• 식물분류학회지
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• 제49권2호
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• pp.118-126
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• 2019

The taxonomic rank of the tiny-leaved terrestrial orchid Cephalanthera subaphylla Miyabe & $Kud{\hat{o}}$ has been somewhat controversial, as it has been treated as a species or as an infraspecific taxon, under C. erecta (Thunb.) Blume [C. erecta var. subaphylla (Miyabe & $Kud{\hat{o}}$) Ohwi and C. erecta f. subaphylla (Miyabe & $Kud{\hat{o}}$) M. Hiro]. Allozyme markers, traditionally employed for delimiting species boundaries, are used here to gain information for determining the taxonomic status of C. subaphylla. To do this, we sampled three populations of five taxa (a total of 15 populations) of Cephalanthera native to the Korean Peninsula [C. erecta, C. falcata (Thunb.) Blume, C. longibracteata Blume, C. longifolia (L.) Fritsch, and C. subaphylla]. Among 20 putative loci resolved, three were monomorphic (Dia-2, Pgi-1, and Tpi-1) across the five species. Apart from C. longibracteata, there was no allozyme variation within the remaining four species. Of the 51 alleles harbored by these 17 polymorphic loci, each of the 27 alleles at 14 loci was unique to a single species. Accordingly, we found low average values of Nei's genetic identities (I) between ten species pairs (from I = 0.250 for C. erecta versus C. longifolia to I = 0.603 for C. falcata vs. C. longibracteata), with C. subaphylla being genetically clearly differentiated from the other species (from I = 0.349 for C. subaphylla vs. C. longifolia to 0.400 for C. subaphylla vs. C. falcata). These results clearly indicate that C. subaphylla is not genetically related to any of the other taxa of Cephalanthera that are native to the Korean Peninsula, including C. erecta. In a principal coordinate analysis (PCoA), C. subaphylla was positioned distant not only from C. falcata, C. longibracteata, and C. longifolia, but also from C. erecta. Finally, K = 5 was the best clustering scheme using a Bayesian approach, with five clusters precisely corresponding to the five taxa. Thus, our allozyme results strongly suggest that C. subaphylla merits the rank of species.

• 대한토목학회논문집
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• 제41권2호
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• pp.123-131
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• 2021

완충재는 고준위 방사성 폐기물을 처분하기 위한 공학적 방벽 시스템에서 중요한 구성요소 중 하나이며 사용 후 핵연료가 담긴 처분용기와 암반사이에 채워지는 물질이기 때문에 지하수 유입으로부터 처분용기를 보호하고, 방사성 핵종 유출을 저지하는 중요한 역할을 수행한다. 따라서 공학적 방벽 시스템의 처분용기로부터 발생하는 고온의 열량은 완충재를 통하여 전파되기에 완충재의 열전도도는 처분시스템의 안전성 평가에 매우 중요하다. 본 연구에서는 국내에서 생산되는 압축 벤토나이트 완충재의 열전도도 예측을 위한 경험적 회귀 모델의 정합성을 검증하고 정확도를 높이기 위해 예측모델의 구축에 기계학습법을 적용해 보았다. 벤토나이트의 건조밀도, 함수비 및 온도 값을 바탕으로 열전도도를 예측하고자 하였으며, 이때 다항 회귀, 결정 트리, 서포트 벡터 머신, 앙상블, 가우시안 프로세스 회귀, 인공신경망, 심층 신뢰 신경망, 유전 프로그래밍과 같은 기계학습 기법을 적용하였다. 기계학습 기법을 이용하여 예측한 결과, 부스팅 기반의 앙상블 기법, 유전 프로그래밍, 3차 함수 기반의 SVM, 가우시안 프로세스 회귀의 기계학습기법을 활용한 모델이 선형 회귀 분석 기법에 비해 좋은 성능을 보였으며, 특히 앙상블의 부스팅 기법과 가우시안 프로세스 회귀 기법을 사용한 모델들이 가장 좋은 성능을 보였다.

• 한국자원식물학회지
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• 제34권1호
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• pp.1-16
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• 2021

남부 지방의 밀양 근교에 자생하고 있는 야생 동충하초 균주(Cordyceps sp., Paecilomyces sp., Beauveria sp., Aranthomyces sp., Isaria sp., Himenostilbe sp.)를 채집 분리하여 rDNA 및 internal transcribed spacer (ITS) 부위의 염기서열을 비교하였다. ITS 영역에 특정적인 프라이머인 ITS1과 ITS4를 이용하여 PCR을 수행하여 증폭하였다. 다양한 균주에서 같은 크기의 PCR 생산물을 얻을 수 있었고, 이들의 서열분석을 위하여 pGEM-T easy 벡터에 클로닝하였으며, ITS1, 5.8S, ITS2 영역 부위의 염기서열들을 BLAST 수행하여 유연관계를 분석하였다. 밀양 근교에서 분리한 32개의 균주 중에 Cordyceps militaris는 서열이 등록된 유전정보 AY49191, EU825999, AY491992와 100% 일치하였으며, 몇 개의 종은 보고된 서열과 모두 일치하지는 않았다. 예를 들어 strain P17은 울주군 가지산에서 분리한 P. tenuipes로서 밀양시 조천읍 가지산에서 분리한 P. tenuipes와는 서열상에서 다른 부분들이 있었다. 결론적으로 밀양 근교의 균주들을 분리하는데 ITS영역분석이 분류와 검정에 효율적이고, 본 연구를 통하여 동충하초의 생태학적인 유전자원들을 확보할 수 있었다.

• 한국작물학회지
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• 제66권2호
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• pp.130-137
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• 2021

본 실험은 지역 적응성 시험을 통한 도입 초당옥수수 자원의 농업 형질을 조사하고 혼합 선형 모형을 이용하여 조사 형질의 분산 구성요소를 추정하고 이를 통해 형질들의 유전력을 추정함으로써 신규 자원이 가진 육종재료로서의 가치를 평가하고, 이를 이용한 초당 옥수수 품종 육종 과정에서 선택할 수 있는 육종 및 선발 방법을 도모하고자 하였다. 1. 출웅기와 출사기를 제외한 모든 형질의 유전력은 낮게 추정되었는데 이러한 형질은 분산구성요소 중 유전분산이 낮게 추정되었다. 착수고율의 경우 품종과 지역 간의 유의한 상호작용효과로 인해 낮은 유전분산이 추정된 것으로 보인다. 2. 측정 형질의 낮은 유전력 추정치는 시험 재료가 모두 최신 상업용 품종이기 때문일 것으로 사료된다. 따라서 육종재료로서의 낮은 잠재력을 의미하는 것은 아니다. 3. 낮은 유전분산과 유의미한 상호작용 효과를 극복하고 선발 효율을 극대화 하기 위하여 교잡종의 직접적인 자가 수정을 통한 자식 계통 개발을 진행하기 보다 intermating을 통한 유전자 재조합을 먼저 유기하는 것이 바람직 할 것으로 보인다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제27권2호
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• pp.43-51
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• 2022

이 논문은 문법적 추론에서 유전자 알고리즘의 진화대상으로 테이블 표현(Tabular representation: TBL)을 이용한 문맥자유 문법(Context-free grammar: CFG)을 학습하는 기존의 방법을 개선하여 더 효율적인 결과를 얻은 그 방법과 실험 결과를 제시한다. 이 논문에서 소개하는 개선된 점은 두가지로, 첫째는 적합도 함수를 긍정과 부정의 예들에 대한 학습 평가를 동시에 반영하도록 수식을 개선하고 둘째는 긍정적 학습 예들로부터 생성된 TBL들에 대응되는 파티션(partition)들을 학습 문자열의 크기별로 분류하여 부류별 진화 과정을 진행하며 그 성공률에 따라 구성 비율을 조정하여 다음세대에 생존에 연계하는 학습 방법을 적용한다. 이 개선점들은 학습 예들의 크기에 따른 TBL의 크기가 여러 개체들 사이의 교배와 일반화 단계에서 복잡성과 어려움을 해결하여 기존 방법보다도 좋은 효율을 제공한다. 이 연구는 기존 방법에서 제안된 언어들로 실험하고 그 결과는 기존 방법보다 같은 성공률을 갖는 상태에서 학습 완성의 평균 세대수가 적게 걸리는 다소 빠른 세대속도의 결과를 보여준다. 앞으로 이 방법은 확장된(extended) CYK에 시도할 수 있으며 더 나아가 좀 더 복잡한 파싱 테이블(parsing table)에도 적용할 가능성을 제시한다.

• Journal of Microbiology
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• 제44권6호
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• pp.591-599
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• 2006

To address the diversity of cyclodextrin-producing P. graminis strains isolated from wheat roots and rhizospheres of maize and sorghum sown in Australia, Brazil, and France, restriction fragment length polymorphism analysis of part of genes encoding RNA polymerase (rpoB-RFLP) and DNA gyrase subunit B (gyrB-RFLP) was used to produce genetic fingerprints. A phylogenetic tree based on rpoB gene sequences was also constructed. The isolates originated from Brazil could be separated from those from Australia and France, when data from the rpoB-based phylogenetic tree or gyrB-RFLP were considered. These analyses also allowed the separation of all P. graminis strains studied here into four clusters; one group formed by the strains GJK201 and $RSA19^T$, second group formed by the strains MC22.02 and MC04.21, third group formed by the strains TOD61, TOD 221, TOD302, and TOD111, and forth group formed by all strains isolated from plants sown in Cerrado soil, Brazil. As this last group was formed by strains isolated from sorghum and maize sown in the same soil (Cerrado) in Brazil, our results suggest that the diversity of these P. graminis strains is more affected by the soil type than the plant from where they have been isolated.

• 한국전자파학회논문지
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• 제20권4호
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• pp.357-365
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• 2009

마이크로스트립 라인에서 접지면의 개구면을 통해 수직으로 세워진 슬롯라인으로의 결합구조에 대한 등가회로를 도출하고, 관련된 변수 값들을 효율적으로 계산하기 위한 일반적인 해석을 제안하였다. 제안된 해석방법을 토대로 결합구조의 주파수 특성을 포함하여 개구면 길이와 수직 슬롯라인 폭 변화에 따른 영향을 살펴보았다. 제안한 해석방법과 설계 이론을 검증하기 위해 제안한 등가회로 모델과 하이브리드 유전알고리듬을 이용하여 C-대역 접지면 슬롯을 통한 마이크로스트립 라인-수직 슬롯라인 결합구조를 갖는 선형 테이퍼 슬롯 안테나를 최적 설계하였다. 뿐만아니라 등가회로를 이용하여 계산한 안테나 반사손실 특성을 측정 결과 및 수치해석 결과와 비교 하였으며, 이들간의 상당한 일치도는 제안한 해석, 설계 이론과 등가회로 모델의 타당성을 충분히 입증해 준다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권1호
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• pp.12-18
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• 2007

The objective of the study was to compare ranking of Sahiwal bulls selected on the basis of highest lactation milk yield of their dams with their estimated breeding values (EBVs) using an animal model. Data on 23,761 lactation milk yield records of 5,936 cows from five main Livestock Experiment Stations in Punjab province of Pakistan (1964-2004) were used for the study. At present the young A.I bulls are required to be from A-category bull-dams. Dams were categorized as A, B, C and D if they had highest lactation milk yield of ${\geq}$2,700, 2,250-2,699, 1,800-2,249 and <1,800 litres, respectively. The EBVs for lactation milk yield were estimated for all the animals using an individual animal model having fixed effect of herd-year and season of calving and random effect of animal. Fixed effect of parity and random effect of permanent environment were incorporated when multiple lactation were used. There were 396 young bulls used for semen collection and A.I during 1973-2004. However, progeny with lactation yields recorded, were available only for 91 bulls and dams could be traced for only 63 bulls. Overall lactation milk yield averaged 1,440.8 kg. Milk yield was 10% heritable with repeatability of 39%. Ranking bulls on highest lactation milk yield of their dams, the in-vogue criteria of selecting bulls, had a rank correlation of 0.167 (p<0.190) with ranking based on EBVs from animal model analysis. Bulls' EBVs for all lactations had rank correlation of 0.716 (p<0.001) with EBVs based on first lactation milk yield and 0.766 (p<0.001) with average EBVs of dam and sire (pedigree index). Ranking of bulls on highest lactation yield of their dams has no association with their ranking based on animal model evaluation. Young Sahiwal bulls should be selected on the basis of pedigree index instead of highest lactation yield of dams. This can help improve the genetic potential of the breed accruing to conservation and development efforts.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권16호
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• pp.6973-6979
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• 2015

Background: Ovarian cancer is the third most common cause of cancer in Indian women. Despite an initial 70-80% response rate, most patients relapse within 1-2 years and develop chemoresistance. Hence, identification or repositioning of drugs to resensitise ovarian cancer cells to existing chemotherapy is needed. Traditionally immortalized cell lines have been used in research, but these may contain genetic aberrations and chromosomal abnormalities serving as poor indicators of normal cell phenotype and progression of early-stage disease. The use of primary cells, maintained for only short periods of time in vitro, may serve as the best representative for studying in vivo conditions of the tissues from which they are derived. In this study we have attempted to evaluate the effect of metformin (an antidiabetic drug) in primary ovarian cancer cells because of its promising effect in other solid tumours. Materials and Methods: Primary cultures of epithelial ovarian cancer cells established from ascitic fluid of untreated ovarian cancer patients were used. The cells were treated with metformin at doses standardized by MTT assay and its ability to induce apoptosis was studied. The cells were analysed for apoptosis and apoptosis related proteins by flow cytometry and western blotting respectively. Results: Metformin induced apoptosis in ovarian cancer cells, provoking cell cycle arrest in the G0/G1 and S phase. It induced apoptosis in ovarian cancer cells by, down-regulating Bcl-2 and up-regulating Bax expression. Conclusions: Metformin was able to induce apoptosis in primary ovarian cancer cells by modulating the expression of Bcl-2 family proteins. These data are relevant to ongoing translational research efforts exploring the chemotherapeutic potential of metformin.

• 한국농공학회논문집
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• 제57권4호
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• pp.121-133
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• 2015

The TANK model has been widely used in rainfall-runoff modeling due to its simplicity of concept and computation while achieving forecast accuracy. A major barrier to the model application is to determine parameter values for ungauged watersheds, leading to the need of a method for the parameter estimation. The objective of this study was to develop regression equations for estimating the 3th TANK model parameters considering their variations for the ungauged watersheds. Thirty watersheds of dam sites and stream stations were selected for this study. A genetic algorithm was used to optimize TANK model parameters. Watershed characteristics used in this study include land use percent, watershed area, watershed length, and watershed average slope. Generalized equations were derived by correlating to the optimized parameters and the watershed characteristics. The results showed that the TANK model, with the parameters determined by the developed regression equations, performed reasonably with 0.60 to 0.85 of Nash-Sutcliffe efficiency for daily runoff. The developed regression equations for the TANK model can be applied for the runoff simulation particularly for the ungauged watersheds, which is common for upstream of agricultural reservoirs in Korea.