• Mass Spectrometry Letters
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• 제12권2호
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• pp.41-46
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• 2021

Collision-induced dissociation (CID) and higher-energy collisional dissociation (HCD) are the widely used fragmentation technique in mass spectrometry-based proteomics studies. Understanding the fragmentation pattern from the tandem mass spectra using statistical methods helps to implement efficient spectrum analysis algorithms. The study characterizes the frequency of occurrence of multi-charged fragment ions and their neutral loss events of doubly and triply charged peptides in the CID and HCD spectrum. The dependency of the length of the fragment ion on the occurrence of multi-charged fragment ion is characterized here. Study shows that the singly charged fragment ions are generally dominated in the doubly charged peptide spectrum. However, as the length of the product ion increases, the frequency of occurrence of charge 2 fragment ions increases. The y- ions have more tendencies to generate charge 2 fragment ions than b- ions, both in CID and HCD spectrum. The frequency of occurrence of charge 2 fragment ion peaks is prominent upon the dissociation of the triply charged peptides. For triply charged peptides, product ion of higher length occurred in multiple charge states in CID spectrum. The neutral loss peaks mostly exist in charge 2 states in the triply charged peptide spectrum. The b-ions peaks are observed in much less frequency than y-ions in HCD spectrum as the length of the fragment increases. Isotopic peaks are occurred in charge 2 state both in doubly and triply charged peptide's HCD spectrum.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제23권1호
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• pp.47-54
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• 2019

질량 스펙트럼 분석 시스템을 위한 스펙트럼 검출 알고리즘의 개선 방법을 제안하였다. 질량지수별 이온신호블록에 대한 선형 근사 및 2차 커브피팅의 결과를 활용한 기존의 스펙트럼 검출 알고리즘에서 무효 이온신호 제거조건을 추가 개선함으로써 질량 스펙트럼 검출 시 발생하는 오검출을 개선할 수 있다. 또한 제안한 방법은 피크위치오차가 보정된 유효이온신호블록에 대한 2차 피팅 커브 의 결과를 사용하여 질량 스펙트럼의 피크값 추정오차를 줄일 수 있다. 제안한 방법의 유효성을 보이기 위해 실제 취득한 이온신호를 입력으로 알고리즘 단계별 컴퓨터 시뮬레이션을 수행하였다. 또한 다수의 입력에 대한 오검출 율을 비교함으로써 제안한 방법이 기존 방법에 비해 검출 성능이 우수함을 보였다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제23권6호
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• pp.666-674
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• 2019

질량 분석기의 질량 스펙트럼에서 높은 피크값을 갖는 스펙트럼에 인접한 낮은 피크값의 스펙트럼은 서로 연결되어 분리가 어렵다. 이러한 스펙트럼간 겹칩은 질량 스펙트럼의 검출 성능과 해상도를 저하시키는 원인이 된다. 본 논문에서는 잔류 가스 분석기의 질량 스펙트럼 검출 성능과 피크값의 정확도를 향상시키는 방법을 제안한다. 이온 신호블록의 특성에 따른 유형 판별과 피크위치오차에 대한 사전 보정은 인접한 스펙트럼에 연결된 낮은 피크값의 스펙트럼 분리 및 검출할 수 있다. 제안된 방법의 성능을 확인하기 위해 질량분석기에서 얻은 실제 이온 신호를 사용하여 제안한 방법과 기존 방법을 비교하였다.

• 전기학회논문지
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• 제67권9호
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• pp.1232-1238
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• 2018

This paper proposes methods for improving mass spectral resolution for a gas chromatograph mass spectrometer. The slope signs of the 1st and 2nd fitting functions for the ion signal block of each mass index are obtained, and the unnecessary element signals in the ion signal block are removed. The spectrum can be obtained by obtaining the second-order fitting function of the reconstructed ion signal block using only the effective ion signals. In addition, the resolution of the mass spectrum can be improved by correcting the error caused by the shift of the spectral peak position. To verify the performance of the proposed methods, computer simulations were performed using the actual ion signals obtained from the GC-MS system under development. Simulation results show that the proposed method is valid.

• 천문학회보
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• 제44권2호
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• pp.54.2-54.2
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• 2019

Mass and radius of a neutron star in low-mass X-ray binary (LMXB) can be estimated simultaneously when the observed light curve and spectrum show the photospheric radius expansion feature. This method has been applied to 4U 1746-37 and the mass and radius were found to be unusually small in comparison with typical neutron stars. We re-estimate the mass and radius of this target by considering that the observed light curve and spectrum can be affected by other X-ray sources because this LMXB belongs to a very crowded globular cluster NGC 6441. The new estimation increases the mass and radius but they do not reach the typical values yet.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권2호
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• pp.109-114
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• 2006

프로테오믹스에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼은 효소로 가수분해된 펩타이드의 전구이온(precursor ion) 분자량과 펩타이드에 에너지를 가하여 생성된 이온조각(fragment ion)들의 분자량값들로 구성된다. 탄뎀 질량스펙트럼의 전구이온 분자량은 단백질 서열 데이터베이스에서의 검객 과정에서 가장 먼저 고려하는 값이다. 단백질 검색 프로그램은 단백질 서열 중에 스펙트럼의 전구이온으로부터 계산된 분자량과 일치하는 펩타이드 서열들을 찾아내고, 이들 중의 하나를 이온조각들의 분자량 정보를 이용해서 선택한다. 이 때에 전구이온의 분자량은 사용자가 지정한 오차범위 내에서 일치하는 감을 검색하는데, 이때의 오차범위는 질량분석기의 정확도에 따라 결정된다. 본 논문에서는 인간 혈액의 혈장시료로부터 FT LTQ 질량분석기를 통해 얻어진 탄뎀 질량 스펙트럼에서 전구이온 분자량의 분포를 역순서열을 이용하여 분석하였다. 전구이온 분자량의 분포를 재해석하여 실험값의 정확도를 보정하고 단백질 동정의 성능을 향상시키는 방법을 모색하였다.

• Mass Spectrometry Letters
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• 제14권4호
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• pp.173-177
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• 2023

Kendrick plots offer an alternative visualization of mass spectral data which reveals ion series and patterning by turning a mass spectrum into a map, plotting the fractional mass (wrongly called mass defect) as a function of mass-to-charge ratios and ion abundances. Although routinely used for polymer mass spectrometry, two unreported applications of these Kendrick plots are proposed using the program "kendo2": the graphical recalibration of a mass spectrum via the simulation of a theoretical fractional mass and a multi-segment fit; and the rapid evaluation of scan-to-scan variation of accurate mass measurements used as tolerances for the blank subtraction of UPLC-MS data files. Both applications are compatible with any type of high-resolution MS data including LC/GC-MS(/MS).

• 한국결정성장학회지
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• 제7권3호
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• pp.465-472
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• 1997

본 연구는 전기 장에서 광여기 탈착과 이온화에 근거한 표면연구의 새로운 장치를 개발하고 시험한 결과를 보고한다. 실험장치의 분해능을 테스트 하기 위해 텡스텐(110)면에서 흡착기체 $H_2$ 와 He 가스를 조사하였으며, 팁의 온도는 80 K이었다. 장세기가 10 V/nm에서 50 V/nm사이에서 사용한 파장은 193 nm이였으며, 텡스텐(110)면에 가스가 흡착되었을때 레이저빔의 전자적인 여기로 부터 흡착가스와 팁에서 여러종류의 이온들이 형성되었다($H_2^+, CO^+, H_2O^+, He^+, W^{3+}$ 그리고 $W^{2+}$). 전체 mass spectrum의 기록은 Transient recorder가 가능하게 한다.

• Macromolecular Research
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• 제16권2호
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• pp.108-112
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• 2008

Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS) analysis of nonpolar polymeric materials is affected by the sample preparation as well as the matrix and cationizing agent. This study examined the influence of silver salt types on the MALDI analysis of polybutadiene (PB). Silver trifluoroacetate (AgTFA), silver benzoate (AgBz), silver nitrate ($AgNO_3$), and silver p-toluenesulfonate (AgTS) were used as the silver salts to compare the MALDI mass spectra of PB. The mixture solution of PB and 2,5-dihydroxybenzoic acid (DHB), as a matrix dissolved in THF, was spotted on the sample plate and dried. A droplet of the aqueous silver salt solution was placed onto the mixture. The mass spectrum with AgBz showed the clear $[M+Ag]^+$ ion distribution of PB while the mass spectrum with AgTFA did not show $[M+Ag]^+$ ions but only silver cluster ions. The mass spectra with $AgNO_3$ and AgTS did not show a clear $[M+Ag]^+$ ion distribution. The difference in the formation of $[M+Ag]^+$ ions of PB depending on the silver salts was attributed to the silver cation transfer reaction between the silver salt and the matrix (DHB). The mass spectrum showed a clear $[M+Ag]^+$ ion distribution of PB when the conjugate acid of the silver salt was less acidic than the matrix.

• 전기학회논문지
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• 제68권1호
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• pp.102-107
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• 2019

This paper proposes a method to improve the mass spectral detection performance of the residual gas analyzer. By improving the mode estimation method for setting the threshold value and improving the additive noise elimination method, it is possible to detect mass spectrums having low peak values of the threshold level difficult to distinguish from noise. Ion signal blocks for each mass index with noise removed by the improved method are effective for eliminating invalid ion signals based on the linear and quadratic fittings. The mass spectrum can be obtained from the quadratic fitted curves for the reconstructed ion signal block using only the valid ion signals. In addition, the resolution of the mass spectrum can be improved by correcting the error caused by the shift of the spectral peak position. To verify the performance of the proposed method, computer simulations were performed using real ion signals obtained from the residual gas analysis system under development. The simulation results show that the proposed method is valid.