The change of external/internal factors of the cell rquires specific biological functions to maintain life. Such functions encourage particular genes to jnteract/regulate each other in multiple ways. Accordingly, we applied a linear decomposition model IFSA, which derives hidden variables, called the 'expression mode' that corresponds to the functions. To interpret gene interaction/regulation, we used a cross-correlation method given an expression mode. Linear decomposition models such as principal component analysis (PCA) and independent component analysis (ICA) were shown to be useful in analyzing high dimensional DNA microarray data, compared to clustering methods. These methods assume that gene expression is controlled by a linear combination of uncorrelated/indepdendent latent variables. However these methods have some difficulty in grouping similar patterns which are slightly time-delayed or asymmetric since only exactly matched Patterns are considered. In order to overcome this, we employ the (IFSA) method of [1] to locate phase- and shut-invariant features. Membership scoring functions play an important role to classify genes since linear decomposition models basically aim at data reduction not but at grouping data. We address a new function essential to the IFSA method. In this paper we stress that IFSA is useful in grouping functionally-related genes in the presence of time-shift and expression phase variance. Ultimately, we propose a new approach to investigate the multiple interaction information of genes.
We generated gene expression data from the tissues of 50 gastric cancer patients, and applied meta-analysis and gene set analysis to this data and three other stomach cancer gene expression data sets to define the gene expression changes in gastric tumors. By meta-analysis we identified genes consistently changed in gastric carcinomas, while gene set analysis revealed consistently changed biological themes. Genes and gene sets involved in digestion, fatty acid metabolism, and ion transport were consistently down-regulated in gastric carcinomas, while those involved in cellular proliferation, cell cycle, and DNA replication were consistently up-regulated. We also found significant differences between the genes and gene sets expressed in diffuse and intestinal type gastric carcinoma. By gene set analysis of cytogenetic bands, we identified many chromosomal regions with possible gross chromosomal changes (amplifications or deletions). Similar analysis of transcription factor binding sites (TFBSs), revealed transcription factors that may have caused the observed gene expression changes in gastric carcinomas, and we confirmed the overexpression of one of these, E2F1, in many gastric carcinomas by tissue array and immunohistochemistry. We have incorporated the results of our meta- and gene set analyses into a web accessible database (http://human-genome.kribb.re.kr/stomach/).
Using microarray analysis, we determined those Salmonella genes induced at the entry of stationary phase, and subsequently discovered that uncharacterized yliH was induced most dramatically. We set out to establish the molecular mechanism underlying the stationary phase induction of yliH under the standard culture condition, LB with vigorous aeration, by analyzing its promoter activity in various mutant backgrounds, lacking stationary phase ${\sigma}$, $RpoS^-$, or stringent signal molecules ppGpp, ${\Delta}relA$${\Delta}spoT$. It was found that the stationary phase induction of yliHp was partially dependent on rpoS but entirely dependent on ppGpp. DNA sequence analysis revealed that the Salmonella yliH gene is composed of 381 base-pair nucleotides, with overall amino acid sequence revealing 76.38% amino acid identity and 88.98% similarity with Escherichia coli yliH, although no motif from data base was noted for its possible role. Recently however, it has been reported that yliH in E. coli was implicated in biofilm formation and motility by repressing these activities (Domka et al., 2006). We have constructed a mutant Salmonella deleting yliH gene by allele replacement and examined its phenotype, and found that the yliH in Salmonella more or less affects motility and adherence by enhancing these activities. The effect on biofilm formation in Salmonella was uncertain. Moreover, addition of cloned yliH of E. coli into Salmonella did not reduce motility or adherence. Taken together, it appears that the pathways implicating yliH for biofilm formation and motility in E. coli and in Salmonella are somewhat different.
Because of its importance in tumor invasion and metastasis, the epithelial-mesenchymal transition (EMT) has become a research focus in the field of cancer. Recently, evidence has been presented that FoxO4 might be involved in EMT. Our study aimed to detect the expression of FoxO4, E-cadherin and vimentin in non-small cell lung cancers (NSCLCs). We also investigated clinical features and their correlations with the markers. In our study, FoxO4, E-cadherin and vimentin were assessed by immunohistochemistry in a tissue microarray (TMA) containing 150 cases of NSCLC. In addition, the expression level of FoxO4 protein was determined by Western blotting. The percentages of FoxO4, E-cadherin and vimentin positive expression in NSCLCs were 42.7%, 38.7% and 55.3%, respectively. Immunoreactivity of FoxO4 was low in NSCLC when compared with paired normal lung tissues. There were significant correlations between FoxO4 and TNM stage (P<0.001), histological differentiation (P=0.004) and lymph node metastasis (P<0.001), but no significant links with age (P=0.323), gender (P=0.410), tumor size (P=0.084), smoking status (P=0.721) and histological type (P=0.281). Our study showed that low expression of FoxO4 correlated with decreased expression of E-cadherin and elevated expression of vimentin. Cox regression analysis indicated FoxO4 to be an independent prognostic factor in NSCLC (P=0.046). These data suggested that FoxO4 might inhibit the process of EMT in NSCLC, and might therefore be a target for therapy.
Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea SP
/
v.41
no.3
/
pp.83-92
/
2004
Gene expression profile is numerical data of gene expression level from organism measured on the microarray. Generally, each specific tissue indicates different expression levels in related genes, so that we can classify cancer with gene expression profile. Because not all the genes are related to classification, it is needed to select related genes that is called feature selection. This paper proposes a new gene selection method using forward selection method in regression analysis. This method reduces redundant information in the selected genes to have more efficient classification. We used k-nearest neighbor as a classifier and tested with colon cancer dataset. The results are compared with Pearson's coefficient and Spearman's coefficient methods and the proposed method showed better performance. It showed 90.3% accuracy in classification. The method also successfully applied to lymphoma cancer dataset.
Lee, Young-Hwa;Jeong, So-Yeon;Na, Hee-Sam;Jeong, Sung-Hee;Park, Hae-Ryoun;Chung, Jin
International Journal of Oral Biology
/
v.35
no.3
/
pp.121-128
/
2010
Porphyromonas gingivalis lipopolysaccharide (Pg LPS) is an important virulence factor in chronic periodontitis. The aim of this study was to compare the expression of inflammatory cytokine genes in Escherichia coli LPS (Ec LPS) and Pg LPS-stimulated mouse macrophage RAW 264.7 cells. Cells were treated with Ec LPS and Pg LPS for 18 hours, and the cytokine gene expression profile was assessed using microarrays and confirmed by real-time PCR. Microarray analysis showed that both types of LPS induced a significant increase in the expression of IL-$17{\beta}$, IL-2, Ccl4, Cxcl2 and $TNF{\alpha}$ compared with the control. However, LT-b was up-regulated by Pg LPS but not by Ec LPS. Real-time PCR analysis of these genes showed similar results for LT-b, Ccl4, Cxcl2, and TNF-$\alpha$ but found that IL-$17{\beta}$ and IL-2 were upregulated by Pg LPS but not by Ec LPS. These data indicate that Pg LPS stimulates the transcription of IL-$17{\beta}$, IL-2, Ccl4, Cxcl2, LT-b, and $TNF{\alpha}$, all of which may be involved in the pathogenesis of chronic periodontitis.
Although the sera used in animal cell culture media provide the macromolecules, nutrients, hormones, and growth factors necessary to support cell growth, it could also be an obstacle to the production of recombinant proteins in animal cell culture systems used in many sectors of the biotechnology industry. For this reason, many research groups, including our laboratory, have been trying to develop serum-free media (SFM) or serum-supplemented media (SSM) for special or multi-purpose cell lines. The Chinese hamster ovary (CHO) cell, for example, is frequently used to produce proteins and is especially valuable in the large-scale production of pharmaceutically important proteins, yet information about its genome is lacking. Also, SFMs have only been evaluated by comparing growth patterns for cells grown in SFMs with those grown in SSM or by measuring the titer of the target protein obtained from cells grown in each type of medium. These are not reliable methods of obtaining the type of information needed to determine whether an SFM should be replaced with an SSM. We carried out a cDNA microarray analysis to evaluate MED-3, an SFM developed in our laboratory, as a CHO culture medium When CHO cells were cultured in MED-3 instead of an SSM, several genes associated with cell growth were down-regulated, although this change diminished over time. We found that the insulin-like growth factor (IGF) gene was representative of the proteins that were down-regulated in cells cultured in MED-3. When several key supplements - including insulin, transferrin, ethanolamine, and selenium - were removed from MED-3, the IGF expression was consistently down- regulated and cell growth decreased proportionately. Based on these results, we concluded that when an SFM is used as a culture medium, it is important to supplement it with substances that can help the cells maintain a high level of IGF expression. The data presented in this study, therefore, might provide useful information for the design and development of SFM or SSM, as well as for the design of genome-based studies of CHO cells to determine how they can be used optimally for protein production in pharmaceutical and biomedical research.
Pyrophosphate:fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase (PFP) catalyzes the reversible interconversion of fructose-6-phosphate and fructose-1,6-bisphosphate, a key step in the regulation of the metabolic flux toward glycolysis or gluconeogenesis. To examine the role of PFP in plant growth, we have generated transgenic Arabidopsis plants that either overexpress or repress Arabidopsis PFP subunit genes. The overexpressing lines displayed increased PFP activity and slightly faster growth relative to wild type plants, although their photosynthetic activities and the levels of metabolites appeared not to have significantly changed. In contrast, the RNAi lines showed significantly retarded growth in parallel with the reduced PFP activity. Analysis of photosynthetic activity revealed that the growth retardation phenotype of the RNAi lines was accompanied by the reduced rates of $CO_2$ assimilation. Microarray analysis of our transgenic plants further revealed that the altered expression of $AtPFP{\beta}$ affects the expression of several genes involved in diverse physiological processes. Our current data thus suggest that PFP is important in carbohydrate metabolism and other cellular processes.
Volatile Organic Compounds (VOCs) have been shown to cause nervous system disorders through skin contact or respiration, and also cause foul odors even at low densities in most cases. Also, as a compound itself, VOCs are directly harmful to the environment and to the human body, and may participate in photochemical reactions in air to create secondary pollutants. In this study, HL-60 cells were treated with volatile organic compounds, including ethylbenzene and trichloroethylene, at a value of $IC_50$. Then, the in house-prepared Human HazChem arrayer was utilized in order to compare the gene expression between the two VOCs. After hybridization, 8 upregulated genes and 8 downregulated genes were discovered in the HazChem array. The upregulated genes were identified as SG15, TNFSF10, PRNP, ME1, NCOA4, SRXN1, TXNRD1, and XBP1. The downregulated genes were identified as MME, NRF1, PRARBP, CALCA, CRP, BAX, C7 or f40, and FGFR1. Such results were highly correlated with the quantitative RT-PCR results. The majority of the 16 genes were related with the characteristics of VOCs, including respiratory mechanism, apoptosis, and carcinogenesis-associated genes. Our data showed that our human HazChem array can be used to monitor hazardous materials via gene expression profiling.
Kim Byoung Soo;Lee Sang Keun;Kim Hyun Woong;Lee Jeung Hoon;Lim Jong Soon;Kang Jung Soo
Journal of Physiology & Pathology in Korean Medicine
/
v.18
no.2
/
pp.468-473
/
2004
Psoriasis is a chronic inflammatory disease of the skin characterized by epidermal hyperplasia, dermal angiogenesis, infiltration of activated T cells, and increased cytokine levels, and affects 1-3% of the world-wide population. Although many immunological and clinical reports indicate a role for the immune system in the pathogenesis of psoriasis, puzzling questions about psoriasis remain unsolved. During the several decade, immunosuppressor and PUVA treatment are ubiquitously used to psoriasis therapy. But recently, to promote terminal differentiation of keratinocytes, block either NK-Tcell or T-cell activation, and interrupting the angiogenic switch represent another therapeutic opportunity in psoriasis. To keep face with immunological therapy, the needs of newly designed prescription on the psoriasis treatments were demanded. With the object of understand the psoriasis from an orient medical point of view, patients were administrated the GY during several weeks. We investigated the changes of gene expression in involved and uninvolved skin samples during the oriental remedy. Microarray data showed several important results. First, Gene expression profiling is similar to each patient. Second, precursor proteins that organize cornified envelops are decreased at the end of remedy. But genes which related to apoptosis, G-protein signalling, and lipid metabolism are increased. Third, 68.5% of clustering genes localized on the psoriasis susceptibility locus. In our results indicated that GY influence on the keratinocytes hyperproliferation by regulating the gene, which located on the psoriasis susceptibility locus.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.