• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제51권4호
• /
• pp.545-547
• /
• 2023

Staphylococcus epidermidis is a normal flora of human skin and is occasionally associated with pathogenic infections. We report the complete genome sequence of methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis strain Z0118SE0272 isolated from the residential environment sharing by a companion dog and dwellers. Resistance to cefoxitin was observed in the strain, whereas it was susceptible to erythromycin, clindamycin, quinupristin-dalfopristin, trimethoprim-sulfamethoxazole, mupirocin, vancomycin, teicoplanin, linezolid, and tigecycline. The strain Z0118SE0272 identified as sequence type 130 possessed the mecA gene responsible for methicillin resistance, which composed the new type of staphylococcal cassette chromosome mec elements lacking mecRI.

• 대한약학회:학술대회논문집
• /
• 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
• /
• pp.98-114
• /
• 2002

The completion of the draft sequence of the human genome has provided us with a partial list of known and putative human genes, the total number of which is estimated between 30, 000 and 45, 000 (1, 2). These genes provide many potential targets for drugs, some of which may be useful in stopping the growth of cancers. The development of gene-targeting anticancer drugs could be greatly facilitated by the ability to narrow down the list of human genes to those that are necessary for the growth of tumor cells. (omitted)

• 생명과학회지
• /
• 제16권6호
• /
• pp.1036-1043
• /
• 2006

TAR (Transformation-Associated Recombination) cloning법은 복잡한 고등생물의 게놈으로부터 유전자나 특정 염색체 부위를 선별적 분리를 가능하게 한다. 이 방법은 목적으로 하는 염색체 부위의 주변에 존재하는 비교적 짧은 게놈 염기서열에 대한 정보를 필요로 한다. 이 기술은 출아효모의 spheroplasts 형질전환 동안 목적 유전자를 포함한 게놈 DNA와 그 유전자의 5' 또는 3' 말단 서열 (hook)을 포함하고 있는 TAR vector 사이에 일어나는 상동성 재조합에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 TAR cloning 법을 상동성 유전자의 분리에 사용할 수 있는가를 조사하기 위해, 연간과 마우스 게놈의 HPRT 유전자를 선택하였다. 그 결과, 인간과 마우스의 게놈으로부터의 HPRT 유전자의 분리 빈도는 TAR vector로서 hHPRT hook 혹은 mHPRT hook을 사용한 경우에 거의 동일하게 나타났다. 또한 mHPRT 유전자의 gap 부분의 염기서열을 결정하여, 이 부분에 염기서열의 불안정의 요인이 되는 비정상적 특성을 발견하였다. 결론적으로 TAR cloning법을 이용하여 다른 이종 간의 게놈으로부터 상동성 유전자 즉 orthologue의 분리가 가능하였다. 더욱이 TAR cloning 시스템을 이용하여 고등동물 게놈 상에 남아있는 gap 부분을 메움으로서 고등동물의 모든 유전자들의 확인이 가속화될 수 있을 것으로 사료된다.

• Genomics & Informatics
• /
• 제8권1호
• /
• pp.28-33
• /
• 2010

Increased exposure of human to RF fields has raised concerns for its potential adverse effects on our health. To address the biological effects of RF radiation, we used genome wide gene expression as the indicator. We exposed normal WI-38 human fibroblast cells to 1763 MHz mobile phone RF radiation at a specific absorption rate (SAR) of 60 W/kg with an operating cooling system for 24 h. There were no alterations in cell numbers or morphology after RF exposure. Through microarray analysis, we identified no differentially expressed genes (DEGs) at the 0.05 significance level after controlling for multiple testing errors with the Benjaminiochberg false discovery rate (BH FDR) method. Meanwhile, 82 genes were differentially expressed between RF-exposed cells and controls when the significance level was set at 0.01 without correction for multiple comparisons. We found that 24 genes (0.08% of the total genes examined) were changed by more than 1.5-fold on RF exposure. However, significant enrichment of any gene set or pathway was not observed from the functional annotation analysis. From these results, we did not find any evidence that non-thermal RF radiation at a 60-W/kg SAR significantly affects cell proliferation or gene expression in WI-38 cells.

• Journal of Genetic Medicine
• /
• 제7권2호
• /
• pp.119-124
• /
• 2010

약 7,000 여개의 단일유전자질환이 보고되어 있지만 보고된 질환의 절반도 아직 원인 유전자가 밝혀지지 못한 상황이다. 그리고 기존에 밝혀진 원인 유전자의 돌연변이형들은 대부분 단백질을 코딩하는 부위의 돌연변이에 의하여 발생하고 있어서 인간 유전체에서 단백질을 코딩하는 엑손 부위만을 선별적으로 분리하여 염기서열을 분석하는 엑솜 염기서열 분석 방법은 희귀한 유전질환의 신규 원인 유전자 발굴을 위한 매우 효과적인 유전 분석법이 될 것이다. 엑솜은 전체 유전체의 약 1.5% 정도를 차지하고 있어서 매우 경제적으로 분석이 가능하다. 그리고 엑솜 염기서열 분석 방법은 엑솜 부위를 선별하는 기술과 대용량 염기서열 분석기술로 수행된다. Freeman-Sheldon 증후군의 원인 유전자를 엑솜 염기서열 분석 방법으로 발굴한 이후로 단일유전자질환의 원인 유전자 발굴을 위한 표준 분석법으로 엑솜 염기서열 분석방법이 사용되고 있다. 향후에는 엑솜 염기서열 분석 방법이 다양한 복합질병의 유전분석에도 활용되어 개인 맞춤의학의 실현을 앞당기는데 크게 기여할 것으로 기대된다.

• 미생물학회지
• /
• 제55권2호
• /
• pp.154-156
• /
• 2019

Eikenella corrodens는 그람 음성, 통성 혐기성이며 막대 모양의 세균이다. 이 세균 종은 사람의 심내막염, 간농양 및 두개 내 세균감염 등과 같은 전신질환과 연관이 있을 뿐만 아니라 점막의 정상 세균총에 속한다. E. corrodens KCOM 3110 (= JS217) 균주가 사람 치주질환 병소의 치은연하치면세균막에서 분리되었다. 여기에서 E. corrodens KCOM 3110 균주의 유전체 염기서열을 완전 해독하여 보고한다.

• 한국융합학회논문지
• /
• 제8권6호
• /
• pp.275-281
• /
• 2017

인간 내인성 레트로 바이러스는 약 3~4 천만 년 전 인간게놈에 통합되기 시작했던 화석바이러스로서 인간게놈의 약 8%를 구성하고 있다. 이러한 고대의 레트로 바이러스는 연속된 유전자변이로 인해 본래의 기능을 잃게 됨으로써 "쓸모없는 DNA (junk DNA)"로 여겨져 왔다. 그러나 최근 연구는 모든 인간 내인성 레트로 바이러스가 단지 침묵을 지키는 승객만이 아님을 보여준다. 현재까지는 이들 바이러스가 인간 질병의 직접 원인이 된다는 것은 밝혀지지 않았으나, 다발성 경화증, 정신 분열증 및 근 위축성 측삭경화증을 포함한 신경학적 장애와 인간면 역결핍바이러스 (HIV)나 헤르페스 등의 바이러스 감염, 여러 유형의 암과 같은 질환을 가진 환자에서 인간 내인성 레트로 바이러스의 DNA가 과도발현 됨을 보여주는 연구들이 다양하게 이루어지고 있다. 이 리뷰논문은 신경학적 질환에 대한 인간 내인성 레트로 바이러스의 가능한 관련여부를 다루고 있다.

• 미생물학회지
• /
• 제53권3호
• /
• pp.219-221
• /
• 2017

Fusobacterium nucleatum는 그람 음성이면서, 절대 혐기성 및 막대 또는 가는 섬유 모양의 세균이다. F. nucleatum는 사람의 구강 내 정상세균총의 하나이고, 치주질환의 원인인자이면서 다양한 전신질환과도 연관성이 있다. F. nucleatum KCOM 1323 (= ChDC F317) 균주가 사람 치주질환 병소의 치은연하치면세균막에서 분리되었다. F. nucleatum KCOM 1323 균주 유전체 염기서열을 해독하여 보고한다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
• /
• 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
• /
• pp.77-85
• /
• 2004

A significant portion (about 8% in human genome) of mammalian mRNA sequences contains AU(Adenine and Uracil) rich elements or AREs at their 3' untranslated regions (UTR). These mRNA sequences are usually stable. ARE motifs are assorted into three classes. The importance of AREs in biology is that they make certain mRNA unstable. We analyzed the occurrences of AREs and Alu, and propose a possible mechanism on how human mRNA could acquire and keep A REs at its 3' UTR originated from Alu repeats. Interspersed in the human genome, Alu repeats occupy 5% of the 3' UTR of mRNA sequences. Alu has poly-adenine (poly-A) regions at the end that lead to poly -thymine (poly-T) regions at the end of its complementary Alu. It has been discovered that AREs are present at the poly -T regions. In the all ARE's classes, 27-40% of ARE repeats were found in the poly -T region of Alu with mismatch allowed within 10% of ARE's length from the 3' UTRs of the NCBI's reference m RNA sequence database. We report that Alu, which has been reported as a junk DNA element, is a source of AREs. We found that one third of AREs were derived from the poly -T regions of the complementary Alu.

• BMB Reports
• /
• 제50권10호
• /
• pp.522-527
• /
• 2017

A large number of transcriptional activation domains (TADs) are intrinsically unstructured, meaning they are devoid of a three-dimensional structure. The fact that these TADs are transcriptionally active without forming a 3-D structure raises the question of what features in these domains enable them to function. One of two TADs in human glucocorticoid receptor (hGR) is located at its N-terminus and is responsible for ~70% of the transcriptional activity of hGR. This 58-residue intrinsically-disordered TAD, named tau1c in an earlier study, was shown to form three helices under trifluoroethanol, which might be important for its activity. We carried out heteronuclear multi-dimensional NMR experiments on hGR tau1c in a more physiological aqueous buffer solution and found that it forms three helices that are ~30% pre-populated. Since pre-populated helices in several TADs were shown to be key elements for transcriptional activity, the three pre-formed helices in hGR tau1c delineated in this study should be critical determinants of the transcriptional activity of hGR. The presence of pre-structured helices in hGR tau1c strongly suggests that the existence of pre-structured motifs in target-unbound TADs is a very broad phenomenon.