Kim, Seung Ju;Nam, Soo Hyun;Kanwal, Sumaira;Nam, Da Eun;Yoo, Da Hye;Chae, Jong?Hee;Suh, Yeon?Lim;Chung, Ki Wha;Choi, Byung?Ok
Genes and Genomics
/
v.40
no.12
/
pp.1269-1277
/
2018
Bcl2-associated athanogene 3 (BAG3) mutations have been reported to cause the myofibrillar myopathy (MFM) which shows progressive limb muscle weakness, respiratory failure, and cardiomyopathy. Myopathy patients with BAG3 mutation are very rare. We described a patient showing atypical phenotypes. We aimed to find the genetic cause of Korean patients with sensory motor polyneuropathy, myopathy and rigid spine. We performed whole exome sequencing (WES) with 423 patients with sensory motor polyneuropathy. We found BAG3 mutation in one patient with neuropathy, myopathy and rigid spine syndrome, and performed electrophysiological study, whole body MRI and muscle biopsy on the patient. A de novo heterozygous p.Pro209Leu (c.626C>T) mutation in BAG3 was identified in a female myopathy. She first noticed a gait disturbance and spinal rigidity at the age of 11, and serum creatine kinase levels were elevated ninefolds than normal. She showed an axonal sensory-motor polyneuropathy like Charcot-Marie-Tooth disease (CMT), myopathy, rigid spine and respiratory dysfunction; however, she did not show any cardiomyopathy, which is a common symptom in BAG3 mutation. Lower limb MRI and whole spine MRI showed bilateral symmetric fatty atrophy of muscles at the lower limb and paraspinal muscles. When we track traceable MRI 1 year later, the muscle damage progressed slowly. As far as our knowledge, this is the first Korean patient with BAG3 mutation. We described a BAG3 mutation patient with atypical phenotype of CMT and myopathy, and those are expected to broaden the clinical spectrum of the disease and help to diagnose it.
Transgenic animal and cell line models which are recently developed and used in toxicology fields combined with molecular biological technique, are powerful tools to study the mechanism of mutation in vivo and in vitro, respectively. Transgenic models, which have exogenous DNA incorporated into their genome, carry recoverable shuttle vector containing reporter genes to assess endogenous effects or alteration in specific genes related to disease processes. The lac I and lac Z gnee most widely used as a mutational target in transgenic systems. The assay is performed by treatment with putative mutagenic agents, isolation of genomic DNA from cells or tissues, exposure the isolated DNA to in vitro packaging extract, plating and sequencing. The results from these processes provide not only mutant frequency as quantitative evaluation but also mutational spectrum as qualitative evaluation of various agents. Therefore we introduce and review the principle, detailed procedure and application of transgenic mutagenesis assay system in toxicology fields especially in mutagenesis and carcinogenesis.
The mutational spectra in the manganese (II) peroxidase gene (mnp) of the Pleurotus ostreatus mutants induced by gamma radiation (Co$\^$60/) give evidence to prove the effect of gamma radiation on the gene. mnp of each mutant was cloned, sequenced and analyzed. Among the 1941 base pairs of the sequenced region of the mnP genes of 4 mutants (PO-5,-6,-15 and -16), nine mutational hotspots on which the same base was mutated simultaneously were found, additionally 6 mutations were also found at different positions in the mnp gene. These mutation-spectra were predominantly A:T\longrightarrowG:C transitions (50.1%). By the analysis of putative amino acid sequences, PO-5 and PO-16 mutants have 3 and 1 mutated residues, respectively. Since the mutational spectra reported herein are specific to the mnp gene, we propose that the mutational hotspots for the gamma radiation could be in the gene(5) within cells.
Plant tissue culture is a technique that has invariably been used for various purposes such as obtaining transgenic plants for crop improvement or functional analysis of genes. However, this process can be associated with a variety of genetic and epigenetic instabilities in regenerated plants, termed as somaclonal variation. In this study, we investigated mutation spectrum, chromosomal distributions of nucleotide substitution types of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (InDels) by whole genome re-sequencing between Dongjin and Nipponbare along with regenerated plants of Dongjin from different induction periods. Results indicated that molecular spectrum of mutations in regenerated rice against Dongjin genome ranged from $9.14{\times}10^{-5}$ to $1.37{\times}10^{-4}$ during one- to three-month callus inductions, while natural mutation rate between Dongjin and Nipponbare genomes was $6.97{\times}10^{-4}$. Non-random chromosome distribution of SNP and InDel was observed in both regenerants and Dongjin genomes, with the highest densities on chromosome 11. The transition to transversion ratio was 2.25 in common SNPs of regenerants against Dongjin genome with the highest C/T transition frequency, which was similar to that of Dongjin against Nipponbare genome.
Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
/
v.26
no.2
/
pp.137-145
/
2000
Carcinogenesis is a multi-stage process that generally consists of at least three steps; initiation, promotion, and progression. If one of these carcinogenic steps were suppressed or delayed, the cancer could be prevented. Cancer chemoprevention is defined to be inhibition or reversal of the carcinogenic process by the specific chemical agents and is a novel approach to cancer management alternative to conventional chemotherapy. Chlorophylln(CHL), a water-soluble derivative of chlorophyll, containing sodium and copper, has been known to be strong antimutagen in several test systems, but its mechanism of antimutagenic action is unknown. In the present experiment, the possibility of CHL as chemopreventive drugs on 7,12-dimethylbenz[a]anthracene(DMBA)-induced hamster buccal pouch carcinogenesis was investigated by mutagenicity test, carcinogenicity test, and frequency or spectrum of H-ras mutations in the both of DMBA-induced and chlorophylln-pretreated-DMBA induced tumor by polymerase chain reaction and non-isotopic restriction fragment length polymorphism. The treatment of CHL reduced the yields and multiplicity of the 0.5% DMBA-induced tumor, 86% to 62.5% and $3.7{\pm}0.6$ to $1.4{\pm}0.3$, respectively. The occurrence of histidine revertant by $20{\mu}mole$ DMBA was inhibited 25.6 to 81.7% by 1 to $5{\mu}M$ CHL in a dose-dependent manner. The mutation rates of H-ras gene in DMBA-induced and CHL-pretreated-DMBA induced tumor were 96%, 94% of which the most mutations were in codon 12/13. These results suggest that CHL inhibits the carcinogenic action of DMBA by the formation of complex between CHL and DMBA or the inhibition of the activation of DMBA in vivo. But CHL did not affect the mutation rates or its spectrum in already formed tumor.
Kim, Nayoung;Hong, Yourae;Kwon, Doyoung;Yoon, Sukjoon
Genomics & Informatics
/
v.11
no.4
/
pp.239-244
/
2013
Somatic mutation is a major cause of cancer progression and varied responses of tumors against anticancer agents. Thus, we must obtain and characterize genome-wide mutational profiles in individual cancer subtypes. The Cancer Genome Atlas database includes large amounts of sequencing and omics data generated from diverse human cancer tissues. In the present study, we integrated and analyzed the exome sequencing data from ~3,000 tissue samples and summarized the major mutant genes in each of the diverse cancer subtypes and stages. Mutations were observed in most human genes (~23,000 genes) with low frequency from an analysis of 11 major cancer subtypes. The majority of tissue samples harbored 20-80 different mutant genes, on average. Lung cancer samples showed a greater number of mutations in diverse genes than other cancer subtypes. Only a few genes were mutated with over 5% frequency in tissue samples. Interestingly, mutation frequency was generally similar between non-metastatic and metastastic samples in most cancer subtypes. Among the 12 major mutations, the TP53, USH2A, TTN, and MUC16 genes were found to be frequent in most cancer types, while BRAF, FRG1B, PBRM1, and VHL showed lineage-specific mutation patterns. The present study provides a useful resource to understand the broad spectrum of mutation frequencies in various cancer types.
Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease can be divided mainly into demyelination and axonopathy based on the results of the electrophysiological study. Mitofusin 2, encoded by MFN2 gene, has a crucial role in the fusion of mitochondria, which is known to associate with CMT type 2A as one of the axonal forms. We describe a 44-year-old man with progressive weakness on bilateral legs after noticing foot drop in his early teen. When we examined him at 45 years of age, he presented atrophy on entire legs and with distal muscle weakness on limbs. The nerve conduction study revealed severely decreased amplitude on motor nerve ranging from 0.2 to 4.5 mV, while conduction velocity remained more than 30.4 m/s. The whole-exome sequencing revealed a novel variant c.2228G>T in MFN2 by efficient genetic analysis tool, MutationDistiller. This report will not only expand the mutation spectrum of CMT2A but also introduce a time-saving genetic analysis tool.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.