• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제44권4호
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• pp.303-312
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• 2006

Interactions between GRA proteins of dense granules in Toxoplasma gondii and host cell proteins were analyzed by yeast two-hybrid technique. The cMyc-GRA fusion proteins expressed from pGBKT7 plasmid in Y187 yeast were bound to host cell proteins from pGADT7-Rec-HeLa cDNA library transformed to AH109 yeast by mating method. By the selection procedures, a total of 939 colonies of the SD/-AHLT culture, 348 colonies of the $X-\alpha-gal$ positive and PCR, 157 colonies of the $X-\beta-gal$ assay were chosen for sequencing the cDNA and finally 90 colonies containing ORF were selected to analyze the interactions. GRA proteins interacted with a variety of host cell proteins such as enzymes, structural and functional proteins of organellar proteins of broad spectrum. Several specific bindings of each GRA protein to host proteins were discussed presumptively the role of GRA proteins after secreting into the parasitophorous vacuoles (PV) and the PV membrane in the parasitism of this parasite.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권2호
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• pp.867-872
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• 2016

Background: Esophageal cancer is one of the most serious malignancies. Due to the aggressive nature of this cancer, the prognosis is poor. A network meta-analysis with simultaneous comparison of multiple treatments can help determine better treatment options that have higher effects on overall survival of patients with lower adverse events. The aim of this review is to simultaneously compare efficacy and adverse events of treatment interventions for esophageal cancer. Materials and Methods: In this review, only randomized control trials (RCT) will be considered for network meta-analysis. All international electronic databases including Medline, Web of Sciences, Scopus, Cochran's library, EMBASE and Cancerlit will be searched to find randomized control trials which compared two or more treatment interventions for esophageal cancer. A network plot will be drawn for visual representation of all available treatment interventions. Bayesian approach will be used to combine the direct and indirect evidence. Treatment effects (e.g. hazard ratio for time to event outcomes, risk ratio for binary outcomes, and rate ratio for count outcomes with 95% credible interval) will be reported. Moreover, cumulative probability of the treatment ranks will be reported using the surface under the cumulative ranking (SUCRA) graphs. Consistency assumption will be assessed by the loop-specific and design-by-treatment interaction approaches. Conclusions: The results of this study may be helpful for the patients, clinicians and health policy makers in selecting treatments that have the best effect on survival and lowest adverse events.

• 정보관리학회지
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• 제23권2호
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• pp.207-227
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• 2006

이 연구는 온라인 학습과정 중 학생들의 비공식 정보 추구 행태와 그들의 비공식 정보 요구를 지원하는 온라인 학습 환경을 알고자 한다. 연구 참여자는 미국 럿거스 대학 평생 교육 프로그램의 온라인 학생 29명이고, 설문지를 통해 수집한 데이터는 내용분석과 기술적 통계를 통해 분석되었다. 이 연구의 초점은 온라인 학생들이 학습 문제를 해결하기 위해 비공식 정보를 필요로 하는 이유와 그들이 온라인 학습 환경에서 구성원간의 의사소통을 통해 이를 해결하는 방식에 있다. 결론에서는 연구 결과에 기초하여 온라인 학생들의 비공식 정보 추구 행태를 지원하기 위하여 고려해야 할 사항들이 제안된다.

• 정보관리학회지
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• 제37권2호
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• pp.225-249
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• 2020

본 연구는 소설 검색 환경을 개선하기 위해, 도서태그로부터 소설 이용자가 소설 탐색 상황에서 요구하는 다양한 패싯 요소를 식별하고 체계화하는 것을 목적으로 한다. 소설의 기본 패싯 체계를 랑가나단의 PMEST 기본 패싯에 기반하여, 1) 소설 자료를 형성하는 주체, 2) 소설을 구성하는 내용적, 외형적 성질, 3) 독자가 책과 상호작용하는 행위, 4) 소설 및 독서활동과 관련된 공간 정보, 5) 소설 및 독서활동과 관련된 시간 정보로 정의하고, 소설 7,174건에 부여된 약 31만 건의 태그 중 핵심 태그 3,730건을 선별하여 내용분석하였다. 그 결과, 소설 패싯의 상위범주 25개를 중심으로 다양한 속성을 체계화하였다. 본 연구의 결과는 향후 도서관 OPAC이나 소설 DB에 패싯 내비게이션 형태로 적용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제16권2호
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• pp.129-135
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• 2012

선행연구에서 본 연구자는 IEX-1 단백질이 난소 암세포에서 세포사멸(apoptosis)을 유도하는 기능을 수행함을 확인하였으나, 세포사멸과 세포생존의 여러 단계에서 어떠한 신호전달 체계로 IEX-1이 작용하는지는 정확히 알지 못하고 있다. 따라서 IEX-1 단백질과 결합하는 새로운 단백질을 찾기 위해 yeast two-hybrid system을 이용하였다. 그 결과 IEX-1이 여러 다양한 인간 암 세포에서 세포사멸을 유도하는 CATHEPSIN B 단백질과 결합함을 밝혔다. 본 연구에서는 리소좀 프로테아제의 일원인 CATHEPSIN B 단백질과 IEX-1 단백질의 결합을 면역침강법과 western blot 분석으로 확인하였다. 그러므로 이 결과들을 통해서 IEX-1과 CATHEPSIN B는 세포 내에서 서로의 기능에 영향을 미칠 것으로 예상되며, 세포사멸을 유도하는 IEX-1 단백질이 lysosome-mediated apoptotic pathway에 관여할 가능성을 시사한다.

• 대한의생명과학회지
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• 제9권3호
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• pp.159-165
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• 2003

Ankyrins are a ubiquitously expressed family of intracellular adaptor proteins involved in targeting diverse proteins to specialized membrane domains in both the plasma membrane and the endoplasmic reticulum. Recently, the studies with C-terminus of ankyrins have identified that ankyrin-B is capable of interacting with Hsp40 and sAnkl is capable of interacting with obscurin and titin, but the function of C-terminal domain of ankyrin-G remains unknown. To identify proteins interacting C-terminus of ankyrin-G, we used the C-terminus of ankyrin-G as a bait for a yeast two-hybrid screen of brain cDNA library. Approximately 1.33$\times$l0$^6$ transformants were screened, of which 13 positive clones were obtained as determined by activation of HIS3, ADE2 and MELl reporter genes. Sequence analyses of these 13 plasmids revealed that cDNA inserts of 13 colonies showed highly homologous to 11 genes, including 5 known (i.e., Na$^+$/K$^+$ ATPase $\beta$1, SERBPl, UTF2, cytochrome C oxidase and collagen IV $\alpha$2) and 6 unknown genes. The evaluation of the proteins that emerge from these experiments provides a rational approach to investigate the those proteins significant in interaction with ankyrin-G.

• BMB Reports
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• 제39권6호
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• pp.709-716
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• 2006

Mammalian polo-like kinase 1 (Plk1) acts at various stages in early and late mitosis. Plk1 localizes at the centrosome and maintains this position through mitosis. Thereafter Plk1 moves to the kinetochore and midbody region, important sites during chromosome separation and cytokinesis. The catalytic domain of Plk1 is in the N-terminus region, whereas the non-catalytic region in the C-terminus of Plk1 has a conserved motif, named the Polobox. This motif is critical for Plk localization. EGFP proteins fused with the N-terminus and C-terminus of Plk1 localize in the nucleus and centrosomes, respectively. The core sequences of the polo-box (50 amino acids) also localize in Plk1 target organelles. To screen for domain-specific target proteins of Plk1, we constructed an N-terminal domain and a tandem repeat polo-box motif, and used them as templates in a yeast two-hybrid screen. The HeLa cell cDNA library indicated several proteins including the centrosome/kinetochore components or regulators, to be characterized as positive clones. Through in vitro protein binding analyses, we confirmed an interaction between these proteins and Plk1. The data reported from this study indicate that the N- and C- termini of Plk1 may function through recruitment and/or activation of domain-specific target proteins in dividing cells. Additionally, tandem repeats of the conserved core motif of the polo-box are sufficient for targeting and may be useful as a centrosome/kinetochore-specific targeting peptide.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.26-31
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• 2004

본 연구는 redox regulator로 알려 진 Ref-1 (Redox factor-1)과 결합하는 새로운 단백질을protein-protein interaction의 원리를 이용한 방법인 yeast two-hybrid assay로 검색, 동정하고, 검색된 단백질의 in vitro, in vivo 기능을 규명하는 데 그 목적을 두고, mouse 11-day Embryo cNA library를 prey로, full length REF-1을 bait로 하여 yeast strain 인 HF7C에 cotransformatiom시킨 후 histidine, leucine, tryptophan이 결핍된 SD plate에서 키워 자란 yeast transformants를 $\beta$-galactosidaseassay하여 screening하여 분리한 세 개의 clone중 한 clone이 DNA sequencing으로 확인한 결과 mouse thioredoxin임을 확인하였다.

• 정보관리연구
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• 제18권4호
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• pp.98-117
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• 1985

본(本) 논문(論文)에서는 통계적(統計的) 용어조합(用語組合)과 클러스터링기법(技法)에 관한 문헌(文獻)을 간단히 살펴보았다. 선행연구(先行硏究)들로부터 통계적(統計的) 용어조합(用語組合)은 조합기법(組合技法)의 비효율성(非效率性)때문이 아니라 문헌집단(文獻集團)의 이질성(異質性) 때문에 검색(檢索)과 분류(分類)에 적당치 않다는 사실(事實)을 발견(發見)할 수 있다. 그 결과(結果)로부터 정보검색(情報檢索)의 최적화(最適化)를 위한 조합기법(組合技法)으로서 클러스터링과 통계적(統計的) 색인(索引)의 개념(槪念)을 이용(利用)할 수 있다. 본(本) 논문(論文)의 가설(假說)은 클러스터파일내(內)에서 통계적(統計的) 용어조합(用語組合)을 사용(使用)함으로써 정보검색(情報檢索)시스템의 성능(性能)을 상당히 향상(向上)시킬 수 있다는 것이다. 달리말해서, 파일들을 모으고 의미적(意味的)으로 관련(關聯)있는 모든 문헌(文獻)들을 함께 모아줌으로써, 유사조합(類似組合)(spurious association)의 문제(問題)를 상당히 해결(解決)할 수 있을 것이다. 실제적(實際的)으로, 본(本) 논문(論文)에서는 조합기법(組合技法)의 방법론(方法論)을 어떻게 생성(生成)할 수 있을 것인가를 고려했다. 자동용어(自動用語) 상관성(相關性)을 위하여 스타일(stiles)의 조합인자(組合因子)를 이용(利用)했으며 클러스터링 환경(環境)을 위해 커널기법(技法)(kernel method)을 사용(使用)했다.

• BMB Reports
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• 제53권6호
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• pp.335-340
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• 2020

Since cancer is the leading cause of death worldwide, there is an urgent need to understand the mechanisms underlying cancer progression and the development of cancer inhibitors. Signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) is a major transcription factor that regulates the proliferation and survival of various cancer cells. Here, dual-specificity phosphatase 3 (DUSP3) was identified as a regulator of STAT3 based on an interaction screening performed using the protein tyrosine phosphatase library. DUSP3 interacted with the C-terminal domain of STAT3 and dephosphorylated p-Y705 of STAT3. In vitro dephosphorylation assay revealed that DUSP3 directly dephosphorylated p-STAT3. The suppressive effects of DUSP3 on STAT3 were evaluated by a decreased STAT3-specific promoter activity, which in turn reduced the expression of the downstream target genes of STAT3. In summary, DUSP3 downregulated the transcriptional activity of STAT3 via dephosphorylation at Y705 and also suppressed the migratory activity of cancer cells. This study demonstrated that DUSP3 inhibits interleukin 6 (IL-6)/STAT3 signaling and is expected to regulate cancer development. Novel functions of DUSP3 discovered in IL-6/STAT3 signaling regulation would help expand the understanding of cancer development mechanisms.