• 제목/요약/키워드: ITS-2

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국내에 자생하는 큰엉겅퀴와 고려엉겅퀴의 분자유전학적 및 화학적 분석 (Phylogenetic and Chemical Analyses of Cirsium pendulum and Cirsium setidens Inhabiting Korea)

  • 유선균;배영민
    • 생명과학회지
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    • 제22권8호
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    • pp.1120-1125
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    • 2012
  • 국내에 자생 중인 큰엉겅퀴(Cirsium pendulum)를 강원도의 홍천, 원주, 평창, 양양 및 경기도 가평과 충청북도의 충주에서 채취하고, 고려엉겅퀴(Cirsium setidens)를 강원도의 태백 및 경상북도의 봉화에서 채취하였다. 채취된 식물들의 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열을 분석하였다. 이렇게 얻어진 염기서열을 GenBank에 등록하고, 서로 비교해 보았다. 그 결과 큰엉겅퀴는 6개체 모두에서 18S rDNA 및 5.8S rDNA의 염기서열은 서로 완전히 일치하고 있으나, ITS1과 ITS2의 염기서열에서는 약간의 차이를 보였다. 고려엉겅퀴의 경우에는 18S rDNA, ITS1 및 ITS2에서 2개체가 서로 비교적 큰 차이를 보였다. 일본의 홋카이도에서 채취된 큰엉겅퀴와 중국의 안휘성에서 채취된 엉겅퀴(Cirsium japonicum)를 포함하여서 ITS1과 ITS2 염기서열을 비교한 결과, 엉겅퀴, 큰엉겅퀴, 고려엉겅퀴는 확연하게 서로 다른 그룹을 형성하는 것으로 나타났다. 또한 채취된 큰엉겅퀴 및 고려엉겅퀴들의 silymarin 함량을 분석해 본 결과, 모두에서 그 함량이 2 mg/ml가 넘는 것으로 나타났다. 따라서 엉겅퀴뿐만 아니라 큰엉겅퀴나 고려엉겅퀴도 여러 가지 약리작용을 가진 것으로 보고된 silymarin을 상당히 높은 농도로 함유하고 있는 것으로 나타났다.

Phylotype에 의한 수종의 Phellinus속의 분류체계 확립 및 종간구별을 위한 신속동정법 개발 (Taxonomical Classification and Species-specific Detection of Genus Some Phellinus using Phylotype)

  • 김성윤;이재윤;김기영;이기원;박재민;김문옥;이태호;이재동
    • 한국균학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.121-128
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    • 2003
  • 국내 유통균주에 대한 Phellinus속의 분류체계를 확립하고 종간구별을 위한 신속동정법을 개발하기 위해 계통학적 정보를 지니고 있는 ITS1, 5.8S rRNA및 ITS2부위의 염기서열을 밝히고 ITS1과 ITS2 부위의 다양한 염기서열을 이용하여 종 특이적인 유전자 탐침을 개발하였다. 본 연구에서 조사된 바에 의하면, 상황버섯으로 시판되고 있는 국내유통균주는 총 9균주로서 P. pini가 4종, P. baumii가 3종, P. igniarius와 P. linteus가 각각 1종으로 확인되었으며 P. gilvus은 조사되지 알았다. 그 중 P. pini는 대부분 중국에서 수입된 제품이었고 P. igniarius를 포함한 P. baumii는 주로 북한산 제품으로 조사되었다. 한편 P. linteus와 P. baumii는 변이가 높은 ITS1 , ITS2 부위에서도 다른 종에 비하여 높은 상동성을 나타내어 종 특이적인 유전자 탐침이 유효하지 않은 반면에 P. igniarius, P. pini, P. gilvus종에 대한 detection primer로 각각 IF1-IR3, PF1-PF3, GF2-FR4 primer는 유전자 탐침이 유효함을 확인하였다. 유연관계가 아주 가까운 P. linteus와 P. baumii에 대한 정확한 분석을 위해서는 변이가 심한 ITS 부위와 보존성이 높은 18S rDNA 부위의 염기서열을 함께 분석, 비교하여야 가능하리라 사료된다.

3종의 페루산 entomopathogenic fungi의 전자현미경적 구조와 ITS1, 5.8S ribosomal RNA gene, ITS2의 염기서열 다양성 (Comparison of scanning electron microscopic structures and nucleotide sequences variation of ITS1, 5.8S ribosomal RNA gene and ITS2 region in three Peruvian entomopathogenic fungal isolates)

  • 한상훈;남성희;이희삼;여주홍
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제51권2호
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    • pp.137-141
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    • 2013
  • ITS 1, 2, 5.8S ribosomal RNA gene 염기서열 분석과 주사전자현미경 구조 분석을 통해 3종의 페루산 곤충병원성진균들의 동정을 수행하고자 하였다. 이를 위해 두개의 ITS 부위와 5.8S rRNA gene 부위를 포함하는 PCR product를 증폭하여 염기서열 분석을 수행하였으며 분석된 염기서열을 이용하여 NCBI의 BLAST를 이용하여 가장 높은 상동성을 보이는 종들의 ITS1-5.8S-ITS2 염기서열 정보와 비교분석을 위한 근연종들의 염기서열 정보를 다운로드하여 neighbor joining 분석을 수행하였다. 이를 통해 5.8S rRNA 유전자 염기서열은 속 수준에서도 거의 차이를 보여주지 않을 정도로 매우 안정적으로 보존되어 있음을 확인할 수 있었으며 종간 구분이 모호한 결과를 보여주었다. 그와 반대로 ITS 부위의 염기서열은 종에 매우 특이적임을 확인할 수 있었으며, 비교분석에 사용된 Beauveria bassiana strain 간의 차이는 확인할 수 없었다. ITS 염기서열 분석결과를 뒷받침하고자 곤충병원성 진균류의 동정을 위한 분류 key로 사용되는 미세구조 관찰을 위해 주사전자현미경 관찰과 광학현미경 관찰을 통해 B. bassiana 및 Lecanicillium attenuatum의 전형적 구조를 관찰할 수 있었다.

Physical Properties of MoS2

  • 이창구
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2013년도 제45회 하계 정기학술대회 초록집
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    • pp.100-100
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    • 2013
  • Among recently discovered 2-dimensional materials, molybdenum disulfide has fascinating physical properties. It is atomically thin and is a semiconductor with with a similar level of bandgap with silicon. Especially, its properties get interesting when it becomes thinner. Its bandgap goes through bandgap transition from indirect to direct gap. Also its gap size increases as its thickness decreases. In this talk, I am going to present our recent work on characterization of its electrical and optical properties. We used Raman and PL spectroscopy to observe its property dependence on thickness. We fabricated electrical devices to study optimal condition for MoS2 devices. Also we synthesized large-area MoS2 films for devices applications.

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Identification of Genes Suitable for DNA Barcoding of Morphologically Indistinguishable Korean Halichondriidae Sponges

  • Park, Mi-Hyun;Sim, Chung-Ja;Baek, Jina;Min, Gi-Sik
    • Molecules and Cells
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    • 제23권2호
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    • pp.220-227
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    • 2007
  • The development of suitable genetic markers would be useful for defining species and delineating the species boundaries of morphologically indistinguishable sponges. In this study, genetic variation in the sequences of nuclear rDNA and the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 and 3 (CO1 and CO3) regions were compared in morphologically indistinguishable Korean Halichondriidae sponges in order to determine the most suitable species-specific molecular marker region. The maximal congeneric nucleotide divergences of Halichondriidae sponges in CO1 and CO3 are similar to those found among anthozoan cnidarians, but they are 2- to 8-fold lower than those found among genera of other triploblastic metazoans. Ribosomal internal transcribed spacer regions (ITS: ITS1 + ITS2) showed higher congeneric variation (17.28% in ITS1 and 10.29% in ITS2) than those of CO1 and CO3. Use of the guidelines for species thresholds suggested in the recent literature indicates that the mtDNA regions are not appropriate for use as species-specific DNA markers for the Halichondriidae sponges, whereas the rDNA ITS regions are suitable because ITS exhibits a low level of intraspecific variation and a relatively high level of interspecific variation. In addition, to test the reliability of the ITS regions for identifying Halichondriidae sponges by PCR, a species-specific multiplex PCR primer set was developed.

Phylogenetic Relationship among Several Korean Coastal Red Tide Dinoflagellates Based on their rDNA Internal Transcribed Spacer Sequences

  • Cho, Eun-Seob;Kim, Gi-Yong;Park, Hyung-Sik;Nam, Byung-Hyouk;Lee, Jae-Dong
    • Journal of Life Science
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    • 제11권2호
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    • pp.74-80
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    • 2001
  • The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer regions (ITS1 and ITS2) of ribosomal DNA (rDNA), and the 5.85 rRNA gene, have been determined for 13 strains of dinoflagellates in order to analyze the phylo-genetic relationship. The DNA sequences contained considerable variation in the ITS regions, but little in the 5.85 rDNA. In addition, the ITS1 was more variable than the ITS2 in all species examined. The nucleotide length of this region varied from 519 bp to 596 bp depending on the taxa. The investigated taxa were divided into three large groups based on the ITS length, i. e., a group with short ITS region (A. fraterculus and Alexandrium sp.), a with ITS region group (P. micans, P. minimum and P. triestinum) and a with ITS region group (G. impudicum, C. polykrikoides, G. sanguineum, G. catenatum and H. triquetra). The relationship between nucleotide length of ITS1 and that of ITS2 was negative, whereas G+C content and nucleotide length showed positive correlation. In phylogenetic analyses producing NJ trees, the topology was similar cluster and clearly divided the taxa into three groups based on 5.8S rDNA that were similar to those based on morphological characteristics. In particular, G. impudicum was more closely related to G. catenatum than to C. polykrikoides using phylogenetic analysis. From this study, we chew that the length of ITS region contributes to discriminate Korean harmful algal species and ITS analysis is a useful method for resolving the systematic relationships of dinoflagellates.

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차량 시뮬레이터를 이용한 철도건널목 운전행태에 관한 연구 (A study on driver experience to railway crossings in driving simulator)

  • 김인희;이선하
    • 한국ITS학회 논문지
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    • 제13권2호
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    • pp.57-67
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    • 2014
  • 최근 10여년 사이 컴퓨터의 성능 향상과 기술의 발전으로 현실에서 일어날 법한 여러 가지 상황들을 가상환경을 통해 선험 할 수 있게 되었다. 교통 분야에서도 가상환경을 활용하여 다양한 시나리오 하에서 운전자의 행태를 파악하는 연구들이 많이 수행되고 있다. 본 연구는 운전 시뮬레이터를 이용하여 철도 건널목 안전수행 평가를 위한 실험을 실시하였다. 세 종류의 ITS 안전장치들이 운전자에게 어떠한 영향을 주는지를 파악하였고, 실험에 참가한 운전자들에게 각 안전장치에 대한여러 가지 설문조사를 진행하였으며, 이에 대한 평가가 이 논문의 목적이다. 각 실험 참가자들은 각 20여 분간 3 번의 운행을 하게 되는데, 무작위 순서로 2번은 기존 철도 건널목을 건너고, 1번은 ITS 안전창치를 사용하면서 운행하였다. 실험 전, 참가자들은 기존 철도건널목이 안전하지 않아 보인다고 답하였고, 자신, 혹은 타인들이 출동사고를 일으킬 확률이 높을 것 같다고 응답하였다. 실험 후, ITS 안전장치를 이용하는데 어려움이 있는지에 대한 질문에는 ITS 3 (도로 발광 표지병)을 이용하였을 때, 가장 수월한 적응도를 보였다. 또한, ITS 안전장치는 3종 철도건널목에서 큰 효과를 나타낸다고 응답하였다.

분뇨처리장 방류수정화 갈대습지셀의 초기운영단계 질산성질소 제거 (NO3-N Removal of A Reed Wetland Cell Constructed for Purifying Effluent from A Night Soil Treatment Plant During Its Initial Operating Stage)

  • 양홍모
    • 한국환경복원기술학회지
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    • 제7권5호
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    • pp.100-106
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    • 2004
  • $NO^3$-N removal was examined from July 2002 to December 2002 of a surface-flow constructed treatment wetland cell, which was a part of a treatment wetland system composed of four wetland cells and one distribution pond. The system was established on rice paddy near the Kohung Estuarine Lake located at the southern part of the Korean Peninsula. The lake and the paddy were formed by a salt marsh reclamation project. Effluent from a secondary-level treatment plant was funneled into the system. The investigated cell was created in June 2002. Its dimensions were 87 m in length and 14 m in width. It had an open water zone at its center, which was equivalent to 10 percent of its total area. Reeds(Phragmites australis) were transplanted from natural wetlands into the cell and their stems were cut at about 40 cm height from their bottom ends. Average 25 $m^3$/day of effluent from the plant was funneled into the cell by gravity flow and average 24.2$m^3$/day of its treated effluent was discharged into the Sinyang Stream flowing into the lake. Its water depth was maintained about 0.2 m and its hydraulic detention time averaged 5.2 days. The average height of the reed stems was 45.2 cm in July 2002 and 80.5 cm in September 2002. The number of stems averaged 40.3 stems/$m^2$ in July 2002 and 74.5 stems/$m^2$ in September 2002. The reeds were established initially well. $NO_3$-N loading rate of influent and effluent averaged 173.7 and $93.5mg/m2{\cdot}day$, respectively. Removal of $NO_3$-N averaged $80.2mg/m2{\cdot}day$ and its removal rate by mass was about 50 %. Considering the initial operation of the cell and the inclusion of the cold months of November and December in the analysis period, the $NO_3$-N removal rate was good.

전자빔 증착법으로 제작한 Se박막의 광학적 특성 (Optical characteristics of Se thin film fabricated by EBE method)

  • 정해덕;이기식
    • E2M - 전기 전자와 첨단 소재
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    • 제9권5호
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    • pp.445-449
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    • 1996
  • Structural and optical characteristics in Se thin film fabricated by EBE method had been studied. Se thin film was deposited with noncrystalline until substrate temperature of >$100^{\circ}C$ Color of its surface had red genealogy, and its optical energy band gap was about 2.45 eV. But Se film was grown with monoclinic at substrate temperature of over >$150^{\circ}C$ Also, color of its surface had gray genealogy, and its optical energy band gap was about 2.31 eV. Finally, after heat-treatment at >$150^{\circ}C$ for 15 min with substrate temperature of >$100^{\circ}C$ noncrystalline Se was proved to be hexagonal, and color of its surface had dark gray genealogy, and its optical energy band gap was about 2.06 eV. From the results, it was known that Se thin film for photoelectric device with the lowest optical energy band gap was accepted from hexagonal structure.

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