• 한국축산식품학회지
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• 제27권2호
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• pp.209-215
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• 2007

본 연구는 mt DNA 12S rRNA 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 9종류 축종(소, 돼지, 양, 염소, 말, 사슴, 닭, 오리 및 칠면조)의 육류로부터 12S rRNA유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 공시축의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(약 455 bp)을 Tsp5091와 MboI 제한효소로 각각 절단한 결과 Tsp5091 제한효소는 포유류 6종간에서 그리고 MboI 제한효소는 가금류 3종간에서 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP profile을 검출하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 12S rRNA 유전자의 종 특이적 DNA 분자표지는 각종 원료육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 동물 종 감별 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제41권2호
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• pp.119-129
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• 2011

한국산 초롱꽃과 8속 25분류군과 군외군 2분류군 등 총 27분류군에 대한 계통유연관계를 알아보기 위하여 PCR-RFLP와 ITS 지역의 염기서열 분석을 실시하였다. 엽록체 DNA의 11개 지역을 이용한 PCR-RFLP 분석에서는 증폭된 DNA 각각에 대하여 15가지 제한효소를 처리한 결과 총 244개의 제한효소 절편을 얻었으며, 그 중 59개는 분류군간 차이가 있어 24%의 다형화를 보였다. ITS 지역의 길이는 588-707 bp이었으며, 염기변이는 0-39.36%로 나타났다. 계통 분석 결과, PCR-RFLP와 ITS 지역의 염기서열을 이용한 계통수 모두에서 초롱꽃과는 단계통을 형성하였다. 도라지속과 더덕속은 독립적인 분계조로 유집되었고, 홍노도라지속과 영아자속은 잔대속-금강초롱꽃속을 위한 자매군을 형성하였다. 초롱꽃속도 단계통으로 나타났고, 애기도라 지속은 ITS분석에서는 가장 기부에 분계조를 형성하였지만 PCR-RFLP결과에서는 초롱꽃속과 더덕속-도라지속분계조 사이에 위치하여 차이를 보였다. 금강초롱꽃속은 잔대속과 함께 유집되었으며, 잔대속은 병계원으로 분계조를 형성하여 형태형질에 의한 속내 분류체계와 일치하지 않았다. 본 연구에서 다룬 2가지 자료에 기초한 한국산 초롱꽃과의 계통분석 결과, 속 수준에서는 대부분 일치하는 경향을 보였지만 애기도라지속과 금강초롱꽃속의 계통학적 위치와 잔대속의 속내 분류계급의 유집에서는 차이를 보였다.

• 생명과학회지
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• 제22권2호
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• pp.245-250
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• 2012

Vibrio속의 core 균주(Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus)를 포함하여 총 6 종의 Vibrio 균주(V. fluvialis, V. proteolyticus, V. vulnificus, V. mimicus)와 Grimontia (Vibrio) hollisae의 16S rDNA를 PCR 증폭하여 Alu I, Cfo I, Dde I, Hae III, Msp I, Rsa I의 6 종의 제한효소를 처리 후 RFLP 분석을 수행하였다. 2 종의 core 균주와 V. proteolyticus는 4 종의 제한효소(Cfo I, Dde I, Msp I, Rsa I)에서 동일한 제한효소 패턴을 나타내었다. 제한효소의 패턴의 조합에 의해 6 종의 Vibrio 종은 6 개의 RFLP type으로 구분되었다. 특히 Alu I의 경우, 실험된 6 종의 Vibrio속에 대하여 각기 다른 6 개의 종 특이적 RFLP type을 나타내었다. 제한효소 패턴에 근거하여 작성한 덴드로그램에서 Vibrio core group 균주인 V. alginolyticus 와 V. parahaemolyticus는 90% 이상의 매우 높은 유사도를 나타내었다. 반면 Grimontia hollisae는 실험된 모든 제한효소 패턴에서 Vibrio속 세균과는 분명히 구분되는 RFLP type을 나타내었다. 따라서 PCR-RFLP는 제한효소를 적절히 선택한다면 Vibrio 속 세균의 신속한 구분에 여전히 유용하다.

• 미생물학회지
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• 제35권3호
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• pp.173-179
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• 1999

Rhizoctonia solani 분류를 위해 균사의 anastomosis group과 grouprks의 유전적 차이의 분석을 위해 rDNA 의 PCR-RFLP 와 RFLP를 실시하였다. rDNA 의 PCR-RFLP 결과 R. solani 는 크게 5 group 으로 나뉘어졌다. 균주 번호 1번과 3번은 AG-5 그룹과 0.976의 높은 상동성을 보였고, 12번, 13번은 AG-2-2와 0.976의 상동성을 보였다. 균주번호 7,8,11,13,15 는 AG-1에 속하였다. 제한효소 HaeIII로 절단하였을 때 균주번호 4,5,7,8은 700 bp에서 하나의 밴드가 나타나 AG-1에 속하였고, 균주번호 9는 AG-2-1과 517 bp에서 하나의 밴드가 나타났다. 도한 제한효소 Msp I을 사용하여 southern blotting을 한 결과 더 다양한 절단양상을 보이며 AG 간의 차이가 나타났다. AG-2-1과 균주번호 9는 200 bp에서 하나의 밴드가 나타났다. 균주 3,4,5,10,11,13은 AG-1과 1kb에서 하나의 밴드로 나타났다.

• 한국어병학회지
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• 제37권1호
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• pp.147-153
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• 2024

The World Organization for Animal Health (WOAH) recommends two protocols (ITS and COI) for conventional PCR of G. salaris diagnosis. However, ITS PCR protocol may yield false-positive results, leading to unnecessary countermeasures. It's difficult to distinguish between G. salaris and false-positive by similar amplicon size of PCR, since the amplicon size of ITS PCR in G. salaris and false-positive was 1,300 and 1,187 bp, respectively. The nucleotide sequences of ITS false-positive in rainbow trout is 99.7% identical to previously reported host genome sequences of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and 95.3 to 89.1% identical to those of other salmonid fish species. To reduce false-positive PCR band, PCR was performed by the different annealing temperature, but PCR bands were still detected. In RFLP analysis by HaeIII, the PCR product of G. salaris was digested into four bands of 512, 399, 234 and 154 bp, while the false-positive was digested into seven bands of 297, 263, 242, 144, 93, 80 and 68 bp. In the RFLP patterns digested by HindIII, G. salaris showed two bands of 659 and 640 bp, while false-positive had one fragment of 1,187 bp without any digestion. Therefore, the RFLP method of ITS PCR with HaeIII and HindIII can be used for differentiation between G. salaris and false-positive. These results might provide important information on the improvement of PCR diagnostic method of G. salaris.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권10호
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• pp.1068-1075
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• 2005

목 적 : 성장호르몬 분비를 촉진하는 ghrelin는 여러 질병에서의 역할은 아직까지 잘 알려져 있지 않았다. 그러나 최근에 ghrelin 유전자 변이가 비만과 당뇨병과 관련이 있는 것으로 알려졌다. 현재까지 보고된 ghrelin 유전자 이상으로는 SNP인 Arg51Gln, Leu72Met, G274A가 있으며 이중 가장 흔한 이상인 Leu72Met 변이이다. 일반적으로 ghrelin 유전자의 Leu72Met와 같은 diallelic 다형성을 스크리닝하는데 SSCP, RFLP, sequencing 등이 사용되어 왔으나 향후 비만 환자들에서 가장 효과적이고 정확하게, 손쉽게 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 검출할 수 있는 스크리닝 방법을 찾아 임상적 적용에 이용하고자 하였다. 방 법 : 비만소아에서 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 방법을 이용하여 비교분석하고 이들의 검사방법의 장단점을 알아보았다. 결 과 : PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 모두에서 allele 특이산물의 밴드가 뚜렷이 구별할 수 있었으며 상기 방법에 의한 결과는 모두에서 일치하였다. PCR-SSCP 방법은 점돌연변이의 존재 여부를 많은 시료를 대상으로 쉽게 분자학적 스크리닝할 수 있는 장점이 있으나 조작이 간단하지 않고 비용부담이 많다. BsrI 제한효소를 이용한 PCR-RFLP법은 비교적 용이하고 간단하여 널리 쓰이는 방법이지만 충분한 고농도의 DNA가 필요하며 전기영동 결과의 올바른 해석이 쉽지 않았다. 이에 비하여 ARMS 분석법은 위의 방법들보다는 간편하여 검사의 소요시간도 짧으며, 검출률이 높고 결과 해석이 매우 쉬웠다. 결 론 : 따라서 본 실험에서 시행한 ghrelin의 Leu72Met 유전자의 다형성을 결정하는 방법 중에는 ARMS 분석법이 정확하고 검사 분석법 및 결과 해석이 매우 쉽고 검사의 소요시간도 짧아 대량 검체에 적용에 매우 효과적으로 사료된다.

• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2005년도 정기총회 및 제35차 춘계 학술 발표대회
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• pp.195-198
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• 2005

본 연구는 cytochrome B 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 7종류 축종(닭, 양, 돼지, 소, 사슴, 말, 염소)의 육류로부터 cytochrome B 유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 축종의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(359 bp)을 두 종류의 제한효소(Hae Ш 및 Hinf I)로 각각 절단한 결과 축종 간 그리고 제한효소 간에 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP marker를 검출하였다. 따라서, 본 연구에서 개발한 cytochrome B 유전자의 종 특이적 PCR-RFLP marker는 각종 식육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.

• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2005년도 정기총회 및 제35차 춘계 학술 발표대회
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• pp.199-202
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• 2005

본 연구는 cytochrome B 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 가금류 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 종간 근연관계가 높은 3종의 가금육(닭, 칠면조 및 오리)의 육류에서 분리한 DNA 시료를 대상으로 cytochrome B 유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 축종의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(359 bp)을 두 종류의 제한효소(HaeШ 및 Hinf I)로 각각 절단한 결과 특히, HaeШ 제한효소에서 가금류의 축종 간 그리고 제한효소 간에 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP marker를 검출하였다. 따라서, 본 연구에서 개발한 cytochrome B 유전자의 가금류 종 특이적 PCR-RFLP marker는 가금류의 식육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.

• 대한수의학회지
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• 제45권3호
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• pp.335-339
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• 2005

The melanocortin 1 receptor (MC1R) plays an important role in regulation of melanin pigment synthesis within mammalian melanocytes. Mutations within the gene encoding MC1R have been shown to explain coat color variations within several mammalian species including cattle. To develope a rapid and accurate method for the identification of Hanwoo, we performed a modified PCR-RFLP analysis of MC1R gene using single nucleotide polymorphism (SNP) within MC1R as a target. A size of 538 bp (537 bp for Hanwoo) was amplified by PCR, digested with Hpa II, and electrophoresed on a 1.5% agarose gel. A PCR product from Hanwoo showed a single band of 537 bp, whereas two fragments of 328 bp and 210 bp were detected in both Holstein and Black angus. The current result suggests that the PCR-RFLP using our primers and enzyme digestion system would be very accurate, easy and reproducible method to discriminate between Hanwoo and Holstein/Black angus meat.

• 대한수의학회지
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• 제36권3호
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• pp.627-633
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• 1996

To analyze the genomic diversity of transmissible gastroenteritis virus (TGEV), the N-terminal half of the spike (S) glycoprotein gene and nonstructural protein gene (open reading frames 3 and 3-1) were amplified by reverse transcriptase reaction and polymerase chain reaction (RT-PCR), and analyzed using restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of the amplified DNA. In this study, TGEV Miller (M6) and Purdue (P115) strains were used as reference strains, and two vaccine strains (MSV and STC3) and four Korea isolates (P44, VRI-WP, VRI-41, and VRI-48) were analyzed. All TGEV strains were amplified with three TGEV primer pairs. Although there was some exception in RFLP analysis, this method differentiated TGEV strains into following groups : Miller group (M6 and MSV), Purdue group (PUS, STC3, P44, VRI-WP, VRI-41, and VRI-48). Using Sau3AI and SspI, VRI-48 was differentiated from the Miller and Purdue type viruses. The RT/PCR in conjuction with RFLP analysis was a rapid and valuable tool for differentiating several strains of TGEV. This study revealed the occurences of distinct difference in genome of TGEV strains.