• 농업과학연구
• /
• 제41권3호
• /
• pp.157-161
• /
• 2014

Understanding the gene flow from genetically modified (GM) crops to conventional crops is important to prevent and mitigate seed contamination caused by pollen-mediated gene flow. We conducted a field test to investigate the gene flow from diamondback moth resistant GM cabbage (Brassica oleracea var. capitata) containing cry1Ac1 gene, to a non-GM control line AD126. GM and non-GM cabbage plants were cultivated in the field and pollinated using Bombus terrestris under the nets during the flowering periods. After seeds were collected from non-GM plants, hybrids between them and the GM cabbages were screened by multiplex PCR targeting cry1Ac1 gene. Out of 878 germinated seedlings, 168 hybrids were found and the average gene flow frequency was 19.7%. Because cabbage is mainly pollinated by insect pollinators, large-scale field tests are needed to study gene flow of GM cabbage.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제30권9호
• /
• pp.1404-1411
• /
• 2020

Lactic acid bacteria (LAB) play an important role in dairy fermentations, notably as cheese starter cultures. During the cheese production and ripening period, various enzymes from milk, rennet, starter cultures, and non-starter LABs are involved in flavor formation pathways, including glycolysis, proteolysis, and lipolysis. Among these three pathways, starter LABs are particularly related to amino acid degradation, presumably as the origins of major flavor compounds. Therefore, we used several enzymes as major criteria for the selection of starter bacteria with flavor-forming ability. Lactococcus lactis subsp. lactis LDTM6802 and Lactococcus lactis subsp. cremoris LDTM6803, isolated from Korean raw milk and cucumber kimchi, were confirmed by using multiplex PCR and characterized as starter bacteria. The combinations of starter bacteria were validated in a miniature Gouda-type cheese model. The flavor compounds of the tested miniature cheeses were analyzed and profiled by using an electronic nose. Compared to commercial industrial cheese starters, selected starter bacteria showed lower pH, and more variety in their flavor profile. These results demonstrated that LDTM6802 and LDTM6803 as starter bacteria have potent starter properties with a characteristic flavor-forming ability in cheese.

• Osong Public Health and Research Perspectives
• /
• 제9권6호
• /
• pp.325-333
• /
• 2018

Objectives: The purpose of this study was to determine the presence of IMP and OXA genes in clinical strains of Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) that are carriers of the ampC gene. Methods: In this study, 105 clinical isolates of P. aeruginosa were collected. Antibiotic resistance patterns were determined using the disk diffusion method. The strains carrying AmpC enzymes were characterized by a combination disk method. Multiplex-PCR was used to identify resistance and virulence genes, chi-square test was used to determine the relationship between variables. Results: Among 105 isolates of P. aeruginosa, the highest antibiotic resistance was to cefotaxime and aztreonam, and the least resistance was to colictin and ceftazidime. There were 49 isolates (46.66%) that showed an AmpC phenotype. In addition, the frequencies of the resistance genes were; OXA48 gene 85.2%, OXA199, 139 3.8%, OXA23 3.8%, OXA2 66.6%, OXA10 3.8%, OXA51 85.2% and OXA58 3.8%. The IMP27 gene was detected in 9 isolates (8.57%) and the IMP3.34 was detected in 11 isolates (10.47%). Other genes detected included; lasR (17.1%), lasB (18%) and lasA (26.6%). There was a significant relationship between virulence factors and the OX and IMP genes ($p{\leq}0.05$). Conclusion: The relationship between antibiotic resistance and virulence factors observed in this study could play an important role in outbreaks associated with P. aeruginosa infections.

• 한국동물생명공학회지
• /
• 제36권3호
• /
• pp.154-161
• /
• 2021

A number of Korean Chicken breeds were registered in Domestic Animal Diversity Information System (DAD-IS, http://dad.fao.org/) of the Food and Agriculture Organization (FAO). Evaluation of genetic diversity and relationship of local breeds is an important factor towards the identification of unique and valuable genetic resources. Therefore, this study aimed to analysis the genetic diversity and relationship of 22 Korean Chicken breeds using 12 microsatellite (MS) markers. The mean number of alleles for each variety was 5.52, ranging from a 3.75 (Leghorn F; NF) to a 7.0 (Ross). The most diverse breed was the Hanhyup3 (HCC), which had the highest expected heterozygosity (H_Exp) (0.754) and polymorphic information content (PIC) (0.711). The NF was the least diverse population, having the lowest H_Exp (0.467) and PIC (0.413). As a result of the principal coordinates analysis (PCoA) and factorial correspondence analysis (FCA) confirmed that Hy-line Brown (HL) and Lohmann Brown (LO) are very close to each other and that Leghorn and Rhode Island Red (RIR) are clearly distinguished from other groups. Thus, the reliability and power of identification using 12 types of MS markers were improved, and the genetic diversity and probability of individual discrimination were confirmed through statistical analysis. This study is expected to be used as basic data for the identification of Korean chicken breeds, and our results indicated that these multiplex PCR marker sets will have considerable applications in population genetic structure analysis.

• Journal of Gynecologic Oncology
• /
• 제29권6호
• /
• pp.90.1-90.12
• /
• 2018

Objective: We performed small-scale mutation and large genomic rearrangement (LGR) analysis of BRCA1/2 in ovarian cancer patients to determine the prevalence and the characteristics of the mutations. Methods: All ovarian cancer patients who visited a single institution between September 2015 and April 2017 were included. Sanger sequencing, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), and long-range polymerase chain reaction (PCR) were performed to comprehensively study BRCA1/2. The genetic risk models BRCAPRO, Myriad, and BOADICEA were used to evaluate the mutation analysis. Results: In total, 131 patients were enrolled. Of the 131 patients, Sanger sequencing identified 16 different BRCA1/2 small-scale mutations in 20 patients (15.3%). Two novel nonsense mutations were detected in 2 patients with a serous borderline tumor and a large-cell neuroendocrine carcinoma. MLPA analysis of BRCA1/2 in Sanger-negative patients revealed 2 LGRs. The LGRs accounted for 14.3% of all identified BRCA1 mutations, and the prevalence of LGRs identified in this study was 1.8% in 111 Sanger-negative patients. The genetic risk models showed statistically significant differences between mutation carriers and non-carriers. The 2 patients with LGRs had at least one blood relative with breast or ovarian cancer. Conclusion: Twenty-two (16.8%) of the unselected ovarian cancer patients had BRCA1/2 mutations that were detected through comprehensive BRCA1/2 genetic testing. Ovarian cancer patients with Sanger-negative results should be considered for LGR detection if they have one blood relative with breast or ovarian cancer. The detection of more BRCA1/2 mutations in patients is important for efforts to provide targeted therapy to ovarian cancer patients.

• Journal of Genetic Medicine
• /
• 제21권1호
• /
• pp.22-30
• /
• 2024

Purpose: Neurofibromatosis 1 (NF1) is one of the most common autosomal dominant diseases caused by heterozygous mutation in the NF1 gene. Mutation detection is complex owing to the large size of the NF1 gene, the presence of a high number of partial pseudogenes, and the great variety of mutations. We aimed to study the mutation spectrum of NF1 gene in Korean patients with NF1. Materials and Methods: We have analyzed total 69 unrelated patients who were clinically diagnosed with NF1. PCR and sequencing of the NF1 gene was performed in all unrelated index patients. Additionally, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) test of the NF1 and SPRED1 gene analysis (sequencing and MLPA test) were performed in patients with negative results from NF1 gene sequencing analysis. Results: Fifty-five different variants were identified in 60 individuals, including six novel variants. The mutations included 36 single base substitutions (15 missense and 21 nonsense), eight splicing mutations, 13 small insertion or deletions, and three gross deletions. Most pathogenic variants were unique. The mutations were evenly distributed across exon one through 58 of NF1, and no mutational hot spots were found. When fulfilling the National Institutes of Health criterion for the clinical diagnosis of NF1, the detection rate was 84.1%. Cafe-au-lait macules were observed in all patients with NF1 mutations. There is no clear relationship between specific mutations and clinical features. Conclusion: This study revealed a wide spectrum and genetic basis of patients with NF1 in Korea. Our results aim to contribute genetic management and counseling.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제52권11호
• /
• pp.1241-1248
• /
• 2009

목 적:가와사끼병은 소아의 후천성 심질환의 가장 흔한 원인이나, 그 원인은 아직 밝혀지지 않았다. 최근 급성 호흡기 감염증의 원인 중 하나인 코로나바이러스(human coronavirus NL63)와 가와사끼병 발병과의 연관성이 제기된 바 있다. 이에 저자들은 급성 호흡기 바이러스 감염증과 가와사끼병의 발병 및 임상적 특징과의 연관성을 연구하고자 하였다. 방 법:2003년 10월부터 2006년 9월까지 서울대학교병원과 분당서울대학교병원에서 가와사끼병으로 진단받은 환자 54명으로부터 비인두 흡인물을 채취하여 총 11가지 호흡기 바이러스(호흡기 세포융합 바이러스, 아데노바이러스, 라이노바이러스, 파라인플루엔자 바이러스 1형 및 3형, 인플루엔자 바이러스 A형 및 B형, 메타뉴모바이러스, 보카바이러스, 코로나바이러스 OC43/229E 및 NL63)를 바이러스 배양검사 혹은 다중 역전사 중합 효소 반응(multiplex RT-PCR)로 검출하였다. 대상 환자들의 임상 양상은 후향적으로 검토하였다. 결 과:대상 환자들의 중앙 연령은 32개월(범위 6개월-10.4세)이었으며, 37례(69%)에서 발병 전에 호흡기 증상이 동반되었다. 호흡기 바이러스는 12례(22%)에서 검출되었으며, 라이노바이러스 4례, 파라인플루엔자 바이러스 3형 2례, 보카바이러스 2례, 그리고 아데노바이러스, 호흡기 세포융합 바이러스, 파라인플루엔자 바이러스 1형, 인플루엔자바이러스 A형, 코로나바이러스 NL63 각각 1례씩 검출되었다. 이 중 파라인플루엔자 바이러스 3형과 라이노바이러스가 중복 검출된 경우가 1례 있었다. 발병 전 호흡기 증상이 동반된 경우는 바이러스 양성군이 7례(58.3%), 음성군이 30례(71.4%)이었고, 정맥내 면역글로불린 1회 치료 후 해열된 경우는 바이러스 양성군이 8례(67%), 음성군이 36례(86%)로 나타났으며, 관상동맥 병변이 2개월 이상 지속된 경우는 바이러스 양성군이 2례(17%), 음성군이 4례(9.5%)이었으나, 모두 통계적으로 유의한 차이는 없었다. 결 론:본 연구에서는 가와사끼병 환자에서 호흡기 증상이 동반되는 경우가 흔하였으나, 특정 호흡기 바이러스와의 인과적 관계는 규명되지 않았다. 본 연구는 소규모 단일기관 연구로서, 향후 대규모 다기관 연구를 통하여 호흡기 바이러스 감염증과 가와사끼병의 연관성 및 예후에 미치는 영향이 검토되어야 할 것으로 보인다.

• 한국식품위생안전성학회지
• /
• 제35권5호
• /
• pp.438-446
• /
• 2020

메주와 누룩은 한국 전통 발효 식품에 사용되는 스타터로, Aspergillus속 곰팡이나 aflatoxin에 노출되기 쉽다. 본 연구에서는 우리나라에서 시판되는 57개의 메주 시료와 18개의 누룩 시료로부터 Aspergillus 속 곰팡이를 분리하고 동정하였다. 분리주의 aflatoxin 생성 가능성을 평가하기 위하여 multiplex PCR을 통해 aflatoxin 생합성 유전자(aflO, aflP, aflR)를 확인하고, 이들 분리주에 의해 생성되는 aflatoxin 함량을 HPLC로 조사하였다. 뿐만 아니라 시판 메주와 누룩 시료 중 aflatoxin 함량을 분석하였다. 그 결과, 메주 시료로부터 130개, 누룩 시료로부터 47개 균주가 분리되어 총 177개의 분리주를 확인 및 동정하였다. 각각 메주와 누룩으로부터 분리된 19.2% (25/130), 10.6% (5/47)의 분리주가 3 종류의 aflatoxin 생합성 유전자를 모두 보유하였으며, 그 중 메주로부터 분리된 5개의 분리주가 실제로 aflatoxin을 생성하였다. 시판 메주와 누룩 시료 중 aflatoxin 함량을 분석한 결과, 88% (51/58)의 메주 시료의 aflatoxin 오염 수준은 모두 검출한계 미만으로 나타났고, 누룩 또한 시료의 39% (7/18)가 검출한계 미만으로 확인되었다. 메주와 누룩에서 분리된 분리주 중 aflatoxin 생합성 유전자를 모두 보유하거나 배지 상에서 aflatoxin 생성을 보여준 aflatoxigenic 균주는 존재하였으나 유통되고 있는 시료에서 aflatoxin 오염 빈도는 낮은 수준임을 확인할 수 있었다.

• 한국식품영양과학회지
• /
• 제37권3호
• /
• pp.379-389
• /
• 2008

학교급식에 공급되는 식재료와 이를 이용하여 조리한 식품에 대한 미생물적 품질검사를 위하여 2005년 6월${\sim}$7월, 9월${\sim}$10월의 2회로 나누어 서울시에 위치한 초등학교 11개교에서 원료 식재료와 이를 이용하여 조리한 식품시료(54종 64품목)를 수거하였다. 수거한 시료 중 장내세균은 전처리 채소에서 $0.86{\sim}6.78$ log CFU/g, 육류(돼지고기, 쇠고기, 닭봉)에서 $2.08{\sim}5.18$ log CFU/g, 어류(고등어, 코다리, 동태)에서 $2.20{\sim}4.14$ log CFU/g 수준으로 검출되었다. 양념된 채소인 생채류와 샐러드에서 $2.99{\sim}5.30$ log CFU/g, 숙채류에서는 $2.45{\sim}4.24$ log CFU/g 수준으로 검출되었다. 반 가공 식품인 J교의 떡국떡, D교의 두부에서도 각각 0.72와 2.44 log CFU/g의 장내세균이 검출되었다. 대장균은 전처리 야채인 쪽파(1.74 log CFU/g), 비전처리 야채에서 방울토마토(3.70 log CFU/g), 깻잎(3.59 log CFU/g), 쑥갓(3.15 log CFU/g), 미나리(0.20 log CFU/g), 파슬리(3.00 log CFU/g) 등 5건이 검출되었고, 육류는 돼지고기(0.65 log CFU/g), 쇠고기($0.20{\sim}1.50$ log CFU/g), 닭봉(1.78 log CFU/g)에서 검출되었다. 조리된 식품에서는 숙채류인 무청된장무침에서 1건(1.24 log CFU/g)이 검출되었다. 다중검출 유전자분석법(Multiplex PCR)을 이용한 유전자분석방법으로 Salmonella spp., E. coli O157:H7, L. monocytogenes, S. aureus, B. cereus, C. jejuni, V. parahaemolyticus, Shigella spp. 8종을 검출하여 확인한 결과, 8건의 조리된 음식과 식재료 19건에서 B. cereus가 검출되었다. 검출된 B. cereus의 정량검사 결과, 깻잎 5.46 log CFU/g, 청포묵무침 1.79 log CFU/g, 쪽파(전처리) 3.48 log CFU/g 수준으로 검출되었다. 조리식품인 청포묵무침과 코다리조림은 원료에서는 검출되지 않았으나 조리된 식품에서 B. cereus가 검출되어 조리과정에서의 교차오염으로 판단되었다. E. coli O157:H7은 냉동쇠고기에서 2건이 검출되었고 1건이 API kit로 확인 동정(93.7%)되었다. L. monocytogenes는 유전자분석결과 튀김 1건에서 검출되었으나 전통적인 배지법으로 확인 실험한 결과, 의심집락은 확인할 수 없었다. 또한, C. jejuni는 전처리한 양파에서 검출되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제54권5호
• /
• pp.485-494
• /
• 2003

배경 : Glutathione S-transferase(GST)는 발암 전구물질의 해독에 관여하는 효소로, GSTM1과 GSTT1 소실형을 갖는 개체는 폐암의 감수성이 높은 것으로 생각된다. 여성 폐암은 위험 인자, 조직형 등의 역학적 특성이 남성과 차이가 많기 때문에 유전적 감수성 인자 또한 차이가 있을 것으로 생각된다. 이에 저자들은 한국인에서 GSTM1과 GSTT1 유전자형과 폐암 발생 위험도의 상관 관계를 남성과 여성을 분리하여 조사하였다. 방법 : 1997년 1월부터 1999년 12월까지 경북대학교 병원에서 폐암으로 확진된 253명의 환자를 대상으로 하였으며, 대조군은 경북대학교 병원 건강 검진센터를 방문한 검진자들을 대상으로 하였다. GSTM1과 GSTT1의 유전자형은 말초 혈액에서 DNA를 추출한 후 다중중합효소 연쇄 반응(multiplex PCR)을 통하여 조사하였다. 결과 : 남성에서는 GSTM1과 GSTT1 유전자형에 따른 폐암 발생 위험도의 유의한 차이가 없었다. 여성에서는 GSTM1 유전자형과 폐암 발생 위험도는 유의한 차이가 없었으나, GSTT1 소실형의 빈도는 폐암군 70.3%, 대조군 55.3%로 폐암군에서 유의하게 높았다 [odds ratio(OR, 대응비)=2.18, 95% confidence interval(CI, 신뢰구간)=1.21-3.93). 흡연력과 연령에 따라 층화분석한 경우 GSTT1 소실형은 60세 이하(OR=4.82, 95% CI=1.61-14.4)와 비흡연자(OR=4.29, 95% CI=1.94-9.48]에서 여성 폐암 위험도와 유의한 관계가 있었다. 결론 : GSTT1 유전자형은 한국인 비흡연 여성에서 폐암의 위험도를 결정하는 유전적 인자로 생각된다.