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Morphometric and genetic diversity of Rasbora several species from farmed and wild stocks

  • Bambang Retnoaji;Boby Muslimin;Arif Wibowo;Ike Trismawanti
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제26권9호
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    • pp.569-581
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    • 2023
  • The morphology and genetic identification of Rasbora lateristriata and Rasbora argyrotaenia between cultivated and wild populations has never been reported. This study compares morphology and cytochrome c oxidase (COI) genes between farmed and wild stock Rasbora spp. in Java and Sumatra island, Indonesia. We analyzed the truss network measurement (TNM) characters of 80 fish using discriminant function analysis statistical tests. DNA was extracted from muscle tissue of 24 fish specimens, which was then followed by polymerase chain reaction, sequencing, phylogenetic analysis, fixation index analysis, and statistical analysis of haplotype networks. Basic Local Alignment Search Tool analysis validated the following species: R. lateristriata and R. argyrotaenia from farming (Jogjakarta); Rasbora agryotaenia (Purworejo), R. lateristriata (Purworejo and Malang), Rasbora dusonensis (Palembang), and Rasbora einthovenii (Riau) from natural resources. Based on TNM characters, Rasbora spp. were divided into four groups, referring to four distinct characters in the middle of the body. The phylogenetic tree is divided into five clades. The genetic distance between R. argyrotaenia (Jogjakarta) and R. lateristriata (Malang) populations (0.66) was significantly different (p < 0.05). R. lateristriata (Purworejo) has the highest nucleotide diversity (0.43). R. argyrotaenia from Jogjakarta and Purworejo shared the same haplotype. The pattern of gene flow among them results from the two populations' close geographic proximity and environmental effects. R. argyrotaenia had low genetic diversity, therefore, increasing heterozygosity in cultivated populations is necessary to avoid inbreeding. Otherwise, R. lateristriata (Purworejo) had a greater gene variety that could be used to develop breeding. In conclusion, the middle body parts are a distinguishing morphometric character of Rasbora spp., and the COI gene is more heterozygous in the wild population than in farmed fish, therefore, enrichment of genetic variation is required for sustainable Rasbora fish farming.

Identification of heat shock protein70-2 and protamine-1 mRNA, proteins, and analyses of their association with fertility using frozen-thawed sperm in Madura bulls

  • Zulfi Nur Amrina Rosyada;Berlin Pandapotan Pardede;Ekayanti Mulyawati Kaiin;Ligaya I.T.A Tumbelaka;Dedy Duryadi Solihin;Bambang Purwantara;Mokhamad Fakhrul Ulum
    • Animal Bioscience
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    • 제36권12호
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    • pp.1796-1805
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    • 2023
  • Objective: This study aims to identify heat shock protein70-2 (HSP70-2) and protamine-1 (PRM1) mRNA and protein in Madura bull sperm and demonstrate their relation as bull fertility biomarkers. Methods: The Madura bull fertility rates were grouped based on the percentage of first service conception rate (%FSCR) as high fertility (HF) (79.04%; n = 4), and low fertility (LF) (65.84%; n = 4). mRNA of HSP70-2 and PRM1 with peptidylprolyl isomerase A (PPIA) as a housekeeping gene were determined by quantitative real-time polymerase chain reaction, while enzyme-linked immunoassay was used to measure protein abundance. In the post-thawed semen samples, sperm motility, viability, acrosome integrity, and sperm DNA fragmentation index were analyzed. Data analysis was performed on the measured parameters of semen quality, relative mRNA expression, and protein abundance of HSP70-2 and PRM1, among the bulls with various fertility levels (HF and LF) in a one-way analysis of variance analysis. The Pearson correlation was used to analyze the relationship between semen quality, mRNA, proteins, and fertility rate. Results: Relative mRNA expression and protein abundance of HSP70-2 and PRM1 were detected and were found to be highly expressed in bulls with HF (p<0.05) and were associated with several parameters of semen quality. Conclusion: HSP70-2 and PRM1 mRNA and protein molecules have great potential to serve as molecular markers for determining bull fertility.

비화음으로 호전된 기능성 소화불량 환자 치험 1례 (A Case Report of Functional Dyspepsia Treated with Beewha-eum)

  • 박채현;김민정;박재우;고석재
    • 대한한방내과학회지
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    • 제45권2호
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    • pp.159-166
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    • 2024
  • Objective: The purpose of this case study is to report the effectiveness of the Korean medicine Beewha-eum as a treatment for functional dyspepsia (FD). Methods: A patient diagnosed with a spleen-stomach deficiency-cold pattern in Korean medicine was treated with herbal medicines, including Beewha-eum. Symptom severity was assessed using the degree of self-reported dyspepsia (%), self-reported energy level, amount of food intake (%), total parenteral nutrition rate (cc/hour), body weight (kg), Nepean dyspepsia index (NDI-K), functional dyspepsia-related quality of life questionnaire (FD-QoL), and short form 36-item health survey (SF-36) score. Results: After treatment, the symptom severity of self-reported dyspepsia decreased from 100% to 10 to 15%, and the self-reported energy level increased from 20 to 80. The amount of food intake increased from 5% to 100%, and the total parenteral nutrition rate started from 60 cc/hour end in week 5. Body weight increased from 53.1 kg to 62 kg. The NDI-K score decreased from 105 to 31. The FD-QoL score increased from 19 to 68. The SF-36 score also increased from 102 to 116. Conclusion: The results suggest that the Korean medicine Beewha-eum could be an effective option for treating FD.

The impact of modern airport security protocols on patients with total shoulder replacements

  • Michael D. Scheidt;Neal Sethi;Matthew Ballard;Michael Wesolowski;Dane Salazar;Nickolas Garbis
    • Clinics in Shoulder and Elbow
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    • 제26권4호
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    • pp.416-422
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    • 2023
  • Background: Advancements in airport screening measures in response to 9/11 have resulted in increased false alarm rates for patients with orthopedic and metal implants. With the implementation of millimeter-wave scanning technology, it is important to assess the changes in airport screening experiences of patients who underwent total shoulder arthroplasty (TSA). Methods: Here, 197 patients with prior anatomic and reverse TSA completed between 2013 and 2020 responded to a questionnaire regarding their experiences with airport travel screening after their operation. Of these patients, 86 (44%) stated that they had traveled by plane, while 111 (56%) had not. The questionnaire addressed several measures including the number of domestic and international flights following the operation, number of false alarm screenings by the millimeter-wave scanner, patient body habitus, and presence of additional metal implants. Results: A total of 53 patients (62%) responded "yes" to false screening alarms due to shoulder arthroplasty. The odds of a false screening alarm for patients with other metal implants was 5.87 times that of a false screening alarm for patients with no other metal implants (P<0.1). Of a reported 662 flights, 303 (45.8%) resulted in false screening alarms. Greater body mass index was not significantly lower in patients who experienced false screening alarms (P=0.30). Conclusions: Patients with anatomic and reverse TSA trigger false alarms with millimeter-wave scanners during airport screening at rates consistent with prior reports following 9/11. Patient education on the possibility of false alarms during airport screening is important until improvements in implant identification are made. Level of evidence: IV.

자기조직화지도를 활용한 정맥의 서식지 환경에 따른 조류 군집 특성 파악 - 금남호남 및 호남정맥, 한남금북 및 금북정맥, 낙남정맥을 대상으로 - (Identification of Bird Community Characteristics by Habitat Environment of Jeongmaek Using Self-organizing Map - Case Stuty Area Geumnamhonam and Honam, Hannamgeumbuk and Geumbuk, Naknam Jeongmaek, South Korea -)

  • 황종경;강태한;한승우;조해진;남형규;김수진;이준우
    • 한국환경생태학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.377-386
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    • 2021
  • 본 연구는 정맥의 서식지 관리 및 보전을 위한 기초자료를 제공하고자 수행하였다. 18개의 중점조사지역에서 지형, 서식지 환경을 고려하여 각 지점별로 개발지, 계곡부, 임도 및 능선 3가지 서식지유형으로 총 54개의 고정조사구를 선정하였다. 조사는 2016년부터 2018년까지 겨울철을 제외한 계절별(5월,8월, 10월)로 수행하였다. 서식지 유형별로 관찰된 조류를 자기조직화지도(SOM)를 활용하여 분포 패턴을 분석한 결과, 총 4개의 그룹으로 분류되었다(MRPP, A=0.12, p <0.005). 자기조직화지도 그룹별 종수와 개체수, 종다양도 지수를 비교분석한 결과 종수와 개체수, 종다양도 지수 모두 III번 그룹에 가장 높게 나타났다(Kruskal-Wallis, 종수: x2 = 13.436, P <0.005; 개체수: x2 = 8.229, P <0.05; 종다양도: x2 = 17.115, P <0.005). 또한 그룹별 지표종 분석과, 서식지 환경 특성을 파악하기 위해 토지피복도를 랜덤 포레스트 모델에 적용하여 분석한 결과, 4개 그룹간의 서식지환경이 구성하는 비율과 지표종에 차이를 보였다. 지표종 분석은 II번 그룹을 제외한 3그룹에서 총 18종의 조류가 지표종으로 확인되었다. 본 연구에서 자기조직화지도를 활용하여 4개 그룹으로 분류된 결과를 기초로 랜덤 포레스트 모델과 지표종 분석을 적용하였을 때 그룹별 지표종 구성과 그룹별 서식지 특성과 상호 연관성을 보였다. 또한 그룹별 우점하는 서식환경에 따라 관찰된 종의 분포패턴과 밀도가 뚜렷하게 구분이 되었다. 자기조직화지도와 지표종분석, 랜덤 포레스트 모델을 함께 적용한 분석은 서식지 환경에 따라 조류 서식 특징파악에 유용한 결과를 도출할 수 있을 것으로 판단된다.

토지피복변화에 따른 금강 상류 댐 유역 산림 경관의 구조적 변화 분석 (Analysis of Spatial Changes in the Forest Landscape of the Upper Reaches of Guem River Dam Basin according to Land Cover Change)

  • 김경태;이현정;김휘문;송원경
    • 한국환경생태학회지
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    • 제37권4호
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    • pp.289-301
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    • 2023
  • 유역 내 산림은 생태계 유지에 있어 중요한 역할을 맡고 있으며 생태네트워크 체계를 구성하는 주요 기반 환경이다. 그러나 지난 수십여 년간 행해진 무분별한 개발사업으로 인해 산림 파편화 및 토지이용 변화가 가속화되었으며 본래의 기능을 상실하게 되었다. 산림 생태계를 파악하는 데 있어 산림의 구조적 패턴은 생태적 과정과 기능에 직접적인 영향을 미치기 때문에 변화패턴을 파악하고 분석하는 것은 중요한 인자라 할 수 있다. 이에 본 연구는 금강 상류 댐 유역을 대상으로 FRAGSTATS 모델을 통해 시계열적인 토지피복변화에 따른 산림 경관의 구조적 변화를 분석하였다. 토지피복 변화탐지를 통한 금강 상류 댐 유역 내 토지피복변화는 1980년대부터 2010년대까지 산림 33.12km2(0.62%), 시가화건조지역 67.26km2 (1.26%) 증가하였고 농업지역 148.25km2(2.79%) 감소하였다. 유역 내 산림 경관분석결과 No sampling 분석에서는 경관백분율(PLAND), 면적가중근접지수(CONTIG_AM), 평균 중심지 면적(CORE_MN), 인접지수(PLADJ)가 증가하였고 패치수(NP), 경관형태지수(LSI), 응집지수(COHESION)가 감소하였다. Moving window 분석을 통해 구조적 변화패턴을 파악한 결과, 경상북도 상주시, 충청북도 보은군, 전라북도 진안군 내 산림 경관은 상대적으로 잘 보전되어 있었으나 충청북도 옥천군, 영동군 그리고 충청남도 금산군 사이의 경계부와 전라북도 무주군과 장수군 인접 지역의 산림 경관에서는 파편화가 진행되고 있었다. 결과를 토대로 추후 해당 지역의 산림 관리전략 수립 시 파편화 지역을 대상으로 조림사업을 수립할 필요가 있을 것으로 사료된다. 본 연구를 통해 산림 경관의 파편화가 예상되는 지역을 도출할 수 있었으며, 유역 산림의 건전성 평가 및 관리계획 수립을 위한 기초자료로써 활용될 가능성을 기대할 수 있다.

국내 귀리품종 탈부특성에 따른 품질 및 유연관계 분석 (Quality and genetic relationship on dehulling characteristic in oat variety)

  • 김경민;신동진;김경훈;권유리;박효진;현종내;김영진;오명규;박영훈
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제45권4호
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    • pp.375-381
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    • 2018
  • 귀리(Avena Sativa L., Oat)에서 이삭모양과 탈부특성이 다른 겉귀리와 쌀귀리를 품질특성으로 구분하고자 12 품종 귀리종실의 이화학적 특성 및 식이섬유를 분석하였고, 61개의 SSR 분자마커를 이용하여 근연관계 및 조양 판별 마커조합을 설정하였으며 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 공시한 12개의 귀리 품종을 생육조사 한 결과 쌀귀리는 이삭의 한 소수에서 영화수가 4~5개 생기는데 비해 겉귀리는 2~3개 생겼으며, 탈곡 후 종실의 껍질 유무 또한 쌀귀리는 없었고 겉귀리는 껍질이 남아있는 형태로 기존에 알려진 것과 같은 결과를 보였다. 2. 단백질은 쌀귀리가 13.45 ~ 16.56%, 겉귀리는 12.95 ~ 15.31%의 함량 분포를 나타내었으며, 지방은 쌀귀리가 7.26 ~ 10.34%, 겉귀리는 7.53 ~ 10.82%의 함량 분포를 나타내었으며, 베타글루칸은 쌀귀리가 4.19 ~ 5.05%, 겉귀리는 3.49 ~ 5.60%의 함량 분포를 나타내어 귀리 품종 간에는 품질특성이 차이가 나타났으나 쌀귀리와 겉귀리를 구분 할 수 있을 정도는 아니었다. 3. 지방산 조성 비율은 쌀귀리가 겉귀리에 비해 올레인산(C18:1, Oleic acid, 40.2 ~ 50.9%)과 스테아르산(C18:0, Stearic acid, 1.2 ~ 2.5%)이 높은 비율을 나타냈으며, 겉귀리는 쌀귀리에 비해 리놀레산(C18:2, Linoleic acid, 30.6 ~ 41.2%)과 리놀렌산(C18:3, Linolenic acid, 0.7 ~ 1.3%)이 더 높은 비율을 보였다. 4. 귀리의 근연관계는 계수(Coefficient) 1.22에서 그룹 하여 정리한 결과 겉귀리 6품종과 쌀귀리 1품종으로 그룹 되었고 유전적 거리(Genetic Distance)는 '동한'과 '태한'이 가장 가깝게 나타났으며 다음은 '풍한', '삼한', '옥한', '조풍', '중모2005' 순으로 나타났다. 계수(Coefficient) 1.22에서 그룹 되지 않은 귀리는 겉귀리 1품종과 쌀귀리 4품종으로 '수양', '다한', '대양', '선양', '조양' 순으로 그룹에서 먼 것으로 나타나 대체적으로 겉귀리와 쌀귀리가 서로 멀게 나타났다. 5. 12개의 귀리품종에 61개의 SSR maker를 이용하여 분석한 결과 '조양'은 AM28, 29, 32, 34, 36의 5개 SSR마커에서 다른 품종과 다른 밴드 패턴을 나타내어 품종 구분이 가능하였다.

부착돌말영양지수(TDI)를 활용한 습지환경 평가 (Wetland Habitat Assessement Utilizing TDI(Trophic Diatom Index))

  • 김성기;최종윤
    • 한국환경생태학회지
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    • 제33권5호
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    • pp.525-538
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    • 2019
  • 낙동강에 위치한 신규조성 습지의 현황 파악 및 관리 방안 마련을 위한 기초연구의 일환으로 부착규조류의 서식현황과 종다양성을 분석하고 부착돌말영양지수(TDI, Trophic Diatom Index)의 적용가능성을 평가하였다. 조사 기간 동안, 부착규조류는 총 38과 173종이 출현하였으며, 봄과 가을에 각각 156종, 154종으로 비슷한 종수를 나타냈다. 자기조직화지도(SOM)를 활용한 분석 결과, 부착규조류의 분포는 각 습지의 영양염류의 농도와 강우 등의 환경요인에 따라 영향 받는 것으로 나타났다. 클러스터 1의 경우, 대부분 가을시기이며, 총인과 총질소 등의 영양염류의 농도와 부착규조류의 종수 및 풍부도가 낮음에도 불구하고, 부착돌말영양지수가 높은 지점들로 구성되었다. 이와 반대로, 클러스터 4는 봄시기의 지점들이며, 총질소가 높음에도 불구하고 부착돌말영양지수가 낮은 특징을 보였다. 신규조성 습지 대부분이 유입 유출구 기능이 원활하지 않은 점을 감안하면, 여름철에 증가된 유량은 가을철에 영양염류 값을 감소시키며, 탁도 증가로 인해 빛의 유입이 원활하지 않아 부착규조류의 종수와 풍부도가 낮아진다. 이와 반대로, 봄철에는 낮은 수위로 인해 부착규조류가 부착할 수 있는 기질표면이 부족하며, 호오탁성 종이 정착 및 발달하기에 이른 시기이기 때문에 부착돌말영양지수 값이 낮게 측정된다. 다양한 기존 연구에서, 부착돌말영양지수를 서식환경 및 수질 평가지표로 활용하고 있으나, 본 습지는 흐름이 적고 정체수역에 가깝기 때문에 대부분 영양염류 농도가 높아 부착돌말영양지수의 평가지표 가치성은 낮은 것으로 판단된다. 여름강우나 유입 유출 조절부의 기능이 부착규조류의 종다양성과 분포에 영향을 미치는 점을 종합적으로 감안한 지속적이고 주기적인 추가 조사가 필요하다.

KISTI 과학기술정보서비스의 콘텐츠 활용 분석 (A Study on the Content Utilization of KISTI Science and Technology Information Service)

  • 강남규;황미녕
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제21권4호
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    • pp.87-95
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    • 2020
  • 한국과학기술정보연구원(KISTI)가 제공하는 과학기술정보서비스는 일반적인 정보서비스와 유사하게 구축된 콘텐츠를 이용자가 쉽고 편리하게 검색하고 조회할 수 있도록 만들어진 서비스이다. NDSL은 KISTI의 핵심 과학기술정보서비스로서 약 1억 38백만건의 콘텐츠를 제공하고 있으며 2019년 1년간 약 93백만회의 페이지 뷰를 보이고 있다. 본 논문에서는 NDSL이 제공하고 있는 학술논문, 보고서, 특허 등의 과학기술정보가 웹 서비스(https://www.ndsl.kr)를 통해서 어떻게 검색되고 활용되는지와 입력된 검색 질의어 등을 분석을 통해 다양한 인사이트를 도출하였다. 콘텐츠 구축 현황, 콘텐츠 유형별 활용 현황과 활용 방식 등의 일반적인 통계 이외에도 월별/요일별/시간대별 콘텐츠의 이용 행태, 조회수 구간별 활용 콘텐츠의 유형, 콘텐츠 유형별 1회 검색 대비 조회 비율, 학술논문의 발행년도별 이용 현황 비교, 국내 학술논문의 활용과 KCI 영향력 지수와의 관계, 학술논문과 특허 활용에 대한 특징 등 콘텐츠 유형별 활용성에 대한 분석을 진행하였다. 또한 콘텐츠 유형별 검색 질의어의 구성 방식, 질의어의 단어수 분석, 검색 질의어와 시기성의 관계 등의 검색 질의어에 대하여 분석하였으며 NDSL에서는 한글 성명 검색이 많다는 특징도 발견할 수 있었다. 이러한 분석 결과를 토대로 정보시스템 구축 관점에서의 NDSL 서비스 개선 방안을 제안하고자 한다. 본 논문에서는 콘텐츠 활용에 대한 행태 분석 결과를 이용자의 검색 결과에 동적으로 반영, 비로그인 이용자에 대한 식별을 통해 타겟팅 서비스가 가능하도록 시스템을 구축, 질의어 확장하는 등의 것을 NDSL 개선 사항으로 제안하고자 한다.

항공안전 위기관리 모형 구축에 관한 연구 (Modeling the Aviation Safety Risk Management)

  • 홍석진;김연명
    • 대한교통학회지
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    • 제24권1호
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    • pp.19-28
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    • 2006
  • 항공수요의 급속한 팽창으로 항공기 운항의 증가와 공역 및 활주로의 혼잡도 심화로 인해 운영상 위험(Operational risk)이 급증하고 있어 체계적인 항공안전에 대한 위기관리시스템의 구축이 필요하다 항공안전 분야의 선진국일수록 평상시 비상대응체계 및 여러 가지 위험관리기법을 가동함으로써 조직의 긴장감 유지 및 예방안전의 도구로 활용하고 있다. 따라서 항공운송산업의 안전에 대해 총괄적인 관리 감독의 의무가 있는 항공안전본부 차원에서 이와 같은 과학적인 위기관리 모형을 이용한 위기관리체계의 도입이 필요하다. 위험요인분석 기법들은 데이터베이스가 구축되어 있거나, 충분한 정보와 자료가 있는 경우에는 사용될 수 있으나 현재의 국내 여건 상 충분한 자료의 확보가 곤란하여 실용적으로 사용되기가 어려운 것이 현실이다. 따라서 본 연구에서는 현재의 제한된 자료를 사용하여 실현가능 한 위험관리모형을 제시하기 위해 위험인자를 선정하고 각 위험인자에 대한 중요도와 발생빈도를 계산한 후 위험관리 모형을 제시하였다 이러한 위험관리 모형을 통해 항공운송분야에서 주기적 위험관리를 효과적으로 시행하기 위해서는 반드시 국가차원의 광범위한 자료의 수집이 선행되어야 한다.