• 한국식품과학회지
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• 제35권3호
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• pp.470-474
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• 2003

식중독은 세균에 의한 발병이 대부분이다. 따라서 식품에서 식중독 원인균을 신속하게 탐색하게 식중독으로부터의 되면 피해를 줄일 수 있을 것이다. 고전적인 식중독 원인균 탐색은 증균, 선택적 배지를 이용한 isolation, 생화학적 특징을 활용하는 분석이 있으나 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다. 본 연구는 16S rRNA gene(16S rDNA)로부터 얻은 DNA 염기 서열을 이용 식중독 원인균의 특이적 oligonucleotide probe을 제작 reverse dot blot hybridization과 PCR 방법을 이용하여 고전적인 방법보다 빠른 시간 내에 식품에서 원인균을 탐색 할 수 있었다. 우유를 인공적으로 본 연구에서 사용한 균주로 오염시킨 후 DNA를 추출하여 PCR 증폭산물과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe가 위치한 곳에서 발색 반응이 나타났다. 본 연구에서 본 연구를 통해 DNA microchip으로 활용 짧은 시간 내에 많은 종류의 식중독 원인균을 탐색 할 수 있는 가능성을 확인하였다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 봄 학술발표논문집 Vol.30 No.1 (B)
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• pp.455-457
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• 2003

DNA microarray는 분자생물학에서 널리 사용되고 있는 실험 도구로써 크게 cDNA와 oligonucleotide microarray로 나뉘어진다. DNA microarray는 일련의 DNA 서열로 이루어진 probe들의 집합으로 구성되며 알려지지 않은 서열과의 hybridization 과정을 통해 특정 서열을 인식할 수 있게 된다. O1igonucieotide microarray는 cDNA 방법과는 다르게 probe를 구성하는 서열을 제작자가 임의로 구성할 수 있기 때문에 목표 서열이 가지는 고유한 부분만을 probe 서열로 사용함으로써 비용절감과 실험의 정확도를 높일 수 있다는 장점이 있다. 그러나 현재 목표 유전자 서열에 대해 probe 집합을 생성하는 결정적인 방법은 존재하지 않으며, 따라서 넓은 해 공간에서 효과적으로 최적 해를 찾아 주는 진화 연산이 probe 선택을 위한 좋은 대안으로 사용될 수 있다［1.2］. 그러나 진화연산을 이용한 probe 선택방법에 있어서 인식하고자 하는 목표 서열의 개수가 많아질 경우, 해 공간의 크기가 커짐으로 인해 문제점이 발생할 수 있다. 따라서 본 논문에서는 다수의 목표 유전자 서열을 대상으로 한 probe 선택 방법에 일어서 보다 효율적인 진화연산 접근 방법을 소개한다. 제시된 방법은 인식하고자 하는 목표 서얼의 일부를 선택해 이를 probe 집합의 후보로 사용하며. 유전 연산자를 이용한 진화과정을 통해 최적에 가까운 probe 집합을 찾는다. 본 논문은 GenBank로부터 유전자 서열을 대상으로 제안된 방법을 실험하였으며, 축소된 목표 서열만을 이용해 probe 집합을 선택하더라도 적합한 probe 집합을 찾을 수 있었다.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2003년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.311-312
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• 2003

Microarray를 해석하는데 있어서 방해가 되는 요인에는 여러 가지가 있을 수 있다. 예를 들면 probe DNA의 농도, spotting 시의 습도, spot의 크기 및 모양, slide blocking 과정, lab리ing technique, hybri야zation 온도와 시간 그리고 background signal 등이 그것이다(Hegde et at., 2000). 본 연구에서는 전보에서 선정된 rhabdovirus의 96개 probe로 실제 oligonucleotide chip을 만들어 spot의 모양이나 크기에 관계되는 spotting 조건을 확립하고, slide blocking과 slide washing에 따른 background signal을 낮추기 위한 과정을 도입하였다. (중략)

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제33권1호
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• pp.316-318
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• 2012

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2002년도 하계학술대회 논문집 C
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• pp.1569-1571
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• 2002

The determination of DNA hybridization can apply the molecular biology research, clinic diagnostics, bioengineering, environment monitoring, food science and other application area. So, The determination of hybridization is very important for the improvement of DNA detection system. In this study, we report the characterization of the DNA hybridization by the electricalchemical methods. A new electrochemical biosensor is described for voltammetric detection of gene sequence related to probe oligonucleotide of bacterium Escherichia coli O157:H7. The biosensor involves the immobilization of a 18-mer probe oligonucleotide, which is complemetary to a specific gene sequence related to Escherichia coli O157:H7 on a gold electrode through specific adsorption. The probe oligonucleotide was used to determine the amount of target oligonucleotide in solution using mitoxantrone(MTX) as the electrochemical indicators. The cathodic peak currents $(I_{peak})$ of MTX were linearly related to the concentration of the target oligonucleotide sequence in the range $1[{\mu}M]{\sim}0.1[nM]$. The detection limit of this approach was 0.01[nM]. In addition, these indicators were capable of selectivity discriminating against various mismatching condition.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권5호
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• pp.546-557
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• 2000

연구배경 : 결핵발병률과 다제내성 결핵균주의 증가로 효과적인 치료 및 관리를 위해 보다 신속하고 정확한 약제내성의 진단이 필요한 실정이다. 이에 다제내성 중요한 표지자인 rifampin 내성의 주요 기전인 rpoB 유전자 돌연변이 검출을 위해 기존의 직접 염기 서열분석과 최근 유전자 발현, 유전자 변이 및 다형성, 그리고 염기서열분석 등의 연구에 중요한 기술로 이용되어지는 oligonucleotide chip 기술을 이용하기 위한 간편하고 정확한 돌연변이 검출법을 개발하고자 시행하였다. 방법 : 본 연구에는 rifampin 내성 결핵 균주 28예와 10예의 감수성 균주 총 38예의 rifampin 내성 결해 균주를 선택하였고, wild type probe 6종류와 돌연변이 출현빈도가 높은 12종류의 probe를 제작하여 총 18 종류의 oligonucleotide probe를 고형지지체에 부착 시킨 저밀도 oligonucleotide chip을 제작하였으며 oligonucleotide chip을 이용한 rpoB 돌연변이 검출과 결과를 직접염기서열 분석 결과와 비교하였다. 결과 : Oligonucleotide chip 분석 결과 rifampin 감수성 균주에서 모두 각 codon의 wild type probe와 반응이 나타났으며, 내성 균주에서는 돌연변이가 나타난 codon을 제외한 codon 의 경우는 wild type probe와 반응이 일어났으며, 각 균주 별 돌연변이가 나타난 codon은 정확하게 그에 해당하는 돌연변이 probe와 반응함을 확인할 수 있었다. 이러한 결과는 직접 염기 서열 분석 결과와 서로 일치함을 알 수 있었다. 또한 oligonucleotide chip 분석 결과와 염기서열 분석 결과에서 rpoB 유전자의 codon 531과 526에서 대부분 돌연변이가 검출되어 rpoB 유전자의 돌연변이 중 큰 비중을 차지함을 또한 알 수 있었다. 결론 : 결핵균의 rifampin 내성 획득에 중요한 기전인 rpoB 유전자의 돌연변이를 저밀도의 oligonucleotide chip을 이용하여 검출할 수 있었으며 향후 지속적인 개선에 의하여 항생제 내성 진단의 자동화를 위한 유용한 수단이 될 것으로 기대된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.257-265
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• 1996

토끼 바이러스성 출혈증의 원인체를 실험 토끼에 접종하여 증식을 유도하고 간장에서 hematoxylin & eosin 염 색 에서 조직학적 진단과 세포내 viral RNA의 소재를 결정하기 위해 post-unicryl 포매한 block의 절편을 사용하여 단 염색과 전자현미경적 in situ hybridization을 시도하였다. 토끼 출혈증 viral RNA의 보합 결합에 이용하는 probe는 4717에서 4800(84bases)까지 oligonucleotide를 5'말단에 biotin-CE phosphoramidite로 표지하여 사용하였다. 보합결합물의 증명은 신호 표지로서 antibiotin antibody-l0nm gold를 사용하였으며, hybridization이나 증명은 기존 protocol에서 약간의 변법을 사용하였다. 0.02% glutaraldehyde에서 고정하고 unicryl resin 포매한 표본, biotinylated oligonucleotide probe, antibiotin antibody-l0nm gold로 실험한 결과 증강된 신호를 얻을 수 있었다. 특히 전처리를 생략하므로써 실험 과정을 간단하게 하여 신속한 결과를 얻을 수가 있었다. 전자현미경 in situ hybridization을 통하여 토끼 출혈증 바이러스의 주요 표적은 간세포로 감염 세포의 세포질 내 미토콘드리아와 핵 사이에서 immune gold입자가 뚜렷하게 표지 됨으로서 viral RNA를 증명할 수 있었다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2001년도 추계학술발표대회
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• pp.235-236
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• 2001

유전자 분석 기술은 biomedical analysis를 위해 일반적으로 고체 상에 고정화된 DNA 분자를 이용한다. 이 센서의 검출능력은 주로 capture probe의 서열뿐만 아니라 oligonucleotide의 고체 상에 고정화 방법에 달려있다. 본 연구에서는 glass 표면에 DNA 분자를 고정화시키는 방법과 PCR product를 정제하지 않고 직접 검출할 수 있는 DNA probe assay 방법을 개발하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.249-255
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• 1996

토끼 출혈증 바이러스에 감염된 조직을 10% 포르말린 고정, 파라핀 블록으로 보관했던 것으로 표본을 만들고 biotin 표지된 올리고뉴클레오티드 probe를 사용하는 in situ hybridization 기법으로 viral RNA를 조사하였다. in situ hybridization 기법은 핵산을 규명하는 다른 방법들에 비하여 신속하고 특이성인 높은 기법으로 모든 과정이 MicroProbe$^{TM}$ capillary action system에서 1-2시간 이내에 완료된다. Viral RNA는 간세포의 세포질과 신장의 피질에서 주로 관찰되었으나, 폐조직과 신장의 수질에서는 부분적으로 적색신호가 보였다. 비록 기술적인 한계를 가지고 있지만 다른 핵산 진단방법 보다 많은 장점을 가지고 있어 조직 병리학적으로 바이러스 진단하는데 하나의 독특한 기법으로 채용되리라 기대된다.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2003년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.309-310
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• 2003

현재 어류 질병 바이러스를 검출해내기 위해 이용되는 PCR법이나 ELIZA법 만으로는 신속성을 필요로 하는 바이러스 검출에서는 불리하다(Bruchhof et. al., 1995). 따라서 기존의 유전자 진단법을 대체할 수 있고, 동시에 수백 개 이상의 유전자를 빠른 시간 내에 검색할 수 있는 DNA chip 기술을 이용하여 넙치, 돔등의 해산어와 일부 연어과 어류에 질병을 일으키는 rhabdovirus를 신속하고 정확하게 진단할 수 있는 저밀도 oligonucleotide chip을 개발하고자 한다(Chizhikov et at., 2001). (중략)