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Bacillus velezensis K10 유전체 분석을 통한 균주 선발 마커 개발 (Development of Genetic Selection Marker via Examination of Genome in Bacillus velezensis K10)

  • 김삼웅;김영진;이태욱;지원재;방우영;김태완;방규호;갈상완
    • 생명과학회지
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    • 제33권11호
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    • pp.897-904
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    • 2023
  • 본 연구는 Bacillus velezensis K10의 유전체 분석결과에 따른 유전자의 고유한 특성을 이용하여 유전자마커를 탐색하고 확립하여 산업현장에서 활용하기 위해서 수행하였다. B. velezensis K10은 총 4,159,835 bps를 유지하였으며, 5,136개의 단백질을 발현하는 것으로 조사되었다. B. velezensis K10은 표준균주에 비교하여 전반적으로 외부요인에 기인되는 유전자의 이동이 훨씬 많은 것으로 나타났다. 이와 같은 양상에 기인하여 B. velezensis K10은 특유의 유전적 서열을 유지할 수 있는 것으로 추정되었다. 선발마커 발굴을 위해 recombinase, integrase, transposase, phage-related genes, 등 유전자 변이 유발이 쉬운 게놈상의 영역에 대해 탐색을 실시하였다. 그 결과, 선발마커로써 가능성이 높은 9개 부위를 확보하였다. 후보마커는 일부 다른 영역에서 특이성을 보이는 영역들이 존재했지만, phage 연관 유전자들에서 매우 특이성이 높았기 때문에, 모두 phage 관련 부위에서 모두 탐색되었다. 종간 후보 선발마커로써 B. licheniformis K12, B. velezensis K10, B. subtilis, B. cereus 등에 대해 PCR 분석을 실시하였다. 그 결과 BV3, BV5~9까지 총 6 프라이머 세트에서 B. velezensis K10 특이적인 PCR 산물이 형성되는 것을 확인하였다. 다른 한편으로, subspecies 수준에서 분석 결과, BV3, 5, 8, 9 등 4 프라이머 세트에서 B. velezensis K10 특이적인 PCR 산물이 형성되는 것을 관찰했다. 분석된 마커 중에서 BV5와 8가 가장 특이성이 높았기 때문에 종(species) 및 아종(sub-species) 수준에서 B. velezensis K10 유전자 선발마커로써 BV5와 8을 활용 가능할 것으로 제의된다.

전사 수준에서 repABC 유전자 발현을 조절하는 CopA 단백질의 역할 (Role of CopA to Regulate repABC Gene Expression on the Transcriptional Level)

  • 김삼웅;갈상완;지원재;방우영;김태완;백인규;방규호
    • 생명과학회지
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    • 제34권2호
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    • pp.86-93
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    • 2024
  • 플라스미드의 복제는 엄격하게 조절되어야 하기 때문에 일반적으로 rolling circle 복제를 수행하는 플라스미드들은 복제 개시인자인 RepB는 전사 및 번역 수준에서 엄격하게 조절되어 일정한 copy number를 유지한다. 플라스미드 pJB01에는 단일 오페론으로 구성된 세 개의 orfs (copA, repB, repC 또는 repABC)가 포함되어 있다. 아미노산 서열 분석에서 pJB01 CopA는 다른 플라스미드의 복제 수 조절 단백질로서 Cops와 상동성을 보였다. pMV158의 CopG와 비교할 때, CopA는 플라스미드의 일반화된 억제자의 모티브로 알려진 RHH (ribbon-helix-helix)를 형성하는 것으로 추정된다. gel mobility shift assay 결과 정제된 융합 단백질이 repABC 오페론의 operator 영역에 결합하는 것으로 나타났다. 전사 수준에 대한 CopA의 기능적 역할을 조사하기 위해 CopA R16M, K26R 및 E50V와 같은 세 개의 포인트 돌연변이가 CopA의 코딩 프레임에서 구성되었다. CopA R16M, K26R 및 E50V 돌연변이의 repABC mRNA 수준은 CopA wt보다 각각 1.84, 1.78 및 2.86배 증가했다. 또한 세 개의 CopA 유전자의 돌연변이로 인한 복제 수도 CopA wt보다 각각 1.86, 1.68 및 2.89배 증가했다. 이러한 결과는 CopA가 전사 억제자이며 복제 개시자로서 repABC mRNA 및 RepB 단백질 수를 감소시킴으로써 pJB01의 복제 수를 감소시키는 것으로 제의된다.

비재벌공사여하재재벌경제중생존((非财阀公司如何在财阀经济中生存)? ‐공사층면영소전략적분석(公司层面营销战略的分析)‐ (How Can Non.Chaebol Companies Thrive in the Chaebol Economy?)

  • Kim, Nam-Kuk;Sengupta, Sanjit;Kim, Dong-Jae
    • 마케팅과학연구
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    • 제19권3호
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    • pp.28-36
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    • 2009
  • 现有的文献广泛的关注财阀以及他们的所有权和支配权的优点和弱点, 但是几乎没有关于韩国非财阀公司的研究. 然而, Lee, Lee and Pennings (2001)并没有特别的探讨在韩国国内市场非财阀公司为求生存而对抗财阀公司的具有竞争力的战略. 本文的研究动机是通过四个探索性案例的研究, 韩国非财阀公司对抗财阀公司的成功的竞争战略和提出的建议可能会对其他的企业以及公共政策制定者有所帮助. 从产品相似性和公司内的合作关系分别定义竞争和合作的概念. 从这两个方面, 我们开发了以下$2{\times}2$ 矩阵, 为非财阀公司对抗财阀公司提供四种竞争战略. 在小组1的非财阀公司在高端市场对财阀公司让步, 但在低端市场有 "我也是在低端市场" 的产品, 同时承认在高端市场的财阀. 在小组2, 非财阀公司以供应商或互补企业的身份成为财阀公司的合伙人. 在小组3, 非财阀企业从事与财阀直接竞争. 在小组4, 非财阀企业的目标, 以产品创新或服务填补目标市场空白点. 我们选择的4个公司分别是E‐Rae电子企业公司(共存方), Intops(供应商), Pantech(竞争对手)和Humax(小众市场成员). 通过分析这4个案例, 相互提供更丰富的洞察力战略. 基于我们的概念框架, 提出下列假设 : 假设1 : 与财阀公司有合作关系的非财阀公司比没有合作关系的公司表现得更好. 假设1a: 共存方会比竞争方表现得更好. 假设1b: 合伙方会比小众市场成员表现得更好. 假设2: 与财阀公司的产品没有相似性的公司比有相似性的公司表现得要更好. 假设2a: 合伙方比共存放表现得更好 假设2b: 小众市场成员会比竞争方表现得更好. 假设3: 小众市场成员应比共存方表现得更好. 假设4: 按绩效的降序排列依次是合作者, 小众市场成员, 共存方, 竞争方. 一组专家按照我们4组的分类把216家非财阀公司分类. 用SPSS统计软件中的简单方差分析来检验假设. 结果发现. 与财阀公司有合作关系的以及提供与财阀公司不同的产品或服务比较好. 很明确的一点是, 平均来说, 若要对抗财阀公司中获利, 其战略是成为合伙人(供应商或组成部分). 直接与财阀公司硬碰硬的竞争是要付出极高代价的战略, 而这种代价不是非财阀公司能负担得起的. 避免与财阀公司迎面竞争的战略是用不同的产品服务于利己市场, 或是服务于被财阀公司忽视掉的低端市场. 些战略是比较好的生存战略. 本文说明在财阀环境中, 韩国的中小型非财阀公司有一些方法可以生存, 尽管不是没有风险. 根据不同的竞争组合, 合作的公司可以根据产品相似性以及合作关系的维度来选择定位从而制定自己的竞争战略. 例如共存方, 竞争对手, 合伙人, 小众市场成员. 根据我们的探索性案例分析, 合伙人对非财阀公司来说可能是最好的战略, 而竞争者则是有很大风险的. 小众市场成员和共存方处于中间, 但前者比后者要好. 很多中小型企业的管理者只是用简单的, 不是合作就是竞争的观点来审视市场的领导者‐典型的就是财阀. 结果. 很多非财阀公司变成被动的合作者或被自己的竞争对手财阀所击败. 事实上, 合作和竞争并不是互相排斥的, 是可以同时被追求的. 正如本文所建议的, 非财阀公司可以根据他们的环境, 内部资源和能力灵活的选择合作和竞争.

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Bacillus licheniformis K12 균주 분자 선발 마커 개발 (Development of a Molecular Selection Marker for Bacillus licheniformis K12)

  • 김영진;김삼웅;이태욱;지원재;방우영;문기환;김태완;방규호;갈상완
    • 생명과학회지
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    • 제33권10호
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    • pp.808-819
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    • 2023
  • 본 연구에서는 미생물균총에서 B. licheniformis K12 균주의 양상을 확인하기 위한 선발마커 개발을 시도하였다. Bacillus licheniformis는 바위게 내장에서 유산생산균주로써 분리되었다. 본 균주는 중온에서 성장이 양호할 뿐만 아니라 유전체 분석결과 protease, amylase, cellulase, lipase, protease, xylanase 등 다양한 고분자 물질들을 분해할 수 있는 효소류들을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 선발마커 발굴을 위해 recombinase, integrase, transposase, phage-related genes, bacteriocin 등 유전자 변이 유발이 쉬운 게놈상의 영역에 대해 탐색을 실시하였다. 그 결과, 선발마커로써 가능성이 높은 5개 부위를 확보하였다. 후보마커는 recombinase 부위 3개(BLK1, 2, 3) integrase 부위 1개(BLK4), phase 관련 1개(BLK5)로 나타났다. 후보 선발마커로써 Bacillus species가 다른 B. licheniformis, B. velezensis, B. subtilis, B. cereus 등에 대해 PCR 분석을 실시하였다. 그 결과 BLK1 recombinase, BLK2 recombinase family protein, BLK4 site-specific integrase 등에서 B. licheniformis에서 특이적인 위치에 PCR 산물이 나타나는 것을 확인하였다. 또한, B. licheniformis 표준균주로써 subspecies에 대한 PCR을 수행한 결과 BLK1 및 3이 선발마커로써 양호한 것으로 나타났다. 따라서 BLK1이 미생물균총에서 종(species) 및 아종(subspecies) 선발마커로써 활용 가능할 것으로 판단된다.