• 제목/요약/키워드: Local search

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생물정보시스템을 이용한 Local Animal BLAST Search System 구축 (Development of Local Animal BLAST Search System Using Bioinformatics Tools)

  • 김병우;이근우;김효선;노승희;이윤호;김시동;전진태;이지웅;조용민;정일정;이정규
    • Bioinformatics and Biosystems
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    • 제1권2호
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    • pp.99-102
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    • 2006
  • BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)는 서열 데이터베이스 탐색을 위하여 가장 많이 사용되는 프로그램이다. 전체 서열간의 최적 글로벌 정렬을 수행하는 대신에 지역적 유사성이 있는 부분을 찾아 서열 짝짓기를 수행하는 특징을 갖는다. 일반적인 연구자들은 서열 상동성 검색을 위해 NCBI에 접속하여 웹 브라우저를 통해 온라인으로 BLAST를 수행하게 되는데, 이 경우 사용자 각각의 네트워크 환경이나 입력할 데이터양에 따른 검색속도의 지연 및 제한 등과 같은 여러 문제에 부딪히게 되고, 또한 보안유지가 필요한 서열 데이터의 유출 가능성이 존재한다. 그러므로 대량의 서열 데이터에 대하여 빠르고 안전하게 BLAST 상동성 검색이 가능한 Local BLAST 검색 시스템의 필요성이 증대되고 있다. 본 연구에서는 NCBI의 Genbank에서 공개된 동물의 발현 유전자 단편들(ESTs)에 대한 데이터를 이용하여 소, 돼지, 닭, 등의 경제형질과 연관된 유용 유전자만을 추출하여 이들만으로 구성된 새로운 데이터베이스를 구축하였고, 또한 이들을 사용할 수 있는 새로운 검색시스템을 개발하였다 자체 제작한 Perl script를 사용하여 필요한 데이터를 축종별로 추출 하여 새로운 DB를 구축하였으며 이 속에는 소의 경우 650,046개, 돼지의 경우 368,120개, 닭의 경우 693,005개의 발현 유전자 단편들(ESTs)이 포함된다. 또한 이들 DB 분석이 가능한 Local Animal BLAST Web 검색시스템(http://bioinfo.kohost.net)을 고성능 병렬 PC Cluster 시스템과 연동하도록 자체 구축함으로써 본 시스템이 보다 효율적인 생물정보학 연구수행이 기여할 것으로 기대된다.

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다차원 배낭 문제를 위한 정수계획법 기반 지역 탐색 기법 (Integer Programming-based Local Search Techniques for the Multidimensional Knapsack Problem)

  • 황준하
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제17권6호
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    • pp.13-27
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    • 2012
  • 정수계획법 기반 지역 탐색은 단순 언덕오르기 탐색을 기반으로 하는 지역 탐색의 일종으로서 기존의 지역 탐색과는 달리 이웃해 생성 시 정수계획법을 활용한다. 기존 연구 [1]에 의하면 정수계획법 기반 지역 탐색은 경영과학 및 인공지능 분야에서 많은 관심을 받아 온 다차원 배낭 문제를 해결하는 데 매우 효과적인 것으로 알려져 있다. 그러나 해당 연구에서는 OR-Library에 있는 다차원 배낭 문제들 중 규모가 가장 큰 문제들만을 대상으로 하여 정수계획법 기반 지역 탐색의 우수성을 검증하였다는 단점이 있다. 본 논문에서는 그 외의 문제들을 대상으로 정수계획법 기반 지역 탐색을 적용함으로써 보다 객관적으로 정수계획법 기반 지역 탐색의 우수성을 검증한다. 아울러 본 논문에서는 기존의 정수계획법 기반 지역 탐색이 단순 언덕오르기 탐색과 정수계획법을 결합한 것과는 달리 언덕오르기 탐색, 타부 탐색, 시뮬레이티드 어닐링과 같은 다른 지역 탐색 기법과 정수계획법을 결합하는 방안을 제시한다. 실험 결과, 정수계획법 기반 지역 탐색은 중소 규모의 다차원 배낭 문제들에 있어서도 기존의 가장 좋은 휴리스틱 탐색 기법에 비해 유사하거나 더 우수한 성능을 발휘함을 확인하였다.

인접 블록 움직임 벡터의 지역적 통계 특성을 이용한 고속 움직임 추정 기법 (Fast Motion Estimation Using Local Statistics of Neighboring Motion Vectors)

  • 김기범;정찬영;홍민철
    • 방송공학회논문지
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    • 제13권1호
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    • pp.128-136
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    • 2008
  • 본 논문에서는 인접 블록 움직임 벡터의 통계적 특성을 이용한 가변 탐색 스텝의 고속 움직임 추정 기법에 대해 제안한다. 인접 블록 움직임 벡터들 사이의 상관 관계를 이용하여 움직임 추정을 위한 탐색 영역을 적응적으로 결정하였으며, 이를 통해 불필요한 탐색 지점 수를 제거할 수 있었다. 이와 같이 결정된 탐색 영역을 기반으로 가변 탐색 스텝 움직임 추정을 적용하였으며 움직임 추정을 위한 연산량을 줄일 수 있었다. 실험 결과를 통해 제안 방식이 H.264 JM의 고속 전 대역 spiral 탐색 기법과 기타 고속 움직임 추정 방식과 비교하여 부호화 성능의 저하 없이 움직임 추정을 위한 탐색 지점 수 및 연산 량이 급격히 감소됨을 확인할 수 있었다.

Solving Facility Rearrangement Problem Using a Genetic Algorithm and a Heuristic Local Search

  • Suzuki, Atsushi;Yamamoto, Hisashi
    • Industrial Engineering and Management Systems
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    • 제11권2호
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    • pp.170-175
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    • 2012
  • In this paper, a procedure using a genetic algorithm (GA) and a heuristic local search (HLS) is proposed for solving facility rearrangement problem (FRP). FRP is a decision problem for stopping/running of facilities and integration of stopped facilities to running facilities to maximize the production capacity of running facilities under the cost constraint. FRP is formulated as an integer programming model for maximizing the total production capacity under the constraint of the total facility operating cost. In the cases of 90 percent of cost constraint and more than 20 facilities, the previous solving method was not effective. To find effective alternatives, this solving procedure using a GA and a HLS is developed. Stopping/running of facilities are searched by GA. The shifting the production operation of stopped facilities into running facilities is searched by HLS, and this local search is executed for one individual in this GA procedure. The effectiveness of the proposed procedure using a GA and HLS is demonstrated by numerical experiment.

MOTION VECTOR DETECTION ALGORITHM USING THE STEEPEST DESCENT METHOD EFFECTIVE FOR AVOIDING LOCAL SOLUTIONS

  • Konno, Yoshinori;Kasezawa, Tadashi
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2009년도 IWAIT
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    • pp.460-465
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    • 2009
  • This paper presents a new algorithm that includes a mechanism to avoid local solutions in a motion vector detection method that uses the steepest descent method. Two different implementations of the algorithm are demonstrated using two major search methods for tree structures, depth first search and breadth first search. Furthermore, it is shown that by avoiding local solutions, both of these implementations are able to obtain smaller prediction errors compared to conventional motion vector detection methods using the steepest descent method, and are able to perform motion vector detection within an arbitrary upper limit on the number of computations. The effects that differences in the search order have on the effectiveness of avoiding local solutions are also presented.

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An Integer Programming-based Local Search for the Multiple-choice Multidimensional Knapsack Problem

  • Hwang, Junha
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제23권12호
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    • pp.1-9
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    • 2018
  • The multiple-choice multidimensional knapsack problem (MMKP) is a variant of the well known 0-1 knapsack problem, which is known as an NP-hard problem. This paper proposes a method for solving the MMKP using the integer programming-based local search (IPbLS). IPbLS is a kind of a local search and uses integer programming to generate a neighbor solution. The most important thing in IPbLS is the way to select items participating in the next integer programming step. In this paper, three ways to select items are introduced and compared on 37 well-known benchmark data instances. Experimental results shows that the method using linear programming is the best for the MMKP. It also shows that the proposed method can find the equal or better solutions than the best known solutions in 23 data instances, and the new better solutions in 13 instances.

확률적 타부 탐색 전략을 이용한 새로운 함수 최적화 방법에 관한 연구 (A Study on a New Function Optimization Method Using Probabilistic Tabu Search Strategy)

  • 김형수;황기현;박준호
    • 대한전기학회논문지:시스템및제어부문D
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    • 제50권11호
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    • pp.532-540
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    • 2001
  • In this paper, we propose a probabilistic tabu search strategy for function optimization. It is composed of two procedures, one is Basic search procedure that plays a role in local search, and the other is Restarting procedure that enables to diversify search region. In basic search procedure, we use Belief space and Near region to create neighbors. Belief space is made of high-rank neighbors to effectively restrict searching space, so it can improve searching time and local or global searching capability. When a solution is converged in a local area, Restarting procedure works to search other regions. In this time, we use Probabilistic Tabu Strategy(PTS) to adjust parameters such as a reducing rate, initial searching region etc., which makes enhance the performance of searching ability in various problems. In order to show the usefulness of the proposed method, the PTS is applied to the minimization problems such as De Jong functions, Ackley function, and Griewank functions etc., the results are compared with those of GA or EP.

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로컬 웹사이트의 탐색전략과 웹사이트 유형분석에 관한 연구 (A Study on the Crawling and Classification Strategy for Local Website)

  • 황인수
    • Journal of Information Technology Applications and Management
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    • 제13권2호
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    • pp.55-65
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    • 2006
  • Since the World-Wide Web (WWW) has become a major channel for information delivery, information overload also has become a serious problem to the Internet users. Therefore, effective information searching is critical to the success of Internet services. We present an integrated search engine for searching relevant web pages on the WWW in a certain Internet domain. It supports a local search on the web sites. The spider obtains all of the web pages from the web sites through web links. It operates autonomously without any human supervision. We developed state transition diagram to control navigation and analyze link structure of each web site. We have implemented an integrated local search engine and it shows that a higher satisfaction is obtained. From the user evaluation, we also find that higher precision is obtained.

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AI 기반 장소 검색 서비스가 지역 경제에 미치는 영향에 대한 실증 연구 (The Impacts of AI-enabled Search Services on Local Economy)

  • 주희진;김정민;신지만;김경태;이건웅
    • 경영정보학연구
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    • 제23권3호
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    • pp.77-96
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    • 2021
  • 최근 인터넷과 모바일 플랫폼에서 AI 기술을 도입하여 서비스 이용자 및 제공자의 효용 가치를 증가하고자 하는 관심이 증대되고 있다. 본 연구는 지역경제, 특히 외식 산업의 활성화에 있어서 AI 기술이 어떤 역할을 가져오는지에 대해 살펴보고자 한다. 국내 최대 인터넷 포털과의 협업을 통해 서비스 이용자 수가 가장 많은 서울시 강남구 지역의 7,035개의 지역 외식 업체들을 대상으로 상점 검색과 선택과 같은 이용자의 참여도에 미치는 AI 추천 서비스의 영향을 실증분석을 통해 확인하였다. 연구결과 AI 검색 및 추천 시스템의 사용은 이전에 덜 주목을 받던 상점의 노출을 증가시키며 서비스 이용자들에 의한 전반적인 상점 선택수와 전환율을 향상시키는 것으로 밝혀졌다. 본 연구의 주요 시사점은 지역 경제에 대한 AI 기반 정보시스템의 가치를 이론화하여 기존 연구를 확장하였다는 점과 지역 상점 및 검색 서비스 제공자들에게 효과적인 AI 기술의 사용이 지역경제 활성화에 이바지할 수 있다는 시사점을 제시한다.

집합 커버링 문제를 위한 정수계획법 기반 지역 탐색 (An Integer Programming-based Local Search for the Set Covering Problem)

  • 황준하
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제19권10호
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    • pp.13-21
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    • 2014
  • 집합 커버링 문제는 대표적인 조합 최적화 문제들 중 하나로서 n개의 열로부터 일부를 선택하여 m개의 행을 커버하되 비용을 최소화하는 문제로 정의된다. 본 논문에서는 집합 커버링 문제를 해결하기 위한 정수 계획법 기반 지역 탐색의 적용 방안을 제시하고 있다. 정수계획법 기반 지역 탐색은 이웃해를 탐색하여 현재해를 반복적으로 개선하는 지역 탐색 기법의 일종으로서 이웃해를 생성하기 위한 알고리즘으로 정수계획법을 사용한다. 본 논문에서 제시한 기법의 효과를 검증하기 위해 OR-Library의 테스트 데이터를 대상으로 실험을 수행하였다. 실험 결과, 모든 테스트 데이터에 있어서 정수계획법 기반 지역 탐색을 통해 지금까지 알려진 가장 좋은 해를 탐색할 수 있었다. 특히 4개의 테스트 데이터에 대해서는 지금까지 알려진 가장 좋은 해보다 더 좋은 해를 도출할 수 있음을 확인할 수 있었다.