• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2004.11a
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• pp.150-157
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• 2004

microRNA (miRNA)는 21-25 nucleotide (nt)의 single-stranded RNA 분자로서 mRNA의 3' untranslated region (3' UTR)에 상보적으로 결합하여 유전자 발현을 제어하는 새로운 조절물질이다. 지금까지 실험을 통해 수백 개의 miRNA가 알려져 있으나, miRNA에 의해 조절되는 target 유전자는 실험상의 어려움으로 아직까지 거의 알려지지 않았다. miRNA는 서열의 길이가 짧고 target과 느슨한 상보적 결합을 하기 때문에 기존의 서열 비교 방법으로 miRNA의 target을 찾는 것은 쉬운 일이 아니다. 본 논문은 신경망을 이용하여 Caenorhabditis elegans mRNA의 3' UTR에서 miRNA가 결합하는 영역을 예측하였다. 신경망은 복잡한 비선형 데이터를 잘 분리해내고 불완전하고 잡음이 많은 입력에 강하기 때문에 miRNA target 예측에 적합하다. miRNA와 mRNA의 결합 영역을 다양하게 분석하였고 민감도 0.59, 특수도 0.99의 성능을 갖는 신경망을 구현하였다. 신경망 입력 값을 달리하여 각각의 특성이 결과에 미치는 영향을 분석하였고 기존 예측 방법에 의한 결과와 비교하여 성능을 평가하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2008.06c
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• pp.212-216
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• 2008

기존의 알려진 데이터에 기반하여 분류 알고리즘을 통해 새로운 생물학적인 사실을 예측하는 것은 생물학 연구에 매우 유용하다. 하지만 생물학 데이터 분류 문제에서 positive 데이터만 존재할 뿐, negative 데이터는 존재하지 않는 경우가 많다. 이와 같은 상황에서는 많은 경우에 임의로 negative data를 구성하여 사용하게 된다. 하지만, negative 데이터는 실제로 negative임이 보장된 것이 아니고, 임의로 생성된 데이터의 특성에 따라 분류 성능 및 모델의 특성에 많은 차이를 보일 수 있다. 따라서 본 논문에서는 단일 클래스 분류 알고리즘 중 하나인 support vector data description(SVDD) 방법을 이용하여 실제 microRNA target 예측 문제에서 positive 데이터만을 이용하여 학습하고 분류를 수행하였다. 이를 통해 일반적인 이진 분류 방법에 비해 이와 같은 방법이 실제 생물학 문제에 보다 적합하게 적용될 수 있음을 확인한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.259-261
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• 2005

분류 방법으로서의 SVM(Support Vector Machine)은 커널 방법과 함께 사용됨으로써 그 유용성을 크게 향상시켰다. 커널 방법은 일반적으로 입력 데이터의 자질(feature)로 나타내는 공간으로부터 높은 차원의 공간으로 데이터를 사상(mapping)시키는 역할을 하게 되나, 기본적으로는 데이터간에 새로운 거리(metric)를 부설해주는 역할을 하는 것이다. 지금까지 나온 다양한 커널 방법은 구조화된(structured) 데이터에 대해 커널 형태로 거리를 부여하는 방법을 제시한다. 본 논문에서는 DNA의 작용을 모델링하여 만든 새로운 커널이 miRNA(micro RNA)와 mRNA(messenger RNA)쌍에 대한 발현 여부를 분류해 내기 위해 커널 형식으로 거리를 부여하는 방법을 보인다. 이 방법은 실리콘 컴퓨터가 아닌 실제 DNA분자로 실험할 수 있도록 설계된 것을 고려할 때 여러 종류의 DNA 코드를 분석하는 데 사용될 수 있는 새로운 분자컴퓨팅 방법이다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.262-264
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• 2005

MicroRNA는 약 22 nucleotide 길이로, 세포질에서 유전자의 전사 후 조절 기능을 맡는 small RNA의 한 종류이다. MiRNA는 긴 전사체인 pri-miRNA에서 Drosha에 의해 절단 되어 핵 밖으로 나가 최종 Dicer에 의해 성숙된다. 하지만, 아직까지 이 효소들이 pri-miRNA를 잘라내는 3차 구조상의 메커니즘을 이해하지 못하고 있다. 본 연구에서는 완숙한 miRNA 이중나선이 약 2 회전을 이루게 된다는 정보를 바탕으로, Drosha가 붙는 miRNA stem구조의 dinucleotide step 파라미터를 유전 알고리즘을 이용하여 추정한다. 추정된 파라미터로부터 실제 miRNA들의 3차구조를 예측할 수 있으며, 3차 구조상의 Drosha의 절단 메커니즘을 이해하는데 도움을 줄 것이다.

• 대한핵의학회:학술대회논문집
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• 2004.11a
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• pp.400.2-400.2
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• 2004

• Proceedings of the Korean Society of Machine Tool Engineers Conference
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• 2004.10a
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• pp.340-344
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• 2004

This paper is the performance evaluation of reverse engineering system using simple mechanism. The existing equipment didn't use in the field popularly as it is too expensive. So we constructed the reverse engineering system of simple mechanism using the laser sensor, LM guide, micro step driver and control program. And we caught the Characteristics to measure some product. Finally we confirmed the precision to compare measured data and CAD date.

• Journal of Korea Technical Association of The Pulp and Paper Industry
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• v.37 no.3
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• pp.1-8
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• 2005

Increase in the utilization rate of recycled paper and closing level of papermaking system increased the problem associated with stickies that include decrease in process runnability and product quality. It is required to establish a process for removing the micro stickies to solve the problems associated with stickies. In this study, the application of flotation process as a method to remove micro stickies was examined. Model micro stickies (MMS) were prepared using microcrystalline cellulose (MCC) and pressure sensitive adhesives (PSA), and the influence of three nonionic surfactants on the removal efficiency of MMS from flotation process was examined. Also the effect of surfactants on the deposition of micro stickies that remaining in the papermaking wet end onto wire was examined. Removal efficiency of MMS by flotation was increased when the proportion of nonionic surfactant with propylene oxide (PO) type hydrophilic tail was increased and stock pH was 7. It was suggested that this nonionic surfactant minimized the increase of surface energy of hydrophobic MMS. The MMS with high hydrophobicity remaining in the papermaking system, however, would cause more serious deposition problems on papermaking wet end. Therefore, it is of great importance to increase the removal efficiency of MMS in flotation process for the prevention of papermaking system contamination caused by stickies deposition.

• Proceedings of the Korean Society of Precision Engineering Conference
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• 2005.10a
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• pp.851-856
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• 2005

The precision fabrication of aspherical lenses is increasingly required for the latest applications of compact and high resolution video-recording or camera systems. Micro-optical components, including micro-spherical or aspherical lenses and reflecting mirrors, are generally required to be manufactured with high shape accuracy, extremely low surface roughness and no surface damage. To meet the needs of the precision fabrication system, a bed which supports the micro aspherical lens fabrication machines stably and safely is required. In this study, the thickness of the ribs of the bed is optimized using the CAD integrated optimal design system, a virtual DS program.

• Transactions of the Korean Society of Machine Tool Engineers
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• v.16 no.5
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• pp.178-182
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• 2007

This study represents the efficient depth measurement for 3-dimensional microsystems using the disparity histogram from stereo images. Implementation of user-friendly Windows program written in C++ involves the various methods for the stereo-image processing in which the minimization of matching-pixel error upon the unique point for stereo images was carried out as a pre-processing method. Even though MPC among various methods was adopted in the present measurement, the resulting measurements seem to require optimizations of the windows sizes and corrections of post-manipulation for stereo images. The present work using Windows program is promising to measure the 3-dimensional depth of micro-system efficiently in implementing the 3-dimensional structure of micro-systems.

• Journal of the Korean Society for Precision Engineering
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• v.21 no.9
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• pp.111-118
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• 2004

The automatic assembly system of micro optical filter is a key technology in the development of optical modules with high functionality. In order to develop an automatic assembly system of optical fiber and filter, we have firstly developed the system and program capable of characterization of 30${\mu}m$-thick film filters as well as conventional optical filters. Moreover, we have carried out the characterization of optical filter using the developed system and program, and compared experimental results with by conventional handwork. The measurement of optical filters using the present system is faster, more precise and more reliable than those based on the conventional handwork.