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소의 경제형질 관련 유전자 네트워크 분석 시스템 구축 (Construction of Gene Network System Associated with Economic Traits in Cattle)

  • 임다정;김형용;조용민;채한화;박종은;임규상;이승수
    • 생명과학회지
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    • 제26권8호
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    • pp.904-910
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    • 2016
  • 가축의 경제형질은 대부분 복합형질 상태이며, 많은 유전자와 생물대사회로에 의해 조절된다. 시스템 생물학은 생명현상을 하나의 복합체로 가정하고, 형질에 관여하는 유전자들에 대한 기능적 관계를 분석하는 학문이다. 유전자 네트워크는 시스템 생물학의 하나의 연구분야로써, 유전자 기능의 상관관계를 지도화하여 오믹스 데이터를 통합 분석하여 해석한다. 유전자 네트워크는 단백질-단백질 상호작용, 공발현, 조절인자, 유전자형 기반으로 다양한 유전자의 기능적 상호작용을 표현할 수 있다. 또한, 네트워크를 구성하기 위해서는 유전자 간 연결 정도에 가중치를 두거나, 인접한 유전자 수 계산 등의 네트워크 토폴로지 알고리즘이 적용된다. 가축에서는 이러한 연구가 단형질에 대한 유전자 발현, 단백질 상호작용 등에 국한되어 있는 실정이다. 본 논문에서는 유전자 공발현 네트워크와 단백질-단백질 상호작용 네트워크 분석법을 확립하고 소의 102개 경제형질에 대하여 유전자 네트워크 분석 결과에 대한 데이터베이스를 구축하였다. 102개의 경제형질은 Animal Trait Ontology (ATO) 명명법에 의하여 분류하여 제공하였다. 각 형질에 포함된 유전자 리스트는 Animal QTL database에서 제공하는 양적유전형질좌위의 물리적 위치에 존재하는 유전자군을 추출하였다. 유전자 공발현 네트워크는 R의 WGCNA 패키지를 활용하였으며, 단백질-단백질 상호작용 네트워크는 Human Protein Reference Database에서 사람과 소의 orthologous group에 포함된 유전자를 대상으로 단백질 상호작용 관계를 규명하였다. 네트워크 분석 결과는 관계형 테이블로 구축하였으며, 구축한 데이터베이스를 관련 연구진에게 공유하기 위하여 웹 기반의 유전자 네트워크 가시화 시스템을 구현하였다(http://www.nabc.go.kr/cg). 웹 데이터베이스 구현을 위하여 Ontle 프로그램을 활용하여 다양한 방식으로 유전자 네트워크 가시화 작업을 수행하였다. 이 시스템을 통하여 사용자는 관련 형질의 후보 유전자군 탐색, 유전자 네트워크 분석 결과, 유전자 사이의 기능적 연결관계를 손쉽게 살펴볼 수 있게 될 것이다.

경주지역의 청동생산(靑銅生産) 공방운영(工房運營)에 대한 일고찰 (Research to Bronze production related workshop management of the Gyeongju Area)

  • 차순철
    • 헤리티지:역사와 과학
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    • 제38권
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    • pp.179-222
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    • 2005
  • 경주지역(慶州地域)에서 현재까지 발굴조사된 17개소의 청동공방유적(靑銅工房遺漬)들에 대한 연구결과 이들 유적들은 운영주체가 누구인가에 따라서 궁중공방(宮中工房), 관영공방(官營工房), 사영공방(私營工房)으로 구분이 가능하다. 경주지역의 청동공방은 소규모의 궁중수공업(宮中手工業)을 위한 공방에서 대규모의 관영수공업(官營手工業)을 위한 공방으로 발전을 했고, 이후 귀족의 등장에 따라 사영수공업(私營手工業)으로 변화하였다. 궁중공방은 궁성(宮城)이 위치했던 월성(月城), 전 임해전지(傳 臨海殿址)와 인근의 황남동(皇南洞) 주변지역에서 확인된 청동공방으로서 소규모로 운영되었다. 관영공방은 경주시 동천동 일대에 집중된 청동공방으로 한 지역에 집중된 모습을 보여주고 있다. 한편 관영공방 단계에서는 공방 옆에 대형 도로가 위치하는데 이는 공방에 소요되는 원자재(原資材)를 원활하게 공급하기 위한 목적으로 추정된다. 그리고 도로의 보수작업에 청동공방에서 발생한 폐기물(廢棄物)이 사용된 점은 도로와 청동공방이 서로 유기적(有機的)으로 연결되어 있음을 보여준다. 사영공방은 귀족들에 의해서 운영된 공방으로 관영공방에 속한 장인(匠人)들이나 개별적인 공장(工匠)들이 귀족들에게 흡수되어 만들어진 새로운 형태의 공방으로 시내 곳곳에 공방이 위치하는 모습으로 변화한다. 따라서 귀족들의 가택(家宅) 안에 마련된 작업장인 사영공방이 등장하게 되면서 공방의 운영주체는 국가에서 개인으로 점차 변화해 나간다고 추정할 수 있다. 사영공방은 왕경 안에 위치한 대형사찰에서 절 안에 공방을 두고 필요한 물품을 직접 생산하던 공방으로 청동주조와 관련된 작업장이 주로 발견되었다. 이상과 같이 신라왕경 안에서 운영된 청동공방의 존재를 통해서 우리는 당시의 기술력과 상품의 교역권, 생산지(生産地)와 수요처(需給處)의 관계를 확인할 수 있고, 사회상을 알 수 있는 중요한 단서를 찾을 수 있다.

네트워크 중심성 척도가 추천 성능에 미치는 영향에 대한 연구 (A Study on the Effect of Network Centralities on Recommendation Performance)

  • 이동원
    • 지능정보연구
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    • 제27권1호
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    • pp.23-46
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    • 2021
  • 개인화 추천에서 많이 사용되는 협업 필터링은 고객들의 구매이력을 기반으로 유사고객을 찾아 상품을 추천할 수 있는 매우 유용한 기법으로 인식되고 있다. 그러나, 전통적인 협업 필터링 기법은 사용자 간에 직접적인 연결과 공통적인 특징을 기반으로 유사도를 계산하는 방식으로 인해 신규 고객 혹은 상품에 대해 유사도를 계산하기 힘들다는 문제가 제기되어 왔다. 이를 극복하기 위하여, 다른 기법을 함께 사용하는 하이브리드 기법이 고안되기도 하였다. 이런 노력의 하나로서, 사회연결망의 구조적 특성을 적용하여 이런 문제를 해결하려는 시도가 있었다. 이는, 직접적으로 유사성을 찾기 힘든 사용자 간에도 둘 사이에 놓인 유사한 사용자 또는 사용자들을 통해 유추해내는 방식으로 상호 간의 유사성을 계산하는 방식을 적용한 것이다. 즉, 구매 데이터를 기반으로 사용자의 네트워크를 생성하고 이 네트워크 내에서 두 사용자를 간접적으로 이어주는 네트워크의 특성을 기반으로 둘 사이의 유사도를 계산하는 것이다. 이렇게 얻은 유사도는 추천대상 고객이 상품의 추천에 대한 수락여부를 결정하는 척도로 활용될 수 있다. 서로 다른 중심성 척도는 추천성과에 미치는 영향이 서로 다를 수 있다는 점에서 중요한 의미를 갖는다 할 수 있다. 이런 유사도의 계산을 위해서 네트워크의 중심성을 활용할 수 있다. 본 연구에서는 여기서 더 나아가 이런 중심성이 추천성과에 미치는 영향이 추천 알고리즘에 따라서도 다를 수 있다는 데에서 주목하여 수행되었다. 또한, 이런 네트워크 분석을 활용한 추천기법은 신규 고객 혹은 상품뿐만 아니라 전체 고객 혹은 상품으로 그 대상을 넓히더라도 추천 성능을 높이는 데 기여할 것을 기대할 수 있을 것이다. 이런 관점에서 본 연구는 네트워크 모형에서 연결선이 생성되는 것을 이진 분류의 문제로 보고, 추천 모형에 적용할 분류 기법으로 의사결정나무, K-최근접이웃법, 로지스틱 회귀분석, 인공신경망, 서포트 벡터 머신을 선택하고, 온라인 쇼핑몰에서 4년2개월간 수집된 구매 데이터로 실험을 진행하였다. 사회연결망에서 측정된 중심성 척도를 각 분류 기법에 적용하여 생성한 모형을 비교 실험한 결과, 각 모형 별로 중심성 척도의 추천성공률이 서로 다르게 나타남을 확인할 수 있었다.

데이터마이닝 기법을 활용한 비외감기업의 부실화 유형 분석 (The Pattern Analysis of Financial Distress for Non-audited Firms using Data Mining)

  • 이수현;박정민;이형용
    • 지능정보연구
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    • 제21권4호
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    • pp.111-131
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    • 2015
  • 본 연구에서는 데이터마이닝 기법의 일종인 자기조직화지도(Self-Organizing Map, SOM)를 이용하여 비외감기업의 부실화 유형을 구분하고자 한다. 자기조직화지도는 인공 신경망을 기초로 자율학습을 통해 입력된 값을 유사한 군집끼리 묶어내는 방법으로, 기존의 통계적 군집 분류 방법보다 성능이 뛰어나고, 고차원의 입력데이터를 저차원으로 시각화할 수 있다는 장점 때문에 다양한 분야에서 각광받고 있다. 본 연구에서는 기존 연구의 주요 분석대상이었던 외감기업에 비해 부실화 빈도는 높지만 데이터 수집의 어려움으로 인해 분석대상에서 다소 제외되었던 비외감기업의 부실화 유형에 대해 알아보고, 유형별 구체적인 사례도 소개하고자 한다. 재무자료수집이 가능한 100개의 비외감 부실기업에 대해 분석한 결과, 비외감기업의 부실화 유형은 다섯 가지로 구분되었다. 유형 1은 전체 집단의 약 12%를 차지하며, 수익성, 성장성 등 재무지표가 다른 유형에 비해 열등하였다. 유형 2는 전체 집단의 약 14%로, 유형 1보다는 덜 심각하지만 재무지표가 대체로 열등하였다. 유형 3은 성장성 지표가 열등한 그룹으로 기업간 경쟁이 극심한 가운데 지속적으로 성장하지 못하고 부실화된 경우로 약 30%의 기업이 포함되었다. 유형 4는 성장성은 탁월하나 부채경영 등 과감한 경영으로 인해 유동성 부족이나 현금부족 등의 이유로 부실화된 그룹으로 약 25%의 기업이 포함되었다. 유형 5는 거의 모든 재무지표가 우수한 건전기업으로, 단기적인 경영전략의 실수 또는 중소기업의 특성상 경영자의 개인적 사정으로 부실화 되었을 가능성이 큰 그룹으로 약 18%의 기업이 포함되었다. 본 연구 결과는 부실화 유형을 구분하는데 기존의 통계적 방법이 아닌 자기조직화지도를 이용하였다는 점에서 학문적 의의가 있고, 비외감기업의 재무지표만으로도 1차적인 부실화 징후를 발견할 수 있다는 점에서 실무적 의의가 있다고 할 수 있다.