• 미생물학회지
• /
• 제47권1호
• /
• pp.87-91
• /
• 2011

본 연구에서는 분말 식품에서 real-time PCR과 배지배양법을 사용하여 Cronobacter spp.를 검출하는 방법이 비교검증 되었다. 조제분유, 이유식, 미숫가루에 Cronobacter를 인위적으로 접종시킨 후, 식품공전의 방법에 따라 멸균증류수와 Enterobacteriaceae enrichment (EE) broth에서 각각 1, 2차 증균배양 하였으며, Druggan-Forsythe-Iversen에 선택배양하여 Cronobacter를 검출하였다. Real-time PCR은 멸균증류수 및 EE broth에서 1 ml을 채취한 후 DNA를 추출하여 시행하였다. 실험결과 모든 식품에서 배지배양법과 real-time PCR간에는 통계학적 유의차가 존재하지 않았다(p>0.05). 한편 모든 실험회차에서 real-time PCR 수행 시, 1차 증균액인 멸균증류수에서의 양성검출율이 2차 증균액인 EE broth에서보다 높았는데, 이는 2차 증균액 내의 구성성분 중 일부분이 real-time PCR의 반응을 저해했기 때문으로 사료된다. 연구결과를 종합해 볼 때, 1차 증균 후, real-time PCR을 통해 Cronobacter를 검출하는 방법은 정확한 민감도를 보이면서도 시간과 노동력을 절감할 수 있는 효과적인 방법으로 사료된다.

• 한국식품과학회지
• /
• 제45권6호
• /
• pp.791-795
• /
• 2013

본 연구에서는 유제품 및 육제품에서 Staphylococcus aureus를 검출하기 위한 PCR과 배지배양법을 비교검증 하였다. 우유, 분유, 소시지, 소고기 분쇄육에 S. aureus를 인위적으로 접종시킨 후, 축산물 가공기준 및 성분규격에 따라 10% NaCl이 첨가된 tryptic soy broth(TSB)에서 증균배양 하였으며, Baird Parker agar에 선택배양 하였다. PCR은 TSB에서 1 mL를 채취한 후 DNA를 추출하여 시행하였으며, S. aureus의 23s rRNA를 표적으로 하는 primer를 사용하였다. 의심집락에 대해 coagulase test와 colony PCR을 통한 확인시험을 실시하였다. 실험결과 우유와 분유에서는 배지배양법과 PCR간에 통계학적 유의차가 존재하지 않았다. 소시지와 소고기 분쇄육의 경우에는 PCR이 배지법에 비해 더 많은 양성을 검출하여 높은 통계학적 유의차를 보였다(p<0.05). 연구결과를 종합하면, 유제품 및 육제품에서 PCR을 통한 S. aureus의 검출은 기존 배지배지배양법에 비해 시간과 노동력을 절감할 수 있는 효과적인 방법으로 나타났다.

• 연구논문집
• /
• 통권33호
• /
• pp.17-25
• /
• 2003

In this work, thermal design of a PCR chip for LOC is systematically conducted. From the numerical simulation of a PCR chip based on the finite volume method, how to control the average temperature of a PCR chip and the temperature difference between the denaturation zone and the annealing zone is presented. The average temperature is shown to be controlled by adjusting heat input and a cooler as well as a heater is shown to be necessary to obtain three individual temperature zones for polymerase chain reaction. To reduce the time required, a heat sink for the cooler is not included in the calculation domain for the PCR chip and heat sink design is conducted separately by using a compact modeling method, the porous medium approach.

• 한국식품과학회지
• /
• 제41권3호
• /
• pp.350-353
• /
• 2009

땅콩(Arachis hypogaea)은 예민한 사람들에게 심한 알레르기를 일으킬 수 있다. Agglutinin은 땅콩에서 알레르기 유발 단백질의 하나로 알려져 있다. 식품중의 땅콩성분을 검출하기 위하여 agglutinin 유전자에 특이적인 primer pair를 이용하는 polymerase chain reaction(PCR) 방법을 개발하였다. PCR 반응은 땅콩에서 agglutinin DNA의 특정부분을 증폭시켰으나 11종의 다른 견과류, 두류 및 곡류(피스타치오, 아몬드, 해바라기씨, 잣, 호두, 대두, 검은콩, 강낭콩, 팥, 백미, 흑미)에 대해서는 반응하지 않았다. 이 PCR 방법으로 땅콩성분이 함유된 6종의 가공식품을 모두 확인할 수 있었으며 땅콩이 구성성분으로 표시되지 않은 13종의 다른 가공식품에 대해서는 모두 음성반응을 나타냈다. 본 방법은 정제된 땅콩 DNA를 100 pg까지 검출할 수 있었으며 대두 DNA에 땅콩 DNA가 0.1%까지 혼합된 경우도 검출이 가능하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제47권4호
• /
• pp.309-315
• /
• 2020

Advances in biotechnology have led to progress in crop genetic engineering to improve agricultural productivity. The use of genetically modified (GM) crops has increased, as have consumers' and regulators' concerns about the safety of GM crops to human health, and ecological biodiversity. As such, the identification of GM crops is a critical issue for developers and distributors, and their labeling is mandatory. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) has been developed and its use validated for the detection and identification of GM crops in quarantine. Herein, we established a simultaneous detection method to identify four GM maize events. Event-specific primers were designed between the junction region of transgene and genome of four GM maize lines, namely 5307, DAS-40278-9, MON87460, and MON87427. To verify the efficiency and accuracy of the multiplex PCR we used specificity analysis, limit of detection evaluation, and mixed certified reference materials identification. The multiplex PCR method was applied to analyze 29 living, modified maize volunteers collected in South Korea in 2018 and 2019. We performed multiplex PCR analysis to identify events and confirmed the result by simplex PCR using each event-specific primer. As a result, rather than detecting each event individually, the simultaneous detection PCR method enabled the rapid analysis of 29 GM maize volunteers. Thus, the novel multiplex PCR method is applicable for living modified organism volunteer identification.

• 한국식품과학회지
• /
• 제33권5호
• /
• pp.521-524
• /
• 2001

본 연구는 유전자재조합 기술에 의해 개발된 glyphosate에 내성을 가지고 있는 콩(GTS)의 모니터링을 위하여 PCR을 이용한 검출 방법에 대한 실험을 수행하였다. Glyphosate에 내성이 있는 콩에 삽입된 유전자와 표준대조 유전자인 lectin과 ferritin 유전자를 근거로 제작된 primer와 CTAB 방법으로 추출된 콩의 DNA를 template로 이용하여 PCR을 수행하였다. GTS의 검출을 위한 제작된 primer들은 GTS와 특이적으로 반응하여 증폭된 PCR 산물을 생성하였으나, non-GTS와는 PCR 산물을 생성하지 못했다. 증폭된 염기서열 분석을 통하여 GTS에 특이적인 것을확인하였으며, 약 0.05%가 포함되어 있는 GTS까지 검출이 가능함을 보였다.

• 대한수의학회지
• /
• 제36권3호
• /
• pp.607-614
• /
• 1996

Several methods for rapid and accurate detection of VTe-producing E coli were established. These methods contain beta-glucuronidase-secretion test, beta-haemolysis-production test in blood agar, verocytotoxicity test, and PCR. All of the VTe-producing strains made beta-haemolysis on 5% sheep blood agar. VTe-producing strains secreted beta-glucuronidase whereas 0157:H7 strains producing VTI or VTII did not secrete that enzyme. Verocytotoxicity test was established for rapid diagnosis. VTe detection was rapider in Vero cell suspension than Vero cell monolayer. In PCR, there was a positive result only in VTe-producing E coli, not in VTI or VTII-producing E coli. In this experiment, 165 strains of E coli were islated from feces or intestinal contents of post-weaning piglets showing nervous sign or diarrhea. And 20 strains of E coli that produced VTe were selected by verocytotoxicity test and PCR. According to these experiments, there was a direct correlation between verocytotoxicity test and PCR. And verocytotoxicity test is recommended as a routine diagnostic method and PCR does as a accurate diagnostic method to detect VTe-producing E coli.

• Journal of Microbiology
• /
• 제38권2호
• /
• pp.105-108
• /
• 2000

Oligonucleotide primers amplifying a 344 bp fragment on the integrin-like protein alpha-INT1p gene (${\alpha}$INT1) of Candida albicans were synthesized for screenign of C. albicans from clinicalsamples by the polymerase chain reaction (PCR). The PCR specifically amplified DNA from C. albicans and none from any other Candida, fungal, or human DNA in standard used here. The PCR assay showed that the primers (LH1 and LH2) were specific for 26 isolates of C. albicans from clinical smaples, whereas the positive fragment, 344 bp, was not amplified from 15 clinical isolates including 14 other medically important Candida species and an isolate of Saccharomyces cerevisiae. PCR was conducted on the urine samples of 20 patients and 4 samples were C. albicans positive. The detection limit of the PCR assay for C. albicans was shown to be approximately 10 cells/ml saline. The PCR system using 344 bp ${\alpha}$INT1 as a target is more specific and rapid than the conventional culture method, and the sensitive detection method is applicable to clinical diagnosis of C. albicans infections.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제43권1호
• /
• pp.30-37
• /
• 1996

연구배경: 본 연구는 결핵의 조기검출을 위하여, PCR을 이용하는데 있어서의 중요한 문제점의 하나인 임상검체로부터 결핵균을 분리 방법을 개선하여, 교차오염의 가능성을 최소화하고 PCR에 의한 결핵균의 DNA검출을 보다 쉽고 안전하게 실시하여 대량의 검체를 처리해야하는 일상 임상검사법으로 정착시키고자 하는데 그 목적이 있다. 방법: 다양한 방법으로 DNA를 검출하여 동일한 방법으로 PCR을 수행하여 이차 PCR 산물의 전기영동 결과를 AFB도말 및 배양검사 결과와 함께 비교하여 감수성, 특이성, 양성예측도 및 음성예측도의 항목으로 비교분석하였다. 실험 1은 Proteinase K 처리후 phenol로 추출하는 방법과 Chelex 100 이온교환 수지를 이용한 InstaGene법을 100예에서 비교하였으며, 실험 2에서는 Microwave 처리후 원침 상청액을 직접 시용하는 방법과 Chelex 100 이온교환 수지를 이용한 InstaGene 법을 98예에서 비교하였다. 결과: 세 DNA 분리법으로 실시한 PCR결과에서 모두 특이성과 양성예측도가 매우 낮았다. 실험 1에서 Proteinase K 법에 의한 경우 보다 Insta Gene을 이용한 경우에 약 20% 높은 감수성과 10%~20% 높은 음성예측도를 보이고 있으며, 특이성은 2%~8% 낮고, 양성예측도는 2.5%~4% 높은 것으로 나타났다. 실험 2에서는 Microwave법과 Insta Gene을 이용한 경우에 거의 비슷한 결과를 보였다. 결론: 결핵진단시 PCR을 위한 객담검체에서의 DNA 분리시에 Microwave법과 $InstaGene^{TM}$ DNA분리 kit가 매우 효율적이며, 특히 InstaGene법이 교차오염의 가능성이 거의 없고, 처리 시간이 짧으며, 조작이 매우 간단하며 매우 경제적인 것으로 나타났다. 다만 특이성을 더욱 높일 수 있도록 연구가 추가되어야 할 것이며 일반 인구집단에서 충분한 임상검체를 대상으로 연구가 추가되면 InstaGene법의 유용성이 더욱 확실히 검증 될 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제44권1호
• /
• pp.106-112
• /
• 2006

In this study, the genetic diversities of multi-resistant Salmonella typhimurium (ST) isolates were analyzed via the application of both pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and Polymerase chain reaction (PCR) analysis methods, using 6 kinds of primers (REP, ERIC, SERE, BOX, P-1254 and OPB-17). And their discriminative abilities (DA) were also compared in order to determine the most effective and reliable analysis method. 118 S. typhimurium isolates, cultured from diverse animals and human patients in Korea beginning in 1993, were analyzed and subjected to a comparison of Simpson's index of diversity (SID), using both PFGE and PCR methods. PFGE by XbaI enzyme digestion allowed for discrimination into 9 pulsotypes, with high SID values (0.991) on the genomic DNA level. This shows that PFGE is a very discriminative genotypic tool, and also that multiple clones of S. typhimurium isolates had existed in domestic animals and humans in Korea since 1993. However, we could ultimately not to trace the definitive sources or animal reservoirs of specific S. typhimurium isolates examined in this study. Depending on the SID values, the combined method (7 kinds of method) was found to be the most discriminative method, followed by (in order) SERE-PCR, REP-PCR, ERIC-PCR, PFGE & OPB-17 (RAPD), P-1254 (RAPD), and BOX-PCR at the $80\%$ clone cut-off value. This finding suggests that the REP-PCR method (which utilizes 4 primer types) may be an alternative tool to PFGE for the genotyping of S. typhimurium isolates, with comparable cost, time, and labor requirement. The establishment of a highly reliable and discriminatory method for epidemiologic analysis is considered necessary in order for researchers to trace the sources of specific pathogens and, consequently, to control and prevent the spread of epidemic S. typhimurium isolates to humans.