• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권10호
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• pp.1355-1359
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• 2004

Japanese Black cattle of Hyogo prefecture (Tajima strain) are famous for its ability to produce high-quality meat and have been maintained as a closed system for more than 80 years. In order to assess the usefulness of microsatellite markers in closed cattle populations, and evaluate the genetic structure of the Tajima strain, we analyzed representative dams of the Tajima strain comprised of the substrains Nakadoi and Kinosaki. Genetic variability analyses indicated low genetic diversity in the Tajima strain. In addition, a recent genetic bottleneck, which could be accounted for by the high level of inbreeding, was detected in both substrains. In phylogenetic analyses, relationship coefficients and genetic distances between individuals were calculated using pedigree and microsatellite information. Two phylogenetic trees were constructed from microsatellite and pedigree information using the UPGMA method. Both trees illustrated that most individuals were distinguished clearly on the basis of the two substrains, although in the microsatellite tree some individuals appeared in clusters of different substrains. Comparing the two phylogenetic trees revealed good consistency between the microsatellite analysis tree and the pedigree information. The correlation coefficient between genetic distances derived from microsatellite and pedigree information was 0.686 with a high significance level (p<0.001). These results indicated that microsatellite information may provide data substantially equivalent to pedigree information even in unusually inbred herds of cattle, and suggested that microsatellite markers may be useful in revealing genetic structure without accurate or complete pedigree nformation. Japanese Black cattle of Hyogo prefecture (Tajima strain) are famous for its ability to produce high-quality meat and have been maintained as a closed system for more than 80 years. In order to assess the usefulness of microsatellite markers in closed cattle populations, and evaluate the genetic structure of the Tajima strain, we analyzed representative dams of the Tajima strain comprised of the substrains Nakadoi and Kinosaki. Genetic variability analyses indicated low genetic diversity in the Tajima strain. In addition, a recent genetic bottleneck, which could be accounted for by the high level of inbreeding, was detected in both substrains. In phylogenetic analyses, relationship coefficients and genetic distances between individuals were calculated using pedigree and microsatellite information. Two phylogenetic trees were constructed from microsatellite and pedigree information using the UPGMA method. Both trees illustrated that most individuals were distinguished clearly on the basis of the two substrains, although in the microsatellite tree some individuals appeared in clusters of different substrains. Comparing the two phylogenetic trees revealed good consistency between the microsatellite analysis tree and the pedigree information. The correlation coefficient between genetic distances derived from microsatellite and pedigree information was 0.686 with a high significance level (p<0.001). These results indicated that microsatellite information may provide data substantially equivalent to pedigree information even in unusually inbred herds of cattle, and suggested that microsatellite markers may be useful in revealing genetic structure without accurate or complete pedigree information.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권4호
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• pp.1545-1551
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• 2015

Purpose: Rectal cancers with high microsatellite-instable have clinical and pathological features that differentiate them from microsatellite-stable or low-frequency carcinomas, which was studied rarely in stage II rectal cancer, promoting the present investigation of the usefulness of microsatellite-instability status as a predictor of the benefit of adjuvant chemotherapy with fluorouracil in stage II rectal cancer. Patients and Methods: Data of 460 patients who underwent primary anterior resection with a double stapling technique for rectal carcinoma at a single institution from 2008 to 2012 were retrospectively collected. All patients experienced a total mesorectal excision (TME) operation. Survival analysis were analyzed using the Cox regression method. Results: Five-year rate of disease-free survival (DFS) was noted in 390 (84.8%) of 460 patients with stage II rectal cancer. Of 460 tissue specimens, 97 (21.1%) exhibited high-frequency microsatellite instability. Median age of the patients was 65 (50-71) and 185 (40.2%) were male. After univariate and multivariate analysis, microsatellite instability (p= 0.001), female sex (p<0.05) and fluorouracil-based adjuvant chemotherapy (p<0.001), the 3 factors were attributed to a favorable survival status independently. Among 201 patients who did not receive adjuvant chemotherapy, those cancers displaying high-frequency microsatellite instability had a better 5-year rate of DFS than tumors exhibiting microsatellite stability or low-frequency instability (HR, 13.61 [95% CI, 1.88 to 99.28]; p= 0.010), while in 259 patients who received adjuvant chemotherapy, there was no DFS difference between the two groups (p= 0.145). Furthermore, patients exhibiting microsatellite stability or low-frequency instability who received adjuvant chemotherapy had a better 5-year rate of DFS than patients did not (HR, 5.16 [95% CI, 2.90 to 9.18]; p<0.001), while patients exhibiting high-frequency microsatellite instability were not connected with increased DFS (p= 0.696). It was implied that female patients had better survival than male. Conclusion: Survival status after anterior resection of rectal carcinoma is related to the microsatellite instability status, adjuvant chemotherapy and gender. Fluorouracil-based adjuvant chemotherapy benefits patients of stage II rectal cancer with microsatellite-stable or low microsatellite-instable, but not those with high microsatellite-instable. Additionally, free of adjuvant chemotherapy, carcinomas with high microsatellite-instable have a better 5-year rate of DFS than those with microsatellite-stable or low microsatellite-instable, and female patients have a better survival as well.

• 식물분류학회지
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• 제41권4호
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• pp.299-314
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• 2011

분자 마커의 선택은 집단유전학의 연구방법을 결정하는 중요한 고려사항으로, 현재까지 동식물의 집단유전학 연구에는 알로자임, RAPD, RFLP, AFLP, microsatellite, SNP, ISSR 등이 개발되어 주로 사용되고 있다. 이 중 microsatellite는 핵뿐만 아니라 엽록체, 미토콘드리아와 같은 세포소기관의 게놈상에 매우 풍부하게 존재하며, 핵에서 유래된 microsatellite는 높은 다형성을 보이는 공우성 마커로 집단 구조 및 유전적 다양성 연구에서 최근 선호된다. Microsatellite는 보통 1~6 bp의 짧은 서열이 반복된 것으로 각각의 유전자좌에 특화된 프라이머를 사용하여 증폭한다. Microsatellite는 PCR 반응으로 쉽게 유전자형을 분석할 수 있는 장점이 있으나, 종 특이적으로 개발되고 계통적으로 매우 가까운 근연종에게만 적용될 수 있는 단점이 있다. 따라서, 야생식물의 경우 microsatellite 개발에 필요한 게놈 정보가 부족하고 신규 개발비용이 많이 소요되어 적용이 쉽지 않았으나, 점차 개발비용이 낮아지고 있어, 야생식물을 대상으로 한 microsatellite 연구들이 증가하고 있는 추세이다. 따라서, 본 논문에서는 야생식물의 microsatellite를 이용한 분석 기초를 마련하고자 microsatellite 마커의 다양한 개발 및 분석 방법, 진화 모델 및 적용 분야에 대해 소개하고, 유전자형 결정시 잘못된 결론을 도출할 가능성이 높은 부분에 대한 사항들을 지적하여 야생식물의 microsatellite를 이용한 집단유전학적 분석에 도움을 주고자 하였다.

• 생명과학회지
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• 제30권3호
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• pp.291-297
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• 2020

본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 이용하여 방어의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발된 마커를 이용하여 방어 집단의 유전적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq2500를 이용하여 총 28,873,374개의 read들을 얻어 assembly를 수행한 결과, 전체의 약 1.6%에 해당하는 466,359개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 7,247,216,874 bp로 확인되었다. 크기가 518 bp 이상이 되는 contig는 30.729개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig 132개(0.43%)를 1차로 선별하고, PCR 증폭 여부 및 유전자형 분석을 통해 microsatellite 후보 60개를 2차로 선별하였다. 그 중 방어집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 선택하였다. 방어집단을 대상으로 개발된 15개의 microsatellite 마커로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자수(N_A)는 평균 18.5(11~30)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(H_O)와 평균기대치 이형접합도(H_E)는 각각 0.812(0.431~0.972)와 0.896(0.782~0.949)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 마커 간의 연관불평형은 나타나지 않았으며, 해산어의 평균 H_E 값인 0.79 이상의 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발된 15개의 microsatellite 마커는 방어 집단의 유전적 다양성 분석에 유용할 것으로 사료된다.

• 한국산림과학회지
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• 제105권2호
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• pp.186-192
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• 2016

본 연구는 차세대 염기서열 분석방법을 이용하여 굴참나무의 microsatellite 마커를 개발하고 특성을 분석하기 위해 수행되었다. GS-FLX Titanium 차세대 염기서열 분석 장비를 이용하여 305,771개의 read를 얻었고, 117 Mbp의 데이터를 생산하였다. De novo assembly를 통하여 7,326개의 contig를 확보하였다. 크기가 500 bp 이상이 되는 contig는 2,921개로 나타났다. 그 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig는 606개(20.75%)로 나타났으며, 총 microsatellite의 수는 911개로 확인되었다. 그 중 13개의 microsatellite 유전자좌에서 굴참나무 개체 간 다형성이 관찰되었다. 이들 microsatellite 유전자좌에 대하여 주왕산 집단에서 관찰된 유효 대립유전자수($A_e$)는 평균 4.966(2.439~7.515)로 나타났다. 평균 이형접합도 관측치($H_o$)와 평균 이형접합도 기대치($H_e$)는 각각 0.873(0.731~1.000)과 0.766(0.590~0.867)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 유전자좌에서 null 대립유전자는 관찰되지 않았으며, 마커 간 연관불평형은 나타나지 않았다. 따라서 본 연구에서 개발된 13개의 microsatellite 마커는 굴참나무 집단의 유전변이 분석에 유용할 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제33권8호
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• pp.623-631
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• 2023

본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 사용하여 벤자리의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발한 마커를 사용하여 벤자리 집단의 유전학적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq X ten을 사용하여 총 402,244,934개의 read들을 얻어 assembly를 실행한 결과, 전체의 약 0.33%에 해당하는 1,320,995개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 705,613,658 bp로 확인되었다. 크기가 640 bp 이상이 되는 contig는 952,326개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig를 151개(0.016%)로 1차 선별하고, PCR 증폭 여부를 통해 microsatellite 후보 34개를 2차로 선별하였다. 그 중 벤자리 집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 최종 선택하였다. 새로 개발한 15개의 microsatellite 마커를 사용하여 벤자리 집단을 대상으로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자 수(N_A)는 평균 12(6~25)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(H_O)와 평균 기대치 이형접합도(H_E)는 각각 0.750(0.530-0.873)와 0.793 (0.647-0.895)으로 나타냈으며, 이는 해산어의 평균 값인 0.79와 유사한 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발한 15개의 microsatellite 마커는 벤자리 집단의 유전학적 특성 분석에 유용할 것으로 사료된다.

• 대한치과교정학회지
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• 제34권6호
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• pp.537-543
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• 2004

Microsatellite market는 유전연관분석을 위한 매우 유용한 유전표지이다. 그러나 대부분의 market들은 서양인의 정보를 이응하고 있으므로 다른 종족에서 사용할 때는 종족간에 존재할 수 있는 유전 변이의 현저한 차이를 검증해야 한다. 한국인과 일본인 집단에서 종족간 유전 변이를 조사하기 위하여, 각각 96명의 비 혈연관계의 한국인과 일본인 개체들에서 DNA를 채취하였다 그리고 microsatellite set(ABI PRISM Linkage Mapping Set- HDS, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA)을 이용하여 1번 인간 염색체 전 부위에 걸쳐 51개의 microsatellite marker들을 배열하고 부착된 marker들의 위치를 분석하여 대립유전자 빈도와 이형질성을 결정하였다 그 결과, 한국인과 서양인 집단 사이에는 현저한 차이를 보였으나 한국인과 일본인 집단 사이에서는 매우 유사하였다. 본 연구의 결과는 유전 연관 연구에 앞서 일반적으로 상용되는 microsatellite marker에 관한 광범위한 검증을 반드시 시행하여야 한다는 것을 나타낸다. 또한 한국인과 일본인 집단 사이에서 유사하게 나타난 대립유전자 빈도와 이 형질성은 두 민족간의 동질성이 높다는 것을 의미하므로 두 민족을 대상으로 한 1번 인간염색체와 관련된 유전 질환의 유전 연관 연구를 시행할 때 동일한 microsatellite marker의 이용 가능성을 제시하였다.

• 한국임상수의학회지
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• 제26권3호
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• pp.220-225
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• 2009

말에서 개체식별 및 친자확인을 위한 ISAG microsatellite marker의 적용을 위한 유용성 및 표준화를 위해 더러브렛종 6두를 포함한 다양한 품종의 20두를 대상으로 22개의 ISAG microsatellite marker를 분석한 결과 대립유전자의 수는 4개에서 8개로 분포하였고 더러브렛종에서 출현하는 대립유전자의 대부분이 비더러브렛종에서도 출현하였다. 본 연구결과를 통해서 ISAG microsatellte marker를 제주말의 혈통등록에 적용할 수 있음을 알 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권1호
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• pp.1-6
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• 2006

This experiment first cloned some microsatellite sequences for goose species by magnetic beads enriched method and studied the genetic structure research of 14 indigenous grey goose breeds using 19 developed and 12 searched microsatellite markers with middle polymorphism. According to the allele frequencies of 31 microsatellite sites, mean heterozygosity (H), polymorphism information content (PIC) and $D_A$ genetic distances were calculated for 31-microsatellite sites. The results showed that 25 of 31microsatellite sites were middle polymorphic, so the 25 microsatellite markers were effective markers for analysis of genetic relationship among goose breeds. The mean heterozygosity was between 0.4985 and 0.6916. The highest was in the Xupu (0.6916), and in the Yan was the lowest (0.4985) which was consistent with that of PIC. The phylogenetic tree was completed through analysis of UPGMA. Fencheng Grey, Shoutou, Yangjiang and Magang were grouped firstly, then Xongguo Grey, Wugang Tong, Changle and Youjiang were the second group; Gang, Yan Xupu and Yili were the third group; Yongkang Grey and Wuzeng were the fourth group. The results could provide basic molecular data for the research on the characteristics of local breeds in the eastern China, and a scientific basis for the conservation and utilization of those breeds.

• 한국육종학회지
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• 제43권4호
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• pp.322-329
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• 2011

국내 육성된 보리 품종의 유전적 다양성을 조사하기 위하여 microsatellite marker의 이용 가능성에 대한 연구를 수행하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 보리 70품종을 20개의 microsatellite marker를 이용하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2~9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 124개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.498~0.882 범위에 속하였으며 평균값은 0.734로 나타났다. microsatellite marker를 이용하여 작성된 보리70품종의 품종간 유전적 거리는 0.10~0.91의 범위로 나타났고, 유사도 지수 0.15를 기준으로 할 때 70개 품종은 2조 보리 그룹과 6조 보리 그룹으로 나눌 수 있었으며, 공시 품종 모두 microsatellite marker의 genotype에 의해 뚜렷이 구분되었다. 이 연구결과는 보리의 유전적 다양성 및 품종식별을 위한 기초 자료로 유용하게 이용될 수 있는 것으로 사료된다.