• 제목/요약/키워드: I-SSR

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상부복외측 연수 심혈관계 세포의 체성교감반사시 자발적 흥분발사특성 분석 : I. 실험적 연구 (Spontaneous Firing Characteristics of Cardiovascular Neurons in the Rostral Ventrolateral Medulla During Somatosympathetic Reflex : II. Minimal Neuronal Model)

  • 차은종;구용숙;이태수
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제17권1호
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    • pp.71-80
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    • 1996
  • A number of experimental evidences suggest that the rnun ventrolateral medulla(RVLM) is the final common pathway in the regulation of arterial blood pressure. A Voup of neurons in the RVLM, called the cardiovascular neurons (UN), show spontaneous activity temporally synchronized with the periodic cardiac cycle. These neurons affect the sympathetic nerve discharge(SND), thus are believed to be responsible for blood pressure control. The present experiment identified 98 UVNs in 42 cats based on the temporal relationships between each neuron's activity with both the cardiac cycle and SWD. In 20 UWL changes of spontaneous firing rate(FR) during the somatosympathetic reflex(SSR) were studied Five different firing patterns were observed during the pressor and depressor responses of SSR, implying that they form an interconnected neuronal circuit interacting with one another to generate efferent signals for blood pressure regulation. In the following companion paper, the firing patterns of CVN are analyzed to develop a minimal neuronal circuit model explaining the present experimental outcome.

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Development of EST-SSR markers for the Korean endemic species Chrysosplenium aureobracteatum (Saxifragaceae)

  • SHIN, Jae-Seo;KIM, Bo-Yun;KIM, Yong-In;LEE, Jung-Hoon;KIM, Young-Dong
    • 식물분류학회지
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    • 제50권1호
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    • pp.22-26
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    • 2020
  • Chrysosplenium aureobracteatum Y. I. Kim & Y. D. Kim (Saxifragaceae) is a recently described endemic species growing in the central part of the Korean peninsula. It requires constant monitoring for conservation due to its limited distributions. There is also a need for molecular markers for proper assessments of the genetic differentiation of C. aureobracteatum from species morphologically similar to it. In this study, we developed microsatellite markers that can be used to evaluate the genetic diversity of this species, representing fundamental data with which to conserve the natural populations of the species. A total of 17 expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) markers were developed by the Illumina pair-end sequencing of the transcriptomes of C. aureobracteatum. These markers were successfully applied to populations of C. aureobracteatum and to its most closely related species, C. barbatum, revealing high polymorphism in both species. The EST-SSR markers developed in this study were proven to be useful not only to monitor the population genetic structure of C. aureobracteatum for conservation purposes but also to study the genetic delimitation of the species from species closely related to it.

Development of Sequence-Based DNA Markers for Evaluation of Phylogenetic Relationships in Korean Watermelon Varieties

  • Lee, Hee-Jeong;Cho, Hwa-Jin;Lee, Kyung-Ah;Lee, Min-Seon;Shin, Yoon-Seob;Harn, Chee-Hark;Yang, Seung-Gyun;Nahm, Seok-Hyeon
    • Journal of Crop Science and Biotechnology
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    • 제10권2호
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    • pp.98-105
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    • 2007
  • Phylogenetic relationships in Korean watermelons were evaluated by genetic similarity coefficients using 15 SSR(simple sequence repeat), 14 SCAR(sequence characterized amplified region) and 14 CAPS(sequence characterized amplified region) markers. The SSR markers were selected from previously reported melon and watermelon SSRs through testing polymorphisms within a set of commercial $F_1$ varieties. The SCAR and CAPS markers were developed from polymorphic AFLP(amplified fragment length polymorphism) markers between inbred lines 'BN4001' and 'BN4002'. From the AFLP analysis, 105 polymorphic fragments were identified between the inbred lines using 1,440 primer combinations of EcoRI+CNNN and XbaI+ANNN. Based on the sequencing data of these polymorphic fragments, we synthesized sequence specific primer pairs and detected clear and reliable polymorphisms in 27 primer pairs by indels(insertion/deletion) or RFLP(restriction fragment length polymorphism). A total of 43 sequence-based PCR markers were obtained and polymorphic information content(PIC) was analyzed to measure the informativeness of each marker in watermelon varieties. The average PIC value of SCAR markers was 0.41, which was similar to that of SSR markers. Genetic diversity was also estimated by using these markers to assess the phylogenetic relationships among commercial varieties of watermelon. These markers differentiated 26 Korean watermelon varieties into two major phylogenetic groups, but this grouping was not significantly correlated with their morphological and physiological characteristics. The mean genetic similarity was 66% within the complete set of 26 commercial varieties. In addition, these sequence-based PCR markers were reliable and useful to identify cultivars and genotypes of watermelon.

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초위성 마커를 이용한 감(Diospyros kaki Thunb.)의 유연관계 분석 (Evaluation of Genetic Diversity among Persimmon Cultivars (Diospyros kaki Thunb.) Using Microsatellite Markers)

  • 황지현;박여옥;김성철;이용재;강점순;최영환;손병구;박영훈
    • 생명과학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.632-638
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    • 2010
  • 총 20개의 감 SSR primer set을 사용하여 완전단감(PCNA) 12품종, 불완전단감(PVNA) 13품종, 불완전 떫은감(PVA) 15품종, 완전 떫은감(PCA) 8품종 등, 총 48개 유전자원의 유전적 연관성을 분석하였다. 획득된 114개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 48개 품종들은 크게 2개의 그룹(cluster)으로 나뉘어졌으며, 제 1 cluster는 다시 4개의 subcluster를 형성하였다. 이는 탈삽의 특성을 기준으로 분류한 품종군과 대체로 일치 함을 알 수 있고, 품종군간의 유연관계에 있어서는 완전단감군은 불완전 단감군과, 그리고 완전 떫은감은 불완전 떫은감군과 유연관계가 더욱 높은 것으로 관찰되었다. 평균 유사도의 값은 0.499였고 품종간 가장 높은 유사도 값(0.954)를 나타낸 것은 '청도반시'와 '함안반시'였고, 가장 낮은 유사도 값(0.192)를 나타낸 것은 '대마반'과 '애탕'이었다. 본 연구에 사용된 2SSR primer 들은 유럽 감품종으로부터 개발되어 보고되었지만, 일본 및 국내 품종의 연구에서도 효과적으로 사용될 수 있었고, 이들 마커들을 통해, 48개 품종 중 청도반시(Cheongdo-Bansi)와 경산반시(Gyeongsan-Bansi)를 제외한 모든 품종간 구별이 가능하였다. 이는 향후 신품종 개발시 품종보호를 위한 품종 특이적 마커로 효율적으로 사용될 수 있음을 보여준다.

두 집단의 재조합 근친교잡 계통 (RIL) 콩에서 엽장과 엽폭 및 장폭비와 관련된 양적헝질 유전자좌 분석 (Identification of Quantitative Trait Loci Associated with Leaf Length. Width and Length/width Ratio in Two Recombinant Inbred Lines of Soybean (Glycine max L.))

  • Kim, Hyeun-Kyeung;Kang, Sung-Taeg
    • 생명과학회지
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    • 제14권5호
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    • pp.821-828
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    • 2004
  • 엽면적과 엽장 및 엽폭은 식물의 광합성 효율과 관련이 있다. 단위 엽면적당 광합성율을 증가는 콩에서 종실 수량을 증가시킨다 따라서 본 연구는 큰올콩과 신팔달콩 및 익산10호를 각각 교배하여 얻은 두 집단이 잎의 엽장과 엽폭 및 장폭비를 확인할 수 있는 SSR 마커를 선발하기 위하여 실시하였다. 잎의 장폭비는 두 집단에서 엽폭과 유의적인 부의 상관을 보였다. 엽장은 큰올콩/신팔달롱 조합에서 연관군 DIb+W와 L에서 두개의 작은 양적 형 질 유전자좌 (QTL)를 탐색하였으며, 큰올콩/익산10호 조합에서는 연관군 1와 L에서 두개 의 양적 형 질 유전자좌가 관련하였다. 엽폭은 큰올콩/신팔달콩 조합에서 2개, 큰올콩/익산10호 조합에서 3개의 양적형질 유전자좌가 관련하였으며 이들은 각각 전체 형질 변이의 13% 및 18.04%를 설명할 수 있었다. 장폭비는 큰올콩/신팔달콩 조합에서 연관군 I와 L에서 2개, 큰올콩/익산10호 조합에서 연관군 Cl과 E 및 L에서 3개의 양적형질 유전자좌가 관련하였다.

백합나무 시험림(試驗林)의 모의간벌(模擬間伐)에 따른 유전다양성(遺傳多樣性) 변화(變化) (Changes in Genetic Diversity of a Test Plantation of Liriodendron tulipifera L. by simulated Practices for Seed Trees)

  • 홍용표;류근옥;조경진;홍경락
    • 한국산림과학회지
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    • 제90권1호
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    • pp.155-160
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    • 2001
  • 경기도 화성군 반월면 속달리 소재의 백합나무 종자 산지 시험림을 대상으로 모수림 작업 전후의 유전다양성의 변화를 예측하기 위해서 총 305개체에 대한 I-SSR 표지자 분석을 수행하였다. 9개의 I-SSR primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과 총 89개의 증폭산물 변이 체를 확인했으며, 속달리 시험림에 식재되어 있는 전 개체에 대한 다양도는 0.4532로 비교적 높은 수치를 보였다. 종자산지별로 구분하여 분석한 결과 미국 채종원산 종자를 양묘하여 식재한 개체군에서 가장 높은 다양도(0.4530)를 보였으며, 그 다음이 안양 산지로 0.4152, 전북 산지의 경우 0.3929로 가장 낮은 다양도를 보였다. 식재목의 형태적 특성과 식재 간격을 고려하여 두 번에 걸친 간벌을 수반하는 모수림 작업 결과 남겨질 37개 개체목에 대한 유전다양도 및 유전적 거리를 모의 통계분석한 결과, 종자 산지내 다양도는 전북이 28.3%로 가장 크게 감소했으며, 그 다음이 안양으로 16.3%, 미국이 8.0%로 가장 적게 감소한 것으로 나타났다. 개체목 감소율의 차이가 적었음에도 불구하고(87.5~88.2%) 다양도의 변화에 큰 차이가 나는 이유는 미국산 채종원 종자는 비교적 다수의 모수로부터 유래되었으나 안양 및 전북에서 생산된 종자들은 상대적으로 소수의 모수로부터 유래되었을 가능성이 크기 때문인 것으로 추정된다. 비록 2차에 걸친 간벌에 의해서 각 종자 산지내 개체간 다양도는 평균 17.5%가 감소했으나, 전체 37개체에 대한 다양도의 감소는 불과 6.1%에 지나지 않기 때문에 속달리 시험림에 식재되어 있는 305개체 중에서 종자생산을 목적으로 본 연구에서 선정한 기준에 따라 37개체를 잔존시키는 모수림 작업을 수행하더라도 이들로부터 생산될 차대들에 있어서 전체적인 유전다양성의 현격한 감소를 초래하지는 않을 것으로 생각된다.

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두릅나무 15개체의 체세포배 유도 및 식물체 재분화에 미치는 유전자형의 효과 (Genotype Effect on Somatic Embryogenesis and Plant Regeneration of 15 Aralia elata)

  • 문흥규;홍용표;김용욱;이재순
    • 식물조직배양학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.129-134
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    • 2001
  • Winter bud explants from 15 individual angelica tree (Aralia elata) were cultured in vitro to find out optimal conditions for somatic embryo induction as well as plant regeneration. Calli are induced and grown on MS medium supplemented with 1.0 mg/L 2,4-D for 4 weeks and subcultured on a half-strength MS medium without phytohormones to induce somatic embryos. Inter-simple sequence repeat (I-SSR) markers were analyzed with total DNAs extracted from the trees. Genotype effects on somatic embryo induction were examined by cluster analysis. Callus induction rate varied from 58.5 to 100% among the genotypes. Somatic embryo induction rate also greatly varied from 0 to 100% among the genotypes. There was a significant difference in somatic embryo induction rate even among the individual trees that showed close genetic relationships each other. This suggested that somatic embryo induction rate in Aralia elata be influenced by a few major specific genes rather than whole genomic similarity among individual trees. Four individuals of Ulneong-7, Cheju-1, Shingu and China, which are recalcitrant to somatic embryo induction, turned out to have a close genetic relationship, suggesting that both physiological and genetic factors affect somatic embryo induction. The results suggest that genotype selection be the most important factor to achieve an efficient propagation, although cultural optimization through medium and explant manipulation may also play crucial roles in somatic embryogensis as well as plant regeneration of these species.

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Phenotypic and Marker Assisted Evaluation of Korean Wheat Cultivars

  • Jung, Yeonju;Park, Chul Soo;Jeung, Ji-Ung;Kang, Chon-Sik;Lee, Gi-An;Choi, Yu-Mi;Lee, Jung-Ro;Lee, Myung-Chul;Kim, Chung-Kon;Seo, Yong Weon
    • 한국육종학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.273-281
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    • 2011
  • Fusarium head blight (FHB), also known as scab, caused mainly by Fusarium graminearum is a devastating disease of wheat in regions that are warm and humid during flowering. In addition to significant yield and quality losses, the mycotoxin deoxynivalenol produced by the pathogen in infected wheat kernels is a serious problem for food and feed safety. Twenty- three Korean cultivars and "Sumai 3", which is a FHB-resistant Chinese cultivar were tested for Type I, Type II resistances of FHB. Three cultivars were identified as resistant in Type I assessment, and two cultivars were resistant in Type II assessment. Genetic variation and relationship among the cultivars were evaluated on the basis of 11 Simple Sequence Repeat (SSR) and 29 Sequence Tagged Site (STS) markers that were linked to FHB resistance Quantitative Trait Loci (QTL) on chromosome 3BS. One SSR and 7 STS markers detected polymorphisms. Especially, using a STS marker (XSTS3B-57), 32.4% of the variation for Type II FHB resistance could be explained. Genetic relationship among Korean wheat cultivars was generally consistent with their released year. These markers on chromosome 3BS have the potential for accelerating the development of Korean wheat cultivars with improved Fusarium head blight resistance through the use of marker-assisted selection.

줄댕강나무 (Abelia tyaihyoni) 집단의 유전다양성 및 공간구조 (Genetic Diversity and Spatial Structure in Populations of Abelia tyaihyoni)

  • 정지희;김규식;이철호;김진수
    • 한국산림과학회지
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    • 제96권6호
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    • pp.667-675
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    • 2007
  • I-SSR 표지자를 이용하여 영월지역의 줄댕강나무 2개 집단의 유전적 다양성과 공간구조가 조사되었다. 줄댕강나무는 분포가 제한되어있고 집단크기가 작음에도 불구하고 개체 수준에서 추정된 유전변이는 다른 관목류와 유사한 수준으로 판단되었다.(S.I.=0.336, h=0.217). Genet 수준에서 조사된 유전다양성 역시 개체 수준의 값과 큰 차이가 없었다(S.l.=0.339, h=0.219). 전체 유전변이의 약 18.7%가 집단 간 차이로 나타나, 다른 관목류에 비해 다소 높거나 비슷한 수준이었다. $N_G/N$ 값과 Simpson's index로 추정된 유전자형 다양성 역시 다른 관목류에 비해 높았다($N_G/N=0.729$. $D_G=0.988$). 한 genet의 최대직경은 5.5 m로 비교적 작게 나타났다. 높은 수준의 유전자 및 유전자형 다양성과 genet의 작은 직경 크기는, 무성번식이 줄댕강나무 집단의 유전적 구성에 차지하는 비중이 그렇게 크지 않음을 보여주었다. 개체 및 genet 수준에서 큰 차이 없이, 약 12-18 m 거리 내에 분포하는 개체 간에 자기상관성이 인정되었다. 줄댕강나무 집단의 현지외 보전을 위한 표본 추출 시, 연속 분포하는 집단에서는 최소 18m 이상의 간격을 두는 것이 좋고, 소규모 단편으로 분리되어 분포하는 경우 최대한 많은 단편으로부터 표본을 채취하는 것이 효율적일 것으로 판단되었다.