• Advances in nano research
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• 제2권3호
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• pp.157-172
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• 2014

The three-dimensional Nano-Electronic Modeling toolkit (NEMO 3-D) is an open source software package that allows the atomistic calculation of single-particle electronic states and optical response of various semiconductor structures including bulk materials, quantum dots, impurities, quantum wires, quantum wells and nanocrystals containing millions of atoms. This paper, first, describes a software module introduced in the NEMO 3-D toolkit for the calculation of electronic bandstructure and interband optical transitions in nanowires having wurtzite crystal symmetry. The energetics (Hamiltonian) of the quantum system under study is described via the tight-binding (TB) formalism (including $sp^3$, $sp^3s^*$ and $sp^3d^5s^*$ models as appropriate). Emphasis has been given in the treatment of surface atoms that, if left unpassivated, can lead to the creation of energy states within the bandgap of the sample. Furthermore, the developed software has been validated via the calculation of: a) modulation of the energy bandgap and the effective masses in [0001] oriented wurtzite nanowires as compared to the experimentally reported values in bulk structures, and b) the localization of wavefunctions and the optical anisotropy in GaN/AlN disk-in-wire nanowires.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권12호
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• pp.7137-7141
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• 2013

Several studies have shown that nemo-like kinase (NLK) plays a vital role in apoptosis of cancer cells. The present research concerned effects and mechanisms of Taxol on NLK knockdown human laryngeal cancerHep-2 cell lines in vitro. Using RNAi, methyl-thiazoltetrazolium (MTT) assays, real-time RT-PCR, Western blotting and flow cytometry analysis, growth and the cell cycle progression of NLK knockdown Hep-2 cells and expression of downstream molecules were observed. Cell growth was obviously suppressed in the Taxol treated group (P<0.001, 48 hours). Cell numbers of combined Taxol-based chemotherapy with lentivirus mediated RNAi treatment group (Lv-shNLK+Taxol goup) were significantly different from NLK-specific siRNA lentivirus infected group (Lv-shNLK group) (p<0.001). Flow cytometry analysis revealed that Lv-shNLK+Taxol caused the G0/G1-phase DNA content to decrease from 44.1 to 3.33% (p<0.001) and the S-phase DNA content to increase from 38.4 to 82.0% (p<0.001), in comparison with the Lv-shNLK+Taxol group. Immunoblot analysis showed that knockdown of NLK led to significant reduction in the levels of cyclin D1, PCNA and PARP, whereas cyclin B1 was elevated in. Cell growth was also obviously suppressed in the Hep-2 cell line, knockdown of NLK making them more sensitive to Taxol treatment. NLK is expected to become a target of new laryngeal cancer gene therapies.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제26권4호
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• pp.125-132
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• 2006

Previous studies showed that epigallocatechin gallate(EGCG) have substantial effects of suppressing the N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine(MNNG)-initiated cell transformation process on the bases of foci formation frequency and loss of anchorage dependency. In this study we tried to clarify the molecular mechanism of suppressing the cell transformation process. Mouse cell line balb/c 3T3 A31-1-1 was exposed 2 days to MNNG followed by 15 days 12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate(TPA) treatment for our transformation process. EGCG was added after the time point of 24 hours exposure to TPA and incubated for 19 days. 2029 genes were selected in our transformation process that showed fold change value of 1.5 or more in the microarray gene expression analysis covering the mouse full genome. These genes were found to be involved mainly in the cell cycle pathway, focal adhesion, adherens junction, TGE-$\beta$ signaling, apoptosis, lysine degradation, insulin signaling, ECM-receptor interaction. Among the genes, we focused on the 631 genes(FC>0.5) reciprocally affected by EGCG treatment. Our study suggest that EGCG down-regulate the gene expressions of up stream signaling factors such as nemo like kinase with MAPK activity and PI3-Kinase, Ras GTPase and down stream factors such as cyclin D1, D2, H, T2, cdk6.

• 대기
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• 제31권2호
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• pp.229-240
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• 2021

본 연구에서는 기상청에서 2018년부터 운영 중인 전지구 해양자료동화시스템 GODAPS에 대하여 소개하였으며, 2015년 2월부터 2016년 1월까지 일년간의 실험 수행을 통한 결과를 분석하여 이 시스템의 특성을 살펴보았다. GODAPS는 크게 해양-해빙 모델과 3차원 변분법 기반의 자료동화 시스템으로 구성되어 있고, 전지구적으로 수집된 현장 및 위성 관측자료를 자료동화하여 매일 1회 분석장과 예측장을 생산한다. 이때 해수면온도, 수온과 염분 프로파일, 해수면고도 변이, 그리고 해빙농도 관측자료를 자료동화한다. 분석증분 및 배경장/분석장으로부터의 관측증분에 대한 분석, 자료동화를 적용하지 않은 실험과의 비교 등을 통해 GODAPS 자료동화 결과를 비교검증하였다. 자료동화는 관측자료들을 효과적으로 활용하고 있었으며, 전지구 규모에서 편차를 줄인 분석장과 예측장을 생산하고 있는 것으로 나타났다. 이외에도, 변동성이 강한 중위도 해역의 쿠로시오와 걸프만 해류의 중규모 현상을 재현하는데 있어서도 결정적인 영향을 미치는 것으로 확인하였다. 해양초기장을 향상시키기 위해서는 모델과 자료동화 기술의 개발과 더불어, 다양한 관측자료를 활용하는 것이 중요하다. 하지만, 현업에서 활용할 수 있는 해양관측자료는 한계가 있으며, 따라서 가용한 자료를 자료동화 과정에 포함시키는 노력이 요구된다. 수온에 비해 염분의 경우 상대적으로 관측자료가 부족한데, 최근에는 SMAP (Soil Moisture Active Passive) 등 인공위성을 활용한 표층 염분자료가 제공되고 있으며, 기상청에서도 자료동화 과정에 독립적인 위성 염분자료를 활용한 분석장 검증 및 자료동화에 직접적용하는 연구를 추진하고 있다. 특히, 표층 염분의 자료동화를 통해 열대해역의 혼합층 깊이가 개선되고, 결과적으로 기후예측성을 향상시키는 연구결과(Hackert et al., 2020) 등을 고려할 때, 향후 위성관측 표층염분의 자료동화는 기후예측 분야에 있어서 점차 중요해질 것으로 판단된다. 본 연구의 실험결과에서도 GODAPS의 염분 관측증분 오차가 표층에서 상대적으로 크게 나타나고 있어, 해양초기장의 정확성을 높이고 나아가 기후예측성을 높이는데 위성 염분자료가 효과적으로 사용될 수 있을 것으로 기대된다.