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PreSPI: 단백질 상호작용 예측 서비스 시스템 (PreSPI: Protein-Protein Interaction Prediction Service System)

  • 한동수;김홍숙;장우혁;이성독
    • 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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    • 제11권6호
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    • pp.503-513
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    • 2005
  • 계산을 통한 단백질 상호작용 예측 기법의 중요성이 제기되면서 많은 단백질 상호 작용 예측 기법이 제안되고 있다. 하지만 이러한 기법들이 일반 사용자가 손쉽게 사용할 수 있는 서비스 형태로 제공되고 있는 경우는 드물다. 본 논문에서는 현재까지 알려진 단백질 상호작용 예측 기법 중 예측 기법의 완성도가 높고 상대적으로 예측 정확도가 높은 것으로 알려진 도메인 조합 기반 단백질 상호 작용 예측 기법을 이용하여 서비스 시스템으로 설계하고 구현하였다. 효모(Yeast)의 단백질 집합에 대하여 학습한 후, 학습된 단백질 집합과 공통된 도메인을 가지지만 학습 집합에 존재하지 않는 단백질 쌍들에 예측 기법을 적용하여 매우 높은 $77\%$의 민감도(sensitivity)와 $95\%$의 특이도(specificity)를 보였다. 더불어 DIP CORE, HMS-PCI, TAP 데이타의 테스트를 통해서 이 기법의 안정성을 확인하였다. 시스템의 기능들은 핵심 기능, 부가 기능 그리고 일반 서비스 기능으로 분류하였다. 시스템 설계의 주요 목표인 성능, 개방성 그리고 확장성에 따라, 개별 서비스들은 병렬화, 웹 서비스 표준 준수 및 계층화된 구조화를 지원하도록 구현하였다. 본 논문에서는 몇 가지 대표적인 사용자 인터페이스와 상세한 사용 지침도 소개한다.

새로운 메탄올 자화세균이 생산하는 세포외 다당류 (Extracellular Polysaccharide Produced by a New Methylotrophic Isolate)

  • 이호준;김시욱;김영민
    • 미생물학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.212-218
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    • 1998
  • 세포외 다당류를 분비하는 새로운 methylotrophic bacteria를 분리하여 세균의 특징과 그 세균이 생산하는 세포외 다당류의 물리 화학적 특성을 조사하였다. 분리균주는 그람음성의 간균으로 편모가 없는 비운동성 세균이며, DNA의 G+C 함량은 53-56%이었고, plasmid를 가지고 있지 않았다. 메탄올과 메틸아민만을 기질로 이용하였으며, 탄소동화경로로는 ribulose monophosphate pathway를 이용하는 절대 methylotrophic bacteria이었다. 성장을 위한 최적온도와 pH는 각각 $35^{\circ}C$와 6.5이었고, 0.5%(v/v)의 메탄올이 포함된 배지에서 가장 빨리 성장하였다(세대시간=2.4시간). 분리균주는 절대 호기성 세균으로 질소원과 산소가 결핍된 조건에서 다량의 세포외 다당류를 분비하였다. 다당류 생산을 위한 최적온도와 pH는 각각 $30^{\circ}C$와 6.5이었고, 1.0%(v/v)의 메탄올이 포함된 배지에서 배지내의 탄소 대질소비가 57.4일 때 가장 많이 생산되었다. 정제된 다당류는 포도당과 galactose로 이루어져 있었다. 에탄올 처리전의 다당류는 낮은 pH에서 더 높은 점도를 보였고, 온도와 염류농도의 변화에도 비교적 안정하였다. 에탄올 처리후의 다당류는 xanthan gum보다 높은 점도를 나타내었고, pH, 온도, 염류농도의 변화에 대해 점도변화가 크지 않았다. 냉동건조된 다당류를 전자현미경을 이용하여 관찰하였을 때, 에탄올 처리전의 다당류는 얇은 막이 겹친 구조를 하고 있었고, 에탄올 처리후의 다당류는 굵은 섬유상의 모습을 띠고 있었다.

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메타모델 기반 사용자 인터페이스 계층적 모델링 프로세스 (An User Interface hierarchical modeling process based on Metamodel)

  • 송치양;조은숙;김철진
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제11권4호
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    • pp.525-543
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    • 2008
  • 최근 들어 소프트웨어 개발에 있어서 사용자 인터페이스가 차지하는 비중이 급증하고 있다. 이로 인해 스윙, MFC, Web 2.0 등과 같은 다양한 사용자 인터페이스 개발 관련 기술들이 소개되고 있다. 그러나 현재 대부분의 소프트웨어 개발에 있어서는 사용자 인터페이스 부분과 비즈니스 부분을 별도로 개발하는 프로세스로 진행되고 있다. 이로 인해 통합 과정에서의 어려움, 개발 기간의 연장, 개발 모델의 재사용성의 저하등과 같은 문제점들이 발생하고 있다. 즉, UI 모델링이 체계적이고 계층적이지 못하며, UI 모델링과 비즈니스 모델링간의 일관성있는 통합 기법을 제공치 않아, 구축 모델의 확장성과 재사용성의 저하를 초래하고 있다. 본 논문은 이를 해결하기 위해 개발 단계의 추상화 수준에 따른 계층적 메타모델을 사용해서 단일화되고 체계적인 UML 기반의 사용자 인터페이스 모델링 프로세스를 제시한다. 이를 위해, 개발의 성숙도에 준거하여 PIM/PSM으로 UI 모델의 모델링 요소를 계층화하여 메타모델을 제시한다. 3 단계 모델링(개념/명세/상세)에 의해 UI 및 비즈니스 메타모델을 적용해서 UI 모델링과 비즈니스 모델링이 통합된 계층적인 모델링 프로세스를 정립한다. 제시한 프로세스를 인터넷 쇼핑몰에 적용해 봄으로써 실효성을 제시한다. 실험 결과를 통해 계층적 UI 메타모델 및 프로세스가 체계적이고 계층적인 UI 모델을 구축할 수 있다. 이는 모델의 품질과 재 사용성을 향상시킬 수 있었다.

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체외생산된 한우 배반포기배로부터 송아지 생스을 위한 체계 III. 한우 배반포기배의 초자화 동결과 1단계 융해 (Systems for Production of Calves from Hanwoo(Korean Cattle) IVM/IVF/IVC Blastocyst III. Vitrification and One-Step Dilution of Hanwoo Blastocyst)

  • Kim, E.Y.;Kim, D.I.;Park, N.H.;Weon, Y.S.;Nam, H.K.;Lee, K.S.;Park, S.Y.;Yoon, S.H.;Park, S.P.;Chung, K.S.;Lim, J.H.
    • 한국가축번식학회지
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    • 제23권4호
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    • pp.293-301
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    • 1999
  • 본 실험은 체외 생산된 한우 배반포기배가 초자화 동결과 1- 단계 융해 후 체외 / 체내에서 성공적으로 생존할 수 있는지의 여부를 확인하고자 실시하였다. 초자화 동결은 glycerol (G) 또는 / 과 ethylene glycol(EG), 그리고 10% FBS가 들어있는 D- PBS 동결액을 이용하여 배반포기배를 10% G 에서 5분, l0%G와 20% EG 혼합액에서 5분 그리고 2S%G와 2S% EG 혼합액에서 30 초간 노출시켰으며, straw에 넣은 후 질소 증기에 3분간 쐬고 액화질소에 침지함으로써 완성하였다. 1-단계 융해는 straw 자체를 $25^{\circ}C$와 36$^{\circ}C$에 각각 5분과 3분간 처리함으로써 이루어졌으며, 융해 후 회수된 난자는 단층배양이 유도된 난구세포 소적에서 48시간 배양하거나 대리모인 소에 이식하였다. 체외 생존능 평가를 융해 후 24시간째의 재팽창율과 48시간째의 부화율로 조사하였을 때, 대조군의 정상 발달 (100.0, 63.3%)보다는 유의하게 낮았지만 초자화 동결군의 결과 (85.4, 43.8%)는 높게 나타났다 (P<0.001, P<0.05). 발달단계에 따른 체외생존능을 조사하였을 때, 빠르게 발달된 배반포기배가 느리게 발달하는 난자군보다 유의하게 높은 생존율을 나타내었다 (부화초기 : 88.0, 48.0%; 팽윤 : 81.1, 45.3%; 초기 : 66.7, 14.3%) (P<0.05). 또한, 배반포기배가 생산된 나이(체외수정 후 7, 8, 9 일) 에 따른 초자화동결군의 체외생존능을 조사하였을 때, 배의 나이가 어릴수록 체외생존능은 유의하게 높은 경향을 나타내었다 (7 일 : 67.3, 34.5%; 8 일 : 76.9, 40.7%; 9 일 : 60.9, 23.9%) (P<0.05). 초자화동결된 한우배반포기배의 1-단계 융해 후 체내생존 가능성을 확인하고자 8마리의 소에 이식하였을 때, 4마리가 임신된 것을 확인하였다. 따라서, 이상의 높은 생존율을 고려하여 볼 때, 본 연구에서 사용된 초자화동결과 1-단계 융해는 기존의 동결란을 융해 이식할 때 필요로 했던 실험장비나 고도의 숙련된 기술 없이도 실험현장에서 쉽게 이용할 수 있으면서 효율적인 결과를 얻을 수 있는 방법이라는 것을 알 수 있었다.

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특성화고등학교 간호과 교사의 역량 분석 (Analysis of Competency of Nursing Teacher in Specialized Vocational High School)

  • 윤인경;장명희;곽미선;박지영
    • 직업교육연구
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    • 제37권3호
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    • pp.85-111
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    • 2018
  • 이 연구는 특성화고 간호과 교사의 역량을 도출하는 데 목적이 있다. 특성화고 간호과 교사에게 요구되는 지식과 기술, 태도를 도출하여 역량군과 하위역량을 검증하고, 우선순위를 제시하였다. 이를 위해 현재 특성화고 간호과에 근무하고 있는 교사 23명을 전문가 패널로 선정하여 델파이와 계층화분석(AHP) 기법을 적용한 연구를 진행하였다. 연구 결과, 특성화고 간호과 교사의 역량군과 하위역량은 다음과 같다. 첫째, 특성화고 간호과 교사의 역량군은 교수 학습 지도, 학생지도, 교육과정 개발 및 운영, 학교 경영 지원, 산학 및 대외협력, 자기계발 및 전문성 향상으로 총 6개로 나타났다. 둘째, 하위역량은 담당교과 관련 전공 지식 및 기술, 수업계획 및 준비, 수업 운영, 실험 실습 지도, 수업평가, 교수 학습매체 개발 및 활용, 수업환경 조성, 교과 외 학생 교육활동 지도, 진로 지도, 생활 지도, 학급 경영, 기술 및 자격취득 지도, 학교 교육과정 개발 지원, 학교 교육과정 편성 운영, 현장실습 계획 및 운영, 업무기획, 학교경영업무 지원, 교사 평가 및 인사관리 지원, 학습지원(실습실 및 기자재) 관리, 산학협력 구축 및 운영, 지역사회 협력 강화, 학교(학과) 홍보, 교육활동 개선을 위한 현장연구, 학회 및 연수 참여, 최신 지식과 기술의 탐구와 정보활용, 동료 교사 장학으로 총 26개로 도출되었다. 상대적 중요도에서 가장 중요하다고 인식되는 역량군은 교육과정 개발 및 운영이었으며, 역량군별로 우선순위가 높게 나온 하위역량은 실험 실습 지도, 기술 및 자격취득 지도, 현장실습 계획 및 운영, 학습지원(실습실 및 기자재), 관리와 업무 기획, 산학협력 구축 및 운영, 최신 지식과 기술의 탐구와 정보 활용이었다. 이 연구에서 도출된 역량 체계는 향후 특성화고 간호과 교사의 양성교육 및 연수 그리고 교원 평가에 적용하고, 관련된 연구의 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

경복궁 건물 유형에 따른 적심 연구 (The Study on Foundation Remains(Jeoksim) According to Types of Buildings of Gyeongbok Palace)

  • 최인화
    • 헤리티지:역사와 과학
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    • 제42권3호
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    • pp.154-175
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    • 2009
  • 현재 경복궁에 대한 연구는 건축사 문헌사 미술사를 중심으로 이루어지고 있는데, 이와 같은 연구는 현전(現傳)하는 건물과 기록에만 의존할 수밖에 없음으로 궁궐 전체를 연구하는 데는 한계가 있다. 그러나 현재까지도 양호한 상태로 잔존해 있는 경복궁 건물지 유구, 특히'적심(積心)'은 이러한 연구의 공백을 채워줄 수 있는 중요한 고고(考古)학 자료라 할 수 있겠다. 본고에서는 이러한 경복궁의 '적심'에 대하여 분석하여, 형태 규모 재료 축조방식에 따라 그 형식을 분류하고, 이것이 건물 기초로써 상부 건물과 어떤 관계를 가지는지 알아보기 위하여 궁궐 건물 유형별 사용된 적심을 검토하고, 시기별 변천양상을 살펴보았다. 그 결과, 경복궁 건물지 적심은 총 21가지 형식으로 구분되는데, 각 건물 유형에 따라 건물의 기초 즉 적심도 달리 축조되며, 시기별로도 적심의 축조방식 및 재료 등이 변화하여, 특정 시기에 유행하는 적심의 형식이 있음을 확인할 수 있었다. 경복궁 적심은 평면 형태에 따라 원형(I), 말각방형(II), 세장방형(III), 방형(IV), 통적심(V)으로 분류할 수 있으며, 다시 축조방식과 사용된 재료에 따라 21가지 형식으로 세분된다. 특히 조선전기 14~16세기에는 원형 잡석 적심(I-1), 말각방형 장대석(II-1), 말각방형 잡석+와전(II-2a) 세 가지 형식의 적심만 축조되다가, 조선후기 19세기에 들어 21가지 분류한 모든 적심이 다양하게 축조된다. 19세기 고종연간 내에서도 연대별로 각기 다른 형식의 적심을 사용하고 있는데, 특히 재료에서 두드러진 차이점이 확인된다. 경복궁을 재건한 고종 2년(1865)~고종 5년(1868)에 축조된 적심 10가지 형식 중 무려 7가지가 와전편을 섞어 넣은 형식인 반면, 고종 10년(1873)과 고종 13년(1876) 혹은 고종 25년(1888)에는 축조된 5가지 형식 중 3가지가 강회를 섞어 넣은 사질토를 사용한 형식으로 대조를 이룬다. 궁궐 건물은 '주인의 신분과 용도'에 따라 건물의 서열이 정해지고, 건물의 이름 뒤에 가장 중요하고 격이 높은 순서대로 전(殿), 당(堂), 합(閤), 각(閣), 재(齋), 헌(軒), 누(樓), 정(亭) 등의 명칭이 붙어 그 유형이 구분되며, 그 격에 맞추어 건축물이 축조된다. 이 건물 유형별 사용된 적심을 검토한 결과, 건물의 유형(전(殿), 당(堂), 합(閤), 각(閣), 재(齋), 헌(軒), 누(樓), 정(亭))에 따라 그 기초, 즉 적심도 달리 축조되는 것을 확인할 수 있었다. 현 자료의 한계 상'전', '당', '각', '방'등 일부 건물 유형만 확인되었는데, '전'과 '각'의 경우 장대석으로 축조한 방형 적심(IV)이, '당'과 '방'의 경우 기와와 잡석을 사용하여 축조한 말각방형 적심(II)이 많이 사용되었으며, 기타 건물명을 알 수 없는 경우는 대부분 조선전기 선대(先代) 건물지의 적심임으로, 조선전기에 원형 잡석 적심(I-1)이 많이 축조된 것을 알 수 있었다. 이를 통해 주인의 신분이 높고 격이 높은 건물일수록 건축물도 격이 높듯이, 그 기초부, 즉 적심 또한 가장 견고하고 좋은 재료를 사용하여 축조한 것으로 추정해 볼 수 있다. 또한 '당'과 '방'은 같은 말각방형 적심이 사용되었지만, '당'은 잡석과 와전편을 주재료로 사용한 II-2a(잡석+와전편 말각방형 적심)형식이, '방'은 II-2a형식의 상면에 15~20cm 가량 와전편을 깐 II-2b(와전편+(잡석+와전편 말각방형적심)) 형식이 많아 차이가 있었다. 이러한 건물 유형별 적심은 시기별로 축조되는 형식에 변화가 있는 것으로 확인되었다. '전'과 '각'의 경우 모두 14~15세기 조선전기에는 I-1형식(원형 잡석)의 적심을 축조하다가, 19세기 조선후기에는 다양한 형식의 적심이 축조되는데, 그 중에서도 특히 방형 적심(IV)이 많이 축조되었음을 알 수 있었다. '당'의 경우 조선후기의 변천양상만을 확인할 수 있었는데, 고종 4년(1867) 축조된 적심은 잡석과 와전편을 섞어 넣은 형식의 적심이 많이 축조되고, 이후 고종 13년(1876) 혹은 고종 25년(1888)에는 다른 건물 유형에서 확인되지 않는 강회사질토 및 탄축 적심이라는 독자적인 형식이 사용되었다. 본 연구를 통해 조선전기에 비해 후기에 적심의 다양한 축조방식과 재료가 개발되었음을 알 수 있었으며, 이는 당시 궁궐건물 기초 축조 기술 수준의 변화가 있었음을 대변해 준다. 또한 건물 유형별로 사용되는 적심의 형식이 다른 것이 확인되어, 건물의 기초를 축조할 때 미리 계산된 건축 공법을 적용하였음을 알 수 있었다.