여러 DNA 리드 시퀀스가 주어졌을 때, de novo 시퀀스 어셈블리는 레퍼런스 시퀀스 없이 하나의 시퀀스를 재조립한다. 재조립을 위해 de novo 시퀀스 어셈블리는 리드 사이의 모든 겹침을 계산하는 overlap 단계가 필요하다. Overlap 단계는 전체 연산 중 비용이 가장 많이 들기 때문에 어셈블리의 계산 성능을 좌우한다. 여러 분야에서 overlap 단계를 위한 연구가 많이 발표되고 있는데, 그 중 가장 최신의 세 연구 결과는 Readjoiner, SOF, Lim-Park 알고리즘이다. 최근 염기 분석기술의 큰 발전으로 DNA 리드 데이터 셋을 기존보다 저비용으로 대량 생산하는 것이 가능해져 DNA 리드 데이터 셋을 생성하는 여러 플랫폼들이 개발되었다. 각 플랫폼마다 생성하는 데이터 셋의 통계적 특성이 다르기 때문에 overlap 단계의 성능 평가 시 다양한 통계적 특성의 데이터 셋이 반영되어야 한다. 본 논문은 여러 통계적 특성을 가진 DNA 리드 데이터 셋을 이용하여 위의 세 알고리즘의 성능을 비교 분석한다.
Two-dimensional computer simulations were conducted on percolation structure in which second phases of various aspect ratios were arranged in a lattice (matrix). The second phases were randomly arranged in an array with two different computational programs; one prohibiting an overlap among second phases and the other allowing the overlap. From the simulation prohibiting the overlap, it was predicted that a complete path was formed at less amounts of the second phase with higher aspect ratios. In the simulation allowing the overlap, a complete path throughout the array was formed by arranging the second phase of an aspect ratio of 1. 5, 20, 100 with less than 59%, 43%, 19%, 4% in the array, respectively.
처프 확산 대역 (chirp spread spectrum: CSS) 기술은 데이터 신호를 처프 신호를 통하여 최소 필요 대역보다 더 넓은 주파수 대역으로 확산시켜 전송하는 기술로서 오버랩 기법을 사용하여 데이터 전송률을 늘릴 수 있다. 그러나 데이터의 신뢰성 있는 전송을 위해서는 오버랩으로 인해 발생하는 심볼 간 간섭에 (intersymbol interference: ISI) 대한 분석이 필수적이다. 본 논문에서는 오버랩 기반 direct modulation binary phase shift keying CSS 시스템에서 오버랩 횟수와 ISI의 상관관계를 수학적으로 분석하였다. 구체적으로는 몇몇 특정 오버랩 횟수에 대해서는 오버랩으로 인한 ISI가 나타나지 않으며, 오버랩 횟수의 변화에 따라 오버랩으로 인한 ISI가 진동하거나 단조 증가함을 보였고, 모의실험 결과와 분석한 내용이 일치하는 것을 확인하였다.
Transactions on Electrical and Electronic Materials
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제5권3호
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pp.104-108
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2004
Problems of overlap errors and side-lobe printing by the design rule reduction in the lithography process using attenuated phase-shifting masks(attPSM) have been serious. Overlap errors and side-lobes can be simultaneously solved by the rule-based correction using scattering bars with the rules extracted from test patterns. Process parameters affecting the attPSM lithography simulation have been determined by the fitting method to the process data. Overlap errors have been solved applying the correction rules to the metal patterns overlapped with contact/via. Moreover, the optimal insertion rule of the scattering bars has made it possible to suppress the side-lobes and to get additional pattern fidelity at the same time.
본 논문에서는 음성신호의 정현파 합성방법 중 하나인 선형위상을 사용한 중첩합산방법에 대하여 합성응성의 연속성을 개선시킨 새로운 방법을 제안한다. 기존의 중첩합산 정현파 합성방법은 프레임의 중간 지점에 대한 위상 값을 예측하기 위해 합성 파형의 경계면에 대한 위상 차이를 최소화하는 방법을 사용하였으나, 제안된 방법은 중간지점의 위상만이 아닌 최종 합성된 신호들 간의 차이를 최소화하는 방법을 사용한다. 이러한 합성신호의 오차 함수를 최소화하는 과정은 정현파 크기 값을 가중치로 사용한 위상오차 함수로 근사화 될 수 있다. 제안된 합성 방법의 연속성에 대한 성능을 검증하기 위해 합성신호의 전 구간에 대한 합성 신호들 간의 평균 오차 값 및 청취자 테스트를 하였다. 기존의 위상 오차함수와 비교하여 개선된 연속성 성능을 얻을 수 있었다.
The objectives of this study was to investigate the spray characteristics of single spray and twin spray in the overlap region such as mean axial velocity, mean radial velocity, mean droplet size and probability density function of droplet size. A phase doppler anemometer was used as the measurement system for droplet size and velocity. In case of single spray, injection pressure was varied from 0.2MPa to 0.7MPa. Mean axial velocity, mean radial velocity and droplet size were decreased as the distance below nozzle tip was increased. In case of twin spray, the spray characteristics were measured by varying the distance between two nozzles from 127mm to 155mm. In the overlap region, the boundary of the overlap region was determined by obtaining the distribution of mean axial and radial velocity. Droplet size was increased as the distance from nozzle tip was increased. It was found that the distribution of droplet size for twin spray in the overlap region was different to single spray.
DNA fragment assembly is a major concem in shot-gun DNA sequencing project. It is to reconstruct a consensus DNA sequence from a collection of random oritented fragments. We developed a computer program that is useful for DNA fragment assembly. Inputs to the program are DNA fragment sequences including IUB-IUPAC bases. The program produces the most probable reconstruction ot the original DNA sequence as a text format or a PostScript format. The program consists of four phases: the first phase quickly eliminates fragment pairs that can not possibly overlap. In the second phase, the quality of overlap between each pair is calculated to a score. In the third phase, overlap pairs are sorted by their scores and consistency of the overlaps is checked. The last phase determines consensus sequences and displays them. The performance of fragment assembly program was tested on a set of DNA fragment sequences which were generated from long DNA sequences of GenBank by a fragmentation program.
Two dimensional computer simulations were conducted on percolative structure in which second phases with various short diameter were arranged in matrix phase. In case of prohibiting the overlap among the second phases, the maximum area fraction of second phase arranged in matrix was increased with higher short diameter. In case of allowing the overlap among the second phases, the critical area fraction was increased with higher short diameter and the total number of distributed second phase was decreased. This results represented that thickness variation of short diameter by grain growth on the production processes affect significantly forming the completion path.
This paper presents the modeling method of $3{\Phi}$ phase-controlled rectifier considering the overlap interval for the drive of DC motor in the Matlab environment. The model is constructed by the module-based method and therefore it is appropriate in the research of the closed-loop controlled power electronic system in the Matlab/Simulink environment. The model of SCR is used as the element for the power transformation. The simulation results show that the overlap interval from the effect of the input inductance is accurate.
정부는 교통운영체계 선진화를 위하여 지속적인 교통시설 및 운영방식 개량, 그리고 교육 및 단속 등을 실시하여 왔다. 그러한 많은 노력에도 불구하고 우리나라 교통신호와 도로운영체계가 불합리하다는 지적이 지속적으로 제기되어 왔다. 이러한 원인 중에 하나는 정부가 제시한 대안들에 대하여 체계적이고 과학적인 사전 평가가 부족하였기 때문이다. 또한, 다양한 교통운영체계 대안에 대한 이동성 및 안전성을 종합적으로 분석할 수 있는 도구가 부족하였다. 따라서, 본 연구에서는 이러한 종합적인 평가 도구로써 미시교통분석모형의 체계적인 활용을 제안하며, 분석사례로 공용 좌회전 차로에 중첩현시가 적용 중인 대상교차로는 다양한 시나리오 하에서 안전성과 이동성을 평가하였다. 그 결과 공용 좌회전 차로에서 중첩현시의 적용은 이동성은 큰 차이가 없으나 안전성 측면에서 불리한 것으로 나타났다. 또한 전체 및 직진교통량 증가를 가정한 민감도 분석에서는 중첩현시가 가장 좋은 이동성을 보이나 안전성 측면에서 크게 나빠지는 것을 계량적으로 증명하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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