• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2002년도 추계학술대회
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• pp.162-172
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• 2002

Schizosaccharomyces pombe is suited for the study of cytokinesis as it divides by forming a septum in the middle of the cell at the end of mitosis. To enhance our understanding of the cytokinesis, we have carried out a genetic screen for temperature-sensitive S. pombe mutants that show defects in septum formation and cell division. Here we present the isolation and characterization of a new temperature-sensitive mutant, sun1(septum uncontrolled), which undergoes uncontrolled septation during cell division cycle at restrictive temperature $(37^{\circ}C)$. In sun1 mutant, actin ring and septum are positioned at random locations and angles, and nuclear division cycle continues. These observations suggest that the sun] gene product is required for the proper placement of the actin ring as well as precise septation. The sun] mutant is monogenic recessive mutation unlinked to previously known various cdc genes of S. pombe. In a screen for $sunl^+$ gene to complement the sun] mutant, we have cloned a gene, $susl^+$(suppressor of sun1 mutant), that encodes a protein of 689 amino acids. The predicted amino acid sequence of $susl^+$ gene is similar to the human hMadlp and Saccharomyces cerevisiae Mad1p, a component of the spindle checkpoint in eukaryotic cells. The null mutant of $susl^+$ gene grows normally at various temperatures and has the increased sensitivity to anti-microtubule drug, while $susl^+$ mutant shows no sensitivity to microtubule destabilizing drugs. The putative S. pombe Sus1p directly interacts with S. pombe Mad2p in yeast two-hybrid assays. These data suggest that the newly isolated susr gene encodes S. pombe Mad1p and suppresses sun] mutant defective in controlled septation in a cell division cycle.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권5호
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• pp.413-420
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• 2009

본 연구는 성체우의 FS, MS, C-MS를 배양액에 첨가하여 세포증식과 난포의 성장과 배란에 미치는 영향을 관찰하기 위하여 실시하였다. 세포증식은 세포수와 MTT assay을 실시하여 확인하였다. 그 결과 세포증식은 혈청첨가 배양액에 따라 유의적인 차이를 나타내었다. 특히 근육위성세포의 세포증식은 MS를 첨가한 배양액에서 높은 반면 면역세포의 증식은 FBS에서 배양한 세포에 비해 낮은 것을 확인하였다. 또한 난포의 성장 및 배란을 관찰한 결과 난포의 성장에 유의한 차이가 없었으나 군간 차이를 보였으며 배란율과 비례적이었고, 배란율은 FBS와 C-MS가 첨가된 배양액에서 유의적으로 높은 것을 관찰할 수 있었다(P<0.05). FBS군과 C-MS 군 간에는 차이가 없었다. 3T3-L1 세포에서 창상치유는 FS에서 배양한 세포에서 빠른 회복을 나타냈으며, 증식은 MS에서 높게 나타났다(p<0.001). 따라서 본 결과는 세포배양 과정에서 세포에 따른 혈청의 선택은 매우 중요하다는 근거자료를 제시 하였으며, 분리 된 성별 특이 한우 혈청은 FBS의 대체 물질로서 사용이 가능할 것으로 사료된다.

• 대한바이러스학회지
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• 제28권3호
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• pp.247-265
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• 1998

To determine the sequence and expression of the VP7 gene of Korean isolates (CAU-9), viral RNA was purified and used for cDNA amplification by RT-PCR. The VP7 cDNA was cloned, sequenced, and expressed using baculovirus expression system. The result showed that the sequence homologies CAU-9 compared with foreign isolated strains Wa, 417, TMC-II, 95B and SA11 were ranged from 74.0% to 95.1 % of nucleotide sequence and 35% to 43% of amino acid sequence, respectively. High homology of CAU-9 was observed in Japanease isolates 417 (nucleotide sequence homology was 95.1% and amino acid sequence homology was 43%). To express VP7 gene, the VP7 cDNA was cloned into pCR-Bac vector and inserted into the genome of baculovirus adjacent to the polyhedrin promoter by cotransfection of Spodoptera frugiperda (Sf9) insect cells with wild type baculovirus DNA. In antigenic analysis of Sf9 cells inoculated with the recombinant VP7, immunofluorescence assay revealed positive for viral antigens. In metabolic labeling of Sf9 cell lysates infected with recombinant baculoviruses, it was revealed that the protein of 34 kDa was expressed. The limited study of expressed VP7 protein inoculated with guinea pigs failed to elicit neutalizing antibody. As a results, the sequence analysis and expression of VP7 protein of rotavirus CAU-9 isolated from an infant in Korea could permit the conformation and development of virus like particles which may be useful in designing vaccine strategy.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제34권4호
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• pp.347-354
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• 2007

유전자변형 작물의 상업화를 위해서는 유전자변형 작물이 식품으로서의 안전성과 환경에 미치는 영향에 관한 평가가 이루어져야한다. 이를 위해 개발자는 유전자변형 작물의 방출이전에 유전자변형 작물 개발에 관한 정보를 제출해야만 한다. 본 연구는 유전자변형 작물의 환경 위해성 평가를 위한 분자생물학적 자료를 제공하고자 수행하였다. 아그로 박테리움 형질전환법을 통하여 해충저항성 CryIAc 유전자가 도입된 배추 형질전환체를 획득한 후, 분자생물학적인 분석을 통하여 유전자의 copy수, 안정성, 식물체내에서의 발현을 확인하였고, T-DNA의 배추게놈내의 인접서열을 분석하였다. T-DNA의 게놈내 삽입 인접서열을 바탕으로 유전자변형 배추를 동정할 수 있는 프라이머를 제작하였고, 이를 이용한 검정방법을 수립하였다. 계통 특이 프라이머를 이용한 해충저항성 배추 후대의 PCR 분석결과와 제초체 처리결과가 서로 일치하였다. 본 연구 결과로 환경위해성 평가를 위한 해충저항성 배추의 분자생물학적인 자료를 획득하였으며, 개발된 프라이머는 해충저항성 배추의 검출을 위하여 유용하게 사용할 수 있음을 확인하였다.

• 대한바이러스학회지
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• 제27권1호
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• pp.19-27
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• 1997

본 연구에서는 영장류에서 감염성 면역결핍 증상을 일으키는 type D simian retrovirus (SRV)를 검출하기 위해 SRV env 유전자의 특정 지역을 선정하여 증폭, 검색하는 중합효소 연쇄반응 (PCR)법을 개발하였다. 증폭반응의 대상부위인 SRV env 유전자의 3' 후반부는 서로 다른 3 종류의 SRV subtype 1, 2, 그리고 subtype 3에 걸쳐 높은 보존율을 보이고 있다. 반응 결과, 1차 PCR 만으로 3 종류의 SRV subtypes를 동시에 검출, 증폭하였으며 SRV와 더불어 영장류에서 감염성 면역결핍을 유도하는 주요 바이러스 simian immunodeficiency virus 또는 simian T-Iymphotropic virus type 1에 감염된 영장류의 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)을 비교, 완전한 증폭 특이성이 확인되었고 교차반응으로 인한 위양성반응은 발견되지 않았다. 한편, 위 증폭반응의 검출 민감도 측정을 위해 준정량적 적정 PCR을 수행하였으며 SRV 게놈과 증폭 대상 부위의 분자량을 기준으로 한 본 PCR법의 검출 한계는 단 한번의 증폭과 간단한 ethidium bromide 염색만으로 적어도 $5-7{\times}10^4$ 개의 PBMCs 중 한 개의 감염세포를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에서 확인된 신속성과 반응 특이성, 그리고 높은 민감도의 본 PCR 법은 현재 유일한 AIDS 연구모델인 영장류의 SIV 감염 연구 전후에 반드시 필요한 효과적인 SRV 감염검색에서 ELISA법의 위양성에 의한 약점을 보완하고 보다 높은 검출 민감도를 확보함으로써 연구모델 실험의 오류를 최소화하는 데 중요한 역할을 하게 될 것이다.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제3권2호
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• pp.98-106
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• 2007

Genotoxic stress triggers a variety of biological responses including the transcriptional activation of genes regulating DNA repair, cell survival and cell death. In this study, we investigated to examine gene expression profiles and genotoxic response in TK6 cells treated with DNA damaging agents MNNG (N-methyl-N'-nitrosoguanidine) and hydrogen peroxide $(H_2O_2)$. We extracted total RNA in three independent experiments and hybridized cRNA probes with oligo DNA chip (Applied Biosystems Human Genome Survey Microarray). We analyzed raw signal data with R program and AVADIS software and identified a number of deregulated genes with more than 1.5 log-scale fold change and statistical significancy. We indentified 14 genes including G protein alpha 12 showing deregulation by MNNG. The deregulated genes by MNNG represent the biological pathway regarding MAP kinase signaling pathway. Hydrogen peroxide altered 188 genes including sulfiredoxins. These results show that MNNG and $H_2O_2$ have both uniquely regulated genes that provide the potential to serve as biomarkers of exposure to DNA damaging agents.

• 미생물학회지
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• 제39권4호
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• pp.207-215
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• 2003

주어진 염기서열에서 단백질로 코딩되는 영역을 예측하는 유전자 구조 예측은 유전자 annotation의 가장 핵심적인 부분으로 유전자 분석 및 유전체 프로젝트 전체에 큰 영향을 준다. 진핵생물의 유전자가 원핵생물의 유전자에 비해 더 복잡한 구조를 가지기 때문에 진핵생물의 유전자 구조 예측 모델 역시 원핵생물에 비해 다양하고 복잡한 모델로 구성되어 있다. 본 연구팀은 duration hidden markov model을 기본형태로 하여 진핵생물의 유전자 구조 예측 프로그램인 EGSP를 개발하였다. 이 프로그램은 각 생명체의 유전자 구조 예측에 필요한 파라메터를 생성하는 학습기능과, 이를 기반으로 핵산 서열을 입력으로 해서 단백질을 코딩하는 부위를 예측하여 출력하는 기능으로 구성되며, 최근의 프로그램들의 추세대로 복수 개 유전자 예측의 기능을 갖추고 있다. EGSP의 학습과 예측에 사용되는 각 파라메터의 전체 성능에 대한 효과 분석 등을 위해 여러 개 signal에 대한 개별 모델이 주는 효과 등을 분석하였다. 진핵생물의 유전자 구조 예측에 가장 많이 연구되는 human dataset을 이용하여 현재 개발된 유전자 구조 예측 프로그램인 GenScan과 GeneID, Morgan 등 보편적으로 사용되는 프로그램들과의 성능을 여러 가지 기준에서 비교한 결과, 본 프로그램이 실용성 있는 수준을 보여주는 것을 확인하였다. 그리고 진핵 미생물인 Saccharomyces cerevisiae로 성능을 테스트한 결과 만족할 만한 수준의 성능을 나타내는 것을 알 수 있었다.

• Genomics & Informatics
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• 제16권3호
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• pp.52-58
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• 2018

In this report, we present a case study of how pharmacogenomics and pharmacometabolomics can be useful to characterize safety and pharmacokinetic profiles in early phase new drug development clinical trials. During conducting a first-in-human trial for a new molecular entity, we were able to determine the mechanism of dichotomized variability in plasma drug concentrations, which appeared closely related to adverse drug reactions (ADRs) through integrated omics analysis. The pharmacogenomics screening was performed from whole blood samples using the Affymetrix DMET (Drug-Metabolizing Enzymes and Transporters) Plus microarray, and confirmation of genetic variants was performed using real-time polymerase chain reaction. Metabolomics profiling was performed from plasma samples using liquid chromatography coupled with quadrupole time-of-flight mass spectrometry. A GSTM1 null polymorphism was identified in pharmacogenomics test and the drug concentrations was higher in GSTM1 null subjects than GSTM1 functional subjects. The apparent drug clearance was 13-fold lower in GSTM1 null subjects than GSTM1 functional subjects (p < 0.001). By metabolomics analysis, we identified that the study drug was metabolized by cysteinylglycine conjugation in GSTM functional subjects but those not in GSTM1 null subjects. The incidence rate and the severity of ADRs were higher in the GSTM1 null subjects than the GSTM1 functional subjects. Through the integrated omics analysis, we could understand the mechanism of inter-individual variability in drug exposure and in adverse response. In conclusion, integrated multi-omics analysis can be useful for elucidating the various characteristics of new drug candidates in early phase clinical trials.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2000년도 International Meeting 2000
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• pp.23-36
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• 2000

Japanese encephalitis virus (JEV) is the causative agent of a mosquito-borne encephalitis and is transmitted to human via persistently infected mosquito vectors. Although the virus is known to cause only acute infection, there were reports that showed neurological sequelae, latent infection in peripheral mononuclear cells, and recurrence of the disease after acute encephalitis. Innate resistance of certain cell lines, abnormal SN1 expression of the virus, and anti-apoptotic effect of cullular bcl-2 have been suggested as probable causes of JEV persistence even in the absence of defective interfering (DI) particles. Although possible involvement of DI particles in JEV persistence was suggested, neither has a direct evidence for DI presence nor its molecular characterization been made. Two questions asked in this study are whether the DI virus plays any role in JEV persistent infection if it is associated with and what type of change(s) can be made in persistently infected cells to avoid apoptosis even with the continuous virus replication, DI-free standard stock of JEV was infected in BHK-21, Vero, and SW13 cells and serial high multiplicity passages were performed in order to generate DI particles. There different-sized DI RNA species which were defective in both structural and nonstructural protein coding genes. Rescued ORFs of the DI genome maintained in-frame and the presence of replicative intermediate or replicative form RNA of the DI particles confirmed their replication competence. On the other hand, several clones with JEV persistent infection were established from the cells survived acute infections during the passages. Timing of the DI virus generation during the passages seemed coincide to the appearance of persistently infected cells. The DI RNAs were identified in most of persistently infected cells and were observed throughout the cell maintenance. One of the cloned cell line maintained the viral persistence without DI RNA coreplication. The cells with viral persistence released the reduced but continuous infectious JEV particle for up to 9 months and were refractory to homologous virus superinfection but not to heterologous challenges. Unlike the cells with acute infection these cells were devoid of characteristic DNA fragmentation and JEV-induced apoptosis with or without homologous superinfection. Therefore, the DI RNA generated during JEV undiluted serial passage on mammalian cells was shown to be biologically active and it seemed to be responsible, at least in part, for the establishment and maintenance of the JEV persistence in mammalian cells. Viral persistence without DI RNA coreplication, as in one of the cell clones, supports that JEV persistent infection could be maintained with or without the presence of DI particles. In addition, the fact that the cells with JEV persistence were resistant against homologous virus superinfection, but not against heterologous one, suggests that different viruses have their own and independent pathway for cytopathogenesis even if viral cytopathic effect could be converged to an apoptosis after all.

• 대한소아치과학회지
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• 제33권2호
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• pp.304-310
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• 2006

본 연구는 치주질환 주요 병인균주 중의 하나인 P. intermedia를 대상으로 하여, 이 균주에서의 hemin 결합 단백질 유전자를 분리하고 염기서열을 결정하기 위하여 수행되었다. 본 연구에서는 약 5,000개의 recombinant colony들을 스크리닝하여 hemin 결합 단백질 유전자를 포함하고 있는 것으로 여겨지는 1개의 클론(pHem1)을 확인하였다. Restriction enzyme mapping 결과 pHem1의 insert DNA의 크기는 약 2.5kb이었으며 P. intermedia chromosomal DNA 내에는 hemin 결합 단백질 유전자가 single copy로 존재하였고, transcript의 크기는 약 1.8kb이었다. 분리한 pHem1 유전자는 1개의 ORF를 가지고 있으며, ORF의 크기는 2,550bp로 약 850개의 아미노산 폴리펩타이드로 구성되어 있다. 또한, pHem1 유전자는 이미 밟혀진 다른 유전자들과 상동성을 보이지 않았다. 본 연구는 P. intermedia에서의 porphyrin생리 및 hemin 획득기전을 분자생물학적으로 규명하는데 있어 중요한 의의가 있으리라 사료된다. 향후 pHem1 유전자의 특성 분석 등이 수행되어야 할 것으로 여겨진다.