• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제43권3호
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• pp.147-151
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• 2000

A gene, nprM, from Bacillus megaterium ATCC 14945 was obtained by PCR using primers synthesized based on two nprM sequences from two different strains, and cloned into Escherichia coli. The gene nprM encoded an extracellular neutral protease, and the molecular mass of the expressed enzyme was estimated to be approximately 36kDa on a denaturating gel. The enzyme was activated by $Ca^{2+}$, and the optimum concentration of $Ca^{2+}$ was 5 mM. The enzyme was inhibited by EDTA but not by PMSF. The optimal pH and temperature of the cloned enzyme were $50^{\circ}C and pH 7.5-8.0, respectively, and were similar to those of the enzyme from the gene gonor cell. The cloned NprM caused internal cleavage of the native endoglucanase of B. subtilis BSE616 as a model foregin protein, and resulted in a small truncated but still active endoglucanase.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권11호
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• pp.5535-5538
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• 2012

Background: There have been case reports of oral squamous cell carcinoma arising from gingival overgrowth induced by phenytoin - an antiepileptic drug. However, a detailed analysis for the presence of mutations in p53 and ras genes, which are the two most frequently mutated genes in cancers, in phenytoin induced gingival overgrowth tissues has hitherto not been performed. Methods: Cellular DNA isolated from twenty gingival overgrowth tissues collected from patients undergoing phenytoin therapy were amplified using primers for p53 (exons 5-8) and H-ras (exons 1-2) genes. The PCR amplicons were then gel purified and subjected to direct sequencing analysis to screen for mutations. Results: Direct sequencing of twenty samples of phenytoin induced gingival growth did not identify mutations in any of the exons of p53 and H-ras genes that were analyzed. Conclusion: Our result indicates that mutational alteration of p53 and H-ras genes is infrequent in phenytoin induced gingival growth, which thus suggests a non malignant nature of this pathology. The findings in the present study are clinically significant as a large number of epileptic patients are treated with phenytoin.

• 한국자연치유학회지
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• 제7권2호
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• pp.27-38
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• 2018

목적: 본 연구는 임상대상자 16명에게 Bacillus 발효용액(ENM)을 8주간 섭취시키기 전 후에 임상대상자들의 변에서 주요 목표 장내 유익세균의 증식이 촉진 되는지 및 유해균은 감소하는지를 연구하는 것이 목적이었다. 방법: 장내세균은 16S rRNA 특정 Primer를 이용하여 PCR 증폭기로 동정 검색하였다. 결과: Bifidobacterium속 gene index (%)(=gi%)는 ENM섭취 후에는 대조군이 58.92%, 임상군은 69.53%로 증가하였으나 유의성은 없었다. Lactobacillus 속 지수는 사후에는 대조군이 49.37%, 임상군은 66.43%로 유의성이 있게 증가하였다 (p<.029). Clostridium 속 지수는 사후에는 대조군이 83.16%, 임상군은 67.76%로 유의하게 감소하였다(p<.077). Bacteroides 속 지수는 사후에는 대조군이 12.58%, 임상군은 20.87%로 유의성이 있게 증가하였다(p<.095). Prevotella 속 지수는 사후에는 대조군이 7.55%, 임상군은 17.28%로 유의성이 있게 증가하였다(p<.005). 중간균체는 사후검사의 경우에는 대조군이 20.06%, 임상군은35.88%로 유의성이 있게 증가하였다(p<.001). 결론: Bacillus 발효액(ENM)을 섭취후에는 유익균 수는주로 증가하였고, 유해균인 Clostridium균수는감소하는경향을보였다. 이는 발효음료 ENM의 섭취가 유익한 장내세균의 증식에 영향을 주는 것으로 판단된다.

• 한국해양학회지:바다
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• 제22권1호
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• pp.31-44
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• 2017

Pfiesteria piscicida는 유독 종속영양 와편모조류로서, 크기가 작고 형태학적으로 유사한 Pfiesteria-like dinoflagellate (PLD) 종들로 인해, 광학 현미경 관찰만으로 정확하게 동정하는 것이 불가능하다. 따라서, 본 연구에서는 이러한 한계점을 극복하기 위해 EvaGreen 기반의 정량적 real-time PCR기법을 개발하였으며, 한국 근해에서 P. piscicida의 분포와 시화호에서 개체군 변동 조사를 통해 현장에서 유용성을 검증하였다. 이를 위해, internal transcribed spacer 1 (ITS 1) 영역을 대상으로 종 특이적 프라이머를 제작하였으며, P. piscicida와 진화적 유연관계에 있는 다양한 미세조류에 대해 PCR을 수행하여 프라이머의 특이성을 검증하였다. 개발된 프라이머를 real-time PCR 기법에 적용한 결과, P. piscicida의 세포수와 $C_T$값 간의 유의한 표준 곡선($r^2{\geq}0.999$)과 하나의 융해곡선 피크($88^{\circ}C$)가 관찰되었다. 이는 본 연구에서 개발된 기법이 대상생물인 P. piscicida를 정확하게 정성 및 정량분석이 가능함을 의미한다. 개발된 real-time PCR 기법의 현장적용 결과, 광학 현미경상에서는 탐지할 수 없었던 P. piscicida를 서해(김제, 목포)와 동해(강릉) 시료에서 검출하였다. 또한, 시화호 시료를 이용한 P. piscicida개체군 동태 조사에서 다른 정점에 비해 염분도가 상대적으로 낮았던(${\leq}15psu$), St. 1에서 2007년 6, 7, 8월에 세포밀도의 피크가 관찰되었다. 본 연구에서 개발된 EvaGreen 기반 real-time PCR 기법은 현장에서 P. piscicida를 탐지 및 정량 분석 하는데 성공하였으며, 이는 향후 이들 종에 대한 다양한 생태학적 연구에 활용될 것으로 사료된다.

• Mycobiology
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• 제34권3호
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• pp.154-157
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• 2006

A fungal isolate collected from infected paprika (Capsicum annuum var. grossum) was characterized as Sclerotinia sclerotiorum based on its ability of sclerotium formation, physiological and molecular properties. When the isolate was grown on potato dextrose agar, oatmeal agar, and malt extract agar, it grew most well on PDA. Optimal temperature and pH for its growth were $25^{\circ}C$ and pH 7, respectively. The fungal isolate produced sclerotia on PDA within 10 days, and the color and shape of the sclerotia were similar to those of S. sclerotiorum. The ITS rDNA regions including ITS1 and ITS2 and 5.8S sequences were amplified using ITS1F and ITS4 primers from the genomic DNAs of the paprika isolate and other known pathogenic S. sclerotiorum isolated from different crops in Korea, and their nucleotide sequences were determined. Sequence comparison analysis showed the ITS rDNA of the paprika isolate shares 100% sequence identity with those of S. sclerotiorum isolated from red pepper, lettuce and a S. sclerotiorum isolate registered in GenBank DNA database. Neighbor joining analysis based on the ITS rDNA sequence revealed the paprika isolate has very close phylogenetic relationships with known Sclerotinia sclerotiorum isolates. This is the first report that S. sclerotiorum has been found associated with paprika rot in paprika growing countries.

• 한국약용작물학회지
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• 제13권2호
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• pp.115-120
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• 2005

Broadening the genetic base of Platycodon grandiflorum DC. cultivar to sustain improvement requires assessment of genetic diversity available in P. grandiflorum DC.. The objective of this study was to analyze the genetic variation, genetic relationship among 48 samples collected from East-Asian Area by means of RAPD-PCR (random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction) markers. From the 18 primers tested, produced total 211 bands with an average of 11.7 bands per primer and obtained 103 polymorphic band with an average of 5.7 bands per primer,s revealed relatively high percentage of polymorphic bands (48.8%). The genetic similarities calculated from RAPD data varied from 0.688 to 0.994 and were clustered to six major groups on a criterion of 0.78 similarity coefficient. The present study has revealed the significant genetic similarity among the samples tested. The analysis of genetic relationships in P. grandiflorum using RAPD-PCR banding data can be useful for the breed improvement.

• 한국자연치유학회지
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• 제8권1호
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• pp.1-10
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• 2019

목적: 본 연구는 임상대상자 30명에게 미생물발효용액인 Zen발효용액을 8주간 섭취시킨 후에 임상대상자들의 변에서 중요한 장내 유익세균 및 저해세균의 증식이 촉진되는지 또는 감소하는지를 연구하는 것이 목적이었다. 방법: 장내세균은 특정 Primer를 이용하여 PCR 증폭기로 동정 검색하였다. 결과: Zen발효액을 섭취한 임상군의 Bifidobacterium genus 유전자복제지수(gi%)는 섭취 전 수치는 55.15%, 섭취 후에는 70.1%로 나타났으며, 섭취 후에 14.95% 차이로 유의성이 있게 증가하였다. 아래 모든 대조군은 유의성이 없었다. 임상군의 Lactobacillus genus지수는 섭취 전이 46.87%, 섭취 후가 60.91%로 나타났으며, 섭취 후에 14.04% 차이로 유의성은 있게 증가하였다(p<.01). 임상군의 Clostridium genus지수는 사전이 85.64%, 사후가 65.99%로 나타났으며, 섭취 후에 -19.65% 차이로 유의성이 있게 감소를 하였다(p<.017). 임상군의 Bacteroides genus지수는 사전이 17.11%, 사후가 20.22%로 나타났으며, 섭취 후에 3.11% 차이로 유의성이 있게 증가하였다. 임상군의 Prevotella genus지수는 사전이 14.01%, 사후가 16.79%로 나타났으며, 섭취 후에 2.78%차이로 증가하였으나 유의성은 없었다. 결론: 장내세균은 혼합미생물의 발효액 Zen을 섭취 후에 장내에서 유익균은 증식이 증가하고, 유해균은 억제되는 현상을 발견하였다. Zen발효액은 장 건강에 유익한 음료라 평가한다.

• Molecules and Cells
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• 제26권2호
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• pp.146-151
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• 2008

The brown planthopper (BPH) is a major insect pest in rice, and damages these plants by sucking phloem-sap and transmitting viral diseases. Many BPH resistance genes have been identified in indica varieties and wild rice accessions, but none has yet been cloned. In the present study we report fine mapping of the region containing the Bph1 locus, which enabled us to perform marker-aided selection (MAS). We used 273 F8 recombinant inbred lines (RILs) derived from a cross between Cheongcheongbyeo, an indica type variety harboring Bph1 from Mudgo, and Hwayeongbyeo, a BPH susceptible japonica variety. By random amplification of polymorphic DNA (RAPD) analysis using 656 random 10-mer primers, three RAPD markers (OPH09, OPA10 and OPA15) linked to Bph1 were identified and converted to SCAR (sequence characterized amplified region) markers. These markers were found to be contained in two BAC clones derived from chromosome 12: OPH09 on OSJNBa0011B18, and both OPA10 and OPA15 on OSJNBa0040E10. By sequence analysis of ten additional BAC clones evenly distributed between OSJNBa0011B18 and OSJNBa0040E10, we developed 15 STS markers. Of these, pBPH4 and pBPH14 flanked Bph1 at distances of 0.2 cM and 0.8 cM, respectively. The STS markers pBPH9, pBPH19, pBPH20, and pBPH21 co-segregated with Bph1. These markers were shown to be very useful for marker-assisted selection (MAS) in breeding populations of 32 F6 RILs from a cross between Andabyeo and IR71190, and 32 F5 RILs from a cross between Andabyeo and Suwon452.

• Journal of Ginseng Research
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• 제35권1호
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• pp.52-59
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• 2011

Recently, new ginseng cultivars having superior agricultural traits have been developed in Korea. For newly developed plant cultivars, the identification of distinctiveness is very important factors not only in plant cultivar management but also in breeding programs. Thus, eighty-five inter simple sequence repeat (ISSR) primers were applied to detect polymorphisms among six major Korean ginseng cultivars and two foreign ginsengs. A total of 197 polymorphic bands with an average 5.8 polymorphic bands and 2.9 banding patterns per assay unit across six Korean ginseng cultivars and foreign ginsengs from 236 amplified ISSR loci with an average 6.9 loci per assay unit were generated by 34 out of 85 ISSR primers. Three species of Panax ginseng including the Korean ginseng cultivars, P. quinquefolius, and P. notoginseng, could be readily discriminated using most tested primers. UBC-821, UBC-868, and UBC-878 generated polymorphic bands among the six Korean ginseng cultivars, and could distinguish them from foreign ginsengs. Sequence characterized amplified region (SCAR) marker system was introduced in order to increase the reproducibility of the polymorphism. One SCAR marker, PgI821C650, was successfully converted from the randomly amplified polymorphism by UBC-821. It showed the expected dominant polymorphism among ginseng samples. In addition, the specific polymorphism for Sunwon was generated by treating Taq I restriction enzyme to polymerase chain reaction products of PgI821C650. These results will serve as useful DNA markers for identification of Korean ginseng, especially Sunwon cultivar, seed management, and molecular breeding program supplemented with marker-assisted selection.

• 미생물학회지
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• 제45권4호
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• pp.306-311
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• 2009

Pectobacterium carotovorum은 배추를 비롯한 광범위한 식물체에 무름병을 일으키는 병원성 세균으로, 무름병의 효율적인 방제를 위하여 신속한 병원체의 진단이 요구되고 있다. 따라서 본 연구에서는 높은 특이성으로 다양한 진단에 적용되고 있는 PCR법을 이용하여 Pectobacterium carotovorum을 높은 정확성과 민감성으로 검출할 수 있는 진단법을 개발하고자 하였다. 먼저 P. carotovorum에 특이성이 있다고 보고된 다양한 특이 primer들을 비교하여 가장 특이성이 높은 primer쌍들을 선별하였으며, 최종 선발된 특이 primer쌍은 ERB_3F (5'-TGCGACACCTCCTCATCACG-3'), ERB_3R (5'-CTTATCACGCTGTAACCAGC-3')로 나타났다. 이들을 사용한 PCR 검출법은 $58^{\circ}C$의 annealing 온도, 15 mM $MgCl_2$ 농도 등으로 최적화되었으며, 최적조건에서 P. carotovorum 특이 PCR 진단법은 10 pg, 즉 $2\times10^3$ copies의 병원균 유전자를 검출할 수 있는 우수한 민감성을 보였다. 또한 배양된 균주가 아닌 현장 시료에서 본 P. carotovorum 검출법을 시험해 본 결과 이 검사법은 병원균 배양없이 현장에도 직접 적용할 수 있음을 입증하였다. 따라서 본 연구를 통해 확립된 P. carotovorum 특이 PCR 진단법은 해당 병원균을 신속하게 진단하는데 유용하게 사용될 수 있을 것이라 기대한다.