• 한국산림과학회지
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• 제95권6호
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• pp.631-635
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• 2006

파이토플라스마 증폭 primer, R16F2n/R2를 이용하여 뽕나무 오갈병 파이토플라스마와 대추나무 빗자루병 파이토플라스마에 대하여 SSCP분석법을 이용하여 염기변이 분석을 하였다. 그 결과 뽕나무 및 대추나무 파이토플라스마는 약 1.2 kb PCR 산물을 이용하더라도 뚜렷한 밴드차이를 나타내었다. 유사한 SSCP밴드 패턴을 보이는 두 시료 간의 밴드형태를 뚜렷하게 구별하는 방법을 찾기 위하여 뽕나무 오갈병 파이토플라스마와 대추나무 빗자루병 파이토플라스마의 PCR산물을 혼합한 후 SSCP분석 결과, 전기영동상에서 대추나무 파이토플라스마와 뽕나무 파이토플라스마의 SSCP 밴드패턴 모두를 관찰할 수 있었다. 본 연구 결과, 기존에 약 600bp 크기로 한정된 것으로 알려진 SSCP 분석을 PCR 산물 1.2 kb을 이용하여 유사한 SSCP 밴드패턴을 보이는 두 시료간의 밴드형태를 두 시료의 PCR 산물을 혼합하여 SSCP분석함으로써 뚜렷하게 구별할 수 있었다.

• 식물병연구
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• 제17권2호
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• pp.169-176
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• 2011

우리나라에서 분리한 P. katsurae의 유전적 특성을 구명하기 위하여 국내에서 분리한 P. katsurae를 대상으로 nuclear DNA(nDNA)의 ${\beta}$-tubulin (BTU)과 Elongation facter 1 alpha (EF1A) 그리고 rDNA ITS 부위의 PCR-SSCP 분석을 실시하여, P. katsurae와 Phytophthora 속에 속하는 다양한 종들의 각 부위를 대상으로 유전적 유연관계를 비교분석 하고 동정에 이용하고자 하였다. 각각의 Phytophthora 속에서 변이가 가장 많이 발생하는 부위를 포함하여 증폭 시킬 수 있도록 각 부위의 공통 염기배열로부터 제작된 primer는 Phytophthora 종에 특이적인 반응을 나타냄으로서 동정 및 진단에도 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단되었다. SSCP 분석 결과는 국내 P. katsurae 균주와 공시한 다른 Phytophthora 속 균주들과의 구분이 가능하였으며, Phytophthora 종 간의 구분도 가능하였다. 그러나 한 가지 부위만을 이용한 PCR-SSCP 분석은 Phytophthora 종 간의 구분이 어려운 경우도 있었다. 따라서 보다 정확하고 명확한 Phytophthora 종의 유전적 다양성 분석 및 동정을 위하여서는 단일 부위에 의한 PCR-SSCP보다는 복수 부위에 의한 PCR-SSCP를 실시하는 것이 바람직한 것으로 확인되었다.

• 대한화학회지
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• 제47권5호
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• pp.460-465
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• 2003

p53 유전자의 변이는 다양한 인체암 중 가장 일반적인 유전자적 변화로 알려져 있으며, 양성에서 악성 대장암으로 전이되는 과정에서 연관이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 PCR-SSCP와 DHPLC를 이용하여 대장암 환자의 조직에서 p53 유전자의 엑손 5-8에서 돌연변이를 분석하였다. SSCP에서는 50개의 샘플중 엑손 5에서 C13109>T 형태의 돌연변이가 7례가(14%) 발견되었고, DHPLC에서는 C13109>T 7례와 C13202>A, C13204>G 형태의 돌연변이 2례, 모두 9례의(18%) 변이가 검출되었다. DHPLC 분석법을 이용하여 SSCP에서 발견하지 못했던 2례(4%)의 변이를 더 발견하였다. 최종적으로 염기서열분석법을 통해 위의 결과를 확인하였고, p53 돌연변이 검출법으로 SSCP보다 DHPLC가 더 감도가 좋고 효과적인 검출법임을 확인하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제44권6호
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• pp.1245-1255
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• 1997

연구배경 : 결핵균의 rpoB 유전자는 Rifampicim이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA polymerase의 $\beta$-subunit을 encoding하는 유전자이다. 최근 PCR-SSCP 등의 다양한 방법을 이용하여 rpoB 유전자의 돌연변이를 발견함으로써 결핵균 다제약제내성의 지표인 Rifampicin 내성을 조기에 진단할 수 있는 방법에 대한 여러 보고가 있다. 그러나 대부분 배양된 검체를 대상으로 하였고 객담등의 임상검체를 직접 대상으로 한 연구는 별로 없었다. 본 연구는 직접 임상검체를 대상으로 결균의 rpoB유전자 PCR-SSCP를 시행함으로써 rifampicin 내성을 신속히 진단할 수 있는지 알아보았다. 대상 및 방법 : 1996년 6월부터 8월까지 아산재단 서울중앙병원에서 항산성도말검사 양성인 75검체를 대상으로 하였다. 이종 결핵균의 IS6110분절을 이용한 중합효소 연쇄반웅이 양성이고 RFP 감수성검사 결과가 확인된 43검체를 대상으로 하였다. Bead beater법으로 DNA를 추출하여 heminested PCR을 시행하였고 MDE gel을 이용하여 SSCP를 시행하였다. 이 검체즐은 배양 즉시 대한결핵협회에 감수성검사를 의뢰하여 PCR-SSCP 결과와 rifampicin 감수성검사 결과를 비교하였다. 결 과 : 75검체중 55예(73%)에서 IS6110분절에 대한 PCR 양성이었다. 이중에서 RFP에 대한 강수성결과가 확인된 43예를 대상으로 하였다. 29예는 표준균주인 H37Rv와 동일한 전기영동상의 이동성을 보였고, 14예는 다른 이동성을 보여 주었다. 동일한 이동성을 보인 29예 모두 감수성검사상 RFP감수성으로 판명되었고, 다른 이동성을 보인 14예 모두 RFP 내성으로 판명되었다. 즉 기존의 전통적인 RFP 감수성검사 결과와 직접임상검체에서 rpoB 유전자를 이용한 PCR-SSCP분석은 100% 일치하였다. 결 론 : 임상검체에서 직접 rpoB 유전자의 heminested PCR을 이용한 SSCP 법은 Rifampicin내성을 신속히 진단할 수 있는 방법으로 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제43권6호
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• pp.842-851
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• 1996

연구배경: Rifampicin(RFP)은 항결핵 단기지료의 근간이 되는 약제로서 RFP에 대한 내성을 다제약제내성의 지표로 보기도 한다. rpoB유전자는 RFP이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA poly-merase의 ${\beta}$-subunit을 coding하는 유전자이다. 다른 보고들에 의하면 RFP내성균주에서 rpoB유전자의 돌연변이가 관찰되고 특히 점돌연변이가 중요한 기전임이 알려지고 있다. 이에 저자는 rpoB유전자의 점돌연변이를 쉰게 관찰할 수 있는 PCR-SSCP법 을 이용하여 신속하게 RFP에 대한 내성여부를 확인할 수 있는지에 대하여 알아보았다. 방법: 전통적인 약제내성검사상 RFP에 내성을 보이는 25 배양균주와 RFP에 감수성인 27 배양균주 그리고 표준균주인 H37Rv를 대상으로 하였다. TR8, TR9 primer를 이용하여 rpoB 유전자의 511 codon에서 533 codon 부위를 포함하는 157bp의 DNA를 증폭한 후 폴리 아크릴아마이드젤 전기영동으로 PCR-SSCP를 시행하여 band의 이동양상을 비교하였다. 그리고 H37Rv 와 다른 band의 양상을 보인 균주에서 direct sequencing을 시행하여 H37Rv의 염기서열과 비교하였다. 또한 임상결과를 추적할 수 있었던 19예에서 임상결과와 전통적인 감수성검사 결과, 그리고 PCR-SSCP결과를 비교하였다. 결과: 1) PCR-SSCP결과로 RFP감수성 27균주 모두에서 H37Rv와 동일한 band의 양상을 보였고, RFP내성 25균주 모두에서 H37Rv와 다른 band의 양상을 보여서 전통적인 RFP 감수성검사와 rpoB유전자의 PCR-SSCP 사이에 100% 일치하는 결과를 보여주었다. 2) rpoB 유전자 돌연변이의 주된 기전은 점돌연변이였다. 3) rpoB 유전자의 PCR-SSCP 결과는 전통적인 RFP감수성검사나 항결핵치료의 임상경과와 잘 일치하였다. 결론: 결핵균 rpoB 유전자의 PCR-SSCP에 의한 돌연변이의 확인은 RFP내성 결핵균의 신속한 진단에 아주 유용한 검사로 기대된다. 향후 직접임상검체를 대상으로 한 연구가 필요하리라 사료된다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권10호
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• pp.1068-1075
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• 2005

목 적 : 성장호르몬 분비를 촉진하는 ghrelin는 여러 질병에서의 역할은 아직까지 잘 알려져 있지 않았다. 그러나 최근에 ghrelin 유전자 변이가 비만과 당뇨병과 관련이 있는 것으로 알려졌다. 현재까지 보고된 ghrelin 유전자 이상으로는 SNP인 Arg51Gln, Leu72Met, G274A가 있으며 이중 가장 흔한 이상인 Leu72Met 변이이다. 일반적으로 ghrelin 유전자의 Leu72Met와 같은 diallelic 다형성을 스크리닝하는데 SSCP, RFLP, sequencing 등이 사용되어 왔으나 향후 비만 환자들에서 가장 효과적이고 정확하게, 손쉽게 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 검출할 수 있는 스크리닝 방법을 찾아 임상적 적용에 이용하고자 하였다. 방 법 : 비만소아에서 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 방법을 이용하여 비교분석하고 이들의 검사방법의 장단점을 알아보았다. 결 과 : PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 모두에서 allele 특이산물의 밴드가 뚜렷이 구별할 수 있었으며 상기 방법에 의한 결과는 모두에서 일치하였다. PCR-SSCP 방법은 점돌연변이의 존재 여부를 많은 시료를 대상으로 쉽게 분자학적 스크리닝할 수 있는 장점이 있으나 조작이 간단하지 않고 비용부담이 많다. BsrI 제한효소를 이용한 PCR-RFLP법은 비교적 용이하고 간단하여 널리 쓰이는 방법이지만 충분한 고농도의 DNA가 필요하며 전기영동 결과의 올바른 해석이 쉽지 않았다. 이에 비하여 ARMS 분석법은 위의 방법들보다는 간편하여 검사의 소요시간도 짧으며, 검출률이 높고 결과 해석이 매우 쉬웠다. 결 론 : 따라서 본 실험에서 시행한 ghrelin의 Leu72Met 유전자의 다형성을 결정하는 방법 중에는 ARMS 분석법이 정확하고 검사 분석법 및 결과 해석이 매우 쉽고 검사의 소요시간도 짧아 대량 검체에 적용에 매우 효과적으로 사료된다.

• 한국산림과학회지
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• 제102권2호
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• pp.223-228
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• 2013

파이토플라스마 증폭 프라이머, P1/P7 및 R16F2n/R2를 이용하여 뽕나무 품종 42개체에 대하여 뽕나무오갈병 파이토플라스마의 전염여부를 조사한 결과 공시 모두에서 파이토플라스마가 검출되었다. 뽕나무오갈병 파이토플라스마 단일염기변이를 SSCP분석기법을 응용하여 분석조건을 조사한 결과 P1/P7(약 1.8 kb) 및 R16F2n/R2(약 1.2kb)로 증폭한 PCR산물에서는 6% polyacrylamide gel 농도, 150V, $10^{\circ}C$의 전기영동 조건에서 SSCP밴드패턴이 나타났다. 유사한 SSCP밴드 패턴을 보이는 두 시료간의 밴드형태를 뚜렷하게 구별하는 방법을 찾기 위하여 뽕나무 오갈병파이토플라스마와 대추나무 빗자루병 파이토플라스마의 P1/P7 및 R16F2n/R2 프라이머로 증폭한 PCR산물을 혼합한 후 SSCP분석 결과, 전기영동상에서 대추나무 파이토플라스마와 뽕나무 파이토플라스마의 SSCP 밴드패턴 모두를 관찰할 수 있었다. 본 연구 결과, 기존에 약 600 bp 크기로 한정된 것으로 알려진 SSCP 분석법을 응용하여 파이토플라스마 PCR 산물 1.8 kb 또는 1.2 kb 크기에서도 유사한 SSCP 밴드패턴에 의하여 단일염기변이를 검출할 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권6호
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• pp.308-312
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• 2002

Heteroduplex mobility assay (HMA) and single-strand conformation polymorphism (SSCP) analyses combined with PCR were developed for genetic differentiation of various phytoplasma isolates. In the HMA and SSCP analyses, differences in the mobility shifts and the SSCP band patterns identified three distinct types of phyto-plasmas: Type Ⅰ, jujube witches'-broom (JWB) and ligustrum witches'-broom (LiWB); Type Ⅱ, mulberry dwarf（MD) and sumac witches'-broom (SuWB); and Type Ⅲ, paulownia witches'-broom (PaWB). Results of the sequence analyses revealed that phytoplasmas of JWB and MD had 100％ homology with LiWB and SuWB, respectively. On the other hand, PaWB phyto-plasma had 97.8% homology with MD phytoplasma. The PCR-HMA and SSCP techniques were very useful in determining variations in sequence among several isolates of phytoplasmas. Furthermore, the methods were rapid, economical, highly sensitive, and easy to handle with the gels.

• Radiation Oncology Journal
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• 제19권2호
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• pp.107-112
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• 2001

목적 : 진행된 성문 상부암 환자에서 p53 유전자 변이 양상을 파악하고 이의 임상적 예후 인자로서의 관련성을 확인하고자 하였다. 대상 및 방법 : 경희대학병원에서 병기 3 또는 4의 진행된 후두암으로 진단 받고 근치적 목적의 전 또는 부분 후두 절제술을 시행 받고 4600 cGy 이상의 방사선 치료를 받은 환자 60례 중 적절한 조직을 확보 할 수 있었던 환자 26명을 대상으로 하였다. 조직 일부는 면역 염색을 시행하였고 일부는 p53 유전인자의 exon 5번 부터 8번까지 PCR-SSCP 시행후 PCR-SSCP 상 이상 소견이 있는 환자들의 DNA를 염기서열 분석하였다. 이 결과를 임상적 소견과 비교 분석하였다. 결과 : PCR-SSCP 검사 결과 exon $5\~8$번에서 전체 26례 중 8례$(31\%)$에서 변이를 나타내었다. 8례 모두 점돌연변이었으며 transition이 전체 8례 중 6례이었다. Exon 5번의 변이가 3례, exon 6번의 변이가 4례, axon 7번의 변이가 1예이었다. 전체 환자의 평균 생존 기간은 67.4개월 이었고 p53 변이가 없는 군이 70.2개월, p53 변이가 있는 군이 61.3개월로 p53 변이가 있는 군의 생존 기간이 감소되어 나타났으나 두 군간의 생존 기간의 통계적인 유의한 차이는 없었다(p=0.596). 환자를 병기 III과 IV로 나누어 SSCP상 변이의 차이를 비교하였는데 병기 III은 양성이 $25\%$이었고 병기 IV는 $36\%$로 나타나 병기 IV 에서 약간 높게 나타났으나 통계적 차이는 없었다(p=0.563). 임파절 음성인 환자 중 SSCP 양성은 $25\%$이었고 임파절 양성인 환자 중 SSCP 양성은 $42\%$이었으나 통계적 차이는 없었다(p=0.437). 결론 : PCR-SSCP 를 이용한 p53 유전인자 변이의 검색은 생존 기간, 병기, 임파절 전이 등과 관련이 없으며 예후인자로서 유용하지 않은 것으로 판단하였다.

• BMB Reports
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• 제38권4호
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• pp.491-499
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• 2005

DNA-based molecular markers for differentiation of five penaeid shrimps (Penaeus monodon, P. semisulcatus, Feneropenaeus merguiensis, Litopenaeus vannamei and Marsupenaeus japonicus) were developed based on polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and single-stranded conformation polymorphism (SSCP) of 16S ribosomal (r) DNA. Differentiation of P. monodon, P. semisulcatus and L. vannamei can be unambiguously carried out by PCR-RFLP of 16S $rDNA_{560}$ whereas P. semisulcatus and M. japonicus shared a BABB mitotype. These shrimps were successfully discriminated by SSCP analysis of 16S $rDNA_{560}$. Nevertheless, the amplification success for L. vannamei and F. merguiensis was not consistent when tested against larger sample sizes. As a result, 16S $rDNA_{560}$ of an individual representing the most common mitotype of each species was cloned and sequenced. The new primer pair was designed and tested against the large sample sizes (312 bp product, N = 185). The amplification success was consistent across all species. PCR-RFLP of 16S $rDNA_{312}$ was as effective as that of 16S $rDNA_{560}$. Differentiation of all shrimp species were successfully carried out by SSCP analysis.