• 한국육종학회지
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• 제50권4호
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• pp.415-423
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• 2018

벼의 이삭형태는 잠재 수량성에 중요한 역할을 한다. 우리나라 육성 벼 품종의 이삭형태는 협소한 유전적 배경을 가지고 있다. 본 연구는 우리나라 벼 품종의 수량성 향상을 위해 이삭형태가 다른 유전자원을 이용하여 수당립수가 증대된 새로운 이삭형태의 벼를 개발하고 수량 관련 형질 특성을 분석하여 다수성 벼 육종사업에 반영하고자 수행되었다. 새로운 이삭형태의 벼는 군집소수를 가지고 있는 고착립밀도 이삭형 벼(이하 CD형)로 고착립밀도 이삭을 가지고 있는 빈해수집1과 군집소수 유전자를 가지고 있는 ARC10319를 교배모본으로 이용하여 개발되었다. CD형 벼는 반직립의 짧은 이삭에 1차 지경 및 2차 지경 선단에 소수가 2-5개씩 군집되어 착생되어 착립밀도가 매우 높고 수당립수가 획기적으로 증가한 이삭을 가지고 있다. CD형 벼의 수당립수는 우리나라 육성 벼 품종에 비해 거의 2배 이상 많았다. CD형 벼의 수당립수 증가는 1차 지경 및 착생립의 증가보다 2차 지경 및 착생립의 증가에 기인하였다. CD형 벼의 수당립수 증가는 sink의 증대를 통한 수량성 향상을 기대케 하였다. 하지만 선발된 우량계통 CD9, CD27, CD34, CD39의 수량성은 상대적으로 적은 수수, 가벼운 천립중, 낮은 등숙률로 인하여 국내 초다수성품종인 보람찬과 한아름2호에 못미치는 수준을 나타냈다. 개발된 CD형 벼는 실질적인 수량성 향상이라는 육종적 목표는 달성하지 못하였으나 우리나라 육성 품종에는 존재하지 않는 수당립수가 획기적으로 증가한 극단적 이삭 형질 변이를 나타내는 새로운 자원이다. CD형 벼는 협소한 유전적 배경을 가지고 있는 우리나라 벼 품종의 이삭 형질 다양화와 수량성 향상을 위한 육종소재로 활용될 수 있을 것이다.

• 한국가금학회지
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• 제45권4호
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• pp.253-260
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• 2018

$HNF4{\alpha}$ 유전자는 인간의 지질 수송 및 대사에 관여하는 간 전사인자로써, 닭의 지방 축적에 관련된 잠재적 후보유전자로 선정하였다. 선행연구에서 보고된 $HNF4{\alpha}$ 유전자 내 A543G SNP은 외래 육계뿐만 아니라, 외래 육계와 유전적 차이를 가지는 한국 재래계의 생시체중과 생체중에 유의적 연관성을 보인 바 있으나, 해당 SNP의 정확한 위치는 보고된 바 없다. 따라서 본 연구에서는 sequencing을 통하여 A543G SNP의 정확한 위치를 파악하고, A543G SNP의 주변 부위의 한국 재래계의 산육형질에 유의적 연관성이 있는 SNP을 파악하고자 하였다. Genomic DNA는 128수의 한국재래계의 혈액을 이용하여 추출하였으며, PCR 뒤 sequencing에 사용되었다. Sequencing 결과, 증폭범위 내에서 총 14개의 SNP가 탐색되었으며, 이 중 $HNF4{\alpha}$ 유전자의 intron 4 상에서 기존에 보고되지 않은 1개의 새로운 SNP를 발견하였다. 확인된 14개의 SNP 중 rs731246957과 rs736159604가 재래계의 생시체중 및 생체중에 유의적 연관성(P<0.001)을 보였다. rs731246957은 닭의 20번 염색체의 5,566,970번째에 위치하며, 선행논문에서 체중과의 연관성이 보고된 A543G SNP인 것으로 확인되었으며, 기존의 연구결과와 유사한 결과를 얻을 수 있었다. 반면에 선행논문에서 닭의 성장형질과의 연관성이 보고된 적 없는 rs736159604 SNP는 GG 유전자형 그룹이 GA, AA 유전자형 그룹에 비해 꾸준히 높은 체중 관측치를 보였으며, 특히 40주령의 체중은 다른 유전자형 그룹에 비해 약 1.8배 높게 관측되었다. 뿐만 아니라 신규 발견한 SNP의 T allele을 가지는 계군이 G allele을 가지는 계군보다 성장면에서 고능력을 보이는 것을 확인하였다. 따라서 본 연구결과는 한국재래계의 산육형질과 연관된 후보유전자로써 $HNF4{\alpha}$ 유전자의 기초정보를 제공하며, 해당 유전자내 특정 단일염기의 변이가 재래계의 체중 관련 유전자 마커로 유용하게 활용 가능할 것을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제34권1호
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• pp.48-58
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• 2024

살모넬라는 일반적으로 식품에 의해 전파되고 심각한 공중보건 문제를 야기하는 병원성 미생물로, 살모넬라에 대한 숙주의 감수성을 결정하는데 숙주의 유전적 요소가 중요한 역할을 담당한다. Cysteine-rich intestinal protein1 (CRIP1)은 LIM/double zinc finger protein family에 속하는 단백질로, 인간의 소화관과 폐, 비장을 포함한 인체 전반적인 부위에서 폭넓게 발현된다. 최근 CRIP1은 여러 면역 질환의 핵심적인 마커로서 보고되고 있지만, 숙주의 세균 감염에 대한 CRIP1의 영향은 아직 알려진 바가 없다. 살모넬라는 CRIP1 유전자를 굉장히 높은 수준으로 발현하는 소장의 파이엘반 내로 침입한다고 잘 알려져 있기 때문에, 본 연구에서는 살모넬라 감염과 CRIP1 결핍 간의 상관관계를 규명하는 것을 목표로 하였다. 우리는 ex vivo 분화 실험을 통해서 CRIP1 결핍은 골수-유래 대식세포의 식세포작용과 골수-유래 수지상세포의 보조자극 인자의 활성을 변화시키지 않는다는 것을 발견하였다. 게다가, 유세포 분석 데이터를 통해 야생형 마우스와 CRIP1 유전자 결핍 마우스 간의 MHCII⁺CD11b⁺ CD11c⁺ 수지상세포 및 MHCII⁺F4/80⁺CD11b⁺ 대식세포가 비슷한 수준을 나타낸다는 것을 보여주었다. 흥미롭게도, 비장의 단핵구와 장간막 림프절의 호중구의 기저 수준은 야생형 마우스보다 CRIP1 유전자 결핍 마우스에서 더욱 풍부하게 나타났다. 요약하자면, 우리는 CRIP1이 Salmonella Typhimurium 감염에 대한 숙주의 감수성과 골수성 세포의 활성에 불필요한 유전자임을 명확하게 증명하였다. 또한, 항원에 노출되지 않은 CRIP1 유전자 결핍 마우스에서 나타난 면역세포의 각기 다른 비율은 CRIP1 유전자의 발현 조절이 다양한 감염성 질환에 대한 새로운 면역치료 접근법일 수 있음을 시사한다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권6호
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• pp.1067-1074
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• 2005

켄터키 블루그래스의 최적 조직배양조건을 확립하기 위하여 성숙종자로부터 배발생 캘러스 유도 및 효율적인 식물체 재분화를 위한 품종별 배양효과, 배지종류 및 배지첨가물 등의 최적조건을 조사하였다. 배발생 캘러스 유도시 첨가되는 auxin으로는 2,4-D가 가장 효율적이었으며, 3mg/L 2,4-D와 0.1mg/L BA가 첨가된 MS배지에서 배발생 캘러스가 가장 높은 빈도로 유도되었다. 식물체 재분화는 배발생 캘러스를 1mg/L 2,4-D와 3mg/L BA가 첨가된 N6 배지에서 배양했을 때 57.7%의 높은 재분화율을 나타내었다. 기본배지의 종류에 따른 배양효율의 차이는 캘러스 유도에는 MS 배지가, 식물체 재분화에는 N6 배지가 효과적이었다. 켄터키 블루그래스의 품종에 따른 배발생 캘러스의 유도율과 재분화 능력은 큰 차이를 나타내어 Newport가 가장 높은 배양효율을 나타내었다. 본 연구를 통하여 확립된 단기간의 효율적인 재분화시스템은 분자육종을 통한 신품종 켄터키 블루그래스 개발에 유용하게 응용되어질 수 있을 것이다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권4호
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• pp.2269-2272
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• 2013

Matrix metalloproteinases (MMPs) degrade various components of the extracellular matrix and functional polymorphisms in encoding genes may contribute to genetic susceptibility to many cancers. Up to now, associations between MMP-7 (-181A>G) and digestive system cancer risk have remained inconclusive. To better understand the role of the MMP-7 (-181A>G) genotype in digestive cancer development, we conducted this comprehensive meta-analysis encompassing 3,518 cases and 4,596 controls. Overall, the MMP-7 (-181A>G) polymorphism was associated with higher digestive system cancer risk on homozygote comparison (GG vs. AA, OR=1.21, 95% CI = 1.12-1.60) and in a dominant model (GG/GA vs. AA, OR=1.16, 95% CI =1.03-1.46). On subgroup analysis, this polymorphism was significantly linked to higher risks for gastric cancer (GG vs. AA, OR=1.22, 95% CI = 1.02-1.46; GA vs. AA, OR=1.82, 95% CI =1.16-2.87; GG/GA vs. AA, OR=1.13, 95% CI =1.01-1.27; GG vs. GA/AA, OR= 1.25, 95% CI = 1.06-2.39. We also observed increased susceptibility to colorectal cancer and esophageal SCC in both homozygote (OR = 1.13, 95% CI = 1.06-1.26) and heterozygote comparisons (OR = 1.45, 95% CI = 1.11-1.91). In the stratified analysis by controls, significant effects were only observed in population-based studies (GA vs. AA, OR=1.16, 95% CI=1.08-1.50; GA/AA vs. GG, OR=1.10, 95% CI=1.01-1.72). According to the source of ethnicity, a significantly increased risk was found among Asian populations in the homozygote model (GG vs. AA, OR=1.40, 95% CI=1.12-1.69), heterozygote model (GA vs. AA, OR=1.26, 95% CI=1.02-1.51), and dominant model (GG/GA vs. AA, OR=1.18, 95% CI=1.08-1.55). Our findings suggest that the MMP-7 (-181A>G) polymorphism may be a risk factor for digestive system cancer, especially among Asian populations.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권5호
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• pp.650-657
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• 2018

Objective: The study investigated the biological functions and mechanisms for controlling cashmere growth of Liaoning cashmere goat by ovarian carcinoma immunoreactive antigen-like protein 2 (OCIAD2) and decorin (DCN) genes. Methods: cDNA library of Liaoning cashmere goat was constructed in early stages. OCIAD2 and DCN genes related to cashmere growth were identified by homology analysis comparison. The expression location of OCIAD2 and DCN genes in primary and secondary hair follicles (SF) was performed using in situ hybridization. The expression of OCIAD2 and DCN genes in primary and SF was performed using real-time polymerase chain reaction (PCR). Results: In situ hybridization revealed that OCIAD2 and DCN were expressed in the inner root sheath of Liaoning cashmere goat hair follicles. Real-time quantitative PCR showed that these genes were highly expressed in SF during anagen, while these genes were highly expressed in primary hair follicle in catagen phase. Melatonin (MT) inhibited the expression of OCIAD2 and promoted the expression of DCN. Insulin-like growth factors-1 (IGF-1) inhibited the expression of OCIAD2 and DCN, while fibroblast growth factors 5 (FGF5) promoted the expression of these genes. MT and IGF-1 promoted OCIAD2 synergistically, while MT and FGF5 inhibited the genes simultaneously. MT+IGF-1/MT+FGF5 inhibited DCN gene. RNAi technology showed that OCIAD2 expression was promoted, while that of DCN was inhibited. Conclusion: Activation of bone morphogenetic protein (BMP) signaling pathway up-regulated OCIAD2 expression and stimulated SF to control cell proliferation. DCN gene affected hair follicle morphogenesis and periodic changes by promoting transforming growth $factor-{\beta}$ ($TGF-{\beta}$) and BMP signaling pathways. OCIAD2 and DCN genes have opposite effects on $TGF-{\beta}$ signaling pathway and inhibit each other to affect the hair growth.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권16호
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• pp.7071-7076
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• 2015

Epidermal growth factor receptor (EGFR) is one of the targeted molecular markers in many cancers including lung malignancies. Gefitinib and erlotinib are two available therapeutics that act as specific inhibitors of tyrosine kinase (TK) domains. We performed a case-control study with formalin-fixed paraffin-embedded tissue blocks (FFPE) from tissue biopsies of 167 non-small cell lung carcinoma (NSCLC) patients and 167 healthy controls. The tissue biopsies were studied for mutations in exons 18-21 of the EGFR gene. This study was performed using PCR followed by DNA sequencing. We identified 63 mutations in 33 men and 30 women. Mutations were detected in exon 19 (delE746-A750, delE746-T751, delL747-E749, delL747-P753, delL747-T751) in 32 patients, exon 20 (S786I, T790M) in 16, and exon 21 (L858R) in 15. No mutations were observed in exon 18. The 63 patients with EFGR mutations were considered for upfront therapy with oral tyrosine kinase inhibitor (TKI) drugs and have responded well to therapy over the last 15 months. The control patients had no mutations in any of the exons studied. The advent of EGFR TKI therapy has provided a powerful new treatment modality for patients diagnosed with NSCLC. The study emphasizes the frequency of EGFR mutations in NSCLC patients and its role as an important predictive marker for response to oral TKI in the south Indian population.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권16호
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• pp.7211-7217
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• 2015

Background: The aims of this study were to evaluate the diagnostic and prognostic roles of serum osteopontin (OPN) and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the OPN promoter in patients with hepatitis B-related hepatocellular carcinoma (HCC). Materials and Methods: Four groups were studied, which included 157 patients with HCC, 73 with liver cirrhosis (LC) and 97 with chronic hepatitis (CH), along with 80 healthy subjects. Serum OPN and alpha-fetoprotein (AFP) levels were measured. The SNPs -66 T/G, -156 G/${\Delta}G$ and -433 C/T within the OPN promoter were determined by direct sequencing. Results: Serum OPN levels were significantly higher in patients with HCC than in the other groups. Area under receiver operating characteristics curves in distinguishing HCC from chronic liver disease (CLD; CH and LC) were 0.782 (95% CI; 0.729-0.834) for OPN and 0.888 (95% CI; 0.850-0.927) for AFP. Using the optimal cut-off value (70 ng/mL), OPN had sensitivity and specificity of 72% and 71%, respectively. Serum OPN was superior to AFP in detecting early-stage HCC (68% vs. 46%). A combination of both markers yielded an improved sensitivity for detecting early HCC to 82%. A high OPN level was significantly correlated with advanced BCLC stage and was an independent prognostic factor for HCC. The SNPs -156 and -443 were associated with susceptibility to HCC, but were not related to overall survival. Conclusions: Serum OPN is a useful diagnostic and prognostic marker for HCC. The combined use of serum OPN and AFP improved the diagnosis of early HCC. Genetic variation in the OPN promoter is associated with the risk, but not the prognosis of HCC.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권11호
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• pp.5777-5783
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• 2012

Published data on the associations between tumor necrosis factor-alpha (TNF-${\alpha}$) promoter -308G>A and -238G>A polymorphisms and cervical cancer risk are inconclusive. To derive a more precise estimation of the relationship, a meta-analysis was performed. Data were collected from MEDLINE and PubMed databases. Crude odds ratios (ORs) with 95% confidence intervals (CIs) were calculated in a fixed/random effect model. 13 separate studies including 3294 cases and 3468 controls were involved in the meta-analysis. We found no association between TNF-${\alpha}$-308G>A polymorphism and cervical cancer in overall population. In subgroup analysis, significantly elevated risks were found in Caucasian population (A vs. G: OR = 1.43, 95% CI = 1.00-2.03; AA vs. GG: OR = 2.09, 95% CI = 1.34-3.25; Recessive model: OR = 2.09, 95% CI = 1.35-3.25) and African population (GA vs. GG: OR = 1.53, 95% CI = 1.02-2.30). An association of TNF-${\alpha}$-238G>A polymorphism with cervical cancer was found (A vs. G: OR = 0.61, 95% CI = 0.47-0.78; GA vs. GG: OR = 0.59, 95% CI = 0.45-0.77; Dominant model: OR = 0.59, 95% CI = 0.46-0.77). When stratified by ethnicity, similar association was observed in Caucasian population (A vs. G: OR = 0.62, 95% CI = 0.46-0.84; GA vs. GG: OR = 0.59, 95% CI = 0.43-0.82; Dominant model: OR = 0.60, 95% CI = 0.44-0.83). In summary, this meta-analysis suggests that TNF-${\alpha}$-238A allele significantly decreased the cervical cancer risk, and the TNF-${\alpha}$-308G>A polymorphism is associated with the susceptibility to cervical cancer in Caucasian and African population.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권11호
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• pp.5637-5642
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• 2012

Objective: Gastric cancer (GC) is one of the most common malignancies and its mortality ranks third among all cancers in China. We previously noted that XRCC1 Arg194Trp was associated with GC risk in Western China in a study on XRCC1 Arg194Trp and ADPRT Val762Ala. We aimed to further explore the association of these polymorphisms with risk of the noncardia subtype. Methods: We enrolled 176 noncardia GC patients and 308 controls from four hospitals and a community between October 2010 and August 2011. Genotyping was performed in a 384-well plate format on the Sequenom MassARRAY platform. A self-designed questionnaire was utilized to collect epidemiological data from the subjects regarding demographic factors and potential risk factors. Results: Subjects were aged $56.8{\pm}11.8$ (mean ${\pm}$ standard deviation) and $57.6{\pm}11.1$ years in the case and control groups, respectively. Individuals carrying the XRCC1 Trp/Trp or Arg/Trp variant genotype were at significantly increased risk of noncardia GC (adjusted OR, 1.48; 95% CI, 1.00-2.17), after adjustment for family history of cancer, drinking, and smoking. The increased risk of XRCC1 Arg194Trp variant genotype was more pronounced among subjects below 60 years old (adjusted OR, 1.78; 95% CI, 1.07-2.96), compared to older individuals. ADPRT Val762Ala variants (Ala/Ala or Val/Ala) were not associated with noncardia GC (adjusted OR, 1.03; 95% CI, 0.69-1.54). Conclusions: Our study suggests that XRCC1 Arg194Trp is a genetic susceptibility factor for developing noncardia GC in Han Chinese in Western China. In particular, individuals with the XRCC1 Arg194Trp variant genotype are at increased risk for GC below 60 years old.