• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.28-28
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• 2022

This paper presents the first genome assemblies of Philippine mangoes that provide valuable reference for varietal improvement and genomic studies on mango and related fruit crops. WE sequenced whole genomes of3 species, Mangifera odorata (Huani), Mangifera altissima (Paho), and Mangifera indica 'Carabao' (Sweet Elena). 'Carabao' is the major export variety of the Philippines; Paho is identified as vulnerable by the IUCN Red List of Threatened Species; Huani has fruit sap acrid which is the primary defense mechanism against insects and birds. We used Falcon, a diploid aware -de novo assembler to assemble SMRT generated long-read sequences. Falcon-unzip was employed to phase the output assembly producing larger contig sets (primary contigs) and shorter contigs corresponding to haplotypes (haplotigs). Assembly statistics were generated by comparing the assembly to a reference genome, Tommy Atkins, using Quality Assessment Tool (QUAST). Moreover, the extent of duplication and completeness of gene content was measured using Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO). Draft assemblies with high duplications were processed using Purge Haplotigs and Purge Dups to lessen duplications with minimal impact on genome completeness. De novo assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' were then generated with primary contig sizes of 463.64 Mb, 508.95 Mb and 401.51 Mb respectively. These draft assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' showed 96.90%, 95.17% and 99.07% complete BUSCOs respectively which is comparable to 'Tommy Atkins' genome (98.6%). Using two mango transcriptome data (pooled RNA-seq from different mango varieties and tissues), 91-96% or 24-30 million reads were successfully mapped back for each generated assembly indicating high degree of completeness. The results obtained demonstrated the highly contiguous, phased, and near complete genome assembly of three Philippine mango species for structural and functional annotation of gene units, especially those with economic importance.

• 한국환경생태학회지
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• 제35권2호
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• pp.154-163
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• 2021

본 연구는 한국 특산식물이고, IUCN Red List의 EN(위기종) 등급에 속하는 개느삼을 대상으로 자생지 분포, 자생지 분포 예측을 하기 위해 수행되었다. 개느삼의 자생지 분포 조사 결과,강원도 양구군 13곳, 인제군 3곳, 춘천시 2곳, 홍천군 1곳 총 19곳에 분포하는 것을 확인하였다. 우리나라에서 가장 북쪽 자생지는 양구군 임당리, 동쪽 인제군 한계리, 서쪽 춘천시 지내리, 남쪽 홍천군 성동리로 각각 확인되었다. 개느삼 자생지의 해발고도는 169-711m에 분포하는 것으로 나타났고, 평균 해발고도는 375m로 조사되었다. 개느삼 자생지의 면적은 8,000-734,000m²인 것으로 분석되었고, 평균 202,789m²로 조사되었다. 대부분의 개느삼 자생지는 간벌, 가지치기 등과 같은 숲가꾸기가 이루어진 곳으로 조사되었다. 개느삼 잠재 분포지 분석을 MaxEnt 프로그램을 이용하여 수행한 결과, AUC값은 0.9762로 분석되었다. 분포예측 자생지는 강원도 양구군, 인제군, 춘천시, 화천군 지역에 집중되어 분포하는 것으로 나타났다. 자생지 분포예측에 가장 영향을 많이 미치는 변수는 연간강수량, 토양탄소함유량, 최한월 기온으로 분석되었다. 본 연구 결과를 토대로 개느삼은 광량이 풍부하고 능선부에 주로 서식하는 것을 확인하였고, 향후 본 연구결과의 자생지 정보를 토대로 개느삼 자생지를 보전하기 위한 보호지역 지정 등을 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국환경생태학회지
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• 제36권6호
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• pp.639-650
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• 2022

미선나무(Abeliophyllum distichum Nakai)는 오직 한반도 일부 지역에 제한적으로 자생하는 특산식물이며, 지구범위 인 IUCN Red List Endangered로 평가·등재되어 있는 이화주성(distyly, 二花柱性) 특성을 가진 희귀식물이다. 본 연구는 미선나무 자생 개체군 8개 지역과 천연기념물 개체군 6개 지역 등 총 14개 지역의 정량조사 결과를 바탕으로 미선나무 이화주성에 따른 개화 특성과 개체군 크기를 비교·분석함으로써 향후 미선나무 개체군에 적합한 현지 내 보전관리방안 정립을 목적으로 수행되었다. 개체군별 출현 개체는 전수조사하였으며, 각 개체의 화기 형태로 장주화·단주화 개체를 식별해 개화 개체를 현장에서 조사·기록 후 분석하였다. 미선나무 전체 출현 개체 수는 총 13,130개체(개화 7,003개체, 미성숙 6,127개체)로 각 개체군의 장주화·단주화 개화 개체 수 적정 균형 상태가 유의적(P<0.05)이지 않고, 불균형한 상태를 나타냈다. 특히, 영동 개체군은 타 개체군 대비 매우 불균형적 형태를 나타내 타 개체군과 비교했을 때 유전다양성이 낮고, 근친교배 가능성이 클 것으로 추정된다. 관리 단위별 평균 개화·결실률은 각각 자생 개체군 39.0%, 8.5%, 천연기념물 개체군 89.2%, 55.3%로 천연기념물 개체군이 자생 개체군 대비 매우 높게 나타났다. 이는 상층 수관 울폐 차이에 따른 임내 광유입 변화와 관계된 생식 생장 크기 차이로 사료된다. 한반도 내 미선나무 전체 점유면적은 23,224.5m²이었고, 천연기념물 개체군이 자생 개체군 대비 개체군 점유 면적은 작으나 밀도는 상대적으로 높게 나타났다. 일정 면적에 대한 보호시설 설치로 개체군 확산에 제약이 있는 천연기념물 개체군 내 주기적인 관리가 천연기념물 개체군 밀도를 높인 주된 요인일 것으로 추정된다. 미선나무 보전을 위해서는 현재 인위적·유전적 교란이 의심되는 천연기념물 집단을 해제하고, 새로운 보호구역을 신규로 지정함으로써 보전 우선 개체군의 확대가 필요하다. 천연기념물 개체군의 경우 문화재청과 지자체에서 자생지 관리가 이뤄지고 있으나 자생 개체군의 경우 관리 주체가 전무한 실정으로 미선나무 전반적 관리에 대한 제도적 개선이 우선적으로 이뤄져야 할 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제47권1호
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• pp.51-93
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• 2017

동해안 석호는 해수와 담수가 섞인 독특한 형태의 기수호이며, 수변식생이 발달되어 생물다양성이 풍부한 지역이다. 본 연구는 국내에 분포하는 17개소의 석호에 대한 식물상과 식물 종조성 등의 조사를 통하여 석호 식생에 대한 안정적인 보전계획 수립을 위한 기초자료를 제시하고자 한다. 17개소의 석호에 대한 식물상 조사결과, 관속식물은 118과 378속 655종 13아종 46변종 6교잡종, 총 720분류군이 확인되었다. 이중에서 한반도 고유종이 11분류군, 멸종우려 식물이 18분류군, 식물구계학적 특정식물인 IV-V등급 식물이 23분류 군이었다. 남방계식물은 4분류군, 북방계식물은 8분류군으로 조사되었고, 특히 남한 내 희귀식물인 갯활량나물(Thermopsis lupinoides), 기름당귀(Ligusticum hultenii), 벼룩아재비(Mitrasacme alsinoides), 통발(Utricularia australis), 검정납작골풀(Juncus fauriei), 새방울사초(Carex vesicaria), 천도미꾸리광이(Puccinellia kurilensis) 등이 동해안 석호에서 생육하고 있었다. 외래식물은 96분류군이 발견되었다. 한반도 석호는 식물다양성이 풍부하고, 희귀식물 및 식물지리학적 중요한 식물이 관찰된다. 석호의 효과적인 관리와 생물다양성 보전을 위해 체계적인 사항들이 논의되었다.

• 한국환경생태학회지
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• 제32권1호
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• pp.1-22
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• 2018

본 연구의 목적은 백두대간 중 깃대배기봉부터 청화산까지 분포하는 관속식물상을 조사 및 분석하여 우리나라 산림생태계의 보전과 관리를 위한 기초자료 제공에 있으며, 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 전체 조사구간의 식물상은 103과 379속 623종 4아종 121변종 23품종 등 771분류군이며, A구간은 377분류군, B구간은 395분류군, C구간은 278분류군, D구간은 325분류군, E구간은 534분류군, F구간은 406분류군이다. 희귀식물은 모데미풀, 도깨비부채, 꽃창포, 천마 등 32분류군이며, 멸종위기종(CR)은 1분류군, 위기종(EN)은 1분류군, 취약종(VU)은 11분류군, 약관심종(LC)은 18분류군, 자료부족종(DD)은 1분류군이다. 한국특산식물은 무늬족도리풀, 요강나물, 노랑갈퀴, 노각나무, 지리대사초, 두메꿩의밥 등 26분류군이다. 식물구계학적 특정식물은 총 143분류군이며, 이 중 V등급은 3분류군, IV등급은 12분류군, III등급은 41분류군, II등급은 42분류군, I등급은 45분류군이다. 귀화식물은 소리쟁이, 가죽나무, 붉은서나물, 개망초, 왕포아풀 등 41분류군이며, 생태계교란식물은 애기수영, 가시박, 돼지풀, 미국쑥부쟁이 등 4분류군이다. 기후변화 적응 대상식물은 43분류군이며, 특산식물계는 14분류군, 남방계 식물은 2분류군, 북방계 식물은 27분류군으로 나타났다.

• 한국환경복원기술학회지
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• 제17권1호
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• pp.81-90
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• 2014

A Fairy Pitta is a bird known to breed only in mainland China, Taiwan, Japan and Korea and is listed as Vulnerable in the IUCN Red List. We carried out a DNA analysis to contribute to conserve the genetic diversity of Fairy Pitta. 32 samples were collected at Jeju Island, the Korean Peninsula and Taiwan from 2004 to 2013 and DNA was extracted from them and several sequences were amplified-it through PCR. And then we performed the population genetic analysis. We found there was a transversion between nucleotide sequences at CO1 gene, while there was no changes at Cyt-b gene. And we confirmed the polymorphism from two genes was caused from genetic drift not from selection. Through this analysis, the group within the Peninsula was found bigger than other two groups based on the analysis of CO1 gene, and the group from Taiwan was found bigger than other two groups through the analysis of Cyt-b gene. The population genetic structure of mitochondria gene of three group was showing CO1 gene had 5 haplotypes and Cyt-b gene had 6 haplotypes. Haplotype 2 in CO1 gene was found in three group and many individuals of samples had this haplotype. Like CO1 gene, haplotype 2 in Cyt-b gene was found in three group and was included in plenty of individuals. Other haplotypes were not overlaped and broke off among the three groups. To prevent from the extinction of Fairy Pitta and to obtain the genetic diversity, we need to compare with other regional group such as Japan, China and perform additional research in the non-breeding area.

• 환경영향평가
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• 제28권4호
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• pp.347-372
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• 2019

본 연구의 목적은 백두대간의 향로봉에서부터 구룡령까지 분포하는 관속식물상을 조사 및 분석하여 백두대간의 산림생태계 관리를 위한 기초 자료를 제공하기 위함이다. 전체 조사지역의 관속식물상은 95과 321속 549종 4아종 70변종 10품종 등 633분류군이며, 향로봉 일원은 285분류군, 마산봉 일원은 256분류군, 설악산 일월은 318분류군, 점봉산 일원은 281분류군, 북암령과 오색천 계곡 일원은 173분류군, 쇠나드리 일원은 197분류군, 연가리골 일원은 203분류군, 구룡령 일원은 168분류군으로 나타났다. 멸종위기야생식물 II급은 한계령풀과 자주솜대 2분류군이다. 희귀식물의 경우 눈잣나무, 닻꽃, 눈향나무 등 39분류군이며, 멸종위기종(CR)은 2분류군, 위기종(EN)은 7분류군, 취약종(VU)은 10분류군, 약관심종(LC)은 18분류군, 자료부족종(DD)은 2분류군이다. 한국특산식물은 키버들, 홀아비바람꽃, 해변싸리, 고려엉겅퀴, 분취, 지리대사초 등 23분류군이다. 기후변화 적응 대상식물은 48분류군이며, 특산식물은 17분류군, 남방계 식물은 1분류군, 북방계 식물은 30분류군이다. 귀화식물은 닭의덩굴, 유럽점나도나물, 개양귀비, 미국가막사리, 호밀풀 등 32분류군이며, 생태계교란식물은 애기수영, 돼지풀, 단풍잎돼지풀 3분류군이다.

• 한국어류학회지
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• 제31권1호
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• pp.16-22
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• 2019

우리나라 고유종 북방종개 Iksookimia pacifica의 분포양상 및 멸종위협을 평가하기 위하여 처음으로 정밀분포조사를 2017년부터 2018년까지 실시하였다. 북방종개는 조사기간 중 33개 하천, 104개 지점을 조사하여 17개 하천, 46개 지점 (고성군 배봉천~강릉시 군선천)에서 서식을 확인하였다. 서식개체수는 비교적 북천과 배봉천, 화상천, 천진천, 오호천 등에서 비교적 많았으나 사천천과 남천, 강릉남대천 등에서는 적었다. 서식지는 대부분 하천 중 하류의 물이 맑고 유속이 느리며 하상은 모래가 쌓인 소(pool)였으며, 위혐요인은 하천공사와 수질오염으로 추정되었다. 본 결과를 과거 출현기록과 비교하면, 처음으로 삼포천에서 서식을 확인하였으나 주수천과 전천, 삼척 오십천에서는 서식이 확인되지 않았다. 북방종개의 멸종위협을 평가했을 때 서식지가 3세대 동안 19.5%가 감소하고 작은 출현면적 ($1,343km^2$)과 점유면적 ($184km^2$)을 보였지만, 지소수가 많고(18개) 서식범위 내에서 비교적 넓게 퍼져 있으며 개체수도 비교적 많기 때문에 멸종위협 등급은 준위협(NT)으로 평가되었다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2019년도 추계학술대회
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• pp.48-48
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• 2019

Amorphophallus paeoniifolius (Dennst.) Nicolson는 영명으로 Elephant yam 또는 Whitespot giant arum 으로 불리는 천남성과(Araceae) 식물로 동아시아, 뉴기니, 오세아니아, 마다가스카르 등지에서 자생하고 있으며 숲의 가장자리 또는 2차림에서 발견 된다. 다년생 식물로 덩이줄기는 어두운 갈색의 둥근모양으로 직경 20~25 cm로 자라고 수염뿌리가 사방으로 달린다. IUCN 적색목록(Red List)에 관심대상 종(LC: Least Concern)에 속하는 식물이다. 현지인들은 마(Dioscorea Polystachya Turcz.)처럼 채소로 먹기도 하며 약용으로 쓰이기도 하는데 복부장애, 소화불량, 천식, 기관지염, 빈혈 등에 약효가 있다. Amorphophallus paeoniifolius은 $25^{\circ}C{\sim}35^{\circ}C$, 연강수량 1,000~1,500 mm에서 잘 자란다. 가운데 눈이 올라오면서 생장을 시작하고 며칠이 지나서야 잎 또는 꽃으로 자라는지 알 수 있다. 잎의 생육주기는 잎눈이 생장을 시작하면 잎자루 끝에 소엽과 소잎자루가 접힌 채로 올라온다. 소엽들이 펴지면서 완전한 모습을 갖추는데 30일 이상의 생장기간을 갖는다. 잎의 형태는 우상복엽(pinnate compound leaf)으로 우산처럼 보이는 잎 하나로 광합성을 한다. 잎은 최대 높이 2.5~3 m, 너비 3 m까지 자라며, 잎자루의 색은 녹색과 청색으로 얼룩덜룩한 무늬가 있다. 인공환경 조건에서 Amorphophallus paeoniifolius 생활사 중 잎의 주기를 연구하기 위해서 광, 온도 등의 지상부 환경은 열대 및 아열대 식물의 자생지와 유사하게 조성하였고, 지하부 환경은 인공 배합토를 사용하여 조성하였다. 평균온도는 $25{\sim}28^{\circ}C$, 겨울철 최저 $16^{\circ}C$, 여름철 최고 $33^{\circ}C$를 유지 관리 하였다. 자동 환경제어시스템으로 온도 및 환기를 유지 관리하고 필요에 따라 수동제어 관리를 병행하여 조절하였다. Amorphophallus paeoniifolius는 잎을 먼저 생성하고 광합성으로 생산된 영양물질을 덩이뿌리에 저장을 하고 그 영양물질을 이용하여 꽃을 피우는 생육 특성을 지닌다. 실험에 사용된 공시 식물은 2018년 12월 미얀마에서 생체(덩이줄기) 형태로 도입되었다. 화분에 식재 후 약 5개월이 지난 시점에서 잎의 생장이 시작되었다. 2019년 7월 29일 기준으로 높이 80 cm, 너비 60 cm의 크기로 성장하였으며, 생육환경에 따라 3~5개월 뒤 잎이 지고 나면 다시 덩이줄기로 되돌아갈 것으로 판단된다. 하지만 지금까지 이 식물에 알려진 정보는 인공환경에서의 연구가 아닌 자연환경에서의 연구결과이기 때문에 인공적인 온실 환경에서 자란 Amorphophallus paeoniifolius는 잎의 주기는 더 오래 갈 수도 있으며 꽃의 주기 또한 느리거나 빠를 수 있다. 잎의 생장주기(Leaf Cycle)시 잎자루가 낮과 밤의 방향을 달리 하여 자라는 것이 관찰되었다. 이는 광합성을 위해서 잎자루의 방향을 햇빛 방향으로 돌리는 것으로 판단된다. Amorphophallus paeoniifolius를 실내 조경 식물 또는 식 약용의 소재식물로 활용하기 위해서는 꽃의 생장주기 등 추가적인 모니터링과 연구가 필요하다.

• 한국자원식물학회지
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• 제36권5호
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• pp.469-489
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• 2023

충청남도 태안반도의 담수식물상을 파악하기 위해 2020년 4월부터 2022년 4월까지 총 6회에 걸쳐29지점의 담수식물을 조사하였다. 그 결과, 관속식물은 총 94과 248속 362종 5아종 24변종의 391분류군이 확인되었다. 태안의 담수권역에 확인된 수생 및 수변식물은 104분류군으로 그중 수생식물은 45분류군으로 확인되었고, 수변식물은 59분류군으로 확인되었다. 이들을 생활사별로 분류하면 일년생이 33분류군, 월년생이 5분류군, 이년생이 6분류군으로 확인되었으며, 다년생이 60분류군으로 대부분을 차지하였다. 멸종위기식물은 2분류군이 확인되었고, 고유식물은 3분류군, 적색목록종은 5분류군이 확인되었고, 식물구계학적 특정식물은 V급2분류군, IV급4분류군, III급6분류군, II급 20분류군, I급 17분류군이 확인되었다. 국외반출승 인종은 38분류군, 유용식물은 약용, 식용, 사료/퇴비용, 관상용, 산업용 식물이 높은 비율로 구성되었다. 외래식물은 19과 39속 55분류군이 확인되었고, 귀화율은 14.1%, 도시화지수는 13.3%로 확인되었다. 이중 생태계교란식물은 7분류군이 출현하였다. 본 연구 결과는 태안지역 담수환경 및 수생 및 수변식물 분포에 관한 기초자료로 활용하고자 한다.