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Transcriptome profiling and comparative analysis of Panax ginseng adventitious roots

  • Jayakodi, Murukarthick;Lee, Sang-Choon;Park, Hyun-Seung;Jang, Woojong;Lee, Yun Sun;Choi, Beom-Soon;Nah, Gyoung Ju;Kim, Do-Soon;Natesan, Senthil;Sun, Chao;Yang, Tae-Jin
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제38권4호
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    • pp.278-288
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    • 2014
  • Background: Panax ginseng Meyer is a traditional medicinal plant famous for its strong therapeutic effects and serves as an important herbal medicine. To understand and manipulate genes involved in secondary metabolic pathways including ginsenosides, transcriptome profiling of P. ginseng is essential. Methods: RNA-seq analysis of adventitious roots of two P. ginseng cultivars, Chunpoong (CP) and Cheongsun (CS), was performed using the Illumina HiSeq platform. After transcripts were assembled, expression profiling was performed. Results: Assemblies were generated from ~85 million and ~77 million high-quality reads from CP and CS cultivars, respectively. A total of 35,527 and 27,716 transcripts were obtained from the CP and CS assemblies, respectively. Annotation of the transcriptomes showed that approximately 90% of the transcripts had significant matches in public databases.We identified several candidate genes involved in ginsenoside biosynthesis. In addition, a large number of transcripts (17%) with different gene ontology designations were uniquely detected in adventitious roots compared to normal ginseng roots. Conclusion: This study will provide a comprehensive insight into the transcriptome of ginseng adventitious roots, and a way for successful transcriptome analysis and profiling of resource plants with less genomic information. The transcriptome profiling data generated in this study are available in our newly created adventitious root transcriptome database (http://im-crop.snu.ac.kr/transdb/index.php) for public use.

Analysis and Examination of Trends in Research on Medical Learning Support Tools: Focus on Problem-based Learning (PBL) and Medical Simulations

  • Yea, Sang-Jun;Jang, Hyun-Chul;Kim, An-Na;Kim, Sang-Kyun;Song, Mi-Young;Han, Chang-Hyun;Kim, Chul
    • 대한한의학회지
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    • 제33권4호
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    • pp.60-68
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    • 2012
  • Objectives: By grasping trends in research, technology, and general characteristics of learning support tools, this study was conducted to present a model for research on Korean Medicine (KM) to make use of information technology to support teaching and learning. The purpose is to improve the future clinical competence of medical personnel, which is directly linked to national health. Methods: With papers and patents published up to 2011 as the objects, 438 papers were extracted from "Web of Science" and 313 patents were extracted from the WIPS database (DB). Descriptive analysis and network analysis were conducted on the annual developments, academic journals, and research fields of the papers, patents searched were subjected to quantitative analysis per application year, nation, and technology, and an activity index (AI) was calculated. Results: First, research on medical learning support tools has continued to increase and is active in the fields of computer engineering, education research, and surgery. Second, the largest number of patent applications on medical learning support tools were made in the United States, South Korea, and Japan in this order, and the securement of remediation technology-centered patents, rather than basic/essential patents, seemed possible. Third, when the results of the analysis of research trends were comprehensively analyzed, international research on e-PBL- and medical simulation-centered medical learning support tools was seen to expand continuously to improve the clinical competence of medical personnel, which is directly linked to national health. Conclusions: The KM learning support tool model proposed in the present study is expected to be applicable to computer-based tests at KM schools and to be able to replace certain functions of national KM doctor license examinations once its problem DB, e-PBL, and TKM simulator have been constructed. This learning support tool will undergo a standardization process in the future.

우리나라 BT 융합기술 시장의 특성에 관한 실증연구 (An Empirical Study on the Characteristics of BT-based Converging Technology Market in Korea)

  • 최나린;현병환;김방룡
    • 기술혁신학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.299-322
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    • 2012
  • 생명공학(BT) 분야는 고부가가치의 새로운 시장기회를 제공할 수 있는 잠재력이 있으며, 타분야와 융합 연구개발이 활발하게 진행되고 있다. 본 연구는 2000년부터 2010년동안 한국특허청(KIPO)에 등록된 특허를 기준으로 우리나라 BT 융합기술의 실태를 실증분석 하고자 한다. 특히 국제특허분류(IPC) 체계에 따라 융합기술을 동종융합과 이종융합 기술로 구분하였으며, 그 시장의 특성을 파악을 위하여 기술 및 기업집중도, 시장확보력지수(PFS) 비교 실증분석을 한다. 또한 FOS 기술-분류표를 활용하여 BT기술과 이종융합이 일어나고 있는 산업군을 파악하여 신시장 창출현황을 살펴보고 이에 대한 시사점을 찾고자 한다. 그간 특허분석으로 많은 연구가 수행되었으나 우리나라 BT 융합기술 시장에 초점이 맞추어 진 연구는 거의 드문 실정으로 이러한 분석은 매우 의미가 있는 연구라고 사료된다. 본 연구에서는 우리나라 융합기술 시장이 급속도로 확장되고 있으며, 소수 기업에 의하여 독과점화되고 있다는 사실을 확인하고, 종합적으로 BINET 융합 분야의 핵심 키워드 및 기술을 파악한다. 이러한 BT 융합의 추세는 향후 BT 산업화가 가속화되면서 더욱 강화될 것으로 전망되며, 본 연구를 통하여 확인된 향후 BT 기반 융합기술 정책수립에 많은 시사점을 제공할 수 있을 것이다.

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우리나라 입목의 초기 생장 특성에 따른 유령림의 임목축적 산출방안 고찰 (Methodological Consideration for Estimating Growing Stock of Young Forests based on Early Growth Characteristics of Standing Trees in Korea)

  • 문가현;문나현;임종수;강진택
    • 한국산림과학회지
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    • 제109권3호
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    • pp.300-312
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    • 2020
  • 우리나라의 산림자원 중 유령림에 포함되는 I 영급(10년생 이하)은 입목이 존재함에도 불구하고 임목축적을 '0'으로 가정하여 국가통계를 산출하고 있으며, 온실가스 배출 및 흡수량 산정을 위한 탄소흡수량에서도 누락되고 있다. 지속가능한 산림경영의 이행 및 산림부문 탄소저장량을 산출하기 위해서는 유령림의 산림자원에 대한 정확한 통계정보의 수집이 필요하다. 본 연구는 유령림의 초기 생장 특성을 파악하고 국가산림자원조사에서 수집된 자료를 활용하여 유령림의 임목축적을 추정할 수 있는 방법을 개발하기 위하여 수행하였다. 유령림의 초기 생장 특성을 분석하기 위하여 유령림의 초기 생장에 관한 문헌조사, 수종별 수간석해 분석 및 현실림 임분수확표에 의한 지위지수별 유령림의 생장 특성 등을 분석하였다. 결과적으로 유령림에서 대부분의 입목은 흉고직경 6 cm 미만으로 나타났으며, 흉고직경 6 cm에 도달하는데 평균 12년이 소요되는 것으로 분석되었다. 국가산림자원조사 자료를 활용하여 유령림의 임목축적을 산출하기 위해서는 치수조사구에서 근원경의 경급별 평균묘고가 조사되어야 하며, 교목을 비롯한 다양한 관목이 조사되고 있으므로 교목 수종을 구분할 수 있도록 분석시스템의 개선이 필요한 것으로 나타났다.

The Influence of Asian Dust, Haze, Mist, and Fog on Hospital Visits for Airway Diseases

  • Park, Jinkyeong;Lim, Myoung Nam;Hong, Yoonki;Kim, Woo Jin
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제78권4호
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    • pp.326-335
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    • 2015
  • Background: Asian dust is known to have harmful effects on the respiratory system. Respiratory conditions are also influenced by environmental conditions regardless of the presence of pollutants. The same pollutant can have different effects on the airway when the air is dry compared with when it is humid. We investigated hospital visits for chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and asthma in relation to the environmental conditions. Methods: We conducted a retrospective study using the Korean National Health Insurance Service claims database of patients who visited hospitals in Chuncheon between January 2006 and April 2012. Asian dust, haze, mist, and fog days were determined using reports from the Korea Meteorological Administration. Hospital visits for asthma or COPD on the index days were compared with the comparison days. We used two-way case-crossover techniques with one to two matching. Results: The mean hospital visits for asthma and COPD were $59.37{\pm}34.01$ and $10.04{\pm}6.18$ per day, respectively. Hospital visits for asthma significantly increased at lag0 and lag1 for Asian dust (relative risk [RR], 1.10; 95% confidence interval [CI], 1.01-1.19; p<0.05) and haze (RR, 1.13; 95% CI, 1.06-1.22; p<0.05), but were significantly lower on misty (RR, 0.89; 95% CI, 0.80-0.99; p<0.05) and foggy (RR, 0.89; 95% CI, 0.84-0.93; p<0.05) days than on control days. The hospital visits for COPD also significantly increased on days with Asian dust (RR, 1.29; 95% CI, 1.05-1.59; p<0.05), and were significantly lower at lag4 for foggy days, compared with days without fog (RR, 0.85; 95% CI, 0.75-0.97; p<0.05). Conclusion: Asian dust showed an association with airway diseases and had effects for several days after the exposure. In contrast to Asian dust, mist and fog, which occur in humid air conditions, showed the opposite effects on airway diseases, after adjusting to the pollutants. It would require more research to investigate the effects of various air conditions on airway diseases.

자연자원에 기반한 지역유형분류와 발전방안 (The Developmental Directions and Classification of Regional Types Based on Natural Resources)

  • 박종준;윤기란;박창석
    • 한국조경학회지
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    • 제39권2호
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    • pp.10-17
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    • 2011
  • 전 세계적으로 자연자원의 이용 및 관리에 대한 패러다임이 변화하고 있다. 자연자원의 보전 가치를 높이는 동시에 지역발전의 기회요인으로 활용하겠다는 현명한 이용의 중요성이 대두되면서 자연자원을 활용한 지역발전이 주목받고 있다. 본 연구는 자연자원의 분포와 이용 잠재력 등에 따른 지역유형을 구분하고, 각 유형별 지역발전 방안을 제안하는데 목적이 있다. 먼저 자연자원을 생물종 자원, 생태계 경관자원, 무생물자원의 3가지 유형으로 구분하고, 총 27개의 세부 분석 지표를 설정하였다. 분석의 공단 단위는 165개 지자체의 행정구역으로 설정하였으며, 최종적으로 각 지자체별 자연자원 공간자료를 구축하였다. 지역 유형을 분류하기 위해 지역별 자연자원의 세부 지표를 요인분석한 후 이를 군집분석하는 방법을 사용했다. 요인분석 결과 산림자원요인, 경관자원요인, 연안생태자원요인, 내륙수자원요인, 지형자원요인, 생태탐방자원요인 등의 6개 요인이 도출되었다. 요인분석 결과를 근거로 군집분석한 결과 산림생태지역, 내륙수자원지역, 연안생태 경관지역, 지형 생태지역, 복합자연자원지역, 도시 근교 생태탐방지역, 생태경관지역, 기타지역 등 총 9개 지역유형을 도출하였고, 각 유형별로 지역발전 방안을 제시하였다. 본 연구는 자연자원을 활용한 지역발전 정책 및 계획에서 대상 지역의 선정과 지역의 발전 방향을 설정하는 기초자료로서 활용될 수 있다.

도시지역 녹화공간의 배식기법 : 공동주택단지 완충녹지의 배식 (Planting Design in Green Open Space, Urban Area : Planting Evaluation of Buffer Green Space in Housing Complex)

  • 조우
    • 한국환경생태학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.78-90
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    • 1998
  • 본 연구는 1980년대 후반부터 조성된 5개 신도시 공동주택단지의 완충녹지를 대상으로 녹지의 형태와 식재기법, 효과 등을 분석하여 완충녹지 조성시 배식에 이용할 수 있는 자료 구축을 목적으로 하였다. 연구대상지 완충녹지의 형태는 마운딩형, 사면형, 펴연형이었으며 식재된 수종으로는 교목은 상록수 10종, 낙엽수 20종의 총 30종이었고 관목은 총 13종 이었으며 도시공원 등의 관상용수종과 차이가 없었고 식재는 단층적으로 한 상태였다. 완충녹지에 의해 소음완화 효과는 인정되었으나 7개 조사유형중 4유형에서는 공동주택단지의 소음 기준치(65dB) 이하의 완충효과를 보이지 못했다. 소음완화효과는 마운드형이 효과적이었다. 본 연구대상지는 식재밀도, 녹지용적계수는 완충녹지의 기능을 충족시키지 못하고 있으며 자연림과 비교했을 때 식재밀도가 매우 적었고 녹지용적계수도 기준 녹지에 비해 션격히 낮은 값을 나타내어 개선이 요구되었다. 완충녹지는 높이를 2m 이상으로 한 마운딩형으로 조성지역 인근 자연림의 식생구조를 모델로 하는 복층적 식재기법을 이요하여 조성하는 것이 바람직한 것으로 판단되었다.

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GIS를 활용한 생태면적률 산정 모델 개발 (Development of Biotope area ratio Estimation Model using GIS)

  • 이지수;이승욱;이승엽;홍원화
    • Spatial Information Research
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    • 제19권2호
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    • pp.9-18
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    • 2011
  • 본 연구의 목적은 신도시 등의 조성에 있어 지속 가능한 발전을 도모하고 시민들에게 쾌적한 생활환경을 제공하기 위해 도입된 생태면적률을 산정하는 모델을 개발하여 구축의 효율성과 데이터베이스 유지관리의 간편성과 정확성을 확보함에 있다. 특히 생태면적률은 현재 환경영향 평가 뿐만 아니라 친환경 인증기준 중 생태환경기준으로 활용되고 있으나, 생태면적률의 산정도 구축을 위한 지표가 제시되어 있지 않기 때문에 결과자료의 누락, 데이터 수정보완의 어려움과 같은 문제가 있을 수 있다. 따라서 본 연구에서는 GIS를 통해 도형 자료를 구축하고 가중치의 속성정보를 통합하여 관리하는 모델을 제시하였다. 생태면적률 산정은 토지이용계획도를 기초로 하여 건폐지의 경우 옥상 및 벽면 녹화, 비건폐지의 경우 수공간, 인공지반, 틈새투수포장, 자연지반 녹지의 공간유형을 대상으로 한다. 가중치가 부여된 공간유형정보는 도형정보와 통합되고 통합된 자료는 향후 토지이용에 따른 분석을 위해 토지이용계획 정보를 블록 별로 부여한다. 한편, 공간유형별 가중치 적용의 경우 도출방법이 각 지자체나 적용 주체의 상황에 따라 특성에 맞게 판단기준의 조절이 가능하다. 따라서 그 수치가 유동적일 수 있으나 본 모델에서 수치변화에 대한 탄력적인 대응이 가능함으로써 간편하고 효율적인 데이터 구축의 모델로 활용될 수 있다.

지질용어 시소러스 시스템의 설계 및 구축 (Design and Implementation of Thesaurus System for Geological Terms)

  • 황재홍;지광훈;한종규;연영광;류근호
    • 한국지리정보학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.23-35
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    • 2007
  • 최근 정보 검색 분야에서 시맨틱 웹 기술에 따른 인터넷 용어사전과 더불어 시소러스의 필요성이 더욱 중요시되고 있다. 시소러스는 분류와 사전의 결합으로 상위 및 하위개념 사이의 전후관계를 명확히 하기 위해서 공식적으로 조직, 통제된 색인어의 어휘로 인간의 학습, 탐구활동 등 제반 지식활동의 대상이 되는 개념(용어)간의 관계를 표현한 지식구조의 토픽 맵이다. 하지만 시소러스가 용어의 통제 및 표준화와 더불어 정보를 능률적으로 처리하고 검색하는데 필수적인 수단으로 평가되고 있음에도 불구하고 아직까지 지질분야에서 우리말 시소러스가 없는 실정이다. 시소러스를 구축하기 위해서는 표준화되고 잘 정의된 지침이 필요하다. 이러한 표준화된 지침은 보다 효율적인 정보 관리를 가능하게 할 것이며, 정보 이용자 또한 보다 정확한 정보를 쉽고 편리하게 이용할 수 있게 될 것이다. 본 연구는 지질정보 중 가장 기본이 되는 용어 시소러스 시스템 구축 연구이다. 이를 위해서 첫째, 국내외 지질용어 표준화 동향을 살펴보았다. 둘째, 15개 분야에 대한 지질학적 주제를 정하고 각 주제에 대한 분류체계(안)를 마련하였다. 셋째, 지질용어 시소러스 분류체계를 바탕으로 지질용어 시소러스 명세서를 작성하였다. 마지막으로 이 명세서를 이용하여 인터넷기반 지질용어 시소러스 시스템을 설계하고 구축하였다.

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공공건축공사 사후평가 변별력 향상을 위한 항목개선 연구 (A Study on the Improvement of Item for Discrimination Increasing in Post Evaluation of Public Building Construction Project)

  • 윤태형;이수용
    • 한국건설관리학회논문집
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    • 제12권2호
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    • pp.21-31
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    • 2011
  • 국토해양부는 공공 건설사업의 효율화를 유도 하기위한 목적으로 건설공사 사후평가 시행지침을 2001년 05월 10일 건관 58824-318호로 제정 공포하고 이후 지금까지 5차례에 걸쳐 개정 하였다. 이 지침의 관련근거는 건설기술 관리법 시행령 제38조 18항이며, 주요내용은 사업의 당초 입안 기획에서부터 실제 공사수행 완료에 이르기 까지 전 과정에 대하여 수행성과, 효율, 파급효과 등에 관한 평가를 준공 후 실시하고 그 결과를 데이터베이스화 하는 것이다. 지침의 적용범위는 SOC사업 및 상당한 규모의 토목공사를 대상으로 하였으나, 최근 개정된 지침인 국토해양부 고시 제2010-14호(2010년 01월 15일)에서 건축분야를 추가 하였다. 그러나 개정된 내용도 평가항목의 성격이 포괄적이거나 정량적 평가기준으로는 미흡함이 많아 실제 평가결과를 차후 활용할 수 있는 방향제시의 분명함이 부족하고, 또한 평가과정에서 절대평가를 수행하기에도 어려움이 따른다. 따라서 본 연구는 공공 건축공사 사후평가 과정에 필요한 평가항목의 개선에 집중 하였다. 개선의 방향은 평가항목을 관련 전문가들에게 설문조사를 통하여 변별력 증대에 기여할 수 있도록 조정하며, 또한 현실적으로 점수화 할 수 있는 항목임에도 기준이 모호한 것은 향상된 평가지표를 제시 하고자 한다. 이를 통해 사후평가 지침의 목적인 추후 유사한 프로젝트에 활용하는 기능을 더욱 향상 시킬 수 있을 것으로 기대한다.