• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제15권2호
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• pp.123-130
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• 2007

The Hsp 20.8 and Hsp 90 cDNA sequence retrieved from NCBI database and consists of 764 bp and 2582 bp lengths respectively. The corresponding cDNA homologus sequences were BLAST searched in Bombyx mori genomic DNA database and two genomic contigs viz., BAAB01120347 and AADK01011786 showed maximum homology. In B. mori Hsp 20.8 and Hsp 90 is encoded by single gene without intron. Specific primers were used to amplify the Hsp 20.8 gene and Hsp 90 variable region from genomic DNA by using the PCR. Obtained products were 216 bp in Hsp 20.8 and 437 bp in Hsp 90. There was no variation found in the six silkworm races PCR products size of contrasting response to thermal tolerance. The comparison of the sequenced nucleotide variations through multiple sequence alignment analysis of Hsp 90 variable region products of three races not showed any differences respect to their thermotolerance and formed the clusters among the voltinism. The comparison of aminoacid sequences of B. mori Hsps with dipteran and other insect taxa revealed high percentage of identity growing with phylogenetic relatedness of species. The conserved domains of B. mori Hsps predicted, in which the Hsp 20.8 possesses ${\alpha}-crystallin$ domain and Hsp 90 holds HATPase and Hsp 90 domains.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2002년도 제1차워크샵
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• pp.64-88
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• 2002

생물체의 유전자 서열들간의 유사성을 서로 비교해보는 일은(sequence alignment)는 분자생물학 연구에서 아주 기본적인 작업에 속한다. 이 작업은 컴퓨터 과학적 입장에서 살퍼보면 일종의 스트링 분석작업인데, 그 과정에는 매우 복잡한 생물학적인 가정이 내포되어 있다. 본 발표의 목적은 크게 두가지인데 하나는 컴퓨터과학 연구자들에게 서열정렬(sequence alignment)이 가지는 분자생물학적 의미에 대하여 개략적인 이해를 돕도록 하는 것이며, 다른 한편으로 분자생물학자들에게는 스트링처리방법을 이용한 서열정렬 문제에서 어떤 기술적인 한계가 있으며 그 한계를 극복하기 위한 새로운 방법론에 대하여 소개하여 컴퓨터과학적 이해의 폭을 넓히는 것이다. 그리고 생물체의 서열정보의 정렬과 매우 유사한 개념으로 각종 선형구조체(linear object)를 추상화 할 수 있른데, 그들간의 유사성도 같은 분자생물학적 방법론을 차용하여 분석할 수 있음을 보인다. 동시에 이것을 이용하여 각종 인터넷 문서나 프로그램, 등의 표절과 무단도용 등을 추적할 수 있는 방법론을 기존의 genomic sequence alignment tool을 차용해서 매우 효율적으로 할 수 있음을 보인다.

• 정보처리학회논문지A
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• 제8A권4호
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• pp.509-516
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• 2001

생명 과학의 발전과 많은 게놈(genome) 프로젝트의 결과로 여러 종의 게놈 서열이 밝혀지고 있다. 생물체의 서열을 분석하는 방법은 전역정렬(global alignment), 지역정렬(local alignment) 등 여러 가지 방법이 있는데, 그 중 하나가 k-mer 분석이다. k-mer는 유전자의 염기 서열내의 길이가 k인 연속된 염기 서열로서 k-mer 분석은 염기서열이 가진 k-mer들의 빈도 분포나 대칭성 등을 탐색하는 것이다. 그런데 게놈의 염기 서열은 대용량 텍스트이고 k가 클 때 기존의 온메모리 알고리즘으로는 처리가 불가능하므로 효율적인 자료구조와 알고리즘이 필요하다. 스트링 B-트리는 패턴 일치(pattern matching)에 적합하고 외부 메모리를 지원하는 좋은 자료구조이다. 본 논문에서는 스트링 B-트리(string B-tree)를 k-mer 분석에 효율적인 구조로 개선하여, C. elegans 외의 30개의 게놈 서열에 대해 분석한다. k-mer들의 빈도 분포와 대칭성을 보여주기 위해 CGR(Chaotic Game Representation)을 이용한 가시화 시스템을 제시한다. 게놈 서열과 매우 유사한 서열 상의 어떤 부분을 시그니쳐(signature)라 하고, 높은 유사도를 가지는 최소 길이의 시그니쳐를 찾는 알고리즘을 제시한다.

• 한국균학회지
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• 제27권1호통권88호
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• pp.20-26
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• 1999

우리나라에서 자생하는 송이버섯의 구분 방법으로 제조된 OPO-2 primer을 사용할 때 송이에게만 특이적인 band가 나타났다. 그리고 제한효소 처리와 dot blot의 결과에서 이들 특이적인 DNA절편은 송이 genomic DNA에서 한개의 copy만 존재하는 것으로 나타났으며, 다른 외생균근 버섯의 DNA에서는 발견되지 않았다. 또한, 이들 DNA 절편의 염기서열을 분석한 결과 770bps로 나타났다. 이러한 유전자의 정보를 이용한 NCBI Blast 염기서열 분석에서 높은 상동성을 갖는 유전자는 발견할 수가 없었고, 단백질서열 분석에서도 거의 동일하게 나타났다. 따라서 translation통한 아미노산 서얼분석에서 이들 DNA절편의 유전자는 단백질에 관한 유전자이라기 보다는 다른 정보와 관련된 유전자로 생각되어진다.

• 미생물학회지
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• 제38권4호
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• pp.230-230
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• 2002

Class Ⅲ chitin synthases in filamentous fungi are important for hyphal growth and differentiation of several filamentous fungi. A genomic clone containing the full gene encoding Chs4, a class Ⅲ chitin synthase in Penicillium chrysogenum, was cloned by PCR screening and colony hybridization from the genomic library. Nucleotide sequence analysis and transcript mapping of chs4 revealed an open reading frame (ORF) that consisted of 5 exons and 4 introns and encoded a putative protein of 915 amino acids. Nucleotide sequence analysis of the 5′flanking region of the ORF revealed a potential TATA box and several binding sites for transcription activators. The putative transcription initiation site at -716 position was identified by primer extension and the expression of the chs4 during the vegetative growth was confirmed by Northern blot analysis. Amino acid sequence analysis of the Chs4 revealed at least 5 transmembrane helices and several sites for past-transnational modifications. Comparison of the amino acid sequence of Chs4 with those of other fungi showed a close relationship between P chrysogenum and genus Aspergillus.

• 한국자원식물학회지
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• 제16권1호
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• pp.82-88
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• 2003

고추냉이에 모자이크 병징을 나타내는 이병주로부터 고추냉이 모자이크 바이러스를 분리하였다. 고추냉이 모자이크 바이러스의 genomic RNA를 추출하여 전체 유전자 구조를 결정하였다. 유전자 전체길이는 6,298 염기를 가지고 있었으며, 4개 ORF로 구성 되어 있었다. ORF 1은 180KD 단백질, ORF 2는 130KD 단백질 , ORF 3은 30KD 단백질, ORF4는 18KD로 외피단백질로 구성되어 있었다. ORF 유전자간에는 ORF4와 ORF 3 유전자간 130개의 염기, ORF 2와 ORF 3 유전자갈 20개 염기 그리고 ORF 1 과 ORF2 유전자간에는 40개의 염기로 overlaps되어 있었다 3'NCR부분은 238개 염기, 외피단백질은 537개 염기, 30KD 이동단백질은 825개 염기, 130KD 단백질은 1,896개 염기와 180k단백질의 2,958개의 염기로 구성되어 있었다. TMV-WTF전체 염기 서열의 유전자 상동성에서는 비교 유전자에서 미보고된 일본의 TMV-WSF와 러시아의 TMV-crucifer와 각각 98.6%와 82.4%로 매우 높았다.

• Journal of Plant Biology
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• 제32권2호
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• pp.67-78
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• 1989

Hybridization of DNA isolated from leaves of Russet Burbank potato with tomato cDNA as a probe revealed the presence of about ten inhibitor 1 genes in the genome. Screening of a genomic library of Russet Burbank potato resulted in isolation of seven different genomic clones carrying inhibitor I genes. One of the genomic clones, clone 2, contained two EcoRI fragments of 3.4 and 1.8 kb in size, respectively, which were hybridized with the probe. The nucleotide sequence of parts of the hybridizing EcoRI fragments revealed that they contain a complete gene which codes for an open reading frame of 107 amino acids. It is interrupted by two intervening sequences of 502 and 493 bp, situated at the positions of codons 17 and 43, respectively, of the open reading frame. Putative regulatory sequences, TATAAA and CCACT, were found at the 5' flanking region. In addition, a copy of a 100 bp repeat found at a tomato inhibitor I gene was identified.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제39권2호
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• pp.67-73
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• 2019

The genomic structure of the Cu/Zn superoxide dismutase (SOD1) gene from the entomopathogenic fungus, Cordyceps pruinosa was characterized. The SOD1 gene of C. pruinosa spans 947 nucleotides and consisted of four exons encoding for 154 amino acids and three introns. Four exons of the SOD1 gene are composed of 13, 331, 97 and 20 nucleotides respectively. Homology search of amino acid sequences of the SOD1 gene of C. pruinosa with another 13 fungi species showed higher sequence similarity of 69% ~ 95% and had the most highest sequence identity of 95% with Beauveria bassiana and Cordyceps militaris, which can easely infect domesticated Bombyx mori and another wild lepidopteran species in artificial or natual manner of infection. This SOD1 gene sequence showed copper, zinc and beta-barrel fold sites. Homology search showed that the Cu/Zn SOD1 gene from the entomopathogenic fungus, C. pruinosa is an orthologous gene homolog present in different species of organism whose ancestor predates the split between the relating species. In addition, C. pruinosa SOD1 gene is placed together within the ascomycetes group of fungal clade. From these results it is concluded that C. pruinosa SOD1 gene is orthologous gene having the same or very similar functions with a common evolutionary ancestor.

• Food Science and Biotechnology
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• 제16권1호
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• pp.67-70
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• 2007

Mackerel (Scomber japonicus) often causes severe allergic reactions in sensitive people. Food containing undeclared mackerel may pose a risk to such people. The major allergenic protein in fish such as mackerel, codfish, and Alaska pollack has been found to be parvalbumin. In this study, we developed a polymerase chain reaction (PCR) method to detect mackerel DNA using primers corresponding to the parvalbumin gene. We cloned and sequenced 1.5 kb of parvalbumin gene by PCR using mackerel genomic DNA as a template. Nucleotide sequence analysis of genomic parvalbumin gene, composed of 4 exons and 3 introns, allowed the selection of two pairs of oligonucleotide primers specific for mackerel. These primers successfully enabled PCR amplification of specific regions of genomic parvalbumin DNA from mackerel, but no amplification from 8 other fish samples, surimi, and 6 boiled fish pastes. The sensitivity of this method was sufficient to detect 5 ng of purified mackerel DNA mixed with 50 ng of surimi DNA. This rapid and specific method for the detection of allergenic mackerel would be beneficial in reducing food allergy caused by the ingestion of hidden allergen in processed food.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제15권2호
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• pp.157-162
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• 2012

To analyze nucleotide sequence encoding internal transcribed spacer (ITS) regions specific to the Laminariaceae family, genomic DNA was isolated from six brown algae species distributed along the east coast of Korea. These included three species from the Laminariaceae family (Agarum clathratum Dumortier, Costaria costata [C. Agardh] Saunders, and Saccharina japonica Areschoug) and two species from the Alariaceae family (Undaria pinnatifida [Harvey] Suringer and Ecklonia cava Kjellman), both in the order Laminariales, and one species from the family Sargassaceae in the order Fucales (Sargassum serratifolium). Based on a sequence analysis of ITS-1 and ITS-2 for A. clathratum, C. costata, and E. cava, oligonucleotides were designed from the regions that showed sequence conservation in Laminariaceae. Following polymerase chain reaction using three sets of primers, amplification of ITS-1 and ITS-2 was detected in reactions using genomic DNA isolated from the species belonging to Laminariaceae, but not from the species belonging to the other families. The results indicate that this method can be used for the detection and identification of Laminariaceae species.