• 한국수정란이식학회지
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• 제31권4호
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• pp.313-318
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• 2016

The aim of this study was to identify quantitative trait loci (QTLs) influencing teat number traits in an $F_2$ intercross between Landrace and Korean native pigs (KNP). Three teat number traits (left;right;and total) were measured in 1105 $F_2$ progeny. All experimental animals were genotyped with 173 informative microsatellite markers located throughout the pig genome. We detect that seven chromosomes harbored QTLs for teat number traits: genome regions on SSC1;3;7;8;10;11;and 13. Six of fourteen identified QTL reached genome-wide significance. In SSC7;we identified a major QTL affecting total teat number that accounted for 5.6 % of the phenotypic variance;which was the highest test statistic (F-ratio = 61.1 under the additive model;nominal $P=1.3{\times}10^{-14}$) observed in this study. In this region;QTL for left and right teat number were also detected with genome-wide significance. With exception of the QTL in SSC10;the allele from KNP in all 6 identified QTLs was associated with decreased phenotypic values. In conclusion;our study identified both previously reported and novel QTL affecting teat number traits. These results can play an important role in determining the genetic structure underlying the variation of teat number in pigs.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권1호
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• pp.9-14
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• 2009

IGF2 유전자는 최초로 연구된 각인 유전자이고 대부분 포유동물의 부계로부터 유전되는 각인 유전자이다. 근육성장과 지방축적에 연관된 경제 형질좌위가 2번 염색체에 위치하여 있다고 보고되었는데, IGF2-in3-G3072A가 원인 유전자변이라고 밝혀졌다. 본 연구는 IGF2 유전자의 Intron7번의 세 개의 SNP (IGF2-in7-G162C, IGF2-in7-C179G, IGF2-in7-G186T)는 IGF2-in3-G3072A와 품종 별 연관불균형으로 완전 연쇄되어 있는 것을 보고 하였다. Real-time quantitative PCR 실험 결과에서 부모세대가 부계가 IGF2-in3-3072A를 가진 요크셔품종 수퇘지가 IGF2-in3-3072G를 가진 한국재래 암퇘지와 교배하여 생산한 자손(Y그룹)과 IGF2-in3-3072G 유전자형의 한국재래품종 수퇘지와 IGF2-in3-3072A를 가진 요크셔 암퇘지와 교배하여 생산된 자손(K그룹)에서 보다 등지방 조직에서의 IGF2 유전자 발현양이 낮았다. 하지만 근육조직에서는 요크셔품종의 유전자형이 IGF2-in3-3072A를 부계로 하고 IGF2-in3-3072G를 한국재래돼지품종모계로 할 때 IGF2 유전자 발현양이 높은 결과를 보였다. 이러한 연구에서 IGF2 유전자의 근육과 지방조직에서의 발현양은 부계의 유전자형에 의해 결정되며, 한국재래돼지의 높은 체지방 축적과 낮은 성장률에 관련된 특성이 IGF2 유전자 유전자형에 의해 영향을 받는다는 유전적인 근거를 제공함으로써 한국재래돼지를 상업적으로 이용하는데 있어서 IGF2 유전자를 이용할 수 있는 분자유전학적 근거를 제시하였다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제52권6호
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• pp.451-457
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• 2010

The porcine MHC (Major Histocompatibility Complex), encoding the SLA (Swine Leukocyte Antigen) genes, is one of the most significant regions associated with immune rejection in relation to transplantation. In this study, three SLA class I (SLA-1, SLA-3, SLA-2) loci and three SLA class II (DRB1, DQB1, DQA) loci were investigated in the previously unidentified Korean native pig (KNP) population that was closely inbred in the Livestock Technology Research Station in Cheongyang, Korea. Total thirteen KNPs from four generations were genotyped for the SLA alleles and haplotypes were investigated using PCR-SSP (Sequence-Specific Primer) method. The results showed that all of these KNPs had Lr-56.30/56.30 homozygous haplotype, indicating high level of inbreeding in the SLA genes. The inbreeding status of these animals was also investigated using microsatellite (MS) markers. From the 50 MS markers investigated, 17 MS markers were fixed in all generations and the fixed alleles are increased as 26 loci for the fourth generation. Two MS markers, S0069 and SW173, were heterozygous for all the animals tested. Observed and expected heterozygosities were calculated and the average inbreeding coefficients for each generation were also calculated. In the fourth generation, the average inbreeding coefficients was 0.732 and this may increase with further inbreeding process. Analysis of the SLA haplotypes and MS alleles can give important information for breeding the pigs for xenotransplantation studies.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권6호
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• pp.383-394
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• 2012

Microarray analyses provide information that can be used to enhance the efficiency of livestock production. For example, microarray profiling can potentially identify the biological processes responsible for the phenotypic characteristics of porcine liver. We performed transcriptome profiling to identify differentially expressed genes (DEGs) in liver of pigs from two breeds, the Korean native pigs (KNP) and Yorkshire pigs. We correctly identified expected DEGs using factor analysis for robust microarray summarization (FARMS) and robust multi-array average (RMA) strategies. We identified 366 DEGs in liver (p<0.05, fold-change>2). We also performed functional analyses, including gene ontology and molecular network analyses. In addition, we identified the regulatory relationship between DEGs and their transcription factors using in silico and qRT-PCR analysis. Our findings suggest that DEGs and their transcription factors may have a potential role in adipogenesis and/or lipid deposition in liver tissues of two pig breeds.

• 한국수정란이식학회지
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• 제19권3호
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• pp.257-264
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• 2004

멸종위험이 큰 우리나라 재래돼지를 유전자원으로서 안전하게 보존하고 유전적 다양성을 유지하기 위한 수단으로 수정란을 채취하여 동결보존하기 위해서 미경산 재래돼지에서 과배란 유기를 위한 적정 호르몬의 수준과 수정란의 회수 및 동결보존 방법을 확립하고자 수행한 결과는 다음과 같다. 1. hCG 500IU와 PMSG를 500, 750, 1,000IU 및 hCG 750IU와 PMSG 1,000IU를 각각 투여한 재래돼지의 배란황체와 미배란난포의 수는 각각 12.4, 13.6, 30.0 및 23.3개로 PMSG 1,000IU와 hCG 500IU를 투여한 재래돼지가 다른 용량의 처리돼지보다 난소반응이 양호하였으나 유의적인 차이는 없었으며, 배란황체수에 대한 수정란 회수율은 59.4-79.2％ 수준이었다. 2. 과배란처리된 공란돈에서 수정후 4일에 회수된 수정란의 발육단계는 상실기의 수정란이 수정후 5일보다 유의적으로 많이 회수되었으며(P<0.01), 수정후 5일에 회수된 배 반포기의 수정란을 수정후 4일보다 유의적으로 많이 회수되었다(P<0.05). 3. 확장배반포기 수정란을 1.4M glycerol의 항동 해제를 이용하여 관행의 완만동결법으로 동결한 처리에서 생존율은 25.3％였다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권1호
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• pp.15-22
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• 2011

자돈의 생시 체중은 자돈의 이유 체중 및 생존율에도 크게 영향을 미친다. 또한 출하 시까지 돼지의 성장률 뿐만아니라 출하 일령 단축 및 출하 체중과도 밀접한 연관성이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 돼지 7번 염색체의 PGK 2 (phosphoglycerate kinase 2) 유전자의 promoter 영역 및 transcription 영역에 해당하는 DNA 염기서열을 유전체 구조분석을 통해 20개의 SNP (Single Nucleotide Polymorpism)를 발굴하였고, 발굴된 SNP 중 PGK 2 유전자의 전사 조절 영역 내 g.122 T>G 다형을 재래돼지와 Landrace를 이용한 $F_2$ 집단 268두 자돈의 성장 형질과의 연관성 분석을 실시한 결과, 생시 체중(p<0.01) 및 3주령 체중(p<0.001)에서 통계적으로 고도의 유의적 연관성이 있음을 확인 할 수 있었다. 따라서 본 연구를 통하여 확인된 PGK 2 유전자의 promoter 영역 내 성장 형질 관련 SNP는 건강한 자돈 및 종돈을 조기 선발하기 위한 유전자 marker로 활용 가능성을 제시하였다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권1호
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• pp.1-8
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• 2012

본 연구는 한국재래돼지의 MC4R 유전자 내의 단일염기변이들을 규명하고 그 유전자형 효과가 유전자표지인자를 이용한 선발(Marker assisted selection, MAS)에 활용 가능한지를 검증하기 위해서 수행되었다. 한국재래돼지의 MC4R 유전자 총 염기서열을 분석하기 위해 6개의 Primer들을 이용하여 증폭산물을 생성하였으며, 염기서열분석을 통해 총 6개(c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, c.*430A>T)의 단일염기변이를 발견하였다. 한국재래돼지 MC4R 유전자내의 총 6개의 단일염기변이들간의 연관불균형과 반수체 분석을 통해 단일염기변이들간의 연관성을 분석하였으며, c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His와 c.*430A>T는 완전한 연관불균형을 이루고 있었고, c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이만 $r^2$-value가 0.028, D'-value가 0.348로 연관불균형 정도가 매우 낮았다. c.707A>G (Arg236His)와 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이들을 선발하여 PCR-RFLP 유전자형 분석방법을 이용해 돼지 5품종간의 유전자형 빈도를 추정한 결과, c.707A>G (Arg236His) 단일염기변이는 요크셔 품종 집단에서 오직 A (His) 대립유전자를 관찰할 수 있었으며, 나머지 한국재래돼지, 랜드레이스, 버크셔와 듀록 품종에서는 G 대립유전자의 고정으로 나타났다. c.707A>G 단일염기변이와 육질형질을 484두에서 연관성 분석을 실시한 결과, 조지방, 등심 내의 수분, 육색, 적색도 그리고 황색도 등에서 유의적인 연관성을 관찰할 수 있었다. c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이의 유전자형 빈도는 품종별로 차이가 났으며, A (Asn) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 듀록으로 나타났고, G (Asp) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 한국재래돼지로 조사되었다. c.892A>G (Asp 298Asn) 단일염기변이와 돼지 4 집단의 육질형질을 1,126두에서 분석한 결과, 등지방두께에 고도의 유의적인 효과를 관찰할 수 있었다(P<0.002). AA 유전자형을 가진 개체가 AG나 GG 유전자형을 가진 개체보다 등지방두께가 두꺼운 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 MC4R 유전자 내의 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이는 돼지의 선발개량에 유전자표지인자로서 충분한 효과가 있음을 검증하였다.