• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.9-14
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• 2001

서울시내 25개 자치구에 산재한 약수터에서 5주의 Yersinia pseudotuberculosis를 분리하여 생화학적 특성, 병원성의 유무 및 16S rDNA 분석을 실시하였다. 분리된 Y. pseudotuberculosis는 모두 병원성 유전자인 inv를 소유하고 있었으며, 16S rDNA를 증폭한 후 염기서열을 분석하여 NCBI Genbank에 등록된 다른 Yersinia 속 및 장내세균 등과 비교해 본 결과 Yersinia 속 등과는 97.5%에서 100%의 높은 상동성(Similarity)을 나타내었고, 다른 장내세균 등과는 93.0%에서 95.1%의 낮은 상동성을 나타내었다. 165 rDNA 염기서열을 기초로 계통수를 작성한 결과 크게 3개의 cluster를 형성하였는데 특히 Y.enterocolitica (Z49830)은 Y.pseudotuberculasis (Z21939)와의 상동성(97.7%)보다 Y.intermedia (X75279)와의 상동성(97.9%)이 더 높게 나타났으며, E. coli (Z83205)는 Proteus vulgaris (AJ233425) 와의 상동성(93.2%)보다 Salmonella enteritidis (U90318)와의 상동성(97.7%)이 더 밀접한 연관성을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제40권3호
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• pp.237-243
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• 2004

심혈관질환과 관련이 있다고 보고되고 있는 치주질환 원인 세균들 Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia 및 Actinobacillus actinomycetemcomitans의 검출빈도를 조사하였다. 조선대학교 치과대학병원 보철과에 내원한 상하악 중 한 악에 잔존 치아가 1개 이상 있고, 그 반대편 악에 의치를 장착하고 있는 11명의 환자와 잔존치아가 전혀 없는 4명의 총의치 환자를 대상으로 의치의 관리 정도와 의치 표면 세균막에 심혈관 질환과 관련 이 있다고 보고된 치주질환 원인균의 검출 빈도를 조사하였다. 연구 결과 상악과 하악 한쪽만 총의치이고, 반대편 악에는 치아가 있는 환자의 의치 표면세균막에서 치면세균막 및 의치 표면 세균막에서 P. gingivalis와 T. forsythia가 91％(10/11)검출되었다. 또한 무치악 환자의 의치 표면 세균막에서 P. gingivalis와 T.forsythia가 각각 25％(1/4), 75％(3/4)색 검출되었다. 하지만, 총의치의 장착 정도, 1일 세척횟수 및 세척방법에 따른 4가지 치주질환 원인세균종에 대한 검출빈도를 조사한 결과 이들 간의 별다른 상관관계를 찾을 수 없었다. 이상의 연구결과로 의치 표면 세균막에도 혐기성 세균인 P. gingivalis 및 T.forsythia가 존재함을 알 수 있었으며, 면역력이 약화되어 있거나, 기존의 심혈관 질환을 가지고 있는 환자의 경우, 의치의 부적절한 관리 및 구강 연조직 손상으로 인한 심혈관 질환의 유발 또는 악화가 초래될 수 있는 가능성이 있음을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제52권3호
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• pp.336-343
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• 2016

두 종류의 mannanases를 생산하는 Cellulosimicrobium sp. YB-43로부터 mannanase 유전자를 클로닝하고 그 염기서열을 결정하였다. Mannanase 유전자는 manB로 명명되었으며, 427 아미노 잔기로 구성된 단백질을 코드하는 1,284개 염기로 구성되었다. ManB는 추론된 아미노산 배열에 근거해서 glycosyl hydrolase family 5에 속하는 mannanase와 상동성이 높은 활성영역과 함께 2개의 탄수화물 결합영역을 포함하고 있는 다영역 효소로 확인되었다. Cellulosimicrobium sp. YB-43의 manB 유전자를 함유한 재조합 대장균의 균체 파쇄상등액으로부터 정제된 ManB의 아미노 말단 배열이 QGASAASDG로 결정되었으며 이는 SignalP4.1 server로 그람 음성균을 기준으로 예측된 signal peptide의 결과와 정확하기 일치하였다. 정제된 ManB의 최적 반응조건은 $55^{\circ}C$와 pH 6.5-7.0이며 locust bean gum (LBG), konjac과 guar gum을 가수분해 하였으며, 셀룰로스, 자일란, 전분과 para-nitrophenyl-${\beta}$-mannopyranoside에 대해서는 분해활성이 없었다. ManB의 활성은 $Mg^{2+}$, $K^+$와 $Na^+$에 의해 약간 저해되었으며 $Cu^{2+}$, $Zn^{2+}$, $Mn^{2+}$과 SDS에 의해서는 크게 저해되었다. 또한 이 효소는 mannobiose 보다 큰 중합도를 갖는 만노올리고당을 가수분해하였으며, LBG와 만노올리고당을 가수분해하였을 때 mannobiose가 가장 많은 양으로 생성되었다.

• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.116-122
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• 2011

본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

• 한국식품과학회지
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• 제15권3호
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• pp.245-251
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• 1983

쌀막걸리 담금중의 핵산분해효소들의 소장과 이효소들을 DEAE-cellulose column chromatography에 의해 분리정제하고 일반적인 성질을 검토함은 물론 핵산관련물질의 변화를 조사한 결과는 다음과 같았다. 1. 담금일수가 경과함에 따라 RNase는 담금 3 일까지 다소 증가하였다가 그후 점차 감소하였으며 PDase 및 PMase는 초기부터 활성이 감소하였다. 2. RNase의 최적pH는 5.0부근이었고, PDase, PMase는 6.0부근이었으며 pH안정성은 대체로 $pH6.0{\sim}7.0$부근이었다. 3. RNase 및 PDase의 최적온도는 $55{\sim}60^{\circ}C$이고, PMase는 50부근이었으며 열안정성은 RNase는 $100^{\circ}C$ PDase는 $80^{\circ}C$에서 10분간반응으로 각각 80%, 90%실활되었으며 PMase는 $70^{\circ}C$에서 10분간 반응으로 거의 샐활되었다. 4. RNase는 $CU^{++},\;Zn{++}$, PMase는 $10^{-3}M\;Na_{2}HPO_{4}$처리로서 약 30%의 효소활성이 저해되었다. 5. 술덧담금 4일째까지 IMP는 증가하였으며 UMP, GMP, AMP는 감소하는 경향을 보였다.

• 한국식품과학회지
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• 제19권6호
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• pp.520-527
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• 1987

비지의 발효조건을 확립하여 비지의 발효에 관여하는 주요 미생물 두 균주를 분리, 동정하였으며 또한 발효과정중 유리 아미노산의 함량, 핵산관련물질의 함량, 환원당 및 소당류의 함량 변화를 조사하였다. 비지의 발효조건은 $55^{\circ}C$에서 48시간 발효시킨 비지가 재래식으로 발효시킨 비지와 가장 유사하였다. 발효과정중 pH는 서서히 증가하였으며 비지의 발효에 관여하는 주요 미생물군은 Bacillus subtilis와 Bacillus lichemiformis로 동정되었다. 비지의 발효과정중 수분 함량은 48시간 발효 후에는 80.8%에서 58.4%로 감소하였으나 다른 일반성분은 거의 변화가 없었다. 총 유리 아미노산 함량은 발효과정을 통하여 급격히 증가하였다. 또한 발효된 비지에 있어서 유리 아미노산의 종류 및 양도 증가하였는 데 Phe>Lys>His>Tyr>Glu>Asp 의 순서로 증가하였다. 핵산관련물질의 변화에 있어서 처음 36시간 동안은 거의 변화가 없다가 48시간 발효 후에는 1/6배로 감소하였으며 5'-IMP와 5'-GMP 혼합구는 처음 36시간 동안은 서서히 증가하다가 48시간 발효 후에는 약 3.5배로 증가하였다. 한편 환원당 함량은 비지의 발효과정중 계속 증가하였으며 stachyose 및 raffinose 혼합구는 미량이기는 하나 점차 감소하였다. 이로부터 비지의 발효과정중 5'-IMP와 5'-GMP의 증가는 유리 아미노산 및 환원당의 증가와 함께 발효된 비지의 맛성분에 영향을 주는 중요한 요인이라 생각되며 발호된 비지를 메주제조시 혼합하여 콩의 대체 원료로 이용하는 것에 대한 연구가 필요하다고 생각된다.

• 한국식품과학회지
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• 제22권7호
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• pp.786-792
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• 1990

어육을 발효기질로 풍미물질 생산 가능성을 검토하기 위하여 명태육 단독으로 혹은 명태육에 콩을 첨가한 발효기질에 Aspergillus oryzae에 속하는 3균주를 각각 접종, 발효하여 정미성분의 변화와 발효추출액을 관능 검사하였다. 사용한 균주는 모든 기질에서 왕성하게 증식하여 7일간 발효된 명태육의 아미노질소함량은 명태육에서 $8{\sim}14$배, 콩을 첨가한 경우는 $4{\sim}6$배 증가하였고, soluble solid는 각 $2{\sim}3$배와 $2.6{\sim}3$배, 증가하여 상당한 단백질 분해양상을 보였다. 핵산관련물질 중 아미노산과 함께 맛의 상승효과를 주는 IMP, GMP는 control보다 증가되었으며, 발효된 명태육의 총 유리아미노산 함량은 명태육만을 사용한 경우 $5{\sim}14$배 증가하여 Aspergillus oryzae KFCC 32343에서 4,326 mg%(DB)로 가장 높았고, 콩을 첨가한 경우도 Aspergillus oryzae KFCC 32343에서 6,362 mg%(DB)로 가장 높았다. 아미노산 조성은 균주에 따라 다소 차이가 있지만, 양적으로 많은 아미노산은 Glu, His, Asp, Lys 순이었다. 발효된 명태추출액을 멸치국물과 비교하여 관능검사한 결과 냄새, 맛, 종합적인 기호도에서 별치국물보다 우수하였고, 모든 결과를 평가해 볼 때, Aspergillus oryzae KFCC 32343을 이용하여 명태어육으로부터 풍미물질 생산이 가능하였다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제31권4호
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• pp.787-801
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• 2001

The molecular mechanisms control the function of PDL(periodonta1 ligament) cells and/or fibroblasts remain unclear. PDLsl7, PDL-specific gene, had previousely　identified the cDNA for a novel protein from cultured　PDL fibroblasts using subtraction hybridization between gingival fibroblasts and　PDL fibroblasts. The purpose　of this study was to determine the regulation by growth factors and cytokines on　PDLsl7 gene expression in　cultured human periodontal ligament cells and observe the immunohistochemical　localization of PDLsl7 protein in various tissues of mouse. Primary PDL fibroblasts isolated by scraping the root of the extracted human mandibular third molars. The cells were incubated with various concentration of human recombinant $IL-1{\beta}$, PDGF-BB and TGF\;${\beta}$ for 48h nd 2 weeks. At each time point total RNA was extracted and the levels of transcription ere assessed by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR assay). polyclonal antiserum raised against PDLsl7 peptides, CLSVSYNRSYQINE and SEAVHETDLHDGC, were made, and stained the tooth, periodontium, developing bone, bone marrow and mid-palatal suture of the mouse. The results were as follows. 1. PDLsl7 mRNA levels were increased in response to PDGF (10ng/ml) and $TGF\;{\beta}$(20ng/ml) after treatment of the $IL-1{\beta}$, PDGF-BB and $TGF{\beta}$for 48 h. 2. PDLsl7 was up-regulated only by $TGF{\beta}$(20 ng/ml) after treatment of the $IL-1{\beta}$, PDGF-BB and $TGF\;{\beta}$ for 2 weeks and unchanged by the other stimulants. 3. PDLsl7 was a novel protein coding the 142 amino acid peptides in the ORF and the nucleotide sequences of the obtained cDNA from RT-PCR was exactly same as the nucleotides of the database. 4. Immunohistochemical analysis showed that PDLsl7 is preferentially expressed in the PDL, differentiating osteoblast-like cells and stromal cells of the bone marrow in the adult mouse. 5. The expression of PDLsl7 protein was barely detectable in gingival fibroblasts, hematopoetic cells of the bone marrow and mature osteocytes of the alveolar bone. These results suggest that PDLsl7 might upregulated by PDGF-BB or $TGF{\beta}$ and acts at the initial stage of differentiation when the undifferentiated mesenchymal cells in the bone marrow and PDL differentiate into multiple cell types. However, more research needs to be performed to gain a better understanding of the exact function of PDLsl7 during the differentiation of bone marrow mesenchymal and PDL cells.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권7호
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• pp.957-966
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• 2017

Objective: To understand the dynamic structure, function, and influence on nutrient metabolism in hosts, it was crucial to assess the genetic potential of gut microbial community in yaks of different ages. Methods: The denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profiles and Illumina-based metagenomic sequencing on colon contents of 15 semi-domestic yaks were investigated. Unweighted pairwise grouping method with mathematical averages (UPGMA) clustering and principal component analysis (PCA) were used to analyze the DGGE fingerprint. The Illumina sequences were assembled, predicted to genes and functionally annotated, and then classified by querying protein sequences of the genes against the Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) database. Results: Metagenomic sequencing showed that more than 85% of ribosomal RNA (rRNA) gene sequences belonged to the phylum Firmicutes and Bacteroidetes, indicating that the family Ruminococcaceae (46.5%), Rikenellaceae (11.3%), Lachnospiraceae (10.0%), and Bacteroidaceae (6.3%) were dominant gut microbes. Over 50% of non-rRNA gene sequences represented the metabolic pathways of amino acids (14.4%), proteins (12.3%), sugars (11.9%), nucleotides (6.8%), lipids (1.7%), xenobiotics (1.4%), coenzymes, and vitamins (3.6%). Gene functional classification showed that most of enzyme-coding genes were related to cellulose digestion and amino acids metabolic pathways. Conclusion: Yaks' age had a substantial effect on gut microbial composition. Comparative metagenomics of gut microbiota in 0.5-, 1.5-, and 2.5-year-old yaks revealed that the abundance of the class Clostridia, Bacteroidia, and Lentisphaeria, as well as the phylum Firmicutes, Bacteroidetes, Lentisphaerae, Tenericutes, and Cyanobacteria, varied more greatly during yaks' growth, especially in young animals (0.5 and 1.5 years old). Gut microbes, including Bacteroides, Clostridium, and Lentisphaeria, make a contribution to the energy metabolism and synthesis of amino acid, which are essential to the normal growth of yaks.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제23권3호
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• pp.269-275
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• 1996

Biosynthesis and secretion of anterior pituitary hormones are under the control of specific hypothalamic stimulatory and inhibitory factors. Among them, Growth Hormone Releasing Hormone (GHRH) is the major stimulator of pituitary somatotrophs activating GH gene expression and secretion. Human GHRH is a polypeptide of 44 amino acids initially isolated from pancreatic tumors, and the gene for the hypothalamic form of GHRH is organized into 5 exons spanning over 10 kilobases (kb) on genomic DNA and encodes a messenger RNA of 700-750 nucleotides. Several neuropeptides classically associated with the hypothalamus have been found in the extrahypothalamic regions, suggesting the existence of novel sources, targets and functions. GHRH-like immunoreactivity has been found in several peripheral sites, including placenta, testis, and ovary, indicating that GHRH may also have regulatory roles in peripheral reproductive organs. Furthermore, higher molecular weight forms of the GHRH transcripts were identified from these organs (1.75 kb in testis; 1.75 and >3 kb in ovary). These tissue-specific expression of GHRH gene suggest the existence of unique regulatory mechanism of GHRH expression and function in these organs. In fact, placenta-specific and testis-specific promoters for GHRH transcripts which are located in about 10 kb upstream region of hypothalamic promoter were reported. The use of unique promoters in extrahypothalamic sites could be refered in a different control of GHRH gene and different functions of the translated products in these tissues. Somatotrophs and lactotrophs have been thought to be derived from a common bipotential progenitor, the somatolactotrophs, which give origins to either phenotypes. Although the precise mechanism responsible for the lactotroph differentiation in the anterior pituitary gland has not been yet clalified, there are several candidators for the generation of lactotrophs. In human, the presence of GHRH peptides with different size from authentic hypothalamic form in the normal anterior pituitary and several types of adenoma were demonstrated. Recently our group found the existence of immunoreactive GHRH and its transcript from the normal rat anterior pituitary (gonadotroph> somatotroph> lactotroph), and the GHRH treatment evoked the increased proliferation rate of anterior pituitary cells in vitro. The transgenic mouse models clearly shown that GHRH or NGF overexpression by anterior pituitary cells induced development of pituitary hyperplasia and adenomas particularly GH-oma and prolactinoma. Taken together, we hypothesize that the pituitary GHRH could serve not only as a modulator of hormone secretion but as a paracrine or autocrine regulator of anterior pituitary cell proliferation and differentiation. Interestingly enough, the expression of Pit-1 homeobox gene (the POU class transcription factor) was confined to somatotrophs, lactotrophs and somatolactotrophs in which GHRH receptors are expressed commonly. Concerning the mechanism of somatolactotroph and lactotroph differentiation in the anterior pituitary, we have focused following two possibilities; (1) changes in the relative levels or interactions of both hypothalamic and intrapituitary factors such as dopamine, VIP, somatostatin, NGF and GHRH; (2) alterations of GHRH-GHRH receptor signaling and Pit-1 activity may be the cause of lactotroph differentiation or pituitary hyperplasia and adenoma formation. Extensive further studies will be necessary to solve these complicated questions.