• 제목/요약/키워드: Gene distribution

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Expression Analysis of Lily Type Lectin Isotypes in the Rock Bream, Oplegnathus fasciatus: in the Tissue, Developmental Stage and Viral Infection

  • Lee, Young Mee;Yang, In Jung;Noh, Jae Koo;Kim, Hyun Chul;Park, Choul-Ji;Park, Jong-Won;Noh, Gyeong Eon;Kim, Woo-Jin;Kim, Kyung-Kil
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제20권4호
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    • pp.297-304
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    • 2016
  • Lectins belong to the pattern-recognition receptors (PRRs) class and play important roles in the recognition and elimination of pathogens via the innate immune system. Recently, it was reported that lily-type lectin-1 is involved when a pathogen attacks in the early immune response of fish. However, this study is limited to information that the lectin is involved in the innate immune response against viral infection. In the present study, the lily-type lectin-2 and -3 of Oplegnathus fasciatus (OfLTL-2 and 3) have been presented to be included B-lectin domain and two D-mannose binding sites in the amino acid sequence that an important feature for the fundamental structure. To investigate the functional properties of OfLTLs, the tissue distribution in the healthy rock bream and temporal expression during early developmental stage analysis are performed using quantitative real-time PCR. OfLTL-2 and 3 are predominantly expressed in the liver and skin, but rarely expressed in other organ. Also, the transcripts of OfLTLs are not expressed during the early developmental stage but its transcripts are increased after immune-related organs which are fully formed. In the challenge experiment with RBIV (rock bream iridovirus), the expression of OfLTLs was increased much more strongly in the late response than the early, unlike previously known. These results suggest that OfLTLs are specifically expressed in the immune-related tissues when those organs are fully formed and it can be inferred that the more intensively involved in the second half to the virus infection.

암환자에서 방사선치료에의한 염색체이상 (Effect of Radiotherapy on Chromosomal Aberration in Cancer Patients)

  • 전하정;이명자;유명수
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제11권1호
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    • pp.43-50
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    • 1993
  • 방사선에의 노출은 염색체 이상을 유발하는 원인으로 널리 인식되고 있으나 in vivo상태에서 방사선 조사 후 발생되는 염색체 이상의 종류와 빈도 규명은 드물었다. 이에 본 연구에서는 암 환자에서 방사선 치료 전 및 후에 말초혈액 임파구의 염색체 변이를 비교 관찰하고 방사선 조사에 의해 암 환자세포에서 나타나는 염색체 이상에서 절단점의 분포가 암 발생과 밀접한 연관이 된 유전자 및 염색체의 재조합이 자주 일어나는 부위와 연관관계 가 있음을 규명하고자 하였다. 25예의 암 환자에서 방사선 치료가 시작되기 전과 $4000\~7000cGy$의 근치적 방사선치료가 끝난 직후 말초 혈액을 채취하여 임파구를 배양후 G-분염법을 이용하여 염색한 후 환자마다 방사선치료 전후로 각각 30개씩의 증기상을 관찰하였다. 치료전에 염색체 이상을 나타낸 세포 분열 중기상의 빈도는 $4.93\%$로 정상 대조군 집단의 빈도 $2\%$보다 높았다(p<0.05). 방사선 치료후 염색체 이상 세포의 빈도는 $22.13\%$로 치료전에 비해 매우 중가되었다(p<0.01). 또한 세포 중기상당 이상 염색체의 수도 치료전과 후가 각각 1.49및 2.14로 치료후 증가 되었다(p<0.05). 염색체 이상의 종류는 major chromosomal aberration 특히 구조적 이상의 빈도가 치료전보다 후에 $65.45\%$에서 $88.45\%$로 증가되었고 minor structural abnormality와 수적 변이의 빈도는 감소되었다. 방사선 치료후 염색체 절단점의 수가 2개 이상인 경우가 단일 절단점을 가진 이상에 비해 증가되었다. 절단점의 분포에 있어서는 암세포에서 가장 흔한 이상을 나타내는 1번 및 3번 염색체와 절단점의 증가가 암 발생관 연관된다고 보고된 8번 및 11번 염색체에서 본 연구결과 기대치 이상의 절단점의 분포를 보이고, 암 세포에서 드물게 이상을 나타내는 13, 15및 21번 염색체에서는 기대치 보다 감소된 절단점의 분포를 보였다. 따라서 방사선 치료 후 염색체 이상의 빈도는 증가되었으며 방사선 조사에 의해 나타나는 염색체의 절단점의 분포는 암 발생과 밀접한 연관이 된 유전자 및 염색체의 재조합이 자주 일어나는 부위와 밀접한 연관 관계가 있음을 보여 주었다.

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한국인 천식환자의 Monocyte chemoattractant protein 1(MCP-1) 유전자 다형성에 대한 분석 (Analysis of Monocyte Chemoattractant Protein 1(MCP-1) Polymorphism in Korean Patients with Asthma)

  • 황우석;정승연;김진주;정희재;정승기
    • 대한한방내과학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.32-41
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    • 2008
  • Background : Monocyte chemoattractant protein-1(MCP-1), one of the CC chemokines, appears to play a significant role in asthma pathogenesis. It was reported that polymorphism in the MCP-1(-2518 A/G promoter) was associated with asthma in Caucasians, but the association of this polymorphism and asthma patients in the Korean population has not yet been clarified. Objective : We investigated the possible association between 2 polymorphisms (-2518 A/G promoter and Cys35Cys) and asthma patients in a Korean population. Materials and Methods : DNA samples were obtained from 86 Korean asthma patients and 270 healthy controls. MCP-1 genomic variants (-2518 A/G promoter and Cys35Cys polymorphism) were detected by PCR-RFLP. Level of MCP-1 was measured by ELISA for each genotype (n=8) (AA, AG, GG) and allele types of -2518 A/G promoter polymorphism for control subjects. Results : The Cys35Cys polymorphism was associated with asthma patients in Korean population [genotype distribution ($X^{2}=16.011$, P<0.001)]. Comparison of the two groups revealed no detectable differences in genotype and allele frequencies of the -2518 A/G polymorphism. Haplotype frequencies analysis revealed significant difference $(X^{2}=51.70$, P<0.001). MCP-1 serum level of subjects with G genotype of -2518 A/G promoter polymorphism was statistically higher than that with AA genotype (P<0.05). Conclusion : Our data indicate that no association exists between the MCP-1 -2518 A/G polymorphism and asthma susceptibility in the Korean population. However, it is noteworthy that the high prevalence of the -2518 G allele in the Korean population suggests a potentially important ethnic variation in the regulation of MCP-1 production. This variation must be considered in gene-association studies in different ethnic populations.

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ICT 원격제어 system 이용 식물진단, Phenomics 연구현황 및 전망 (Current status and prospects of plant diagnosis and phenomics research by using ICT remote sensing system)

  • 정유진;노일섭;김용권;김회택;강권규
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제43권1호
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    • pp.21-29
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    • 2016
  • Remote sensing는 각종 센서를 이용하여 지표면, 물, 요소 기술에 대해 비접촉, 비파괴적인 방법으로 필요한 정보를 얻어내는 기술이다. 이들 기술은 센서 등의 요소 기술 뿐만 아니라, 센서를 탑재하는 플랫폼과 정보 통신 기술(ICT) 등을 복합적으로 이용한다. 특히 농업 분야에서는 ICT를 중개로 기상이나 토양 등의 환경 정보와 작물 정보를 측정하여 수치화하고 클라우드 컴퓨팅에 의해 생산 단계뿐만 아니라 유통 및 소비 단계까지 관리하는 스마트 농업에 크게 기여한다. 식물을 측정하기 위해서는 비파괴 비접촉 bioimaging (remote imaging)을 포함한 식물기능 remote sensing 기술개발이 필요하다. 또한 식물 과학 분야에서도 유전자 세포 수준에서 개체 수준까지를 대상으로 한 bioimaging 연구가 활발히 진행되고 있다. 최근 들어 표현형 연구를 통해 환경과 유전자형의 관계를 구명하는 phenomics 연구가 활발히 진행되고 있다. 따라서 본 논문에서는 식물기능 원격탐사의 기술동향, 식물진단 및 식물환경응답해석과 식물 phenomics 연구현황에 대해 고찰하였다.

Application and utilization of marker assisted selection for biotic stress resistance in hybrid rice (Oryza sativa L.)

  • Song, Jae-Young;Ouk, Sothea;Nogoy, Franz Marielle;Nino, Marjohn C.;Kwon, Soon Wook;Ha, Woongoo;Kang, Kwon-Kyoo;Cho, Yong-Gu
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제43권3호
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    • pp.317-331
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    • 2016
  • Development of disease resistant plant is one of the important objectives in rice breeding programs because biotic stresses can adversely affect rice growth and yield losses. This study was conducted to identify lines with multiple-resistance genes to biotic stress among 173 hybrid rice breeding lines and germplasms using DNA-based markers. Our results showed that one hybrid rice line [IR98161-2-1-1-k1-3 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66)] possessed 5 bacterial blight resistance genes (Xa4, xa5, Xa7, Xa13 and Xa21) while two hybrid rice lines [IR98161-2-1-1-k1-2 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66) and 7292s (IR75589-31-27-8-33S(S1)/IR102758B)] possessed 3 bacterial blight resistance genes (Xa4, Xa7 and Xa21, and Xa3, Xa4 and xa5). Molecular survey on rice blast disease revealed that most of these lines had two different resistant genes. Only 11 lines possessed Pib, Pi-5, and Pi-ta. In addition, we further surveyed the distribution of insect resistant genes, such as Bph1, Bph18(t), and Wbph. Three hybrid breeding lines [IR98161-2-1-1-k1-3 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66), IR98161-2-1-1-k1-2 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66), and 7292s (IR75589-31-27-8-33S(S1) /IR102758B)] contained all three resistance genes. Finally, we obtained four hybrid rice breeding lines and germplasms [IR98161-2-1-1-k1-2 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66), Damm-Noeub Khmau, 7290s, and 7292s (IR75589-31-27-8-33S(S1)/IR102758B)] possessing six-gene combination. They are expected to provide higher level of multiple resistance to biotic stress. This study is important for genotyping hybrid rice with resistance to diverse diseases and pests. Results obtained in this study suggest that identification of pyramided resistance genes is very important for screening hybrid rice breeding lines and germplasms accurately for disease and pest resistance. We will expand their cultivation safely through bioassays against diseases, pests, and disaster in its main export countries.

새로운 스트레스 단백질인 VISP의 세포내 위치 (Subcellular Localization of Novel Stress Protein VISP)

  • 문창훈;윤원준;고명석;김현주;박정우
    • 미생물학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.271-276
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    • 2006
  • 이전의 연구 결과 어류 rhabdovirus에 감염된 세포에서 virus-inducible stress protein (VISP)의 발현이 증가함을 확인하였다. 본 연구에서는 VISP의 세포내 위치를 확인하였으며, 또한 세포내 위치 결정에 중요한 역할을 담당하는 VISP의 부위를 확인하였다. 먼저 endogenous VISP의 세포내 위치를 확인하기 위하여 CHSE-214 세포를 VISP에 대한 단클론항체를 사용하여 염색한 후 confocal microscope로 관찰하였다. 그 결과 VISP가 세포의 핵 주변에 점구조를 형성함이 확인되었다. 이를 확인하기 위하여 VISP에 enhanced green fluorescent protein (EGFP)이 붙은 fusion gene을 발현하는 plasmid를 제조하였다. EGFP-VISP를 발현하는 plasmid 벡터를 세포에 transfection 시킨 후 confocal microscope로 관찰한 결과 핵 주변에 점구조를 형성함이 확인되었다. VISP의 아미노산서열 중 핵 주변의 점구조 형성에 관여하는 부분을 확인하기 위하여 VISP의 다양한 deletion mutant들을 제조하였다. 이 mutant를 사용한 transfection 실험 결과 VISP의 C-terminal 부위(aa 612-710)가 핵주변의 점구조 형성에 중요한 역할을 담당함이 확인되었으며, 이 부분의 functional motif 분석결과 691-TLTSLLL-697 부위에 nuclear receptor binding motif가 존재함이 확인되었다. 이와 같은 결과들을 종합하면, VISP는 핵 주변에 존재하며 VISP의 C-terminal부위가 혀 주위 분포에 중요한 역할을 담당함을 알 수 있었다. 이후의 연구로부터 VISP의 핵 주위 분포가 IHNV의 성장에 미치는 영향이 확인되면 IHNV 병원성의 새로운 기작을 밝혀내는 중요한 자료가 될 것이다.

경기도내에서 분리한 호흡기아데노바이러스의 혈청형 분포특성 (Serotype Distribution of Human Respiratory Adenovirus Isolated in Gyeonggi Province)

  • 이현경;이명진;문수경;김운호;조한길;윤미혜;이정복;정향민
    • 미생물학회지
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    • 제48권3호
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    • pp.175-179
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    • 2012
  • 아데노바이러스는 다양한 급성호흡기감염증을 유발하며, 대부분 영유아나 어린이, 면역기능이 저하된 환자에게서 주로 나타나는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 2009년부터 2011년까지 경기지역 소아청소년과 및 내과에 내원한 급성호흡기 감염증 의심환자를 대상으로 호흡기아데노바이러스의 유행양상 및 혈청형 분포양상을 분석하였다. 총 1,622명의 급성상기도 감염증이 의심되는 환자의 검체를 분석한 결과 102건(6.3%)에서 아데노바이러스를 검출하였다. 102건의 아데노바이러스 양성 검체에서 세포배양법으로 76주의 아데노바이러스를 분리하였고, 혈청형별 특이유전자인 헥손 유전자의 염기서열 분석을 통하여 혈청형을 확인하였다. 최근 3년간 경기도내에서 아데노바이러스 1형부터 6형까지 6개의 다른 혈청형이 분리되었고, 이 중 3형(n=40, 52.6%)이 가장 주류를 이루었다. 2009년에는 1형과 3형, 2010년에는 3형, 2011년에는 5형이 각각 우점하였다. 1, 2, 4, 5, 6형은 연중 산발적으로 확인되었으나, 3형은 산발적으로 발생하면서 2010년에는 큰 유행을 일으킨 것을 확인할 수 있었다. 본 연구결과를 통해 최근 3년동안 경기도내 아데노바이러스에 의한 outbreak의 주 원인 혈청형은 아데노바이러스 3형임을 알 수 있었고, 앞으로도 outbreak의 원인이 되는 특정 혈청형에 대한 지속적인 감시가 이루어져야 할 것이다.

식물세포배양기술을 이용한 울릉도 자생식물의 세포주 개발 및 피부세포 효능 (Efficacy of callus induced from Ullengdo niche plants for skin protection)

  • 최윤희;정해수;조문진;송미영;서효현;모상현
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제15권8호
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    • pp.5070-5077
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    • 2014
  • 세계 각국은 자국의 자생식물을 활용하여 다양한 산업 활용에 집중하고 있으며 국내에서도 자생식물을 활용한 화장품 원료 소재 개발이 절실히 필요한 실정이다. 이에 본 연구는 특유의 기후와 환경에 의해 울릉도 특유의 식물분포를 갖는 울릉도 자생식물 후보군을 선정하고 이를 소재로 개발하여 화장품 원료로의 활용 가능성을 시험하였다. 섬초롱, 술패랭이, 해국에서 캘러스를 유도하고 대량배양 하였다. 대량배양하여 얻은 울릉도 자생식물 캘러스를 열수 및 에탄올 추출하여 COX-2 발현 비교, collagen 합성능 측정, wound healing 등 다양한 효능을 시험하였다. HPLC 분석을 통하여 열수 및 에탄올 추출물의 유효성분에 차이를 보임을 확인하였으며 또한 효능평가에서도 차이를 보였다. 술패랭이, 해국 캘러스 에탄올 추출물을 처리하였을 경우 항염 관련 단백질인 COX-2의 발현을 감소시키고, 모든 에탄올추출물은 wound healing assay를 통해 상처 치유능을 보임을 확인하였다. 이를 통해 울릉도 자생식물 캘러스 추출물이 자연친화적, 친환경적이며, 또한 국내 자생하는 식물을 활용한 소재로써 항염 및 상처치료 관련 제품에 기여할 것이다.

한우 CCAAT/enhancer-binding protein α(C/EBPα) 유전자의 동정과 mRNA의 발현 (Molecular Cloning and mRNA Expression of the Hanwoo CAT/enhancer-binding Protein α(C/EBPα) Gene)

  • 정영희;이상미;박효영;윤두학;문승주;정의룡;강만종
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권6호
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    • pp.909-916
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    • 2004
  • CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP)는 지방전구세포의 분화과정에서 말현하는 전사인자군에 속한다. 이러한 C/EBP 중에서 C/EBP $\alpha$ 는 지방세포의 분화와 지방침착에 있어 중요한 역할을 수행허는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 한우 C/EBP$\alpha$ 유전자를 분리 동정하고 그 발현을 조사하였다. 한우 C/EBP$\alpha$ 유전자는 1059bp의 open reading frame으로 구성되어 있으며 353개의 아미노산을 암호화하고 있었다. 그리고 한우 C/EBP $\alpha$ 아미노산을 다른 종과 비교하였을 때 매우 높은 상동성을 나타내었다. Northern blotting 분석에 의하여 12개월 한우에 있어서 C/EBP$\alpha$ mRNA의 분석을 실시한 결과 지방조직에서 가장 높은 말현을 나타내었으며 대장과 폐에서 매우 낮은 말현을 확인할수 있었다. 또한 12개월26개월 30개월 한우 의 등심과 지방에 있어서 C/EBP$\alpha$ 유전자의 발현을 real-time RT-PCR로 분석한 결과 등심 에서는 26개월에 서 가장 높은 발현을 보였으며 지방에서는 12개월과 26개월에 서 높은 발현을 나타내었다.

가침박달 집단의 유전다양성 및 유전구조 분석 (Genetic Diversity and Population Genetic Structure of Exochorda serratifolia in South Korea)

  • 홍경낙;이제완;강진택
    • 한국산림과학회지
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    • 제102권1호
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    • pp.122-128
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    • 2013
  • 우리나라에 분포하는 가침박달 9개 집단의 유전다양성과 유전구조를 ISSR 표지자를 이용하여 분석하였다. 선발된 6개 ISSR primer에서 다형성 band는 35개로 primer당 평균 5.8개(S.D.=2.32), 집단별 다형적 유전자좌의 비율은 평균 78.7%로 나타났다. AMOVA에서 전체 유전변이의 27.8%는 집단간 차이에 기인하며, 72.2%는 집단내 개체 간 차이로 설명할 수 있었다. 베이즈 방법에 따른 유전분화는 ${\theta}^{11}$$G_{ST}$가 각각 0.249와 0.227로 추정되었으며, 전체 집단에 대한 근친교배율은 0.412로 계산되었다. 집단간의 지리적 거리와 유전적 거리에 대한 상관성 분석에서 지리적 거리가 멀수록 유전적으로 상이한 것으로 나타났다. 베이즈 군집분석에서 가침박달 집단은 유전변이 분포에 따라서 1) 대구 지역의 2집단 및 안동, 청송, 예천 집단이 하나의 구역으로, 그리고 2) 단양, 영월 집단과 3) 임실, 청주 집단이 각각 하나의 구역으로 묶여서 총 3개 구역으로 나눌 수 있었다. 구역의 유전변이는 백두대간과 정맥의 산줄기를 경계로 분포하는 것으로 생각되며, AMOVA에서 전체 유전변이량의 10.0%는 구역간, 19.7%는 집단간, 나머지 70.3%는 집단내 개체간 차이로 설명되었다. 아울러 가침박달의 현지내 유전자원보존을 위한 유전다양성 평가와 유전구조 분석결과의 적용에 대하여 살펴보았다.