• 한국지반신소재학회논문집
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• 제5권2호
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• pp.45-50
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• 2006

천연섬유배수재의 통수능은 플라스틱드레인보드(PDB)의 통수능에 비해 낮은 것으로 나타났지만, 모형시험 결과를 분석한 결과 기존 천연섬유배수재는 물론 새로 개발된 볏짚배수재도 플라스틱드레인보드 대체 가능성을 발견할 수 있었다. 본 연구에서는 천연섬유배수재의 현장 적용성을 검증하기 위해 천연섬유배수재를 이용한 현장시험시공을 수행하여 이들의 현장유효통수능을 확인하고자 하였다. 시험시공은 다수의 연직배수재와 수평배수재의 조합으로 이루어진 총 5지역으로 구성하였다. 현재까지 측정된 초기 계측자료를 이용한 각 배수재의 특성은 성토지연 등의 이유로 인해 정확히 파악할 수는 없었으나, 추후 성토완료 후의 결과를 분석한다면 여러가지 연직배수재 및 수평배수재 설치 지반의 압밀거동을 분석할 수 있을 것으로 판단된다.

• 자원환경지질
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• 제28권6호
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• pp.635-646
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• 1995

동양활석광상의 광화대는 옥천누층군에 속하는 향산리 돌로마이트의 최하부 돌로마이트층준에 발달하며 광체는 이 지역 지층 중에 밥달하는 $N85^{\circ}{\sim}90^{\circ}W$에 $40^{\circ}$ 로 플란지하는 작은 습곡축에 따라 파이프상으로 배태되어 있다. 이 광상의 모든 광체들의 상반이나 하반에 각섬질암이나 녹니석편암을 수반한다(김옥준 등, 1963; 박희인과 김기태, 1966). 동양활석광상의 활석광화작용은 돌로마이트의 재결정작용과 규화작용에 이어 투각섬석과, 판상, 엽편상활석(I), 미립질 활석 (II)의 생성 순으로 이루어졌다. 활석(I)은 돌로마이트와 $SiO_2$ 성분이 풍부한 유체와의 반응으로 생성되었고 활석 (II)는 돌로마이트와 유세와의 반응과 이마 생성된 투각섬석과 유체와의 반응으로 생성되었다. 광화기간중 유체는 초기에는 $H_2O-CO_2$계의 것으로 $CO_2$가 풍부한 것이었으나, 말기로 가며 $H_2O-NaCl-CO_2 $계를 거쳐 $H_2O-NaCl $계의 것으로 변하였다. 투각섬석과 활석(l) 생성기의 온도 및 압력조건은 각각 1,640~2,530 bar, $440{\sim}480^{\circ}C$ 였고, 활석 (II) 생성기의 온도 및 압력조건은 1,400~2,200 bar와 $360{\sim}390^{\circ}C$였다. 이 값은 동양활석광상 북쪽 약 5km에 분포하는 문주리층 구성암석의 변성온도 및 압력값에 비하여 현저하게 낮다. 활석광상의 모암인 돌로마이트의 ${\delta}^{13}C$과 ${\delta}^{18}O$값은 각각 2.9~5.7‰ (PDB)과 -7.4~16.8‰ (PDB)로서 기 보고된 태백산지역의 석회암의 값에 비하여 높으나 변질받지 않은 퇴적원 돌로마이트가 갖는 값의 범위내에 든다. 동양활석광상의 활석의${\delta}^{18}O$와 ${\delta}D$값은 각각 +8.6-15.8‰ (vs SMOW)와 -65~-90‰ (vs SMOW)로서 마그마 기원의 물의 값을 갖는다. 이 값은 이 지역의 문주리층과 계명산층을 구성하는 변성암류의 ${\delta}^{18}O$과 ${\delta}D$ 값과는 판이하다. 경석고의 ${\delta}^{34}S$ 값은 22.4‰ (CDT)로서 고생대초의 황산염의 ${\delta}^{34}S$의 값(30‰ vs CDT)보다 낮아 화성기원의 S가 첨가되었을 가능성이 있다. 활석광석에는 약하게 염리와 파랑벽개 등이 발달하고 있어 활석광상은 옥천대가 겪은 여러 차례의 변형작용중 최후기상이 적어도 끝나가 이전에 마그마 기원의 유체에 의하여 생성된 열수교대 광상이라 사료된다.

• 한국지반공학회지:지반
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• 제13권5호
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• pp.45-58
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• 1997

본 논문에서는 국내 드레인재 타설현장조사와 모형 멘드럴 실내 타입시험을 통하여 배수재의 타입시 지반교란을 일으키는 영향요소에 대하여 분석하였다. 실내 시험에서는 재성형된 시료에 타입된 멘드럴에 의하여 발생한 스미어량을 멘드럴의 형태 등 지반조건을 달리하여 비교하였다. 사용된 모형멘드럴의 형태는 원형, 마름모형, 직사각형이었으며 직사각형의 경우는 장단변의 비율을 달리하여 실험하였다. 현장 조사로부터는 멘드럴의 형태와 크기뿐만 아니라 앵커슈의 형태와 크기도 지반교란의 큰 요소임을 알 수 있었다. 멘드럴 타입에 의하여 발생하는 지반교란은 원형보다 마름모와 직사각 형의 경우 적은 것으로 나타났고 직사각형 멘드럴의 경우 장단변의 비율이 클수록 지반교란효과가 더 줄어드는 것으로 나타났다.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제20권2호
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• pp.50-55
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• 2016

Backbone $^1H$, $^{13}C$ and $^{15}N$ resonance assignments are presented for the anticodon binding domain (residues 557-674) of human glycyl-tRNA synthetase (GRS). Role of the anticodon binding domain (ABD) of GRS as an anticancer ligand has recently been reported and its role in other diseases like Charcot-Marie-Tooth (CMT) and polymyositis have increased its interest. NMR assignments were completed using the isotope [$^{13}C/^{15}N$]-enriched protein and chemical shifts based secondary structure analysis with TALOS+ demonstrate similar secondary structure as reported in X-ray structure PDB 2ZT8, except some C-terminal residues. NMR signals from the N-terminal residues 557 to 571 and 590 to 614 showed very weak or no signals exhibiting dynamics or conformational exchange in NMR timescale.

• 통합자연과학논문집
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• 제7권3호
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• pp.159-165
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• 2014

Pyrazole, hydroxyimino, aldehyde and isoxazole derivatives exhibit a broad spectrum of biological activities such as antimicrobial, anti-inflammatory and antitumor activities. With growing application on their synthesis and bioactivity, chemists and biologists in recent years have considerable attention on the research of these derivatives. In the view of potential importance of these derivatives, we have crystallized few of the derivatives and its report has been published. The present study focuses on docking studies of these derivatives against Phospholipases $A_2$ enzyme. This enzymes has implicated as potential targets for anti-inflammatory drug design. co-crystal structure (PDB ID: 1POE) of $PLA_2$ deposited in Protein Data Bank has been retrieved for docking analysis. Docking studies using Schrodinger's GLIDE reveals that these derivatives shows better binding energy and score in the defined active site. These results may provide a guiding role to design a lead molecule which may reduce inflamation.

• BMB Reports
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• 제40권2호
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• pp.286-289
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• 2007

Despite considerable interest in the biologic processes of regeneration and stem cell activation, little is known about the genes involved in these transformative events. In a Hydra littoralis model of regeneration, we employed a rapid shotgun suppression subtractive hybridization strategy to identify genes that are uniquely expressed in regenerating tissue. With an adaptor-PCR based technique, 16 candidate transcripts were identified, 15 were confirmed unique to mRNA isolated from hydra undergoing regeneration. Of these, 6 were undescribed in GenBank and allied expressed sequence tag (EST) databases (GenBank + EMBL + DDBJ + PDB and the Hydra EST database). BLAST analysis of these sequences identified remarkably similar sequences in anonymous ESTs found in a wide variety of animal species.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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• pp.379-382
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• 2005

We demonstrate workflows in biological data retrieval and analysis using the DDBJ Web Service; specifically introduce a workflow for the analysis of proteins or proteomics data sets. The workflow mechanically extracts the gene whose protein structure and function are known from all the genes of a human genome in Ensembl (http://www.ensembl.org/) based on cross-references among Ensembl, Swiss-Prot (http://www.ebi.ac.uk/swissprot) and PDB (Protein Data Bank; http://www.wwpdb.org/). The workflow discovered ‘hidden’ linkages among databases. We will be able to integrate distributed and heterogeneous data systems into workflows, if they are provided based on standards for Web services.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2002년도 춘계학술발표논문집 (상)
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• pp.79-82
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• 2002

단백질 3차 구조 정보는 PDB에서 플랫화일 형태로 제공되고 있으며 이러한 플랫화일 각각의 엔트리들은 단백질 3차 분자 구조를 구성하는 원자들의 공간좌표정보, 서열정보, 실험정보 및 참조정보 등으로 구성된다. 이러한 정보들을 포함하고 있는 플랫파일로부터 필수적인 구조정보 및 서열정보 등의 효율적 검색을 위해서는 플랫파일을 데이터베이스로 구축함과 동시에, 구축된 데이터베이스를 위한 유사성 검색시스템 구축이 요구된다. 따라서, 이 논문에서는 Protein DataBank에서 제공하는 플랫파일을 공간객체 모델링기법에 기반한 관계형 데이터베이스로 구축하고 PSI-BLAST를 적용하여 단백질 서열 유사성 검색 시스템을 구축한다. 이렇게 함으로써 단백질 3자 구조 분자를 구성하는 원자에 대한 검색과 구조에 대한 서열 유사성 검색을 통하여 단백질 3차 구조 분류 및 구조 예측 시스템 구축에 활용할 수 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권5호
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• pp.733-736
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• 2000

Since pathogens resistant against vancomycin occur rapidly, the development of a new drug is needed. To make a new drug based on a rational drug design, the structural study of vancomycin is necessary. Accordingly, this study reports on a comparison of the solution structure of vancomycin determined by NMR spectroscopy, which was performed in the present work, with the X-ray crystallographic structure previously deposited in the Protein Data Bank (PDB).

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제32권4호
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• pp.1241-1248
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• 2011

Three dimensional quantitative structure-activity relationships (3D-QSARs) between new thiosemicarbazone analogues (1-31) as a substrate molecule and their inhibitory activity against tyrosinase as a receptor were performed and discussed quantitatively using CoMFA (comparative molecular field analysis) and CoMSIA (comparative molecular similarity indices analysis) methods. According to the optimized CoMSIA 2 model obtained from the above procedure, inhibitory activities were mainly dependent upon H-bond acceptor favored field (36.5%) of substrate molecules. The optimized CoMSIA 2 model, with the sensitivity of the perturbation and the prediction, produced by a progressive scrambling analysis was not dependent on chance correlation. From molecular docking studies, it is supposed that the inhibitory activation of the substrate molecules against tyrosinase (PDB code: 1WX2) would not take place via uncompetitive inhibition forming a chelate between copper atoms in the active site of tyrosinase and thiosemicarbazone moieties of the substrate molecules, but via competitive inhibition based on H-bonding.