Objective: Familial intracranial aneurysms (FIAs) are found in approximately 6%-20% of patients with intracranial aneurysms (IAs), suggesting that genetic predisposition likely plays a role in its pathogenesis. The aim of this study was to identify possible IA-associated variants using whole exome sequencing (WES) in selected Korean families with FIA. Materials and Methods: Among the 26 families in our institutional database with two or more IA-affected first-degree relatives, three families that were genetically enriched (multiple, early onset, or common site involvement within the families) for IA were selected for WES. Filtering strategies, including a family-based approach and knowledge-based prioritization, were applied to derive possible IA-associated variants from the families. A chromosomal microarray was performed to detect relatively large chromosomal abnormalities. Results: Thirteen individuals from the three families were sequenced, of whom seven had IAs. We noted three rare, potentially deleterious variants (PLOD3 c.1315G>A, NTM c.968C>T, and CHST14 c.58C>T), which are the most promising candidates among the 11 potential IA-associated variants considering gene-phenotype relationships, gene function, co-segregation, and variant pathogenicity. Microarray analysis did not reveal any significant copy number variants in the families. Conclusion: Using WES, we found that rare, potentially deleterious variants in PLOD3, NTM, and CHST14 genes are likely responsible for the subsets of FIAs in a cohort of Korean families.
This studied the immune-enhancing activity properties of water extracts from the leaves, branches, and fruit of 13 species (Rhamnaceae) collected during the bearing season (Berchemia berchemiifolia, B. floribunda, Hovenia dulcis, Paliurus ramosissimus, Rhamnella franguloides, Rhamnus crenata, R. davurica, R. koraiensis, R. parvifolia, R. ussuriensis, R. yoshinoi, Sageretia thea, and Ziziphus jujube). Immune-enhancing activity were studied using the nitric oxide (NO) production in RAW264.7 cells. Extracts of B. berchemiifolia, H. dulcis, R. franguloides, R. crenata, R. davurica, R. ussuriensis and S. thea showed strong immune-enhancing activity through NO production. In addition, the expression of immune enhancement-related cytokine genes (NOS, COX-2, IL-1β, IL-6 and TNF-α) were confirmed through PCR-electrophoresis. The results of this study suggest that Rhamnaceae extracts can be used as natural antioxidants and immune enhancer.
Integrative analysis for better understanding of complex biological systems gains more attention. Observing subjects from various perspectives and conducting integrative analysis of those multiple datasets enables a deeper understanding of the subject. In this paper, we compared two methods that simultaneously consider two datasets gathered from the same objects, canonical correlation analysis (CCA) and co-inertia analysis (CIA). Since CCA cannot handle the case when the data exhibit high-dimensionality, two strategies were considered instead: Utilization of a ridge constant (CCA-ridge) and substitution of covariance matrices of each data to identity matrix and then applying penalized singular value decomposition (CCA-PMD). To illustrate CIA and CCA, both extensions of CCA and CIA were applied to NCI60 cell line data. It is shown that both methods yield biologically meaningful and significant results by identifying important genes that enhance our comprehension of the data. Their results shows some dissimilarities arisen from the different criteria used to measure the relationship between two sets of data in each method. Additionally, CIA exhibits variations dependent on the weight matrices employed.
Colon adenocarcinoma (COAD) is the predominant type of colorectal cancer. Early diagnosis and treatment can significantly improve the prognosis of COAD patients. Anoctamin 7 (ANO7), an anion channel protein, has been implicated in prostate cancer and other types of cancer. In this study, we analyzed the expression of ANO7 and its correlation with clinicopathological characteristics among COAD patients using the Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2 (GEPIA2) and the University of Alabama at Birmingham CANcer (UALCAN) databases. The GEPIA2, Kaplan-Meier plotter, and the Survival Genie platform were employed for survival analysis. The co-expression network and potential function of ANO7 in COAD were analyzed using GeneFriends, the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID), GeneMANIA, and Pathway Studio. Our data analysis revealed a significant reduction in ANO7 expression levels within COAD tissues compared to normal tissues. Additionally, ANO7 expression was found to be associated with race and histological subtype. The COAD patients exhibiting low ANO7 expression had lower survival rates compared to those with high ANO7 expression. The genes correlated with ANO7 were significantly enriched in proteolysis and mucin type O-glycan biosynthesis pathway. Furthermore, ANO7 demonstrated a direct interaction and a positive co-expression correlation with mucin 2 (MUC2). In conclusion, our findings suggest that ANO7 might serve as a potential prognostic biomarker and potentially plays a role in proteolysis and mucin biosynthesis in the context of COAD.
Background: Brassica oleracea var. italica (broccoli), a rich source of antioxidants, can prevent various diseases and improve human health. In this study, we investigated the antioxidative effects of broccoli sprout extract on oxidative stress induced by lipopolysaccharide and cisplatin in cell and organ tissue models. Methods: Antioxidative effect of BSE was evaluated using DPPH and ABTS in RAW 364.7 cells, and effects of BSE on testes were investigated using Cisplatin-induced testicular damage model with an in vitro organ culture system. Results: The DPPH assay showed that the antioxidant activity of the alcoholic broccoli sprout extract was higher than that of the water extract. Additionally, the expression levels of antioxidation-related genes, Nrf2, Gsr, HO-1, and catalase, were significantly increased in broccoli sprout extract-treated RAW 264.7 cells, and the extract suppressed lipopolysaccharide-induced mitochondrial dysfunction. Based on the results in the RAW 264.7 cell culture, the antioxidative effects of the extracts were investigated in a mouse testis fragment culture. The expression of Nrf2, HO-1, and Ddx4 was clearly decreased in cisplatin-treated mouse testis fragments and not in both broccoli sprout extract- and cisplatin-treated mouse testis fragments. In addition, the oxidative marker O-HdG was strongly detected in cisplatin-treated mouse testis fragments, and these signals were reduced by broccoli sprout extract treatment. Conclusions: The results of this study show that broccoli sprout extracts could serve as potential nutraceutical agents as they possess antioxidant effects in the testes.
Sang Eun Kim;Jun Sung Lee;Keon Bong Oh;Jeong Ho Hwang
Journal of Animal Reproduction and Biotechnology
/
v.38
no.4
/
pp.199-208
/
2023
Background: Canine induced pluripotent stem cells (iPSCs) are an attractive source for veterinary regenerative medicine, disease modeling, and drug development. Here we used vitamin C (Vc) to improve the reprogramming efficiency of canine iPSCs, and its functions in the reprogramming process were elucidated. Methods: Retroviral transduction of Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc (OSKM), and GFP was employed to induce reprogramming in canine fetal fibroblasts. Following transduction, the culture medium was subsequently replaced with ESC medium containing Vc to determine the effect on reprogramming activity. Results: The number of AP-positive iPSC colonies dramatically increased in culture conditions supplemented with Vc. Vc enhanced the efficacy of retrovirus transduction, which appears to be correlated with enhanced cell proliferation capacity. To confirm the characteristics of the Vc-treated iPSCs, the cells were cultured to passage 5, and pluripotency markers including Oct4, Sox2, Nanog, and Tra-1-60 were observed by immunocytochemistry. The expression of endogenous pluripotent genes (Oct4, Nanog, Rex1, and telomerase) were also verified by PCR. The complete silencing of exogenously transduced human OSKM factors was observed exclusively in canine iPSCs treated with Vc. Canine iPSCs treated with Vc are capable of forming embryoid bodies in vitro and have spontaneously differentiated into three germ layers. Conclusions: Our findings emphasize a straightforward method for enhancing the efficiency of canine iPSC generation and provide insight into the Vc effect on the reprogramming process.
Yeon Suk Kim;Hyun Young Shin;Won Bi Jeong;Eun Ji Ha;Ja Pyeong Koo;Ji-Young Shin;Kwang-Won Yu
The Korean Journal of Food And Nutrition
/
v.37
no.1
/
pp.17-29
/
2024
To increase industrial applicability of Astragalus membranaceus (AM) as immunostimulating materials, hot-water extract (AME) was prepared from AM and fermented with Kimchi-lactic acid bacteria (Lactobacillus sakei & Leuconostoc mesenteroides) to prepare fermented AM-postbiotics (FAME). Although FAME prepared from AM-postbiotics did not show a significant enhancement in macrophage stimulating activity compared to non-fermented AME, crude polysaccharide (FAME-CP) fractionated by EtOH precipitation from FAME showed significantly higher macrophage stimulating activity than AME-CP. Compared to AME-CP, FAME-CP showed dramatic changes in component sugar and molecular weight distribution. FAME-CP was a polysaccharide with a major molecular weight distribution of 113.4 kDa containing Man (44.2%), Glc (19.3%), Gal (10.2%), GalA (10.2%), and Ara (7.4%) as sugar components. FAME-CP with enhanced macrophage stimulatory activity not only increased expression levels of mRNA genes encoding macrophage-activated factors (iNOS, TNF-α, MCP-1, IL-6, and COX-2), but also led the nuclear translocation of activated p65 and c-Jun. In conclusion, crude polysaccharide from AM-postbiotics fermented with lactic acid bacteria could increase industrial applicability as a functional material with enhanced immunostimulating activity than AME-CP.
Yewon Cheong;Jun Bong Lee;Se Kye Kim;Jang Won Yoon
Journal of Veterinary Science
/
v.25
no.3
/
pp.39.1-39.11
/
2024
Importance: Salmonella outbreaks linked to poultry meat have been reported continuously worldwide. Therefore, Salmonella contamination of poultry meats in slaughterhouses is one of the critical control points for reducing disease outbreaks in humans. Objective: This study examined the carry-over contamination of Salmonella species through the entire slaughtering process in South Korea. Methods: From 2018 to 2019, 1,097 samples were collected from the nine slaughterhouses distributed nationwide. One hundred and seventeen isolates of Salmonella species were identified using the invA gene-specific polymerase chain reaction, as described previously. The serotype, phylogeny, and antimicrobial resistance of isolates were examined. Results: Among the 117 isolates, 93 were serotyped into Salmonella Mbandaka (n = 36 isolates, 30.8%), Salmonella Thompson (n = 33, 28.2%), and Salmonella Infantis (n = 24, 20.5%). Interestingly, allelic profiling showed that all S. Mbandaka isolates belonged to the lineage of the sequence type (ST) 413, whereas all S. Thompson isolates were ST292. Moreover, almost all S. Thompson isolates (97.0%, 32/33 isolates) belonging to ST292 were multidrug-resistant and possessed the major virulence genes whose products are required for full virulence. Both serotypes were distributed widely throughout the slaughtering process. Pulsed-field gel electrophoretic analysis demonstrated that seven S. Infantis showed 100% identities in their phylogenetic relatedness, indicating that they were sequentially transmitted along the slaughtering processes. Conclusions and Relevance: This study provides more evidence of the carry-over transmission of Salmonella species during the slaughtering processes. ST292 S. Thompson is a potential pathogenic clone of Salmonella species possibly associated with foodborne outbreaks in South Korea.
Jeewan Chun;Ji-Hoi Moon;Kyu Hwan Kwack;Eun-Young Jang;Saebyeol Lee;Hak Kyun Kim;Jae-Hyung Lee
BMB Reports
/
v.57
no.5
/
pp.232-237
/
2024
This study investigated how adipose tissue-derived mesenchymal stem cells (AT-MSCs) respond to chondrogenic induction using droplet-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). We analyzed 37,219 high-quality transcripts from control cells and cells induced for 1 week (1W) and 2 weeks (2W). Four distinct cell clusters (0-3), undetectable by bulk analysis, exhibited varying proportions. Cluster 1 dominated in control and 1W cells, whereas clusters (3, 2, and 0) exclusively dominated in control, 1W, and 2W cells, respectively. Furthermore, heterogeneous chondrogenic markers expression within clusters emerged. Gene ontology (GO) enrichment analysis of differentially expressed genes unveiled cluster-specific variations in key biological processes (BP): (1) Cluster 1 exhibited up-regulation of GO-BP terms related to ribosome biogenesis and translational control, crucial for maintaining stem cell properties and homeostasis; (2) Additionally, cluster 1 showed up-regulation of GO-BP terms associated with mitochondrial oxidative metabolism; (3) Cluster 3 displayed up-regulation of GO-BP terms related to cell proliferation; (4) Clusters 0 and 2 demonstrated similar up-regulation of GO-BP terms linked to collagen fibril organization and supramolecular fiber organization. However, only cluster 0 showed a significant decrease in GO-BP terms related to ribosome production, implying a potential correlation between ribosome regulation and the differentiation stages of AT-MSCs. Overall, our findings highlight heterogeneous cell clusters with varying balances between proliferation and differentiation before, and after, chondrogenic stimulation. This provides enhanced insights into the single-cell dynamics of AT-MSCs during chondrogenic differentiation.
Many types of cancer are associated with excessive angiogenesis. Anti-angiogenic treatment is an effective strategy for treating solid cancers. This study aimed to demonstrate the inhibitory effects of (E)-2-methoxy-4-(3-(4-methoxyphenyl) prop-1-en-1-yl) phenol (MMPP) in VEGFA-induced angiogenesis. The results indicated that MMPP effectively suppressed various angiogenic processes, such as cell migration, invasion, tube formation, and sprouting of new vessels in human umbilical vein endothelial cells (HUVECs) and mouse aortic ring. The inhibitory mechanism of MMPP on angiogenesis involves targeting VEGFR2. MMPP showed high binding affinity for the VEGFR2 ATP-binding domain. Additionally, MMPP improved VEGFR2 thermal stability and inhibited VEGFR2 kinase activity, suppressing the downstream VEGFR2/AKT/ERK pathway. MMPP attenuated the activation and nuclear translocation of NF-κB, and it downregulated NF-κB target genes such as VEGFA, VEGFR2, MMP2, and MMP9. Furthermore, conditioned medium from MMPP-treated breast cancer cells effectively inhibited angiogenesis in endothelial cells. These results suggested that MMPP had great promise as a novel VEGFR2 inhibitor with potent anti-angiogenic properties for cancer treatment via VEGFR2/AKT/ERK/NF-κB signaling pathway.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.