Advances in next generation sequencing (NGS) technologies have enabled population-level studies for many animals to unravel the relationships between genotypic differences and traits of specific populations. The objective of this study was to perform evolutionary analysis of single nucleotide polymorphisms (SNP) in genes of Korean native cattle Hanwoo in comparison to SNP data from four other cattle breeds (Jersey, Simmental, Angus, and Holstein) and four related species (pig, horse, human, and mouse) obtained from public databases through NGS-based resequencing. We analyzed population structures and differentiation levels for the five cattle breeds and estimated species-specific SNPs with their origins and phylogenetic relationships among species. In addition, we identified Hanwoo-specific genes and proteins, and determined distinct changes in protein-protein interactions among five species (cattle, pig, horse, human, mouse) in the STRING network database by additionally considering indirect protein interactions. We found that the Hanwoo population was clearly different from the other four cattle populations. There were Hanwoo-specific genes related to its meat trait. Protein interaction rewiring analysis also confirmed that there were Hanwoo-specific protein-protein interactions that might have contributed to its unique meat quality.
Muhlisin, Muhlisin;Song, Chang Soo;Rhee, Yong Joon;Song, Young Han;Lee, Sung Ki
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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v.29
no.5
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pp.722-730
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2016
The carcass traits and meat quality of Hanwoo (Korean native cattle) whose diets were supplemented with direct-fed microbial (DFM) and pine cone extract (PCE) were evaluated. Twenty head of Hanwoo steers were divided equally into four groups and for a period of 6 months were given different diets: One group was fed a basal diet as control (CON), the other three groups were fed a basal diet supplemented with DFM-1%, DFM+PCE-1% and DFM+PEC-3%, respectively. DFM+PCE3% diet resulted the lowest carcass quality grade. The loins of DFM-1% contained higher moisture and lower fat than did the loins from the CON group. The crude protein content of DFM+PCE-3% group was significantly higher than that of the other groups. The water holding capacity and Warner-Bratzler shear force of the DFM+PCE-1% and 3% groups were lower than those of the CON and DFM-1% groups. The DFM-1% and 3% groups contained lower saturated fatty acid, higher unsaturated fatty acid, mono-unsaturated fatty acid, and poly-unsaturated fatty acid than did CON and DFM+PCE 1% group. Moreover, the n6:n3 ratios of DFM-1% and DFM+PCE-1% and 3% groups were slightly lower than that of the CON group. Thus we concluded that DFM and PCE supplementation resulted healthier Hanwoo beef with lower fat content and n6:n3 ratio.
To identify transcriptional markers for beef traits related to meat tenderness and moisture, we measured the transcriptome of the Longissimus dorsi skeletal muscle in 10 Korean native cattle (KNC). We analyzed the correlation between the beef transcriptome and measurements of four different beef traits, shear force (SF), water holding capacity (WHC), cooking loss (CL), and loin eye area (LEA). We obtained non-overlapping and unique panels of genes showing strong correlations (${\mid}r{\mid}$ > 0.8) with SF, WHC, CL, and LEA, respectively. Functional studies of these genes indicated that SF was mainly related to energy metabolism, and LEA to rRNA processing. Interestingly, our data suggested that WHC is influenced by protein metabolism. Overall, the skeletal muscle transcriptome pointed to the importance of energy and protein metabolism in determining meat quality after the aging process. The panels of transcripts for beef traits may be useful for predicting meat tenderness and moisture.
Park, Jihyun;Kim, Jiwoo;Hwang, Sungwon;Chung, Ki Young;Choi, Inho;Choi, Chang Bon;Kim, Jihoe
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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v.32
no.3
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pp.437-441
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2019
Objective: Paraoxonase 1 (PON1), a calcium-dependent serum enzyme, has been shown to be involved in lipid metabolism. In this study, we examined the putative correlation of the serum PON1 level of Hanwoo, Korean native cattle, with gender and meat quality grade. Methods: PON1 levels were estimated by determining the arylesterase and paraoxonase activities (AE and PO, respectively) in serum samples from Hanwoo individuals (n = 56). Serum PON1 levels were analyzed in different gender groups (female [n = 21], castrated male [n = 17], and male [n = 18]), and meat quality grades (${\geq}1$ [n = 23], 2 [n = 21], and 3 [n = 12]). Results: Serum PON1 levels were similar in female ($AE=120{\pm}55U/mL$, $PO=84{\pm}43mU/mL$) and castrated male ($123{\pm}44U/mL$, $PO=89{\pm}30mU/mL$), while male showed a significantly lower level ($AE=65{\pm}43U/mL$, $PO=44{\pm}34mU/mL$). Furthermore, analysis of serum PON1 levels in three different grades of meat quality showed similar levels in the grades ${\geq}1$ ($AE=118{\pm}49U/mL$, $PO=84{\pm}37mU/mL$) and 2 ($AE=116{\pm}54U/mL$, $PO=82{\pm}43mU/mL$), while the level was significantly lower in the grade 3 ($AE=58{\pm}35U/mL$, $PO=39{\pm}27mU/mL$) of lower meat quality. Conclusion: We discovered the gender-dependent differences in serum PON1 levels of Hanwoo and a positive association of the serum PON1 level with meat quality. Results in this study suggest that PON1 would be a useful serum marker for preliminary screening of Hanwoo individuals with high-quality meat and applicable for genetic improvement.
In this study, the correlation between color of redness and L-carnitine content in meats was investigated using microplate enzymatic assays. The L-carnitine levels and its storage stabilities of domestic and imported livestock products in Korean markets were also studied. The results showed a high correlation (r=0.9764) between L-carnitine content and redness values of homogenized meat solution. Korean native cattle ('Hanwoo') meat showed the highest L-carnitine content ($3.64{\pm}0.14{\mu}mol/g$) in meat samples analyzed in this study. The L-carnitine level of the meats decreases during periods of storage in cold and freezing conditions, and the level of decrease was more significant at $4^{\circ}C$ than at $-20^{\circ}C$, which suggests that the storage stability of L-camitine is related to its storage temperature. This study gives reliable data about correlation between meat color of redness and L-carnitine content, and gives useful information to determine the characteristics of 'Hanwoo'.
Kim Jin-Man;Nam Yong-Suk;Choi Ji-Hun;Lee Mi-Ae;Jeong Jong-Yon;Kim Cheon-Jei
Food Science of Animal Resources
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v.25
no.2
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pp.203-209
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2005
Real time-polymerase chain reaction (RT-PCR) is currently considered as the most sensitive method to detect low abundant DNAs in samples. Compared to conventional PCR, real-time PCR has a high reliability because of excluding false-positive results and can allow a simultaneous faster detection and quantification of target DNAs. This study was carried out to identify the Hanwoo (Korean native cattle) beef by genotyping after DNA extraction of commercial beef in 41 restaurants. Since Hanwoo, Holstein and imported cattle meat have different patterns in the MC1R gene associated with the coat colors of cattles (C-type, C/T-type or T-type), we could identify the genotype using real-time PCR The result of real-time PCR assay for beef samples in 41 restaurants which are asserted to sell Hanwoo beef only, showed that 29 of 41 samples were Hanwoo beef gene type (T-type) and 12 of 41 samples were Holstein or imported cattle gene type (C-type or C/T-type). Therefore, the proportion of Han-woo beef was $70.7\%$ and the proportion of Holstein or imported cattle meat was $29.3\%(C/T-type; 12.2\%,\;C-type; 17.1\%)$.
The animal welfare issues in cattle breeding include breeding environment, elimination, and castration. Among these, castration is unavoidable because it decreases cattle aggressiveness, improves meat quality, and enhances feed efficiency. In this study, the degree of stress associated with various methods of castration treatment was investigated for animal welfare in Hanwoo breeding. Cortisol levels dramatically increased right after castration in both the SoF and SoV groups. However, the increase in the SoF group was significantly (P<0.05) higher than that in the SoV group, and the range of decrease was also smaller. Among the behavioral characteristics, standing was significantly (P<0.05) higher in the SoV ($374.93{\pm}21.51$) and SoF ($379.93{\pm}21.30$) groups based on the behavioral time (min/12 hours) compared to that in the NC group ($359.37{\pm}19.69$). The SoF and SoV groups did not show any significant (P<0.05) difference. In terms of behavioral frequency, the NC group demonstrated a significantly (P<0.05) high frequency of drinking, self-grooming, scratching, and rubbing, and a significantly (P<0.05) less frequency of fighting behavior. The feeding time significantly (P<0.05) decreased in the SoV and SoF groups, and their frequencies of pairwise grooming were significantly (P<0.05) less. Based on the results, the cattle experienced less stress during castration by a veterinarian than during treatment using a move-stop.
Kim, Cheon-Jei;Choi, Do-Young;Shin, Heuyn-Kil;Lee, Moo-Ha;Lee, Jae-Jun;Chung, Kyu-Song;Ko, Won-Sik
Korean Journal of Food Science and Technology
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v.25
no.1
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pp.57-62
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1993
The influence of the storage temperature at $15^{\circ}C$ on the biochemical and structural changes in the red muscles (M. sternomandibularis) of korean native cattle postmortem were studied. The results obtained were summarized as follows; 1.5 to 2 hours postmortem the pH-value had dropped to $6.7{\sim}6.8$, after 18 or 20 hours at $15^{\circ}C$ it had reached its final pH-value (5.5). The irreversible loss of extensibility, i.e. the onset of rigor mortis, arose at $15^{\circ}C$ between 9 and 10 hours postmortem at pH 6.1 to 6.0 and R-value between 1.05/1.10. The complete loss of extensibility postmortem was reached after 18 to 20 hours at pH 5.5/5.6. Muscle and sarcomere length of korean native cattle were contracted about 20% and 15%, respectively at $15^{\circ}C$. Meat of korean native cattle had the highest shear force (4.7 kg) on 1 day after slaughter. The tenderness was increased with the ripening period prolonged and was highest at the end of the 9 day ripening period.
Eosinophilic myositis lesions are characterized by severe eosinophil infiltration along muscles of affected animals. The exact cause of the lesion remains controversial and the carcass is condemned once this lesion is seen during meat inspection. A cow slaughtered in Chonbuk province, Korea was observed to have disseminated pale foci throughout the musculature; meat samples were obtained and macroscopically investigated. Cut ends of neck and thigh muscle tissues showed variably sized, multifocal pale white-grayish nodular lesions. Histopathological examination consistently revealed inflammatory lesions with adjacent infiltration of eosinophilic granulocytes and focal necrotic calcification. However, no parasites, including Sarcocystis sp., could be discerned in the affected carcass. This case was diagnosed as idiopathic eosinophilic myositis in cattle.
Background: The grading of Hanwoo (Korean native cattle) is based on four economic traits, and efforts have been continuously made to improve the genetic traits associated with these traits. There is a technology to predict the expected grade based on the 4 economic genetic SNP characteristics of Korean cattle calves using single nucleotide polymorphism (SNP) technology. Selection of highly proliferative, self-renewing, and differentiating satellite cells from cattle is a key technology in the cultured meat industry. Methods: We selected the Hanwoo with high and low-scored of genomic estimated breeding value (GEBV) by using the Hanwoo 50K SNP bead chip. We then isolated the bovine satellite cells from the chuck mass. We then conducted comparative analyses of cell proliferation, immunocytochemistry, qRT-PCR at short- and long-term culture. We also analyzed the differentiation capability at short term culture. Results: Our result showed that the proliferation was significantly high at High scored GEBV (Hs-GEBV) compared to Low scored GEBV (Ls-GEBV) at short- and long-term culture. The expression levels of Pax3 were significantly higher in Hs-GEBV bovine satellite cells at long-term culture. However, there were no significant differences in the expression levels of Pax7 between Hs- and Ls-GEBV bovine satellite cells at short- and long- term culture. The expression levels of MyoG and MyHC were significantly high at Ls-GEBV bovine satellite cells. Conclusions: Our results indicated that selection of bovine satellite cells by Hanwoo 50K SNP bead chip could be effective selection methods for massive producing of satellite cells.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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