• 한국산림과학회지
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• 제89권4호
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• pp.536-542
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• 2000

소나무 단일개체에서 채취한 풍매종자 중 임의로 선택한 96개의 반수체 genome을 이용하여 RAPD 및 I-SSR PCR 증폭산물을 분석하였다. RAPD 분석용 primer 200개와 I-SSR 분석 용 primer 90개를 screen하여 증폭산물의 분획양상이 선명한 RAPD primer 45개와 I-SSR primer 22개를 선택하여 PCR을 수행하였다. 45개의 RAPD primer중 25개와 22개의 I-SSR primer중 18개를 사용한 PCR 분석결과에서 멘델의 유전양식을 만족하는 52개 (2.08/primer)와 46개 (2.56/primer)의 다형성 유전자좌를 각각 확인하였다. 멘델의 유전양식을 만족하는 96개의 다형성 유전자좌를 대상으로 LOD 3.0에서 two-point 연관분석을 수행한 결과 총 63개(35개의 RAPD와 26개의 I-SSR)의 유전자화가 20개의 연관군에 속하는 것이 확인되었다. 총 연관거리는 1097.8 cM이었으며, 유전자좌간 평균연관 거리는 25.5 cM, 최소 및 최대연관 거리는 각각 4.3 cM 및 54.9 cM이었다. 그리고 20개의 연관군 중 14개의 연관군이 RAPD와 I-SSR 유전자좌의 통합에 의해서 형성된 연관군이었다. 즉, 52개의 RAPD와 46개의 I-SSR 유전자좌를 각각 분석한 결과보다 길고 새로운 연관군이 형성되었다. 보다 정밀한 유전자 연관지도를 작성하기 위해서는 보다 많은 수의 DNA marker가 필요하다고 판단되며, 본 연구의 결과는 소나무의 유용 유전자의 확인 및 생장과 재질과 같은 유용형질에 대한 QTL의 위치를 결정하는 데 기초자료가 될 것이다.

• 한국균학회지
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• 제28권1호
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• pp.32-37
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• 2000

본 연구는 국내 주요 송이 산지에서 생산되는 송이{Tricholoma matsutake(S. Ito et Imai) Sing}의 개체간, 그리고 지역간 유전적 다양성을 구명하기 위하여 실시하였다. 경상북도의 봉화, 울진, 고령, 청도의 4개 지역, 경상남도의 창녕, 하동, 함양의 3개 지역, 강원도의 양양, 인제의 2개 지역, 충청북도의 괴산, 전라북도의 남원을 포함하여 총 11개의 송이 산지를 대상으로 1994년부터 1997년까지 산지별로 $3{\sim}8$개의 균환에서, 그리고 각 균환마다 2개의 자실체를 채집하여 6개의 primer를 이용하여 Inter Simple Sequence Repeat Polymerase Chain Reaction(I-SSR PCR)법을 이용하여 자실체의 유전적 특성을 조사하였다. 그 결과 총 131개의 DNA band가 재현성 있게 나타났다. 또한 산지간의 유연관계를 살펴보기 위하여 Nei의 genetic distance를 이용하여 UPGMA tree를 작성하였다. I-SSR PCR법을 이용하여 DNA를 분석한 결과, 산지간의 유전적 변이는 12.9%에 불과한 반면 산지 내 개체간 변이가 87.1%로 나타났다. 유집 분석 결과는 11개 송이 산지를 제 I 그룹(양양, 함양, 인제, 하동, 울진), 제 II 그룹(남원, 창녕, 청도), 제 III 그룹(고령), 제 IV 그룹(봉화, 괴산)의 4개 그룹으로 분류하였다. 송이의 유전적 다양성, 집단간의 유전적 차이를 나타내는 수치인 Fst 값이 0.13이므로 집단간의 유전적 변이를 어느 정도 나타낸다고 결론짓는다.

• 한국산림과학회지
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• 제90권2호
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• pp.169-175
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• 2001

6개지역에 식재된 은행나무 182개체의 잎으로부터 DNA를 추출하여 I-SSR과 RAPD 표지자를 분석하였다. 15개 I-SSR primer를 사용하여 PCR을 수행해서 227개의 증폭산물 변이체를 확인하였고, 5개 RAPD primer를 사용하여 67개의 증폭산물 변이체를 확인했다. 6개 집단에 있어서 집단내의 유전적 다양성 정도는 유사한 것으로 나타났다(Shannon's Index, I-SSR : 0.35~0.40; 평균 0.38, RAPD : 0.31~0.38; 평균 0.35, 통합 : 0.35~0.40; 평균 0.37). 3개의 자료(I-SSR 표지자, RAPD 표지자 및 통합 자료)로부터 평가된 유전적 다양성 정도의 등급은 상호간에 일치하지 않았다. 유전적 다양성의 대부분이 집단내 개체간에 존재하는 것으로 나타났으며(I-SSR : 94.31%, RAPD : 93.62%, 통합 : 93.57%), 결과로써 집단간 분화정도는 상당히 낮게 나타났다. 수나무와 암나무 그룹간의 유전적 분화정도는 매우 낮았으며(I-SSR : 0.03, RAPD : 0.091, 통합 : 0.043), 수나무와 암나무들 동시에 채집한 3개 지역만을 대상을 분석했을 경우에는 약간의 변동이 있었다(I-SSR : 0.038, RAPD : 0.084, 통합 : 0.047). UPGMA법을 이용해서 분석한 집단간의 유전적 유연관계는 지리적 거리와 일치하지 않았는데, 이는 몇몇 지역들이 종자 공급원을 공유하고 있기 때문일 것으로 추정된다. I-SSR과 RAPD data를 성별로 재편성해서 유집분석을 수행한 결과, 모든 수나무 집단들과 암나무 집단들이 각각 별개의 성별 분지군을 형성하는 양상을 보였으나, 2개의 data를 통합해서 유집 분석을 수행했을 경우에는 성에 따른 명백한 분지군이 형성되지 않았다.

• 한국균학회지
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• 제42권2호
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• pp.159-164
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• 2014

큰느타리 품종구분을 위한 마커의 개발을 위하여 큰느타리 전체 유전자 염기서열을 바탕으로 제작한 484개의 SSR마커를 사용하여 다형성 분석을 실시하였다. 그 결과 각 275개의 primer에서 다형성이 관찰되었다. 이 중 품종간에 다양한 패턴을 나타내는 5개의 마커를 최종 선발하였다. 이들 마커의 PIC 값은 0.6627에서 0.6848로 나타났고, 평균값은 0.6775였다. 이 결과를 밴드 이미지 인식 방법으로 dendrogram을 작성하였다. UPGMA 집괴분석 결과, 큰느타리 품종은 크게 Cluster 1과 Cluster 2로 구분되었다. SSR primer를 이용한 PCR 결과 나타나는 품종별 고유의 DNA 밴드를 품종특이적 마커로 개발하기 위하여, 선발된 마커중에서 SSR312과 SSR366, SSR178과 SSR 277 마커를 조합하여 초위성체 유래 다중 표지 세트를 개발하였다. Multiplex-SSR 마커의 사용을 통해 두번의 PCR 반응만으로 본 연구에서 사용된 12개의 큰느타리 품종을 구분할 수 있었다.

• 한국산림과학회지
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• 제87권3호
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• pp.422-428
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• 1998

구상나무 개체목으로부터 채취한 48개의 배유조직을 이용해서 PCR 방법에 의해 생성된 inter-simple sequence repeats(I-SSR) 표지자를 분석했다. 예비실험에서 6개의 배유조직을 이용해서 35개의 primer를 검색했으며, 그들 중에서 PCR 반응이 가장 잘되는 19개 primer를 선정해서 48개 배유조직을 이용한 본 실험에 사용했다. 카이자승 검정 결과, 19개 primer에 의해 증폭된 51개의 증폭산물이 5% 유의 수준에서 멘델의 분리비(1:1)에 따라 차대에 유전됨을 확인할 수 있었다. 멘델 유전자좌로 확인된 51개 표지자들의 게놈내 분포양상을 확인하기 위해서 연관분석을 수행한 결과, 51개 유전자좌들이 상호간에 서로 연관되어있지 않은 것으로 확인되어 이들이 전체 게놈상에 고르게 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 관찰된 51개 유전자좌들이 게놈상에 고르게 분포하고 있다는 특성 때문에 게놈상의 특정부위에 편중되지 않은 유전정보를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 즉, 기존의 RAPD 표지자들 중 상당수가 독립적인 연관군을 형성하는 것으로 알려져 있기 때문에 이들 연관군이 위치한 특정 부위의 DNA를 증폭하여 분석하는 RAPD 표지자에 비해서 I-SSR 표지자들이 유전 다양성을 추정하는데 더 유용한 표지자로 활용될 수 있을 것으로 생각되며, 이들 표지자들이 독립적인 진화의 과정을 겪을 것으로 기대되기 때문에 cladistic 방법에 의해 진화적 유연관계를 추정하는데 더 적합한 표지자로 생각된다.

• 원예과학기술지
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• 제33권1호
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• pp.93-105
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• 2015

본 연구는 수박의 EST-SSR 마커를 이용하여, 네 개의 주요 박과(Cucurbitaceae) 작물인 수박, 호박, 오이, 멜론의 유연 관계를 분석하고 마커의 타 박과 작물에 활용 가능성을 알아보기 위해 수행되었다. Cucurbit Genomics Initiative(ICuGI) database로부터 선발된 120 EST-SSR 프라이머 중 51(49.17%)가 PCR이 성공하였고, 49(40.8%)가 8개 박과 유전자원에서 다형성을 보였다. 총 24개 박과 유전자원을 24개 EST-SSR 프라이머로 분석한 결과 총 382개 대립유전자 특이적 PCR 밴드를 얻었으며, 이를 토대로 짝유사행렬과 계통도를 작성하였다. 짝유사행렬의 범위는 0.01-0.85였으며, 작성된 계통도에서 24개 유전자원이 두 개의 주요그룹(Clade I, II)으로 분류되었다. Clade I은 다시 수박으로 구성된 하위집단 I-1[I-1a, I-1b-2: 각 1개와 2수박 야생종(Citrullus lanatus var. citroides Mats. & Nakai)으로 구성, I-1b-1: 6개수박 재배종(Citrullus lanatus var. vulgaris Schrad.)로 구성]과 멜론과 오이로 구성된 하위집단I-2[I-2a-1: 4개 멜론 재배종(Cucumis melo var. cantalupensis Naudin.), I-2a-2: 2개 참외 재배종(Cucumis melo var. conomon Makino.), I-2b: 5개 오이 재배종(Cucumis sativus L.)]로 분류되었다. 호박으로 구성된 Clade II는 다시 Cucurbita moschata(Duch. ex Lam.) Duch. & Poir와 Cucurbita maxima Duch.로 구성된 하위집단 II-1과 Cucurbita pepo L.과 Cucurbita ficifolia Bouche로 구성된 하위집단 II-2로 나누어졌다. 이러한 결과는 기존의 종명법에 따른 분류와 일치하며, 따라서 수박 EST-SSR 마커를 이용한 타 박과 작물의 비교 유전체 등 연구분야에 적용 가능성을 확인하였다.

• 원예과학기술지
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• 제29권4호
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• pp.366-373
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• 2011

국내 감자품종들의 품종간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.48에서 0.89로 나타났고, 평균 값은 0.79였다. PSSR-29의 PIC 값은 0.48로 가장 낮은 값을 나타내었으며 PSSR-191에서 0.89로 가장 높은 값을 보였다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 I 집단과 II 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석 만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.95로 나타났다.

• Journal of Crop Science and Biotechnology
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• 제10권2호
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• pp.98-105
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• 2007

Phylogenetic relationships in Korean watermelons were evaluated by genetic similarity coefficients using 15 SSR(simple sequence repeat), 14 SCAR(sequence characterized amplified region) and 14 CAPS(sequence characterized amplified region) markers. The SSR markers were selected from previously reported melon and watermelon SSRs through testing polymorphisms within a set of commercial $F_1$ varieties. The SCAR and CAPS markers were developed from polymorphic AFLP(amplified fragment length polymorphism) markers between inbred lines 'BN4001' and 'BN4002'. From the AFLP analysis, 105 polymorphic fragments were identified between the inbred lines using 1,440 primer combinations of EcoRI+CNNN and XbaI+ANNN. Based on the sequencing data of these polymorphic fragments, we synthesized sequence specific primer pairs and detected clear and reliable polymorphisms in 27 primer pairs by indels(insertion/deletion) or RFLP(restriction fragment length polymorphism). A total of 43 sequence-based PCR markers were obtained and polymorphic information content(PIC) was analyzed to measure the informativeness of each marker in watermelon varieties. The average PIC value of SCAR markers was 0.41, which was similar to that of SSR markers. Genetic diversity was also estimated by using these markers to assess the phylogenetic relationships among commercial varieties of watermelon. These markers differentiated 26 Korean watermelon varieties into two major phylogenetic groups, but this grouping was not significantly correlated with their morphological and physiological characteristics. The mean genetic similarity was 66% within the complete set of 26 commercial varieties. In addition, these sequence-based PCR markers were reliable and useful to identify cultivars and genotypes of watermelon.

• 한국버섯학회지
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• 제15권2호
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• pp.78-83
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• 2017

버섯과에서 한국, 중국, 일본에서 재배 또는 수집하여 농촌진흥청에 보관 중인 32개의 팽이버섯 계통에 대하여 조사하였다. 팽이버섯의 미소반복서열(microsatellite)을 포함하고 있는 490개의 DNA 단편을 얻었다. 다양한 팽이버섯 균들의 PCR을 통한 DNA 프로파일링을 수행함으로써 다형성 변이가 많이 검출되었다. 총 34개의 대립 유전자가 12개의 다형성 SSR 마커 중에서 검출되었고, 평균 3.42개의 대립 유전자와 대립 유전자의 수는 유전자좌당 2개에서 7개까지 분포하였다. 대립 형질 빈도는 0.42(GB-FV-127)에서 0.98(GB-FV-166)이었으며 이형접합체 관측치($H_O$)와 기대치($H_E$)는 각각 0.00에서 0.94(평균 = 0.18)와 0.03에서 0.67(평균 = 0.32)이었다. 다형성 지수는 (PIC) GB-FV-127 마커에서 가장 높은 0.61, 평균대립 유전자 수는 5를 나타내었고, GB-FV-166마커에서 0.03과 2로 가장 낮았다. 본 연구에서 평균 PIC 값(0.29)은 대립 유전자의 평균 수(3.42)로 관찰되었다. 결론적으로 우리는 풍부한 SSR 라이브러리에서 12 개의 다형성 SSR 마커를 개발하는데 성공했다. 이러한 SSR은 계통 발생 분석, 유전적 변이 평가에 중요하게 사용될 것이다.

• 한국산림과학회지
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• 제90권1호
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• pp.155-160
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• 2001

경기도 화성군 반월면 속달리 소재의 백합나무 종자 산지 시험림을 대상으로 모수림 작업 전후의 유전다양성의 변화를 예측하기 위해서 총 305개체에 대한 I-SSR 표지자 분석을 수행하였다. 9개의 I-SSR primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과 총 89개의 증폭산물 변이 체를 확인했으며, 속달리 시험림에 식재되어 있는 전 개체에 대한 다양도는 0.4532로 비교적 높은 수치를 보였다. 종자산지별로 구분하여 분석한 결과 미국 채종원산 종자를 양묘하여 식재한 개체군에서 가장 높은 다양도(0.4530)를 보였으며, 그 다음이 안양 산지로 0.4152, 전북 산지의 경우 0.3929로 가장 낮은 다양도를 보였다. 식재목의 형태적 특성과 식재 간격을 고려하여 두 번에 걸친 간벌을 수반하는 모수림 작업 결과 남겨질 37개 개체목에 대한 유전다양도 및 유전적 거리를 모의 통계분석한 결과, 종자 산지내 다양도는 전북이 28.3%로 가장 크게 감소했으며, 그 다음이 안양으로 16.3%, 미국이 8.0%로 가장 적게 감소한 것으로 나타났다. 개체목 감소율의 차이가 적었음에도 불구하고(87.5~88.2%) 다양도의 변화에 큰 차이가 나는 이유는 미국산 채종원 종자는 비교적 다수의 모수로부터 유래되었으나 안양 및 전북에서 생산된 종자들은 상대적으로 소수의 모수로부터 유래되었을 가능성이 크기 때문인 것으로 추정된다. 비록 2차에 걸친 간벌에 의해서 각 종자 산지내 개체간 다양도는 평균 17.5%가 감소했으나, 전체 37개체에 대한 다양도의 감소는 불과 6.1%에 지나지 않기 때문에 속달리 시험림에 식재되어 있는 305개체 중에서 종자생산을 목적으로 본 연구에서 선정한 기준에 따라 37개체를 잔존시키는 모수림 작업을 수행하더라도 이들로부터 생산될 차대들에 있어서 전체적인 유전다양성의 현격한 감소를 초래하지는 않을 것으로 생각된다.