• Applied Biological Chemistry
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• 제49권3호
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• pp.192-195
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• 2006

국내에서 개발된 비타민 E 강화 유전자변형 들깨의 정성 PCR 분석법의 개발을 위해 들깨의 내재 유전자로써 KAS-I (Beta-ketoacyl-ACP synthase I)를 선별하였고, 이러한 내재유전자를 특이적으로 증폭시킬 수 있는Primer(Pfru3-F/R)쌍을 이용한 PCR에서 95 bp의 PCR증폭 산물을 얻었으며, 들깨를 포함한 16개 작물에 대해 PCR을 수행한 결과에서 들깨만이 특이적으로 증폭되는 것을 확인하였다. 또한, 비타민 E 강화 유전자변형 들깨에 삽입된 TMT(${\gamma}$-tocopherol methyltransferase) 유전자와 OCS(Octopine synthase) terminator 연결 부위를 증폭시켜 148 bp의 PCR 산물을 얻을 수 있는 primer(TMTO-F/R)를 제작하였으며, 이러한 두 쌍의 primer를 이용하여 국내 개발된 비타민 E 강화 유전자변형 들깨의 PCR 정성 분석법을 확립하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제24권3호
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• pp.230-238
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• 2018

Human enteric Adenovirus-41 (HuEAdV-41) causes gastroenteritis, which detected by the polymerase chain reaction (PCR) base diagnostic system for clinical, food, environmental, fish and shellfish samples. We developed improved PCR and nested PCR primer set which had high specificity, sensitivity and reduced times. In this study, we compared seventeen conditions reported in the previous study that was using the PCR based HuEAdV-41 detection system, and non-enteric Adenovirus were detected in nine conditions. The most sensitive detection condition was up to 25 copies however it took 184 minutes of PCR reaction time. In this study, the PCR primer set developed had same level of sensitivity, it reduced the time of detection for clinical, food and seafood samples to 112 minutes. Developed nested PCR primer set needed 112 minutes but detected up to approximately 1 copy. In addition, developed PCR and nested PCR primer set was validated with twenty samples of underground water at random, of which ten samples showed specific band without non-specific reaction. We expect this study will be used to diagnose HuEAdV-41 from various samples.

• Applied Biological Chemistry
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• 제41권1호
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• pp.42-46
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• 1998

본 연구는 polymerase chain reaction (PCR)와 Southern hybridization을 이용하여 서로 붙어있는 나무가 한 나무인지 두 나무인지 규명하였다. 공시된 수종은 구지뽕나무와 무궁화이다. 구지뽕나무는 경상북도 성주군 금수면 봉두리 안새출 금수식당 앞에 있는 나무로 두 사람이 서로 안고 있는 형상인데, 한 나무의 두 가지인지 가까이 자란 두 나무가 붙었는지를 구별하기 어려운 나무였다. 다섯 종류의 PCR primer $(17{\sim}24-mers)$ 중 355 primer의 경우 한가지의 잎 DNA에서만 PCR 산물이 검출되어 이것을 방사선표지한 후 genomic Southern hybridization을 행하였던 바 이 probe와 결합하는 DNA 단편이 동일한 위치에서 검출되었으나 정도는 다르게 나타났다. 아울러 OPERON 10-mer kits A에 있는 20종류의 primer를 이용하여 PCR을 행한 결과 OPA01 primer (CAGGCCCTTC)에 의한 PCR 생성물은 동일한 위치의 band 뿐만 아니라 추가로 4개가 한가지의 잎 DNA에서 더 나타났다. 따라서 구지뽕나무는 두 나무가 연결되어 한 나무를 이루는 것으로 짐작된다. 또한 무궁화는 경상남도 합천군 청덕면 두곡리 청덕초등학교 내에 있는데 수령 50년 이상으로 멀리서 보면 한 나무의 형상을 하고 있으나, 가까이 다가가서 줄기의 아래부분을 보면 세 줄기가 붙어있는 형상을 하고 있다. 따라서 이 무궁화 역시 한 나무의 세 가지인지 세나무가 가까이 자라 붙었는지 PCR과 Southern hybridization 방법을 이용하여 규명하려 하였다. Southern hybridization 결과에 의하면 구지뽕나무의 분석에 사용한 probe와 결합하는 DNA 단편은 검출되지 많았으며, 35S primer에 의한 PCR 생성물은 동일하였으나 OPA04와 OPA13 primer의 경우 약간의 상이성을 보였다. 이러한 결과에 따라 무궁화는 한 나무의 세 가지인 듯하나 추가적인 연구가 필요하다고 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.699-704
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• 2003

리스테리아를 보다 효과적으로 typing할 수 있는 방법을 찾기 위해 표준균주 13종을 대상으로 하여 RAPD, ERIC (Enterobacterial repetitive intergenic consensus) fingerprinting, ribotyping-PCR의 분리력을 비교해 보았다. DG107 (primer 6) 또는 DG122 (Lis 11) primer를 이용한 RAPD의 경우 11가지의 유형으로 분류되는 반면, ERIC fingerprinting은 9가지, ribotyping-PCR은 7가지씩의 유형을 보였다. 그러나 2가지 primer를 이용하여 각각 행한 RAPD 결과를 종합하거나, DG122를 이용한 RAPD와 ribotyping-PCR의 결과를 종합할 경우 13가지의 유형으로 모두 분리할 수 있었다.

• 한국가축번식학회지
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• 제24권3호
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• pp.299-309
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• 2000

본 연구는 한우 체외수정란의 정확한 성판별을 위한 PCR의 적정조건을 검토하였고, Y 염색체 특이적 DNA primer(BOV97M : 141bp)와 소 특이적 DNA primer(216bp)를 이용한 2단계 PCR 방법으로 체외수정란의 발육속도에 따른 성판별율과 성비를 검토하였다. PCR 기법을 이용한 한우 체외수정란의 성판별은 Y 염색체 특이적 DNA primer와 소 특이적 DNA primer로 정확히 성을 판별할 수 있었으며, 웅성 수정란의 경우 141bp와 216bp에서 band가 나타났고, 자성 수정란의 경우 216bp에서 band가 나타났다. 한우 체외수정란의 경우 성판별 정확도를 높이기 위하여 투명대의 제거가 필요하며, 수정란의 DNA 추출방법에 따른 Y 염색체 특이적 band의 출현율은 Proteinase K와 반복 동결융해방법이 각각 45.2 및 53.3%로 나타났다. DNA의 양에 따른 성판별율은 zona free인 경우는 2$\mu$1와 10$\mu$1에서 각각 97.2%와 92.2% 였으며, zona intact의 경우는 12$\mu$1와 13$\mu$1에서는 각각 91.5%와 93.6%로서 zona free 수정란의 경우 2$\mu$1, zona intact의 경우 13$\mu$1의 DNA 양으로 성판별이 가능하였다. 한편, PCR 기법에 의한 한우 체외수정란의 성판별율은 96.0%였으며, 정확히 성판별을 할수 없는 비율은 4.0%였다. 성판별 수정란의 자성과 웅성의 비율은 46.3%와 49.7%로서 성비는 1.1:1이였으며, 발육단계간 자웅성비는 커다란 차이가 인정되지 않았으며, 발육단계가 진행될수록 성판별 정확도가 증가하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권7호
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• pp.3065-3069
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• 2016

Single nucleotide polymorphism (SNP) detection has been used extensively for genetic association studies of diseases including cancer. For mass, yet accurate and more economic SNP detection we have optimized tetra primer amplification refractory mutation system polymerase chain reaction (ARMS PCR) to detect three SNPs in the cytochrome P450 2E1 (CYP2E1) gene locus; i.e. rs3813865, rs2070672 and rs3813867. The optimization system strategies used were (1) designing inner and outer primers; (2) determining of their optimum primer concentration ratios; and (3) determining of the optimum PCR annealing temperature. The tetra primer ARMS PCR result could be directly observed using agarose gel electrophoresis. The method succesfully determined three SNPs in CYP2E1 locus, the results being consistent with validation using DNA sequencing and restriction fragment length polymorphisms (RFLP).

• 대한임상검사과학회지
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• 제37권3호
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• pp.139-142
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• 2005

Most expressed HLA(human leukocyte antigen) loci exhibit a remarkable degree of allelic polymorphism, which is derived from sequenceing differences predominantly localized to discrete hypervariable regions of the amino-terminal domain of the molecule. In this study, the HLA-DRB1 genotypes were determined in twenty students using the PCR-SSP (polymerase chain reaction-sequence specific primer) technique. Two specific primer pairs in assigning the DRB1 gene were used. The results of PCR-SSP, the $HLA-DRB1^{\ast}0101$ primer detected nine and $HLA-DRB1^{\ast}1501$ primer detected three people. This study shows that the PCR-SSP technique is relatively simple, fast and a practical tool for the determination of the HLA-DRB1 genotypes. Moreover, these genotype frequency results of the HLA DRB1 gene could be useful for database study before being applied to individual identification and transplantation immunity.

• Food Science and Biotechnology
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• 제14권3호
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• pp.387-391
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• 2005

Competitive polymerase chain reaction (cPCR) was used to develop a direct enumeration method of Listeria monocytogenes in pork meat. Pork meat was artificially inoculated with L. monocytogenes and DNA was extracted using guanidine thiocyanate-phenol-chloroform and subjected to PCR amplification. Sixteen primer sets for L. monocytogenes hlyA gene were tested for sensitive detection and the DG69/DG74 primer set was selected. The detection limit achieved with this primer set was as low as 860 colony-forming units (cfu) per 0.1 g of pork meat. When the samples were cultured at $30^{\circ}C$ for 16 hr in Brain Heart Infusion (BHI) medium, even a single bacterium could be detected with this primer set by PCR. For cPCR, the hlyA gene, which features a 148 bp-deletion, was cloned in the pGEM-4Z vector. A known amount of competitor DNA which has the same primer binding sites was co-amplified with L. monocytogenes total DNA from the artificially inoculated pork meat. The cell-number determined by cPCR was approximately equal to cfu from the Most Probable Number (MPN) method. The whole procedure took only 5 hr.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.110-114
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• 2004

본 연구는 뽕나무 품종간의 유전적 특성 분석을 위한 기초 자료로서 최적의 RAPD-PCR 조건을 확립하기 위하여 수행하였다. 본 연구를 위해 '밀성뽕', '청일뽕', '수일뽕' 그리고 한성뽕'등의 4품종을 이용하여 Operon사의 OPY15 (5'-AG-TCGCCCTT-3') primer를 사용, 여러 가지 PCR 조건하에서 실험하였다. DNA 농도, primer농도, $MgCl_2$ 농도, PCR 횟수, annealing temperature, pre-heating time의 조작유무 등 여러 가지 요인들을 대상으로 시험을 수행한 결과, $25 \mu$ 반응용액을 기준으로 50 ng의 template DNA, $1 \muM$의 random primer, 1.5 mM의$MgCl_2$45회의 PCR cycle, 45$^{\circ}C$의 annealing temperature 그리고 pre-heating time이 없는 조건이 최적으로 나타났다. 이러한 RAPD-PCR법의 안정적인 조건의 확립은 후차적인 뽕나무 품종간의 유전적 특성의 규명, 계통간의 관련, 신품종 육성 등을 위한 중요한 기초 자료로 활용될 것으로 생각된다.

• 한국식품과학회지
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• 제51권3호
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• pp.295-299
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• 2019

본 연구에서는 형태학적으로 판별이 어려운 옥돔과 옥두어의 종 특이 primer를 개발, 검증한 후 모니터링을 통해 위변조 된 옥돔의 유통을 예방하고자 하였다. 옥돔과 옥두어 염기서열은 clustal omega 프로그램을 이용하여 정리하였고, primer3 프로그램을 이용하여 primer를 설계하였다. Multiplex PCR 결과는 옥돔과 옥두어에 대한 종 특이적 증폭이 확인되었고, PCR 반응을 확인하기 위한 공통 유전자에 대한 증폭이 확인되었다. 옥돔을 288 bp, 옥두어를 159 bp, 공통 유전자를 502 bp로 증폭되어 각각 PCR product 사이에 100 bp 이상 차이가 나타나 정확하게 판별이 가능하였다. Multiplex PCR 민감도 실험결과 옥돔 primer가 1 ng, 옥두어 primer가 1 ng, 공통 유전자 primer가 1 ng까지 밴드가 확인되었다. 모니터링 실험결과, 옥돔 38건, 옥두어 13건으로 판정되어 시료의 어종과 실험결과가 100% 일치함을 확인하였고, 위변조 사례는 나타나지 않았다. 본 실험에서 개발된 multiplex PCR 방법은 특이도와 민감도가 확보되었고 모니터링을 통해 유통, 판매되고 있는 옥돔과 옥두어의 판별에 적합함을 확인하였다.