Muhammad Ma'ruf;Lalu Muhammad Irham;Wirawan Adikusuma;Made Ary Sarasmita;Sabiah Khairi;Barkah Djaka Purwanto;Rockie Chong;Maulida Mazaya;Lalu Muhammad Harmain Siswanto
Genomics & Informatics
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v.21
no.4
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pp.48.1-48.8
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2023
Liver cancer is the fourth leading cause of death worldwide. Well-known risk factors include hepatitis B virus and hepatitis C virus, along with exposure to aflatoxins, excessive alcohol consumption, obesity, and type 2 diabetes. Genomic variants play a crucial role in mediating the associations between these risk factors and liver cancer. However, the specific variants involved in this process remain under-explored. This study utilized a bioinformatics approach to identify genetic variants associated with liver cancer from various continents. Single-nucleotide polymorphisms associated with liver cancer were retrieved from the genome-wide association studies catalog. Prioritization was then performed using functional annotation with HaploReg v4.1 and the Ensembl database. The prevalence and allele frequencies of each variant were evaluated using Pearson correlation coefficients. Two variants, rs2294915 and rs2896019, encoded by the PNPLA3 gene, were found to be highly expressed in the liver tissue, as well as in the skin, cell-cultured fibroblasts, and adipose-subcutaneous tissue, all of which contribute to the risk of liver cancer. We further found that these two SNPs (rs2294915 and rs2896019) were positively correlated with the prevalence rate. Positive associations with the prevalence rate were more frequent in East Asian and African populations. We highlight the utility of this population-specific PNPLA3 genetic variant for genetic association studies and for the early prognosis and treatment of liver cancer. This study highlights the potential of integrating genomic databases with bioinformatic analysis to identify genetic variations involved in the pathogenesis of liver cancer. The genetic variants investigated in this study are likely to predispose to liver cancer and could affect its progression and aggressiveness. We recommend future research prioritizing the validation of these variations in clinical settings.
Conceptual design is the first step in the overall process of product design. Its intrinsic uncertainty, imprecision, and lack of information lead to the fact that current conceptual design activities in engineering have not been computerized and very few CAD systems are available to support conceptual design. In most of the current intelligent design systems, approach of principle synthesis, such as morphology matrix, bond graphic, or design catalogues, is usually adopted to deal with the concept generation, in which optional concepts are generally combined and enumerated through function analysis. However, as a large number of concepts are generated, it is difficult to evaluate and optimize these design candidates using regular algorithm. It is necessary to develop a new approach or a tool to solve the concept generation. Generally speaking, concept generation is a problem of concept synthesis. In substance, this process of developing design candidate is a combinatorial optimization process, viz., the process of concept generation can be regarded as a solution for a state-place composed of multi-concepts. In this paper, genetic algorithm is utilized as a feasible tool to solve the problem of combinatorial optimization in concept generation, in which the encoding method of morphology matrix based on function analysis is applied, and a sequence of optimal concepts are generated through the search and iterative process which is controlled by genetic operators, including selection, crossover, mutation, and reproduction in GA. Several crucial problems on GA are discussed in this paper, such as the calculation of fitness value and the criteria for heredity termination, which have a heavy effect on selection of better concepts. The feasibility and intellectualization of the proposed approach are demonstrated with an engineering case. In this work concept generation is implemented using GA, which can facilitate not only generating several better concepts, but also selecting the best concept. Thus optimal concepts can be conveniently developed and design efficiency can be greatly improved.
Journal of Korea Society of Industrial Information Systems
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v.25
no.2
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pp.115-127
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2020
In this paper, a sustainable close-loop supply chain (SCLSC) model is proposed for effectively managing the production, distribution and handling process of mobile phone. The proposed SCLSC model aims at maximizing total profit as economic factor, minimizing total CO2 emission amount as environmental factor, and maximizing social influence as social factor in order to reinforce sustainability in it. Since these three factors are represented as each objective function in modeling, the proposed SCLSC model can be taken into consideration as a multi-objective optimization problem and solved using a hybrid genetic algorithm (HGA) approach. In numerical experiment, three different scales of the SCLSC model are presented and the efficiency of the HGA approach is proved using various measures of performance.
Journal of Korea Society of Industrial Information Systems
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v.26
no.3
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pp.9-22
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2021
This study proposes a supply chain network (SCN) model considering supply disruption in assembly industry. For supply disruption, supplier disruption and its route disruption are simultaneously taken into consideration in the SCN model. With the simultaneous consideration, the SCN model can achieve its flexibility and efficiency. A mathematical formulation is suggested for representing the SCN model, and a proposed hybrid genetic algorithm (pro-HGA) is used for implementing the mathematical formulation. In numerical experiment, the performance of the pro-HGA approach is compared with those of some conventional approaches using the SCN models with various scales, and a sensitivity analysis considering the change of the numbers of suppliers and backup routes is done. Experimental results show that the performances of the pro-HGA approach are superior to those of the conventional approaches, and the flexibility and efficiency of the SCN model considering supply disruption are proved. Finally, the significance of this study is summarized and a potential future research direction is mentioned in conclusion.
Genetic algorithm is well known for stochastic searching method in imitating natural phenomena. In recent times, studies have been conducted in improving conventional evolutionary computation speed and promoting precision. This paper presents an approach to optimize PID controller gains with the application of modified Genetic Algorithm using Support Vector Machine (SVMGA). That is, we aim to explore optimum parameters of PID controller using SVMGA. Simulation results are given to compare to those of tuning methods, based on Simple Genetic Algorithm and Ziegler-Nicholas tuning method.
Some extensions of minimum spanning tree problem are NP-hard problem in which polynomial-time solutions for them do not exist. Because of their complexity, recently some researcher have used the genetic algorithms to solve them. In genetic algorithm approach the Prufer number is usually used to represent a tree. In this paper we discuss the problem of the Prufer number encoding method and propose an improved genetic operation. Using a numerical comparison we demonstrate the excellence of the proposed method.
Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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2000.11a
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pp.157-160
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2000
This paper deals with the fuzzy modeling for the complex and uncertain system in which conventional and mathematical models may fail to give satisfactory results. mGA(messy Genetic Algorithm) has more effective and adaptive structure than sGA with respect to using changeable-length string and VEGA(Virus Evolution Genetic) Algorithm) can search the global and local optimal solution simultaneously with reverse transcription operator and transduction operator. Therefore in this paper, the optimal fuzzy model is obtained using Virus-messy Genetic Algorithm(Virus-mGA). In this method local information is exchanged in population so that population may sustain genetic divergence. To prove the surperioty of the proposed approach, we provide the numerical example.
In this paper we present a genetic approach for trajectory control algorithm of balancing weight for IWR biped walking robot. The biped walking robot, IWR that was made by Automatic Control Lab. of Inha University has a trunk which stabilizes its walking by generating compensation moment. Trunk is composed of a revolute and a prismatic joint which roles balancing weight. The motion of balancing weight is determined by the gait of legs and represented by two linear second order ordinary differential equations. The solution of this equation must satisfy some constraints simultaneously to have a physical meaning. Genetic algorithm search for this feasible motion of balancing weight under some constraints. Simulation results show that feasible motion of balancing weight can be obtained by genetic algorithm.
Journal of Institute of Control, Robotics and Systems
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v.14
no.11
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pp.1110-1116
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2008
In this paper, we suggest GP operators based on tree structure considering tree distributions in structure space and structural difficulties. The main idea of the proposed genetic operators is to place generated offspring into the specific region which nodes and depths are balanced and most of solutions exist. To enable that, the proposed operators are designed to utilize region information where parents belong and node/depth rates of selected subtree. To demonstrate the effectiveness of our proposed approach, experiments of binomial-3 regression, multiplexer and even parity problem are executed. The experiments results show that the proposed operators based on tree structure is superior to the results of standard GP for all three test problems in both success rate and number of evaluations.
Obesity has become one of the major public health problems all over the world. Recent novel eras of research are opening for the effective management of obesity though gene and nutrient intake interactions because the causes of obesity are complex and multifactorial. Through GWASs (genome-wide association studies) and genetic variations (SNPs, single nucleotide polymorphisms), as the genetic factors are likely to determine individuals' obesity predisposition. The understanding of genetic approaches in nutritional sciences is referred as "nutrigenomics". Nutrigenomics explores the interaction between genetic factors and dietary nutrient intake on various disease phenotypes such as obesity. Therefore, this novel approach might suggest a solution for the effective prevention and treatment of obesity through individual genetic profiles and help improve health conditions.
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