• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제42권2호
• /
• pp.71-75
• /
• 2004

To determine the molecular phylogenie location of Plagiorchis muris, 28S D1 ribosomal DNA (rDNA) and mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I (mtCOI) were sequenced and compared with other trematodes in the family Plagiorchiidae. The 28S D1 tree of P. muris was found to be closely related to those of P. elegans and other Plagiorchis species. And, the mtCOI tree also showed that P. muris is in a separate clade with genus Glypthelmins. These results support a phylogenie relationship between members of the Plagiorchiidae, as suggested by morphologic features.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제13권2호
• /
• pp.73-81
• /
• 1997

한국산 조류 중 박새속(genus Parus)에 속하는 4종 Parus major wladiwostokensis (박새), P. ater amurensis(진박새), P. palustrius hellmayri(쇠박새) 및 P. varius varius(곤줄 박이)를 대상으로 이들의 계통적 유연관계를 구명하기 위하여 mtDNA분석을 실시하였다. 6 base를 인지하는 10개의 제한효소를 처리하여 얻어진 mtDNA의 크기는 16.6~17.0Kb였으며 Pst I과 Pvu II는 종간 차이가 뚜렷하였다. 각 종간의 절편양상을 비교하여 Parus속의 종 간 분화정도를 비교한 결과 P. m. wladiwostokensis와 P. a. amurensis의 유전적 근연관계 가 가장 가까웠고(p=0.073, F=0.294) P. a. amurensis와 P. v. varius는 비교적 현저한 유전 적 차이를 보였다.(p=0.119, F=0.143). Brown 등 (1979)의 공식을 이용하여 박새속 4종의 분 화시기를 추정한 결과 이들은 후기 선신세(Pliocene)와 초기 홍적세(Pleistocene) 사이에 분 화된 것으로 추정되었다.

• 생명과학회지
• /
• 제25권9호
• /
• pp.970-975
• /
• 2015

본 연구는 mtDNA cytochrome b (cyt b) 유전자의 염기변이를 동정하고 이를 토대로 백한우의 계통유전학적 유연관계를 파악하기 위하여 실시하였다. 백한우 14두에 대한 mtDNA cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기의 삽입/결실변이 없이 1개의 silent mutation이 동정되었고, 2개의 haplotype으로 분류되었다. 14두 중 13두가 major haplotype인 H1에 포함되었으며, 나머지 1두는 칡소와 같은 haplotype에 속하였다. Haplotype 다양성지수 및 염기변이율은 각각 0.143, 0.00013으로, 기존에 보고된 한국 재래소 및 중국소 품종들보다 현저히 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국 및 유럽 소 품종과의 유전적 유연관계를 확인하기 위해서 Dxy 유전거리 산출 및 neighbor-joining tree를 작성하였다. 2개의 group (A, B)으로 분류되었으며, 백한우는 B. taurus 계열인 A group에 포함되었다. Dxy유전거리 산출 결과, 백한우는 흑우(0.00018) 및 Yanbian (0.00021) 품종과 가까운 유연관계를 보였다. 이상의 결과를 종합해보면, 모계유전특성에 기초하여 백한우는 칡소, 흑우 및 Yanbian과 유전적으로 높은 연관성을 보였다. 이러한 결과는 백한우의 효율적인 관리 및 지속가능한 활용을 위한 중요한 자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Animal cells and systems
• /
• 제13권3호
• /
• pp.323-329
• /
• 2009

We analyzed partial sequences of cytochrome b (cyt-b), a mitochondrial DNA (mtDNA) gene, to determine the genetic relationships between six horsehead fish species: Branchiostegus japonicus, Branchiostegus albus, Branchiostegus auratus, Branchiostegus argentatus, Branchiostegus wardi, and an unidentified Branchiostegus species. The specimens were collected in Korea, China, Japan, and Vietnam. We compared their molecular phylogenetic relationships inferred from mtDNA cyt-b sequences with an osteological analysis. The unidentified species, B. sp., was similar to B. albus in terms of the lack of triangular silver-white dot at the posterior region of eyes (vs. large one present in B. japonicus), but was also similar to B. japonicus in terms of the presence of a straight-shaped first hemal spine (vs. a curve-shaped hemal spine in B. albus). Analysis of the mtDNA cyt-b sequences indicated that the smallest estimated sequence divergence was between the B. japonicus and B. sp. (0.70-0.94%), whereas the largest difference was between B. auratus and B. argentatus (23.06-23.36%). Both the maximum parsimony and maximum likelihood trees showed that the B. sp. was closely clustered with B. japonicus, and that B. auratus was most distant from the other species. When comparing the osteological characters, UPGMA tree showed that the B. japonicus and B. sp. were the most closely clustered species, and B. auratus was the most distantly clustered fish relative to the other species. The shape of the nasal, otolith and first hemal spine was informative for distinguishing B. auratus from the other species. These osteological differences were consistent with the differences in mtDNA.

• 생명과학회지
• /
• 제27권12호
• /
• pp.1415-1420
• /
• 2017

고구마 현탁배양세포의 EST library에 높은 빈도로 존재하는 metallothionein (MT) 유전자를 선별하였다(IbMT3). MT 유전자는 세포와 조직의 스트레스 조절과 연관되어 있다고 알려져 있다. 본 연구에서 IbMT3 cDNA의 전장을 확보하여 염기서열 분석을 한 결과, IbMT3 유전자는 구조적으로 유형 3에 속하는 MT 단백질을 암호화하고 있었다. 식물에서 유형 3에 속하는 MT 단백질의 기능은 명확히 알려지지 않다. Northern blot 분석 결과, IbMT3 유전자는 고구마 식물체 잎보다 현탁배양 세포에서 매우 강하게 발현되었다. 일반적으로 세포배양은 세포에 산화 스트레스 상태를 부과하는 것으로 알려져 있다. 이에, 고구마 식물체에 산화 스트레스를 처리하여 IbMT3 유전자의 발현이 어떻게 조절되는지 조사하였다. 제초제인 methyl viologen (MV)을 6, 12, 24시간 동안 처리했을 때, IbMT3 유전자의 발현은 6시간 후에 아주 강하게 유도되었고 그 이후에는 감소함을 알 수 있었다. 저온 스트레스($15^{\circ}C$)를 24, 48시간 동안 처리했을 때, IbMT3 유전자는 처리시간이 경과함에 따라 발현이 더 많이 유도되었다. 이로써, IbMT3 유전자는 환경 및 산화 스트레스에 반응하여 발현이 조절되는 유전자임을 알 수 있었다. IbMT3 isoform은 고구마 식물체 내에서 항산화제로써 작용할 가능성이 있을 뿐 아니라, 스트레스 하에서의 세포 적응 메커니즘에 중요한 기능을 할 것으로 사료된다.

• 한국패류학회지
• /
• 제10권1호
• /
• pp.27-37
• /
• 1994

한국산 담수 또아리물달팽이과(Planorbidae)에 속하는 또아리물달팽이(Gyraulus convexiusculus),수정또아리물달팽이(Hippeutis cantori) 및 배꼽또아리물달팽이(Segmentina hemisphaerula)3종에 대한 종간 유전적 변이와 이들 상호간의 분류학적 유연 관계를 생화학적 측면에서 밝히고자 하였다. 즉, 모계유전으로 자손에 유전되고 있는 미토콘드리아 DNA(mitochondrial DNA; mt DNA)의 변이를 보기위하여 제한효소(restriction enzyme)를 처리하고 잘라진 mtDNA절편들을 상호 비교하는 restriction fragmint length polymorphism(RFLP)기법을 응용하였다. 본 실험에서 10개의 제한효소 중 CIa I, Dra I, Eco RI, Hin dIII, Kpn I및 pst I의 6개 제한효소에서 좋은 결과를 얻어 종간의 공통절편(shated fragmints)을 비교하였고, 염기분화율(nucleotide divergince rate)을 각각 측정하였다. 미토콘드리아 DNA 크기(genome size)는 또아리물달팽이가 12.08 kb, 수정또아리물달팽이가 14.4 kb, 그리고 배꼽또아리물달팽이가 12.93 kb로 관찰되었다. 염기분화율(p)는 또아리물달팽이/수정또아리물달팽이 군에서 p=12.7%, 배꼽또아리물달팽이와 상기 2종군 사이의 염기분화율은 P=56.6%여서 배꼽 또아리물달팽이류는 타 2종보다 그 분화율이 매우 높음을 알 수 있었다. 이상의 결과로 보아 분류군(taxa)의 mtDNA 변이에 의한 RELP기법이 앞으로 한국산 담수 패류 연구에 널리 응용될 수 있음이 확인되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제46권3호
• /
• pp.157-164
• /
• 2008

Three Acanthamoeba isolates (KA/E9, KA/E17, and KA/E23) from patients with keratitis were identified as Acanthamoeba triangularis by analysis of their molecular characteristics, a species not previously recognized to be a corneal pathogen. Epidemiologic significance of A. triangularis as a keratopathogen in Korea has been discussed. Morphologic features of Acanthamoeba cysts were examined under a microscope with differential interference contrast (DIC) optics. Mitochondrial DNA (mtDNA) of the ocular isolates KA/E9, KA/E17, and KA/E23 were digested with restriction enzymes, and the restriction patterns were compared with those of reference strains. Complete nuclear 188 and mitochondrial (mt) 16S rDNA sequences were subjected to phylogenetic analysis and species identification. mtDNA RFLP of 3 isolates showed very similar patterns to those of SH621, the type strain of A. triangularis. 16S and 18S rDNA sequence analysis confirmed 3 isolates to be A. triangularis. 18S rDNA sequence differences of the isolates were 1.3% to 1.6% and those of 16S rDNA, 0.4% to 0.9% from A. triangularis SH621. To the best of our knowledge, this is the first report, confirmed by 18S and 16S rDNA sequence analysis, of keratitis caused by A. triangularis of which the type strain was isolated from human feces. Six isolates of A. triangularis had been reported from contaminated contact lens cases in southeastern Korea.

• 생명과학회지
• /
• 제18권3호
• /
• pp.422-425
• /
• 2008

Membrane-type 1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) is a membrane-associated zinc-dependent endoproteinase involved in extracellular matrix remodeling. MT1-MMP hydrolyzes ECM proteins like collagen and is involved in cancer cell migration and metastasis. Caveolins are integral membrane proteins and play a role in formation of caveolae, specialized membrane microdomains involved in clathrin-independent endocytosis. Recombinant MT1-MMP was transiently expressed in PANC-1 cells. Cells expressing recombinant MT1-MMP were able to hydrolyze collagen and migrate on collagen coated trans-well. Both subjacent collagen degradation and the cell migration conferred by recombinant MT1-MMP were inhibited by co-transfection of plasmids containing caveolin-1 cDNA. The results support that MT1-MMP is localized in lipid raft of the membrane and MT1-MMP activities in invasive cells could be inhibited by caveolin.

• Molecules and Cells
• /
• 제23권3호
• /
• pp.379-390
• /
• 2007

We sequenced and characterized the complete mitochondrial genome of the Japanese fish tapeworm D. nihonkaiense. The genome is a circular-DNA molecule of 13607 bp (one nucleotide shorter than that of D. latum mtDNA) containing 12 protein-coding genes (lacking atp8), 22 tRNA genes and two rRNA genes. Gene order and genome content are identical to those of the other cestodes reported thus far, including its congener D. latum. The only exception is Hymenolepis diminuta in which the positions of trnS2 and trnL1 are switched. We tested a PCR-based molecular assay designed to rapidly and accurately differentiate between D. nihonkaiense and D. latum using species-specific primers based on a comparison of their mtDNA sequences. We found the PCR-based system to be very reliable and specific, and suggest that PCR-based identification methods using mtDNA sequences could contribute to the study of the epidemiology and larval ecology of Diphyllobothrium species.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제40권2호
• /
• pp.130-134
• /
• 2024

The family Velutinidae is found in various intertidal and subtidal habitats worldwide including Arctic and Antarctic seas. They are characterized by possessing a fragile shell that is partially or entirely covered by the mantle. Eight valid species of the genus Coriocella have been reported mostly in the Indo-West Pacific. Here we report Coriocella jayi Wellens, 1996 from Korean waters for the first time and describe details of their external morphology and radula characteristics using scanning electron microscopy, and provide the mtDNA cox1 sequence as a DNA barcode sequence information. This species is distinguished from other congeneric species by having six cylinder-shaped tubercular lobes of their dorsal part of mantle body and mantle color. Phylogenetic tree using the mtDNA cox1 sequence data shows that two Coriocella species (C. jayi and C. nigra) are grouped as their respective sister among Velutinidae species, and these relationships are strongly supported by 100% bootstrap value. Despite the morphological similarities, further investigation will be needed to confirm whether the African and Korean populations can be justified as the same species with a disconnected distribution range, or represent morphologically similar but two distinct species.