• 생명과학회지
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• 제22권1호
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• pp.62-73
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• 2012

본 연구는 팽이버섯(Flammulina velutipes)의 국내 균주와 외래 균주간의 유전적 유연관계를 조사하기 위하여 수행되었으며, 계통수 측정 결과 3개 그룹으로 나눠짐을 확인하였다. 20개 F. velutipes 균주들의 ITS region 염기 서열을 확보하였으며, 이들 서열을 바탕으로 multiple alignment를 보았으며, Neighbor-joining method를 이용하여 계통수를 작성하였으며, 2개 그룹으로 나눠짐을 확인하였다. 또한 F. velutipes 4154 균주의 rDNA-cluster를 최초로 분석한 결과, 총 10,974 bp임을 밝혔다. SSU는 1,806 bp, ITS region은 553 bp의 염기배열이 결정되었다. ITS 1 부분은 245 bp이고 ITS 2는 308 bp였으며, LSU에 해당되는 염기서열은 3,402 bp, IGS 1은 1,400 bp, 5S는 83 bp, IGS 2는 3,571 bp임을 확인하였다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제13권4호
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• pp.272-277
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• 2010

Seagrasses are marine angiosperms of ecological importance in providing shelter and food to aquatic species as well as maintaining the carbon cycle on earth. Phyllospadix iwatensis is a seagrass of the family Zosteraceae and is distributed along the eastern coast of Korea. The nucleotide sequences of P. iwatensis nuclear genes encoding 18S ribosomal RNA (rRNA) and internal transcribed spacer-1 (ITS-1) were determined for molecular phylogenetic analysis. Genomic DNA was isolated from P. iwatensis and used for PCR amplification of 18S rRNA and ITS-1. Examination of the 18S rRNA sequence of P. iwatensis showed a close (99% similarity) relationship to Zostera noltii, another genus of Zosteraceae, but a distant (84% similarity) evolutionary relationship to other macroalgal Laminariales species. Further discrepancies found in ITS-1 nucleotide sequences between closely related species indicate that the sequence information could be used for species identification.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권1호
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• pp.161-168
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• 2006

제주도에 자생하는 부채 선인장인 백년초의 기원 규명을 목적으로 ITS primer를 이용하여 685 bp의 ITS 영역을 분리하였다. ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 18S rRNA의 길이는 54 bp, 26S rRNA는 55 bp, ITS1은 193 bp, ITS2는 220 bp로 구성되어 있었다. 백년초 ITS 영역은 기존에 보고된 Cucurbitoideae 식물들의 ITS 영역에 비하여 ITS2 스페이서 영역의 239-254 bp보다는 다소 짧았다. 그러나 이들 스페이서 영역의 GC 함량은 백년초의 경우 ITS1은 66.8%, ITS2의 경우에는 67.7%로 Cucurbitoideae 식물들에서 보다 높은 GC 함량을 나타내었다. 백년초 선인장의 rDNA 영역에 가장 높은 상동성을 나타낸 것은 같은 Opuntioideae에 속하는 Pereskiopsis porteri(L78037)로 95%의 유사도를 나타내었다. 백년초 rDNA Clustal W 프로그램을 이용하여 유연관계를 조사한 결과 같은 Opuntioideae에 속하는 Pereskiopsis porteri(L78037)와 같은 cluster로 분리되었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제25권5호
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• pp.543-549
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• 2012

대청의 이용성 향상을 위한 자료 확보 측면에서 식물체 부위 및 추출 용매별에 따른 항산화 효소 활성 및 항균효과를 조사하였다. APX(Ascorbate Peroxidase) 활성은 줄기의 에탄올 추출물, 잎의 메탄올 추출물, 잎의 증류수의 추출물 순으로 높아 각각 1601.7, 1133.7 및 524.3(Unit/mg protein)을 나타냈다. CAT(Catalase) 활성은 꽃의 에탄올 추출물, 잎의 메탄올 추출물, 꽃의 증류수 추출물 순으로 높았는데, 각각 177.1, 120.8 및 55.4(Unit/mg protein)를 나타냈다. POD(Ascorbate Peroxidase) 활성은 꽃의 에탄올 추출물, 꽃의 메탄올 추출물, 줄기의 증류수 추출물 순으로 높았으며, 각각 27.1, 14.6 및 10.4(Unit/mg protein)를 나타냈다. SOD(superoxide dismutase) 활성은 뿌리의 증류수 추출물, 꽃의 메탄올 추출물, 뿌리의 에탄올 추출물 순으로 높았으며, 각각 90.8, 80.1, 75.5%를 나타냈다. 대청의 꽃 추출물은 Vibrio parahaemolyticus에 대해서만, 뿌리는 Staphy lococcus aureus에 대해서만, 줄기 추출물은 Bacillus subtilis, Escherichia coli, Staphy lococcus aureus에 대해서만 용매에 관계없이 항균활성을 나타냈다. 특히 대청 잎의 증류수 추출물은 Bacillus subtilis, Escherichia coli에 대해 높은 항균활성을 나타내어 저해환 직경이 각각 30.0 및 24.0 mm이었다. 이와 같은 결과는 약용식물로서 대청의 가치가 높음을 시사해 주었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제25권1호
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• pp.96-104
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• 2012

한국산 담배풀속(Carpesium L.) 7분류군과 3개의 외군(Inula britannica L., Inula germanica L., Rhanteriopsis lannginosa(DC.) Rauschert)을 대상으로 유연관계를 파악하기 위하여 nuclear ribosomal DNA(nrDNA) 중 ITS(internal transcribed spacer) 지역의 계통분류학적 분석을 수행하였다. 계통분류학적 연구방법은 maximum parsimony, neighbor-joining와 maximum likelihood 방법을 사용하였다. 정렬된 계통분의 총 길이는 731 bp이며, ITS1, ITS2와 5.8S 부위의 길이는 각각 284~297 bp, 264~266 bp와 164 bp로 나타났다. 계통분류학 변이를 보이는 site는 111개로 확인 되었으며, 그 중 64개의 site가 계통학적으로 유효한 것으로 나타났고, ITS1 지역이 ITS2 지역보다 염기 변이가 다양하게 나타나는 것으로 확인되었다. 그 결과, 한국산 담배풀속은 단계통을 형성하였으며, 담배풀(C. abrotanoides L.)이 가장 기저부에 위치하였다. 여우오줌(C. macrocephalum Franch. & Sav.)와 두메담배풀(C. triste Maxim.)은 가까운 유연관계를 나타냈으며, 애기담배풀(C. rosulatum Miq.)와 천일담배풀(C. glossophyllum Maxim.) 그리고 좀담배풀(C. cernuum L.)와 긴담배풀(C. divaricatum Siebold & Zucc.)도 유연관계가 가깝게 나타났다. 이와 같은 결과로 담배풀속 nrDNA의 ITS 지역 염기서열에 기초한 분자 계통학적 연구는 계통분류를 이해하는데 유용한 방법으로 판단된다.

• 한국균학회지
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• 제33권1호
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• pp.1-10
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• 2005

본 연구는 강원도 지역에서 채집한, 구름버섯균으로 예상되는 19종의 실험균주의 외부형태와 내부구조의 특징을 파악하여 동정하고, 구름버섯균(Trametes versicolor)의 형태적 특징과 rDNA상의 ITS염기서열간의 상관관계 유무를 확인하기 위하여 Trametes versicolor와 동일 속(Genus)에 속하며 계통학적 유연관계가 가까운 Trametes villosa KCTC06866, Trametes suaveolens KCTC 26205, Trametes hirusta KCTC26200, Trametes versicolor KCTC16781 및 KCTC26203의 4종-5균주와 함께 rDNA의 Internal Transcribed Spacers(ITS1 과 ITS2)영역의 염기서열을 비교 분석하였다. 분석결과, 채집된 실험균주는 Trametes versicolor KCTC16781 및 KCTC26203과의 염기차이가 $0{\sim}6$개로 매우 유사한 근연한 양상을 나타내었고 계통도를 분석한 결과, 구름버섯으로 예상된 실험균주들과 Trametes versicolor 종들이 단계통군을 이루어 실험균주는 모두 동일종으로 확인되었으며, Trametes hirusta KCTC26200, Trametes suaveolens KCTC26205 그리고 Trametes villosa KCTC06866는 측계통을 이루었다. 채집된 19종의 균주는 외형상 다양한 채색과 무늬를 갖고 있으나 ITS1과 ITS2 영역의 염기서열을 분석한 계통수에서는 Trametes versicolor간의 색깔이나 무늬는 ITS1 및 ITS2의 염기서열과는 직접적인 유연관계가 없었다.

• 생명과학회지
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• 제22권8호
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• pp.1120-1125
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• 2012

국내에 자생 중인 큰엉겅퀴(Cirsium pendulum)를 강원도의 홍천, 원주, 평창, 양양 및 경기도 가평과 충청북도의 충주에서 채취하고, 고려엉겅퀴(Cirsium setidens)를 강원도의 태백 및 경상북도의 봉화에서 채취하였다. 채취된 식물들의 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열을 분석하였다. 이렇게 얻어진 염기서열을 GenBank에 등록하고, 서로 비교해 보았다. 그 결과 큰엉겅퀴는 6개체 모두에서 18S rDNA 및 5.8S rDNA의 염기서열은 서로 완전히 일치하고 있으나, ITS1과 ITS2의 염기서열에서는 약간의 차이를 보였다. 고려엉겅퀴의 경우에는 18S rDNA, ITS1 및 ITS2에서 2개체가 서로 비교적 큰 차이를 보였다. 일본의 홋카이도에서 채취된 큰엉겅퀴와 중국의 안휘성에서 채취된 엉겅퀴(Cirsium japonicum)를 포함하여서 ITS1과 ITS2 염기서열을 비교한 결과, 엉겅퀴, 큰엉겅퀴, 고려엉겅퀴는 확연하게 서로 다른 그룹을 형성하는 것으로 나타났다. 또한 채취된 큰엉겅퀴 및 고려엉겅퀴들의 silymarin 함량을 분석해 본 결과, 모두에서 그 함량이 2 mg/ml가 넘는 것으로 나타났다. 따라서 엉겅퀴뿐만 아니라 큰엉겅퀴나 고려엉겅퀴도 여러 가지 약리작용을 가진 것으로 보고된 silymarin을 상당히 높은 농도로 함유하고 있는 것으로 나타났다.

• 한국자원식물학회지
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• 제35권2호
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• pp.346-361
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• 2022

독성 식물로 인한 식중독 사고는 매년 발생하고 있으며, 일부 독성 식물은 식용 식물로 오인 섭취되어 식중독을 유발하기 때문에 독성 식물의 정확한 종 식별이 요구되고 있다. 이러한 요구에 따라 감정기관에서는 독성 식물의 종 식별에 적합한 DNA 바코드를 찾아 신속하고 정확한 종 식별에 활용할 수 있는 데이터베이스를 구축하는 것이 필요한 실정이다. 따라서 본 연구는 다양한 독성 식물에서 DNA 바코드 구간의 염기서열을 확보하고, 각각에 적합한 DNA 바코드를 확인하여 데이터베이스를 구축하고자 하였으며, 기초 연구로써 제주도에 자생하는 독성식물 19종을 선정하여 7개의 DNA 바코드 (trnH-psbA, trnL-trnF, trnL intron, rbcL, matK, ITS1-ITS4, 18S rRNA)를 이용한 종식별을 수행하였다. 종 식별 결과 trnL-trnF 바코드와 ITS1-ITS4 바코드가 PCR 증폭 및 염기서열 획득에 가장 용이하였으며, 두 개의 바코드를 조합하여 사용하면 19종 중 18종의 식물에서 단일 종 식별이 가능하였다. 따라서 미지의 독성 식물에 대한 감정이 의뢰되었을 때 trnL-trnF 바코드와 ITS1-ITS4 바코드를 조합하여 사용하면 신속한 종 식별에 도움이 될 것으로 사료된다. 본 연구에서 제시된 독성식물 19종의 염기서열 및 DNA 바코드 데이터베이스는 더욱 신속하고 정확한 독성 식물의 종 식별 감정에 도움이 될 것이다.

• 한국ITS학회지
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• 제1권1호
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• pp.15-27
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• 2003

• 한국ITS학회지
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• 제1권1호
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• pp.33-39
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• 2003