fungal pathogen Colletotrichum sp. KV-21 associated with apple anthracnose. Rotted Gala apples were used for the isolation of the fungus. The infected tissues were sterilized with 70% ethanol, washed with sterilized distilled water and were transferred to 50 ml containing potato broth (PDB) flasks. The peripheral hyphae of the fungal colony which developed from the infected tissues were isolated on to potato dextrose agar (PDA). On PDA plates the fungus grew well at $25^{\circ}C$ and occupied more than half of a 9 cm petri dish within 5 days. The fungal cultures on PDA were used for morphological observation and identification of the fungus. Conidiophores were produced on the gray to whitish sporodochial structures scattered on PDA plates which gave rise to conidiogenous cells. The structures of the conidia produced on PDA plates were subcylindrical to obovoid, fusoid, tapered and 4 to $6\;{\mu}m$ in size.
KIPS Transactions on Software and Data Engineering
/
v.3
no.4
/
pp.163-168
/
2014
In a protein molecule, ${\alpha}$-helices are important for protein structure, function, and binding to other proteins, so the analysis on the structure of helices has been researched. Since an interaction between two helices is evaluated based on their axes, massive errors in protein structure analysis would be caused if a curved or kinked long ${\alpha}$-helix is considered as a linear one. In this paper, we present an algorithm to reconstruct ${\alpha}$-helices in a protein molecule as a sequence of straight helices under given threshold.
Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
/
2003.10a
/
pp.268-274
/
2003
Most currently known molecular structures were determined by X-ray crystallography or Nuclear Magnetic Resonance (NMR). These methods generate a large amount of structure data, even far small molecules, and consist mainly of three-dimensional atomic coordinates. These are useful for analyzing molecular structure, but structure elements at higher level are also needed for a complete understanding of structure, and especially for structure prediction. Computational approaches exist for identifying secondary structural elements in proteins from atomic coordinates. However, similar methods have not been developed for RNA due in part to the very small amount of structure data so far available, and extracting the structural elements of RNA requires substantial manual work. Since the number of three-dimensional RNA structures is increasing, a more systematic and automated method is needed. We have developed a set of algorithms for recognizing secondary and tertiary structural elements in RNA molecules and in the protein-RNA structures in protein data banks (PDB). The present work represents the first attempt at extracting RNA structure elements from atomic coordinates in structure databases. The regularities in the structure elements revealed by the algorithms should provide useful information for predicting the structure of RNA molecules bound to proteins.
Kim, Jin-Hong;Ahn, Geon-Tae;Lee, Su-Hyun;Lee, Myung-Joon
Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
/
2003.10a
/
pp.114-119
/
2003
단백질 구조를 비교하는 방법은 단백질 구조를 표현하는 기술에 따라 다양하게 존재한다. 일반적인 단백질 구조 정렬방법은 단백질 구조를 원자 또는 Residue를 기준으로 표현하고, 표현된 두 구조사이의 일치된 부분을 찾는 방법과 단백질 구조를 단백질 이차구조요소로 표현하고 표현된 두 단백질 구조를 정렬하는 방법으로 크게 구분된다. 이러한 단백질 구조 비교 방법은 단백질 구조의 유사성을 측정하는 과정에서 많은 시간을 요구할 뿐만 아니라 PDB에 저장된 데이터가 증가함에 따라 보다 많은 단백질과 비교가 요구된다. 따라서 대용량의 단백질 구조 데이터베이스를 대상으로 효율적으로 단백질의 유사 부분구조를 찾을 수 있는 방법이 필요하다. 본 논문에서는 단백질 구조 비교를 보다 빠르고 효과적으로 수행하기 위하여, 기존의 단백질 이차구조 기반의 구조 표현 방법인 PSAML을 확장하여 단백질 이차구조가 가지는 공간상의 정보를 내포한 Topology String을 생성하고 이를 이용하여 대용량의 단백질구조 데이터베이스에서 유사성이 높은 단백질 구조를 필터링하는 방법에 대하여 기술한다. Topology String은 단백질 이차구조를 하나의 문자로 기술하여 아미노산 순서와 위상학적인(공간적인) 정보를 바탕으로 단백질 구조를 표현하여, 단백질 이차구조를 이용하여 구조 비교를 수행하기 이전에 유사성이 높은 단백질 구조를 신속하게 찾아내는데 효과적으로 적용될 수 있다.
Transactions of the Korean Society of Automotive Engineers
/
v.18
no.6
/
pp.31-37
/
2010
In proportion to increasing interest in vehicle safety, many country have regulated vehicle safety and performed NCAP(New Car Assessment Program). However vehicles which had good results in these compliance and NCAP frontal crash test have caused problems such as the fork effect and over-riding in real car-to-car accidents. To complement these issues, new frontal crash test modes using new barrier like FWDB and PDB have been developed by EEVC WG15. In this paper, FWDB frontal crash test was performed and the result was compared with the full frontal crash test using the rigid wall in order to comprehend the characteristic of FWDB. The results of FWDB test were compared with one of USNCAP and KNCAP. Using USNCAP data, vehicle performance like deformation and wall force were studied. A comparative study of dummy injuries was made by using KNCAP result. The results showed that vehicle performance of FWDB test like displacement and effective acceleration was similar in spite of absorbing energy of FWDB due to the greater vehicle deformation of rigid wall test. In FWDB test, driver dummy head bottomed out but most of injuries were superior to the injury of rigid wall test.
Chandrasekar R.;Dhanalakshmi R.;Krishnan M.;Kim H. J.;Jeong H. C.;Seo S. J.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.10
no.1
/
pp.25-33
/
2005
Recently a cDNA clone of apoLp-III from Hyphantria cunea was isolated and subjected to computational analysis to compare with other available sequences. Multiple sequence alignments were carried out using the amino acid sequences of apoLp-III from six insects. It was found that the H. cunea apoLp-III has relatively high sequence identities to Spodoptera litura ($69.5\%$), Manduca sexta ($66.8\%$), Galleria mellonella ($65.1\%$), Bombyx mori N4 ($54.3\%$) but less identity to Locusta migratoria ($18.3\%$). The amino acid composition was compared with other insects using EXPASY tools; it shows that alanine (Ala), glutamine (Gln), leucine (Leu) and lysine (Lys) are the major amino acid components of apoLp-III in H. cunea as well as other lepidopterans. Homology modeling performed using PSI-BLAST (PDB template M. sexta) reveals that the apoLp-III molecules consist of five, long amphipathic alpha helical bundles with short loops connecting the helices and shows homology with other insects. Phylogenetic analysis shows that the orthopteran apoLp-III represented by locust was most distantly related to the lepidopteran insects.
Kim, Ki-Nyeon;Ahan, Dong-Wook;Han, Sang-Jae;Jung, Seung-Yong;Kim, Soo-Sam
Proceedings of the Korean Geotechical Society Conference
/
2006.03a
/
pp.1165-1172
/
2006
In this study, an aspect of settlement, developed from different ground improvement method like suction drain method using vacuum pressure and vertical drain method using overburden pressure, was compared each other. In order to analyze settlement tendency of each method exactly, the finite element analysis program was used. The analyses of vertical settlement and lateral displacement for suction drain method and vertical drain method were conducted independently during the solving stage. The initial condition of drainage zone was fixed with 25m depth and 21m width. After the program analyses, the settlement condition had a different tendency with the ground improvement method. Especially, in the results of vertical drain method, the disparity of settlement between the middle of improved zone and unimproved zone. In the case of suction drain method, however, the difference of settlement was smaller than that of vertical drain method.
A four dimensional quantitative structure activity relationship analysis was applied to a series of 50 flavonoid inhibitors of $p56^{lck}$ protein tyrosine kinase by the molecular comparative electron topological method. It was found that the -log (IC50) values of the compounds were highly dependent on the topology, size and electrostatic character of the substituents at seven positions of the flavonoid scaffold in this study. Depending on the negative or positive charge of the groups correctly embedded in these substituents, three-dimensional bio-structure to increase or decrease -log (IC50) values in the training set of 39 compounds was predicted. The test set of 11 compounds was used to evaluate the predictivity of the model. To generate 4D-QSAR model, the defined function groups and pharmacophore used as topological descriptors in the calculation of activity were of sufficient statistical quality ($R^2$ = 0.72 and $Q^2$ = 0.69). Ligand docking approach by using Dock 6.0. These compounds include many flavonoid analogs, They were docked onto human families of p56lck PTKs retrieved from the Protein Data Bank, 1lkl.pdb.
Malathy, P.;Jagadeesan, G.;Gunasekaran, K.;Aravindhan, S.
Journal of Integrative Natural Science
/
v.9
no.4
/
pp.268-274
/
2016
Filariasis causing nematode Brugia malayi is shown to harbor wolbachia bacteria as symbionts. The sequenced genome of the wolbachia endosymbiont from B.malayi (wBm) offers an unprecedented opportunity to identify new wolbachia drug targets. Hence the enzyme carbonic anhydrase from wolbachia endosymbiont of Brugia malayi (wBm) which is responsible for the reversible interconversion of carbon dioxide and water to bicarbonate and protons (or vice versa) is chosen as the drug target for filariasis. This enzyme is thought to play critical functions in bacteria by involving in various steps of their life cycle which are important for survival, The 3D structure of wBm carbonic anhydrase is predicted by selecting a suitable template using the similarity search tool, BLAST. The BLAST results shows a hexapeptide transferase family protein from Anaplasma phagocytophilum (PDB ID: 3IXC) having 77% similarity and 54% identity with wBm carbonic anhydrase. Hence the above enzyme is chosen as the template and the 3D structure of carbonic anhydrase is predicted by the tool Modeller9v7. Since the three dimensional structure of carbonic anhydrase from wolbachia endosymbiont of Brugia malayi has not yet solved, attempts were made to predict this protein. The predicted structure is validated and also molecular docking studies are carried out with the suitable inhibitors that have been solved experimentally.
${\delta}^{13}C$ and ${\delta}^{18}O$ values were determined for the Paleozoic limestones (Great Linestone Series) from the Taebaegsan region and the age-unknown limestones (Janggun Formation) from the Janggun mine, Korea. Limestones of the Great Limestone Series exhibit a range of carbon isotopic composition from -4.5 +1.3‰ with a mean ${\delta}^{13}C$ value of -1.1‰, relative to the PDB standard, and of oxygen isotpic composition from +8.8 to +23.3‰ with a mean ${\delta}^{18}O$ value of +16.0‰, relative to the SMOW, falling into the normal marine limestone range according to Keith and Weber (1964), and Degens and Epstein(1964). Carbon isotopic composition of limestones of the Great Limestone Series becomes progressively lighter from Pungchon limestone of middle Cambrian age to mid-Ordovician Maggol limestone, possibly due to change in depositional environment in the Taebaegsan basin. Variation in isotopic composition of limestones from Hwajeol to Dumugal formation offers the possibility or deposition in shallow sea environment, in which fresh waters were added in several stages. Janggun limestone of unknown age may be corelated with the Paleozoic limestones of Great Limestone Series as infered from the istopic composition ranging from -2.8 to + 0.7‰ of ${\delta}^{13}C$ and +13.4 to +22.4‰ of ${\delta}^{18}O$.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.